청구교회를 1거주자로 보고 양도소득세를 과세한 처분은 적법함

심판청구를 기각한다.

• 가. 고OOO는 OOO 의 담임목사이며, 1979.3.5. OOO를 명의자로 증여를 원인으로 취득한 서울특별시OOO의 토지 319.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한 다)와 2006.7.26. 쟁점토지상의 건물 455.21㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지 및 쟁점건물을 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하 여 OOO 앞으로 소유권보존등기한 후, 2007.7.23. 주식회사 OOO에게 서울 특별시OOO에 소재하고 있는 교회건물의 신축공사 대금 OOO의 대물변제조로 쟁점부동산을 양도하였으나 관 련 양도소득세를 신고하지는 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산 양도당시 OOO가 개인형태로 등록되어 있는 종교단체로 1거주자에 해당한다고 보아 쟁점부동산의 양도가액 을 대물변제가액인 OOO, 취득가액을 OOO으로 하여 양도차익을 산정하고 2011.4.26. OOO에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO을 결정․고지하였다.
• 다. OOO는 이에 불복하여 2011.5.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 OOO는 1979년 3월에 설립되어 OOO 총회(이하 “총회”라 한다)와 OOOOOOOO OOOO(OO OOOOOOO O O)에 소속된 교회로서 심판청구일 현재 서울특별시OOO에 새로운 교회건물을 신축하여 이전하고 2006.10.9. 명칭을 OOO로 변경하였으며, OOO는 종교활동을 목적으로 하는 단체로 국세기본법제13조 제1항에 해당하는 법인으로 보는 단체인 총회 소속이며 수익사업을 한 적이 없고,국세기본법제13조 제1항 제2 호 소정의 “공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되 지 아니한 것”에 해당하므로 세무서장이 승인하였는지 여부에 관계없이 비영리법인으로 보아야 하는 것이며, 설령, 세무서장의 승인을 기준으로 한다 하여도 2003년 7월 ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등’이라는 문구가 기재된 고유번호증OOO을 발급받았는바, 이를 근거로 OOO가 양도소득세가 비과세되는 비영리법인으로 오인하여 쟁점부동산의 양 도소득세를 신고하지 아니한 것인데, 쟁점부동산 양도일 후 OOO가국세기본법제13조 제2항에 해당하는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당함에도 교회 실질과 다르게 당초 고유번호증OOO이 발급된 사실을 알고 2010년 7월 이를 수정하는 의미에서 고유번호증OOO을 정정하여서 발급받은 것이므로 처분청이 OOO는 쟁점부동산의 양도당시에국세기본법제13조 제2항의 ‘법인으로 승인을 얻은 단체’가 아니라는 형식적인 이유만 가지고 1거주자로 보고 OOO에게 양도소득세를 과세한 처분은국세기본법제14조에서 규정하는 실질과세의 원칙에 위배되므로 위법․부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산은 OOO의 기본재산으로 OOO 명의로 등기되어 있고, OOO의 교회운영규칙 제24조(교회의 모든 재산과 비품은 본 교회의 소유로 하고 교회 명의로 한다)와 제26조(교회소유 부동산은 당회에서 관장하며 매매시는 당회의 결의가 있어야 한다)의 규정으로 볼 때 쟁점부동산은 총회의 소유재산이 아니라 OOO의 고유재산임이 명백하고, OOO가 주장하는 OOO의 “ 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등”이라 기재된 문구 로 인하여 양도소득세가 비과세되는 비영리법인으로 오인하여 신고하지 아니하였다는 주장은 고유번호증 하단에 있는 “고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다.”라 는 내용의 유의사항이 별도로 명시되어 있는 점을 감안할 때 받아들이기 어렵고,국세기본법제13조 제2항의 규정에 의하면, 법인격이 없는 단체는 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻 은 경우에 한하여 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용할 수 있다고 규정되어 있으므로, OOO가 쟁점부동산의 양도일(2007.7.23.) 후인 2010.7.7.에 법인으로 보는 단체로서 변경하여 등록한 점을 감안할 때, 쟁점부동산을 양도할 당시에 OOO는 1거주자에 해당하므로 이를 근거로 하여 OOO에게 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 OOO를 1거주자로 보고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세 기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지 는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단 체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한

• 다. (3) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대 표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서법인세법제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (4) 국세기본법 시행령 제9조 【법인으로 보는 단체의 대표자등의 신고】 법 제13조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)가 법 제13조 제5항의 규정에 의한 대표자 또는 관리인의 선임신고 또는 변경신고를 하고자 하는 경우에는 대표자 또는 관리인(변경의 경우에는 변경 전 및 변경 후의 대표자 또는 관리인)의 성명과 주소 또는 거소 기타 필요한 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (5) 국세기본법 시행령 제10조 【법인으로 보는 단체의 대표자등의 지정통지】 관할세무서장은 법 제13조 제6항의 규정에 의하여 국세에 관한 의무를 이행하는 자를 지정한 때에는 다음 각 호의 사항을 기재한 문서로 지체 없이 당해 법인으로 보는 단체에 통지하여야 한다.

1. 국세에 관한 의무를 이행하는 자의 성명과 주소 또는 거소

(6) 부가가치세법 시행령 제8조 【등록번호】

① 법 제5조 제2항에 규정하는 등록번호는 사 업장마다 관할세무서장이 부여한다.

② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20 조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호 를 부여할 수 있다. (7) 소득세법 제1조 【납세의무】

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중국 세 기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법 인 으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자 로 보아 이 법을 적용한다. (8) 소득세법 시행규칙 제2조 【법인격 없는 단체의 구분】

① 국세기본법제13조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체외의 단체 중 대표자 또는 관리인이 선임되어 있으나 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니한 것은 그 단체를 1거주자로 보아 법을 적용한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 명시적으로 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 아니하더라도 사실상 이익이 분배되는 경우에는 그 단체의 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 법을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 1979.3.5. 증여원인으로 쟁점토지(서울특별시 OO O OOO OOO-OO 토지 319.3㎡)를 취득한 후에 2006.7.26. 쟁점건물(건물 455.21㎡)을 신축하여 OOO의 명의로 소유권보존등기를 하였으며, 2007.7.23. 주식회사 OOO에게 서울특별시OOO에 소재한 새로운 교회건물의 신축공사대금OOO의 대물변제의 형식으로 쟁점 부동산을 양도하고도 양도소득세를 신고하지 아니하였는바, 처분청은 양도당시 OOO가국세기본법제13조 제2항인 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 사실이 없이 개인의 형태로 등록된 종교단체로 1거주자에 해당한다고 보아 양도소득세를 과세한 것으로 확인된다.

(2) 2010.6.21. OOO 유지재단 총회(1982.6.29. 민법제32조 및 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조의 규정에 의하여 설립 허가)가 교부한 사실증명서를 보면, OOO는 1982.10.12. OOO에 소속된 OOO로 가입되어 있고 2006.10.9. OOO에서OOO 로 명칭이 변경된 사실과 고OOO가 OOO의 담임목사인 사실이 확인된다.

(3) OOO의 당회운영규약(1996.7.1.)과 교회운영규칙(2007.6.4.)에는 “예수그리스도의 몸 된 교회로서 신약․구약 성경과 OOO 헌법에 의한 신앙원리에 따라 선교, 교육, 봉사 그리고 성도 간 신실한 교제를 목적으로 한다.”라고 기재되어 있으며, 교회의 재단(대지, 건물, 산지, 가옥, 시설물, 비품, 부속물과 기타 일절의 동산과 부동산)의 소유는 교회의 명의로 하는 것으로 규정되어 있으며, 또한 교회 재산의 관리 및 행사(교회재산 매입 및 처분, 차입 및 담보제공 포함)에 대한 모든 권리는 교회를 대표하는 당회장과 당회의 결의가 있어야 하는 것으로 규정되어 있는 점 등을 감안하면 OOO는 재 단법인으로 설립되지는 아니한 것으로 나타난다. (4) OO OO 는 2003.7.29. 처분청에게 단지 수익사업을 하지 아니하는 교회라는 사실만을 기재하여 사업자등록을 신청하여서 OOOO-OO- OOOOO(OOOOO OO OO OOOOO O OOOO O)O의 고유번 호증을 발급받았으나, 2007.7.23. 쟁점부동산의 양도일 후에 OOO가국세기본법제13조 제2항에서 규정한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당함에도 교회 실질과 다르게 고유번호증OOO을 발급받았다 하여 2010.7.2. 처분청에게 기존의 고유번호증OOO를 반납하면서 “법인으로 보는 단체”의 승인신청서를 제출하여 2010.7.7. 같은 법 제13조 제2항의 요건을 갖춘 법인의 고유번호증OOO을 발급받은 사실을 보면 쟁점부동산 양도당시 처분청으로부터 법인으로 보는 법인격 없는 단체로 승인 받은 사실이 없는 것으로 확인된다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, OOO는 OO OOOOOO(OOO) 유지재단 총회의 소속교회일 뿐 재단법인으로 설립 된 사실이 없으며, 2003.7.29. 처분청에 사업자등록OOO을 한 뒤 2007.7.23. 쟁점부동산을 양도하고 2010.7.2. 국세기본법제13조 제2항에 근거하여 ‘법인으로 보는 단체로 승인’을 받은 사실(OO OO OOO-OO-OOOOO)이 있어 부동산의 양도당시 개인형태로 등록되 어 있는 교회 등의 종교단체에 해당되므로 처분청이 OOO를 1거주자로 보고 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(대 법원 2008.6.12. 선고 2008두5278 판결, 조심 2010서515, 2010.9.20. 참조)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.