지상에 건축물 및 진입도로가 확인되고, 농가주택으로 재산세가 부과되는 등 사실상 농지로 볼 수 없어 8년이상 자경농지 감면 배제는 타당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.1.3. 부(父) 임○○○로부터 ○○○리 523-3 답 612㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 같은 리 524 전 598㎡(이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①을 합한 1,210㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)를 임○○○·임○○○와 각 1/3지분으로 상속을 원인으로 취득하여 2009.4.1. 한국토지공사에 양도(수용)하고, 쟁점토지 중에서 청구인 지분에 해당하는 토지양도에 대하여 2009.4.1. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면(현금20% 및 채권 25%)를 적용하여 양도소득세를 예정·신고납부(감면세액 16,980,336원)한 후, 2010.7.27. 쟁점토지가 8년 이상 자경 농지에 해당하여 양도소득세가 100% 감면되어야 한다고 보아 15,617,440원을 환급하는 내용으로 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 2010.9.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 15,617,440원을 환급하였으나, 쟁점토지의 공동소유자인 임○○○의 주소지 관할 세무서장인 ○○○세무서장이 쟁점토지는 양도당시 농지로 볼 수 없다고 보아 임○○○의 경정청구를 거부하였고, 이에 따라 처분청도 쟁점토지가 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 부인하여 2011.4.18. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 17,357,050원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 전·답으로 평가하여 보상을 받았고, 쟁점토지상의 콘테이너 박스는 청구인도 모르게 동생이 친구에게 허락하여 설치한 것이며, 주택분 재산세도 가산금이 두려워 청구인이 우선 납부한 것이지 청구인의 요청에 의하여 부과된 것이 아니고, ○○○세무서 담당공무원은 쟁점토지가 수용된지 1년여 후에 현지확인하면서 수풀이 우거져 있다는 이유 등으로 쟁점토지를 농지가 아닌 것으로 보아 과세하였으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○○세무서장의 현지확인조사서(2010.10.4.)에는 ‘쟁점토지① 지상에는 주거용으로 추정되는 30㎡정도의 건축물 및 간이화장실이 있고, 승용차가 진입가능한 도로가 건축물과 연결되어 있으며, 쟁점토지②는 현지확인일 현재 농지로 사용한 흔적이 없고, 수풀이 우거져 있으며 주택을 멸실하고 남은 흔적만 남아 있다’고 기재되어 있는 점, 한국토지공사에서 작성한 쟁점토지의 지장물 보상내역서에 의하면, 쟁점토지① 지상에 관리사, 보관실, 컨테이너, 간이화장실 등의 지장물이 확인되나, 쟁점토지와 관련한 농작물의 손실보상은 확인되지 않는 점, ○○○시(정보통신과)에서 제공한 항공사진에 의하면, 쟁점토지 지상에 건축물 및 진입도로가 확인되고, 처분청에서 ○○○출장소 담당공무원에게 전화로 확인(2011.3.29.)한 결과에 의하면, 쟁점토지②는 농가주택으로 재산세가 부과되던 중 2006.4.17. 납세자의 신청에 의하여 건축물이 등재되어 주택에 대한 재산세가 부과된 것으로 확인되는 점 등으로 보아 처분청이 쟁점토지를 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 양도(수용)일 현재 농지가 아닌 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 감면적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2008. 2. 22. 개정)

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2009. 2. 4. 단서삭제)

⑫ 제11항을 적용하는 경우 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 때에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에만 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조 에 따라 지정된 택지개발예정지구

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조 ㆍ제7조 또는 제7조의 2에 따라 지정된 산업단지

3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역

(3) 부 칙(2009.2.4. 대통령령 제21307호) 제17조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 특례】제66조 제11항 및 제12항의 개정규정을 적용함에 있어서 2006년 2월 9일 이전에 상속받은 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 그 농지가 2008년 12월 31일까지 제66조 제12항 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정된 경우에는 대통령령 제19329호 조세특례제한법 시행령 부칙 제23조에도 불구하고 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 신고, 경정 및 재경정 내역은 아래<표>와 같다. <표> 신고, 경정, 재경정 내역 (단위: 원)

(2) 처분청 및 ○○○세무서장의 조사서는 아래와 같다. (가) 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 당초 조사서(2010년 10월)에는 ‘피상속인은 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 8년 이상 자경하였으므로 조세특례제한법 부칙(2009.2.4. 대통령령 제21307호) 제17조(피상속인의 경작기간을 상속인의 경작기간으로 봄)에 따라 쟁점토지 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 적용하여 청구인이 경정청구한 양도소득세를 환급하고자 한다’고 기재되어 있다. (나) ○○○세무서장의 조사서(2010.10.4.)에는 ‘현지확인일 현재 쟁점토지① 지상에는 주거용으로 추정되는 30㎡정도의 건축물 및 간이화장실이 있고, 승용차가 진입가능한 도로가 건축물과 연결되어 있으며, 쟁점토지②는 현지확인일 현재 농지로 사용한 흔적이 없고, 수풀이 우거져 있으며 주택을 멸실한 흔적만 남아 있고, 인근주민에게 탐문한 결과 쟁점토지 및 연접토지는 전부 주택 및 주택의 부수토지였던 것으로 확인하고 있으며, 한국토지공사에서 작성한 지장물 보상내역서에는 건축물, 컨테이너, 간이화장실 등을 보상한 것으로 나타나나 농작물 보상내역은 확인되지 않으므로 쟁점토지는 양도당시 농지가 아닌 것으로 판단된다’고 기재되어 있다. (다) 처분청의 재조사서(2010년 11월)에는 항공사진 및 한국토지공사에서 수용전에 작성한 토지이용현황조사서 등에는 ‘쟁점토지①은 지상에 주거용으로 추정되는 30㎡정도의 건축물 및 간이화장실이 있고, 승용차가 진입가능한 도로가 건축물과 연결되어 있으며, 쟁점토지②는 2007년부터 2010년까지 토지를 산정대상으로 하여 개별주택가격이 산정되었고, 피상속인의 주민등록초본상 1968.10.20. ~ 1998.1.3. 사망시까지 주소지로 등재되어 있으며, 피상속인 사망후 상속인이 양도시까지 주택분 재산세를 납부한 것으로 확인된다’고 기재되어 있다.

(3) 한국토지공사에서 작성한 쟁점토지의 지장물 보상내역서(2009.1.13.)에는 쟁점토지① 지상에 있는 관리사, 보관실, 컨테이너, 간이화장실 등의 지장물에 대하여 보상하였으나, 농작물에 대한 보상은 나타나지 않는다.

(4) ○○○시장이 제공한 2006 ~ 2008년 항공사진에는 쟁점토지 지상에 건축물 및 진입도로가 있는 것으로 나타난다.

(5) 처분청에서 ○○○출장소 담당공무원에게 전화로 확인(2011.3.29.)한 결과에 의하면, 쟁점토지②는 농가주택으로 재산세가 부과되던 중 2006.4.17. 납세자의 신청에 의하여 건축물이 등재되어 주택에 대한 재산세가 부과된 것으로 확인하고 있다.

(6) 청구인은 쟁점토지는 농지 상태에서 수용되었다고 주장하면서, 매매계약서, 수용확인원, 쟁점토지의 지목이 전·답으로 기재되어 있는 보상토지내역서 및 사진 5매를 제기하고 있다.

(7) 살피건대, 청구인은 쟁점토지는 농지 상태에서 수용되어 8년 이상 자경농지에 대한 감면이 적용되어야 한다고 주장하나, ○○○세무서장의 현지확인일(2010.10.4.) 및 처분청의 재조사일(2010년 11월) 현재 쟁점토지 지상에 건축물 및 도로가 있는 것으로 확인된 점, 한국토지공사에서 작성한 쟁점토지의 지상물 보상내역서에 건축물 등을 보상한 내역이 확인되는 점, 청구인이 쟁점토지 대한 주택분 재산세를 납부한 점, 2006 ~ 2008년 항공사진에는 쟁점토지 지상에 건축물 및 진입도로가 있는 것으로 나타나는 점 등을 종합하면, 쟁점토지는 양도당시 농지로 보기 어려운 반면, 청구인이 제시한 증빙만으로 쟁점토지가 양도당시 농지인 사실이 확인되지 않으므로 처분청이 쟁점토지 중에서 청구인 지분에 해당하는 토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다