사업장만 달리한 납부에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못임

[주 문] OOO세무서장이 2011.5.9. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 2010.8.31. 주식회사 OOO 및 2010.9.1. 주식회사 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 OOO원 및 OOO원의 용역계약이 실제 실행되었는지 및 건축예정면적에 대한 사실관계 등을 재조사하여 총 예정사용면적 중 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2010.8.16. OOO 312-75 일대의 주택재개발정비사업을 목적으로 사업자등록(건설, 주택신축판매)한 주택조합으로, 2010년 제2기 과세기간에 주식회사 OOO (이하 “OOO”이라 한다)으로부터 OOO만원, 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 OOO원의 세금계산서를 각각 수취하고 이를 과세되는 건설용역과 관련된 매입세액(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 보아 2010년 제2기 부가가치세 신고시 OOO원 상당의 매입세액공제를 신고하였다.
• 나. 처분청은 위 과세기간 당시는 구체적인 사업계획조차 확정되지 않은 상태로서 과세와 면세에 관련된 부분에 대한 안분계산이 불가능하다 하여, 쟁점금액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액OOO원을 불공제하고 초과환급신고가산세를 적용하여 2011.5.9. 청구조합에게 2010년 제2기 부가가치세 8,121,450원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 재개발을 통하여 상가와 국민주택규모 초과주택 및 국민주택규모 미만주택을 건축할 예정으로서 청구법인이 건축할 건물의 상당부분이 국민주택규모 미만의 주택과 조합원에 귀속될 주택인 것은 사실이나, 향후 그 사업이 구체화되고 확정되는 시점에 쟁점금액에 대한 예정사용면적을 근거로 매입세액을 안분하여 면세사업관련 매입세액을 제외한 나머지 부분에 대한 환급과 관련 가산세를 조정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 건축예정현황에 의하면 임대(시프트)예정현황이 모두 국민주택규모이하로 면세에 해당하는 면적이고, 제공받는 용역이 장기전세주택관련 설계용역 및 컨설팅용역이므로 면세관련이므로 안분계산대상이 아니라 불공제대상이며, 국세기본법제47조의 4(초과환급신고가산세)에 대한 제외사유에 해당하지 아니하므로 초과환급신고가산세 부과는 정당하다.

• 가. 쟁 점 건설용역과 관련된 매입세액을 부인하고 초과환급신고가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용 면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각 호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (각호 생략) (3) 국세기본법 제47조의4 【초과환급신고가산세】① 납세자가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소 신고한 것으로 보아 제47조의3을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정 (4) 도시개발법 제2조 【정의】 2. “도시개발사업”이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다.

• 나. 사실관계 조사

(1) 심리자료를 보면 청구법인의 사업추진현황은 아래와 같다.OOO

(2) 청구법인과 OOO 및 OOO의 용역계약서를 보면 아래와 같다. (가) 청구법인과 OOO의 용역계약(2010.2.19.) 제3조(용역범위) 역세권 장기전세주택설치를 위한 건축물의 건축을 위한 기본설계도, 조감도를 작성하는 업무, 단 토목설계, 현황측량, 지질조사 등의 업무는 제외한다. 제4조(용역비 지불) 총 계약금액 OOO만원

• 역세권장기주택 기본설계 계약시(20%) OOO만원

• 시공사선정시 (60%) OOO원 (시공사 입찰보증금으로 지급)

• 납품완료시(20%) OOO원 (나) 청구법인과 OOO의 용역계약(2010.2.19.) 제3조(용역범위) 역세권 장기전세주택개발을 위한 전반적인 행정업무 및 추진위 또는 조합의 보조업무, 단 정비사업전문업과 중복되는 업무는 제외한다 제4조(용역비 지불) 총 계약금액 OOO원

• 역세권장기주택 기본설계 계약시(20%) OOO원

• 시공사 선정시 (60%) OOO원 (시공사 입찰보증금으로 지급, 이 건 청구)

• 납품완료시(20%) OOO원

(3) 청구법인은 매입세액공제 신청당시는 건축(주택 및 상가)면적이 결정되지 않은 상태였으나, 이 건 심리 중인 2011.9.1. 아래 <표>와 같이 건축예정현황자료를 제출하면서 쟁점금액에 대한 예정사용면적을 근거로 매입세액을 안분하여 면세사업관련 매입세액을 제외한 나머지 부분에 대한 환급과 관련 가산세를 조정하여야 한다고 주장하였다. <표> 건축예정 현황 (단위: ㎡) 구 분면적세대수총면적조합원분양일반분양비 고세대수면적 세대수 면적아파트분 양59 955,605 47 2,773 482,83226평형75 392,925 19 1,425 201,50033평형841058,820 51 4,284 544,53637평형114 536,042 26 2,964 273,07849평형소계29223,39214311,44614911,946임 대 OOO59 63 3,717 633,71773 4 292 429275 362,700 362,700소계1036,7091036,709합 계39530,10114311,44625218,655상가분양 8,3188,318총 계38,41914311,44625226,973

(4) 처분청은 청구법인이 제공받은 용역은 예정면적이 결정되지 아니한 상태에서 건축과 직접 관련된 설계가 작성된다고 볼 수 없고, 건축과 직접 관련된 설계 및 컨설팅용역에 해당되지 않는 사업인가를 위한 기본방향을 위한 설계에 지나지 않고, 추후 사업인가 후에 기존건물 철거 등 작업이 이루어지기 전에 진행되는 선작업 성격으로 토지관련 매입에 해당하고, 공통매입세액에 대한 매입세액 안분계산을 하지 아니한 것으로 설령 당해 설계용역이 건축과 관련된 설계용역이라 하더라도 제공받은 용역이 장기전세주택관련 설계용역 및 컨설팅용역으로 OOO에서 추진하는 장기전세주택의 경우 재건축조합이나 재건축조합으로부터 매입하여 공급하는 물량은 모두 국민주택규모 이하에 해당되므로 면세관련 매입에 해당되어 매입세액공제 대상이 될 수 없으며 초과환급신고가산세는국세기본법제47조의 4의 규정에 제외사유가 해당되지 아니하므로 가산세 부과가 정당하다는 의견이다.

(5) 살피건대, 청구법인이 OOO과 OOO으로부터 공급받은 용역계약의 내용이 역세권 장기전세주택설치를 위한 건축물의 건축을 위한 기본설계도와 조감도를 작성하는 업무, 역세권 장기전세주택개발을 위한 전반적인 행정업무 및 추진위 또는 조합의 보조업무 등으로 과세되는 용역으로 보이고, 건축예정 총면적에 과·면세 면적이 혼재되어 있는 것으로 보이므로 당해 용역계약이 실제 실행되었는지와 건축예정면적에 대한 사실관계 등에 대한 재조사를 거쳐 공통매입세액해당분에 대하여는 안분계산하고 이에 따라 초과환급신고가산세 등도 재계산하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.