평가대상인 주식을 발행한 법인이 보유하고 있는 투자유가증권 평가에 있어서 최 대주주 할증평가는 적법함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 200l.5.29. 경기도 용인시 기흥구 보라동 306-34 대지 2,644㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 배우자 이의경으로부터 증여받아 2001.9.24. 위지상에 철근콘크리트 지하 1층 및 지상 2층 건물 2,519㎡를 신축하고, 2003.12.2l. 2층 313.51㎡및 3층 465.52㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 증축하여 아쿠아폴리스라는 상호로 일반목욕탕을 운영하다가 2008.7.23. 쟁점부동산을 박영미에게 양도하고 2009.6.l. 양도가액 7,307,590,000원, 취득가액 6,436,190,010원으로 하여 2008년 귀속 양도 소득세 116,557,170원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사 결과, 청구인이 쟁 점부동산의 양도가액에서 제외한 하자보증금 550.000.000원을 양도가액에 포함하고 세금계산서 및 금융자료 등 객관적 증빙의 제시가 없는 480,000,000원은 필요경비 부인하여 2010.9.12. 청구인 에게 2008년 귀속 양도소득세 570,381,000원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 201l.12.8. 이의신청을 거쳐 201l.5.18. 이건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 (주)제이원 건축사무소(이하 “제이원”라 한다)에 지급된 설계비 80백만원 중 세금계산서 발행분 10백만원만 취득가액에 산입 하고 나머지 70백만원은 취득가액을 부인하였으나, 설계감리용역은 쟁점부동산의 건설에 필수적으로 설계감리계약서가 존재하며, 제이원의 대표 봉종현은 건축물대장상의 설계감리자로 등재되어 있고, 봉종원이 실거래임을 확인하였음에도 세금계산서 및 대금지급증빙이 없다는 이유로 취득가액을 부인하는 것은 부당하며 (주)유아이플랜(이하 “유아이플랜”이라 한다)에 지급한 사우나시설 리모델링공사비 410백 만원도 무통장입금증을 분실하였으나 도급계약서가 있으므로 취득가액으로 인정하지 아니하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 「제이원에 근무하던 소장 박재춘(2009년 사망)이 이건과 관련하여 개인적으로 설계업무를 진행하였으며 대표 봉종현은 이 사실에 대하 여 전혀 아는 바가 없고 설계감리에 대한 대가의 입출금내역이 없으며, 유아이플랜은 2006.10.23. 개업(건설/인테리어)하여 2008.4.4. 폐업 한 법인으로 부가가치세 및 법인세 무실적자로 공사대금의 입출금내 역 및 공사와 관련된 자료가 없고 거래사실을 부인하고 있어 취득가액을 인정하지 아니하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 건축설계비 및 리모델링 공사비 중 세금계산서 미수취 및 금융자 등 객관적인 거래증빙이 없어 필요경비에 산입하지 아니한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2010.12.27>

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호가목 단서, 같은 호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. <개정 2010.12.27>

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조제1항제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우 외에는 양도가액에서 공제할 필요경비는 제2항에 따르되, 취득가액은 각각 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다. <개정 2010.12.27>

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제4항에서 규정하는 연수는 등기부에 기재된 소유기간에 따른다.

⑦ 제1항제1호가목 본문을 적용할 때 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

① 법 제97조제1항제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다. <개정 1996.12.31, 2005.12.31, 2010.2.18>

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항제1호에 따라 제89조제2항제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다. <개정 2010.2.18>

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 2000.12.29, 2006.9.22, 2008.2.29, 2010.2.18>

1. 제67조제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제 <2000.12.29>

⑤ 법 제97조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. <개정 1998.4.1, 2000.12.29, 2005.2.19, 2007.2.28, 2008.2.29, 2009.2.4, 2010.2.18>

1. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

• 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
• 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
• 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
• 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조제1항제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

⑥ 법 제97조제3항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 1997.12.31, 1999.12.31, 2000.12.29, 2005.8.5, 2009.2.4>

취득당시의 법 제99조제1항제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

• 가. 법 제99조제1항제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조제1항제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)
• 나. 가목외의 건물 취득당시의 법 제99조제1항제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

3. 법 제94조제1항제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다) 취득당시의 기준시가×7／100

4. 제1호 내지 제3호외의 자산 취득당시의 기준시가×1／100

⑦ 법 제97조제4항에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 법 제94조제1항제4호 나목의 자산을 말한다. <신설 1996.12.31, 2003.12.30, 2010.2.18>

⑧ 법 제97조제4항 및 제5항에 따른 증여세 상당액은 거주자가 그 배우자 또는 직계존비속으로부터 증여받은 자산에 대한 증여세 산출세액(상속세 및 증여세법 제56조 에 따른 증여세 산출세액을 말한다)에 법 제97조제4항에 따라 양도한 해당 자산가액(증여세가 과세된 증여세 과세가액을 말한다)이 상속세 및 증여세법 제47조 에 따른 증여세과세가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 필요경비로 산입되는 증여세 상당액은 양도가액에서 법 제97조제1항 및 제2항의 금액을 공제한 잔액을 한도로 한다. <신설 1996.12.31, 2005.2.19, 2009.2.4>

⑨ 상속 또는 증여(상속세 및 증여세법 제33조 내지 제42조의 규정에 의한 증여를 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 다음 각호의 규정에 의한 금액에 의한다. <신설 1999.12.31, 2000.12.29, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.8.5, 2005.12.31>

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 상속 또는 증여받은 토지의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조제4항의 규정에 의한 가액중 많은 금액

2. 상속세 및 증여세법 제61조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 건물의 기준시가가 고시되기전에 상속 또는 증여받은 건물의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조제5항 내지 제7항의 규정에 의한 가액중 많은 금액

⑩ 법 제97조제1항제1호가목 본문은 다음 각 호에 따라 적용한다. <개정 2008.2.22>

1. 상속세 및 증여세법 제33조 부터 제42조까지의 규정에 따라 증여세를 과세받은 경우에는 해당 증여재산가액 또는 그 증·감액을 취득가액에 더하거나 뺀다.

2. 법 제94조제1항 각 호의 자산을 법인세법 제52조 에 따른 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)으로부터 취득한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있으면 그 상여·배당 등으로 처분된 금액을 취득가액에 더한다.

⑪ 법 제97조제7항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다. <개정 2007.2.28, 2008.2.22, 2008.2.29, 2010.2.18>

1. 삭제 <2009.12.31>

2. 거주자가 부동산 취득시 공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률 제27조제1항 에 따른 부동산의 실제거래가격(주택법 제80조의2 에 따른 주택거래신고의 대상인 주택의 경우에는 동법 제80조의2제1항에 따른 주택거래가액을 말하며, 이하 이 호에서 "실제거래가격"이라 한다)을 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 확인하는 방법. 다만, 실제거래가격이 전소유자의 부동산양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고시의 양도가액과 동일한 경우에 한한다.

⑫ 법 제97조제1항제1호나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. <개정 2010.2.18>

⑬ 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 때에는 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 법 제97조제1항제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다. <신설 2000.12.29>

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 및 재조사보고서(2011년 3월)에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 7,857,590,000원, 취득가액을 5,889,133,951원으로 하여, 양도소득세 총 결정 세액을 570,381,000원으로 경정한 것으로 나타난다. (나) 2001.3.6. 작성된 설계감리계약서 상 도금금액 60백만원 중 10백만원은 세금계산서 발행분으로 필요경비로 인정되었으나 나머지 50백만원은 건축사무소 소장 박재춘이 계약을 체결하여 대표 봉종현은 전혀 그 사실에 대하여 알 수 없으며 설계 감리에 대한 대가의 입출금도 확인된 사실이 없음을 인정하였다. (다) 청구인이 주장하는 사실관계를 확인하기 위하여 용인시 기흥구청 세무과에 취등록세 산정기준시 제출된 실계약서를 요청하였으나 보존기간의 경과로 파기하여 확인이 불가능하였다. (라) 청구인에게 계약 당시의 설계 및 감리 관련 도면 및 시방서 등을 요구하였으나 제출하지 아니하였다. (마) 리모델링 공사업체 유아이플랜은 2006.10.23. 개업하여 2008.4.4. 폐업한 법인으로 부가가치세 및 법인세 무실적자로 청구인은 계약서만 제출하였고, 공사대금 입출금내역 및 공사 관련 자료의 제출은 없고, 청구인과의 거래사실을 부인하였다.

(2) 청구인은 이건 과세처분은 부당하다고 주장하면서, 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) 2001.3.6. 쟁점부동산의 신축 설계감리용역을 제이원과 60백 만원에 계약하였고 2003년 증축시에 20백만원을 증액하여 추가로 계약한후 2차에 걸처 설계감리비 80백만원을 지급하였다고 주장하면서, 건축물의 설계 및 공사감리계약서(2001.3.6.), 제이원의 설계비 청구서 (2003.6.20,) 및 제이원의 사실확인서(2010.12.27.)를 제시하였고, 제이원은 사실확인서에서 2001.3.5.부터 사용승인시까지 설계 및 감리업무를 진행한 대가로 60백만원을 수령하였음을 확인하고 있는 것으로 나타난다. (나) 유아이플랜에게 지급한 리모델링공사비 410백만원을 무통장으로 입금하였으나 무통장입금증을 분실하였고, 유아이플랜이 세금이 추징되는 것을 우려하여 거래사실의 확인을 거부하고 있으나, 거래상대방의 계좌를 확인하면. 청구인의 지급내역을 확인할 수 있다고 주장하면서, 유아이플랜과 체결한 공사도급계약서(2006.8.28.)를 제시하였다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 보면 청구인은 건축설계비 60백만원을 제이원의 대표 봉종현이 설계 및 감리업무를 수행한 대가로 수령하였다고 주장하나, 당시 제이원의 실무자로 근무하면서 설계 및 감리업무를 담당한 실무자 박재춘이 사망하여 실제 설계 및 감리업무를 수행하였는지 여부가 불분명하고, 이건 거래와 관련한 세금계산서를 수취하지 아니하였으며 대금 지급 금융증빙이 없는 점 등으로 보아 제 이원의 사실확인서를 신뢰하기 어렵다고 보이고, 리모델링공사비 410백만원은 거래상대방이 거래사실을 부인하고, 시방서 등 구체적인 시공내역에 관한 자료가 없는 점, 세금계산서를 수취하지 아니하였으며 대급지급에 대한 금융증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 보아 금융증빙에 의하여 확인되는 금액에 한하여 이를 청구인의 필요경비로 인정하여 이건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.