청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함
청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함
OOO세무서장이 2011.3.7. 청구법인에게 한 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 동 사업연도에 청구법인이 전산시스템 개발용역을 위탁한 주식회사 OOO가 재위탁하여 지출한 비용(OOO원) 중 연구개발전담부서 또는 기업부설연구소가 있는 업체에게 지급한 금액(OOO원)에 대하여는조세특례제한법제10조의 ‘연구․개발인력비에 대한 세액공제’를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 청구외법인이 그 용역의 일부를 제3자에게 재위탁하여 지출한 쟁점금액에 대하여도 쟁점세액공제를 적용하여야 한다. (가) 처분청은 기획재정부 예규(조세특례제도과-844, 2009.9.25.) 등에 근거하여 연구개발용역의 수탁자가 재위탁한 쟁점금액에 대하여 쟁점세액공제를 배제하였으나, 동 세액공제를 규정하고 있는조세특례제한법제10조 등의 관련법령에는 ‘국내외 연구기관 또는 전담부서에 위탁한 연구개발용역비’에 대하여 쟁점세액공제를 적용하도록 규정하고 있을 뿐, 동 용역의 수탁자가 그 일부를 제3자에게 재위탁할 경우 공제대상에서 제외한다는 명문규정이 없음에도 이를 배제하는 것은 법적근거가 없는 것이며, 법문언에 따라 엄격하게 해석하여야 하는 조세법의 원칙에 비추어 위법․부당하다. (나) 연구․인력개발비 세액공제제도를 두는 취지는 연구 및 인력개발을 촉진하여 기업이 기술을 축적하고 우수한 인력을 확보하는 것을 용이하게 하여 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위함이며, 수탁자가 제3자에게 재위탁한 연구․인력개발비라 하더라도 그 결과가 위탁한 용역의 생산물에 포함되어 있다면 쟁점세액공제를 적용하는 것이 입법취지에 부합된다. (다) 조세특례제한법 시행령제8조 제2항 제7호에 위탁받아 수행하는 연구활동에 따라 지출한 비용은 조세혜택이 주어지는 연구․인력개발비로 보지 아니하도록 규정되어 있으므로 연구개발용역의 수탁자는 조세지원의 혜택을 받을 수 없는 바, 그렇다면 본 건과 같이 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 그 위탁자(청구법인)도 쟁점세액공제를 적용받을 수 없다면 이미 지출한 연구․인력개발비에 대하여 위탁자와 수탁자 그 누구도 혜택을 받지 못하는 사각지대가 발생하여 불합리하고, 따라서 연구개발을 활성화하기 위하여 동 비용에 조세지원을 하려는 입법취지를 달성할 수가 없게 된다. (라) 오늘날 기술이 고도화됨에 따라 그 연구개발활동이 세분화될 수밖에 없어서, 연구개발을 의뢰받은 수탁자가 그 결과물의 생성에 필요한 모든 기술을 보유하는 것이 현실적으로 불가능할 뿐만 아니라 바람직하지도 아니하며, 보다 수준높은 연구를 하기 위해서는 가능한 최고의 기술을 모아 융합할 필요가 있고, 이는 국가 전체적으로 기술발달을 촉진하므로 연구개발용역의 수탁자가 보다 나은 기술을 보유한 기업(재수탁자)으로부터 조력을 받는 것은 불가피한 현실이다. 따라서, 연구개발용역의 수탁자가 제3자에게 재위탁하여 지출한 연구개발비에 대하여 쟁점세액공제를 배제한 것은 기술발달의 추세와 현실적 운용을 간과한 것이라 불합리하다. (마) 또한, 재위탁한 연구개발용역비에 대하여 조세감면혜택을 배제한다면 기업의 고용형태에 따라 조세감면혜택 여부가 달라지는 불합리한 점이 발생하는바, 위탁자의 경우 연구개발용역의 수탁자가 관련된 인력 모두를 고용하거나 모든 기술을 보유한 상태에서 연구개발 활동을 하는 때에는 쟁점세액공제를 받을 수 있는 반면, 수탁자가 인력 또는 기술의 부족 등으로 인하여 일부의 용역을 제3자에게 재위탁한 때에는 쟁점세액공제를 받을 수 없게 되어, 동일한 연구개발결과물에 대하여 인력의 고용형태에 따라 다르게 취급하는 결과가 초래되어 조세의 시장중립성이 저해되는 등 불합리할 뿐만 아니라, 나아가 대기업과 중소기업 간의 양극화 현상 및 형평성의 저해 문제가 야기된다. (바) 위와 같이 청구법인은 청구외법인이 직접 연구개발용역을 수행할 것을 믿고 개발용역을 위탁하였을 뿐이며, 재위탁은 청구법인이 알지도 못하는 사이에 청구외법인과 제3자 간에 이루어진 것인 바,조세특례제한법제10조 등의 관련법령에 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 재위탁할 경우 쟁점세액공제대상에서 배제한다는 명문규정이 없고, 입법취지나 조세 형평성을 고려하여도 마찬가지이며, 기술발달 추세 및 실제 운영현황에 따라 재위탁이 불가피한 점을 감안할 때, 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 청구외법인이 재위탁하여 지출한 쟁점금액에 대하여도 쟁점세액공제를 적용하여야 한다.
(2) 설령, 기획재정부 예규에 의한 본 건 처분이 타당하다 하더라도 재위탁에 관하여 청구법인이 알지도 못하고 관여할 수가 없음에도 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다. 청구법인은 청구외법인에게 연구개발용역을 의뢰하였을 뿐 이 건 과세 전까지도 청구외법인이 제3자에게 동 용역을 재위탁하였는지 여부를 알지 못하였는바, 이 건 처분의 계기가 연구개발용역의 수탁자가 용역을 제3자에게 재위탁한 데 있고, 청구법인이 이에 대하여 관여한 사실이 전혀 없음에도 책임을 물어서 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 헌법상의 자기책임의 원칙에 반하는 것으로 위법․부당하다.
(1) 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 재위탁하는 경우에는 쟁점세액공제의 적용대상이 아니다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 쟁점세액공제의 대상을 ‘연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용’으로 규정하고 있고, 별표6에서는 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 규정하고 있는바, 쟁점세액공제와 같이 조세정책적으로 납세자에게 혜택을 주는 제도는 엄격하게 해석하여야 하므로 위 규정을 문언 그대로 해석하여 위탁이 아니라 재위탁을 하였을 경우에는 세액공제를 받을 수 없다 할 것이다(조세특례제도과-844, 2009.9.25. 같은 뜻임). (나) 위탁하여 지출하는 연구개발비가 쟁점세액공제의 대상이 되기 위해서는 수탁자에게 전담부서가 있어야 하고, 그 곳에서 연구활동이 이루어져야 하는바, 수탁자가 재위탁을 하였다고 하는 것은 결국 수탁자의 전담부서 내에 연구원 및 연구기술이 없어 위탁받은 연구활동을 하지 아니하였다는 결과가 되는 것이다.
(2) 청구법인은 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 제3자에게 재위탁을 하였는지 여부에 관하여 알지도 못하고 관여할 수도 없음에도 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 통상 전산시스템 개발은 철저한 보안이 요구되어 연구에 참여하는 인력 등에 대하여 위탁자가 철저히 통제하고 관리하는 것이 일반적이며, 청구법인은 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도 법인세 신고 전에 쟁점세액공제공제와 관련하여 OOO법인이 적정 여부를 검토하게 하였으며, 그 결과인 2009.6.19.자 보고서에 의하면 연구개발용역 수탁자의 하도급비용에 대한 세액공제 여부에 대하여 검토한 사실이 확인되는 점 등으로 보아, 이 건이 과세될 때까지 재위탁 여부를 알지 못하였다는 주장은 사실과 다른 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
① 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 그에 따라 지출한 금액을 ‘연구 및 인력개발비 세액공제’의 대상에서 제외하여야 하는지 여부
② 연구개발용역의 수탁자가 이를 제3자에게 재위탁한 것에 대하여 청구법인에게 아무런 책임 또는 잘못이 없음에도 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다는 주장의 당부
① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
(1) 심리자료에 의하면, 청구법인이 OOOOOOO(OOO) OOOOO OOOOOOOOOOO OOOOOOO 등의 구축과 관련하여 연구개발전담부서를 보유한 청구외법인과 2008.7.1. 기술개발용역 위탁계약을 체결하고 2008.4.1.～2009.3.31.사업연도에OOO원을 지급하였으며, 청구외법인은 동 용역 중 일부를 제3자(주식회사 OOO 등 29개 업체)에게 재위탁하면서 OOO원(공급대가)을 지급하였는데, 그 중 OOO원은 연구개발전담부서가 있는 업체에게, 나머지 OOO원은 전담부서가 없는 업체에게 지급한 금액임이 나타난다. (2) 청구법인(갑)이 2008.7.1. 청구외법인(을)과 체결한 시스템구축계약서의 주요 내용은 다음과 같다.
(3) 청구법인으로부터 의뢰받은 OOO회계법인이 2009.6.19. 작성한 ‘2008사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제 및 생산성향상 시설투자 등에 대한 세액공제의 검토’ 중 주요 내용은 다음과 같다. (가) 금융업법인의 전산시스템 구축비용 세액공제 대상여부 금융보험업을 영위하는 법인의 전산시스템 구축비용을 세액공제대상비용으로 볼 것인가에 대하여 서면2팀-232, 2005.2.1.에서는 금융보험업 법인이 연구개발전담부서를 보유한 기업에게 시스템개발을 위탁함에 따라 발생하는 비용은 세액공제 대상비용에 해당한다고 해석하고 있습니다. (이하 생략) (나) 기술개발용역 수탁법인의 하도급 비용 연구개발용역을 위탁하는 경우 대상개발업체가 위탁받은 용역 중 일부를 연구개발전담부서가 없는 업체에 하도급을 주는 경우가 있습니다. 법령에서는 위탁 및 공동기술개발 비용 중 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 한다고 규정되어 있을 뿐이며 해당 용역을 연구전담부서가 없는 업체에 하도급을 주는 경우에 대해서는 언급하고 있지 아니합니다. 문리적으로만 해석하면 대상개발업체에게 개발용역을 위탁하기만 하면 될 뿐 동 업체가 하도급을 주었는지 여부에 따라 세액공제액이 달라지지는 아니할 것으로 보입니다. 본 보고서에서는 연구개발용역의 위탁시 하도급 여부를 고려하지 아니하고, 전체 위탁개발비용을 대상으로 연구 및 인력개발비 세액공제액을 계산하였습니다.
(4) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 쟁점세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 동 별표6에서는 자체기술개발 뿐만 아니라 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등이 포함되는 것으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면은 정책상 특혜를 주는 것이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하는바, 이를 문언대로 해석하여 전담부서 등이 있는 업체에게 위탁한 연구개발용역 중 수탁자가 용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 다시 재위탁함에 따라 지급하는 금액은 쟁점세액공제를 적용받을 수 없다는 의견을 제시하고 있다. (다) 살피건대, 조세특례제한법제10조 등의 관련법령에서 연구개발용역의 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 다시 재위탁할 경우 해당 비용을 쟁점세액공제의 적용대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 수탁자인 청구외법인이 용역의 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 사실상 어려운 점, 같은 법 시행령 제8조 제2항 제7호에서 위탁받아 수행하는 연구활동은 별표6의 비용에서 제외하도록 규정하고 있으므로 본 건과 같이 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 재위탁한 경우 위탁자(청구법인)가 쟁점세액공제를 받을 수 없다면 위탁자 및 수탁자 모두 이미 지출한 비용에 대하여 관련 조세감면 규정을 적용받을 수 없어 불합리한 점, 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 정한 것은 당해 기관의 기술력 및 전문성 등을 담보하기 위한 취지인 것으로 보이므로 동 기관에서 연구개발용역을 수행한 경우에는 위탁 또는 재위탁 여부에 따라 차별하지 아니하는 것이 합리적인 점 등을 감안할 때, 재위탁한 연구개발비(OOO원) 중 별표6의 규정에서 정한 전담부서 등을 보유한 업체에게 지급한 비용(OOO원)은 쟁점세액공제의 적용대상으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 같은 뜻임).
(5) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 수탁자가 행한 재위탁에 관하여 알지도 못하고 관여할 수가 없었음에도 본 건 처분시 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다. (나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등의 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이며, 납부불성실가산세의 부과에는 위의 목적 외에 신고기한까지 납부하지 아니한 금액의 경우 이자 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수하여 보전하기 위한 목적도 포함되어 있으므로 청구법인이 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2007중5316, 2008.5.29. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.