사업용계좌 신고가 지연되었다고 다른 사업장의 세액감면을 부인한 것은 부당함

○○○세무서장이 2011.2.16. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 6,987,960원의 부과처분은 청구인의 사업장인 ○○○천막기업(사업자등록번호 107-05-○○○)에 대하여조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다

• 가. 청구인은 청구인이 운영하고 있는 ○○○천막기업(사업자등록번호 107-05-○○○, 1985.8.5. 개업, 제조업, 이하 “쟁점외사업장”이라 한다) 및 ○○○실업(사업자등록번호 107-01-○○○, 1997.4.24. 개업, 제조업, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 발생한 소득에 대하여 2009.5.31. 2008년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 과세표준을 135,367,498원으로 하고, 5,987,722원을 중소기업에 대한 특별세액감면액으로 하여 종합소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점사업장 등을 영위하는 복식부기의무자로서 쟁점사업장의 사업용계좌를 지연신고(2008.5.30. 사업용계좌 신고)하였다고 보아 쟁점사업장 및 쟁점외사업장에 대한 중소기업 특별세액감면을 배제하여 2011.2.16. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 6,987,960원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2003.6.13. 쟁점사업장에 대한 사업용계좌를 개설하여 거래하여 왔고, 2007년 사업용계좌의 개설·사용의무규정이 신설되어 금융기관이 일괄하여 신고함으로 청구인은 당연히 사업용계좌가 신고되는 것으로 알았는바, 쟁점사업장에 대한 사업용계좌를 지연신고하였다고 하여 중소기업특별세액감면을 배제한 처분은 부당하며, 설사 계좌가 사업용이 아니라하더라도 미신고된 사업장에 대하여만 중소기업특별세액감면을 배제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제160조의5 및 조세특례제한법제128조의4항에 의하면, 사업용계좌 개설의무자가 복식부기의무자로 명기되어 있어 복수사업장을 가지고 있으면 전체 사업장에 대하여 개설의무가 있어, 일부 사업장이 사업용계좌 개설의무를 이행하지 않으면 전체 사업장에 대하여 공제·감면액을 배제하므로(소득-1113, 2009.7.17.), 쟁점사업장에 대한 사업용계좌를 지연신고하였다고 보아조세특례제한법제128조 제4항에 의하여 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점사업장의 사업용계좌가 지연신고되었다 하여 쟁점사업장과 쟁점외사업장에 대한 중소기업특별세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2009.5.31. 2008년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 총수입금액을 2,157,278,889원(쟁점외사업장분 1,861,017,419원, 쟁점사업장분 296,261,470원)으로 하고 중소기업에 대한 특별세액감면액을 5,987,722원으로 하여 종합소득세를 신고하였다.

(2) 청구인은 쟁점외사업장에 대한 사업용계좌를 2008.1.8. 처분청에 신고하여 이에 대하여는 다툼이 없고, 청구인이 제시한 청구인 명의 ○○○은행 계좌 (1005-701-＊＊＊＊＊＊, 2007.2.1. 개설)에는 쟁점사업장의 상호가 기재되어 있다.

(3) 처분청 심리자료에 의하면, 청구인이 2008.5.30. 쟁점사업장의 사업용계좌로 ○○○은행계좌(169-＊＊＊＊＊＊-01-01)를 신고한 것으로 나타난다. (4)조세특례제한법제7조 제1항에 의하면, 중소기업 중 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위의조세특례제한법제7조 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 또한,소득세법제160조의5 제3항에 의하면, 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우 다음 과세기간 개시일)부터 3월 이내에 사업용계좌를 개설하고 관할 세무서장에게 신고(다만, 사업용계좌가 이미 개설·신고되어 있는 경우에는 제외)하도록 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 청구인이 2008.5.30. 쟁점사업장의 사업용계좌를 신고하여 해당 과세기간의 개시일부터 3월 이내에 사업용계좌를 신고하지 아니하였으므로 쟁점사업장에 대한 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다만, 중소기업에 대한 특별세액감면규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 한하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 하겠다(조심 2011부246, 2011.3.16. 외 다수 같은 뜻임). 따라서, 청구인의 사업장인 쟁점외사업장에 대하여조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.