청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 일부를 제3자에게 재위탁하고 지급한 비용의 경우 세액공제 대상에 해당하는 것임

OOO세무서장이 2011.3.30. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 OOO주식회사 등이 재위탁하고 지급한 OOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에 지급한 금액은 조세특례제한법 제10조 에서 규정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 각 사업연도에 대한 법인세 신고시 전산시스템 위탁개발비용을 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액으로 신고하여, 2008사업연도 OOO원을 연구 및 인력개발비 세액공제액으로 신청하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인통합조사시 청구법인이 세액공제 대상으로 신고한 연구 및 인력개발비 중 수탁업체가 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 처분청에 세무조사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2010.12.14. 2008사업연도 법인세 결의시 OOO원을 환급할 법인세에서 차감하여 경정하였으며, 2011.3.9. 청구법인은 처분청에 2008사업연도에 대하여 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였고, 2011.3.30. 처분청은 이를 거부통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 재위탁분 개발비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 처분은 세법상 근거가 없으므로 조세법률주의 원칙에 반하는 처분이며, 수탁자가 발주용역을 수행함에 있어 발주자가 전혀 통제할 수 없었음에도 재위탁분 개발비에 대한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임이 원리에 반하는 위헌적 처분이고, 청구법인이 수탁업체의 재위탁으로 인해 세제상 불이익을 당하는 것은 재위탁이 없는 경우 등과 비교하여 볼 때 조세형평성 측면에서 부당한 처분이다. 또한, 기술개발용역에 대한 책임과 위험의 부담 주체는 수탁업체이며, 재위탁은 개발 결과물의 완성도를 높이기 위한 수탁업체의 합리적인 선택이므로 세제측면에서 이를 규제하는 것은 정상적인 기술개발을 저해하여 연구 및 인력개발비 세액공제 제도의 취지를 침훼할 소지가 있으므로 수탁회사가 재위탁한 부분에 대하여 세액공제를 부인하고 법인세 및 가산세를 부과함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세․감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것이며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합되는 것이고, 청구법인이 수탁자와 체결한 계약서에 청구법인이 수탁의 재위탁 여부에 관여하고 있다는 사실을 확인할 수 있는 바, 자기책임의 원칙에 원칙에 반하는 위헌적인 처분이라는 청구인의 주장은 이유가 없는 등 청구법인이 수탁자에 위탁한 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용이 아니므로 연구 및 인력개발비 세액공제시 제3자에게 위탁한 비용을 제외하고 세액공제를 재계산하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 재위탁하고 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구‧인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 별표6 [연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)] 구 분 비 용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉯ 국‧공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉵ 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발업을 영위하는 기업 ㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험‧검사 및 분석업을 영위하는 기업 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 [연구 및 인력개발비의 범위] ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO지방국세청이 청구법인의 연구 및 인력개발비 재위탁 여부에 대하여 조사한 결과, 수탁업체가 재위탁한 것으로 확인된 금액은 <표1>과 같다. <표1> 연구 및 인력개발비 지출액 재위탁분 확인내역

(2) 청구법인의조세특례제한법제10조에 의한 세액공제 신청 및 처분청의 경정내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 신청 및 경정내역

(3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 2004.1.1.～2008.12.31. 기간 동안 연구 및 인력개발비로 지출한 금액 중 수탁자가 재위탁한 위탁개발비 내역 및 재수탁자별 내역은 붙임 1,2와 같다. (4) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서는 세액공제 대상이 되는 비용을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 조세특례제한법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 않은 점, 조세특례제한법 시행령 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 해당 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 것에 그 취지가 있으므로 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에서 연구개발용역을 수행한 이상 위탁, 재위탁 여부에 따라 차별하지 않는 것이 합리적인 점, 청구법인으로부터 전산시스템 개발을 위탁받은 주식회사 OOO 등이 동 용역의 일부를 제3자에게 재위탁할 것인지에 대하여 청구법인이 관여하기 어렵다고 보이는 점, 금융기관의 전산시스템 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 이용하여야 할 필요성이 있는 점 등으로 볼 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 및 별표6 제1호 나목에서 위탁 및 공동기술개발의 경우 연구기관 및 전담부서에서 수행하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로 재수탁자의 경우에도 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 해당되어야 하는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행하고 있는 점, 국세청에서는 “전담부서를 보유한 기업”에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 다수 해석하였고(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참고), 처분청도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여도 과세하지 아니한 점, 기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없고, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 재위탁하고 지급한 연구개발비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 지급한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, OOO주식회사 등이 재위탁하고 지급한 연구개발용역비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 업체에 지급한 비용의 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8.합동회의 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.