청구인이 쟁점거래처로부터 매입한 사실을 객관적으로 입증하지 못한 경우 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 않는 것은 타당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○상회라는 상호로 고철 도매업을 영위하는 사업자로서 2008.1.31. 주식회사 ○○○산업[이하 “○○○산업”이라 한다, ○○○산업은 주식회사 ○○○건설(이하 “○○○건설”이라 한다)과 ○○○건설 본사 사옥(○○○센터빌딩)의 대수선공사(이하 “○○○수선공사”라 한다)를 위한 철거공사(이하 “쟁점철거공사”라 한다)를 체결한 법인임]과 쟁점철거공사에서 발생하는 폐자재 일체를 매입하기로 약정하고 ○○○산업으로부터 공급가액 550,000,000원의 매입세금계산서를 받아 2008년 제1기 부가가치세 신고시 55,000,000원의 매입세액을 공제받았다.
• 나. 처분청은 청구인이 ○○○산업으로부터 받은 세금계산서의 공급가액 550,000,000원 중 181,818,182원은 주식회사 ○○○기업(이하 “○○○기업”이라 한다)에 대한 거래금액으로 보고 이 부분은 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대한 매입세액 18,181,818원을 불공제하고 2010.9.15. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 27,656,360원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.2. 이의신청을 거쳐 2011.4.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 ○○○산업과 쟁점철거공사에서 발생하는 폐자재 일체를 매입하는 계약을 체결하였고, 이후 쟁점철거공사를 ○○○산업과 ○○○기업이 공동으로 수행하게 되어 폐자재 매입과 관련하여 쟁점철거공사구간의 면적비율에 따라 2008.1.30.부터 2008.3.12.까지 ○○○산업에 7억원, ○○○기업에 4억원을 선지급하였으며, ○○○산업의 쟁점철거공사에서 발생한 폐자재 매입에 대해 ○○○산업으로부터 2008.2.1. 및 2008.6.30. 각각 공급가액 275,000,000원(총 5억5,000만원)의 세금계산서를 발급받았다. 2008년 6월 이후 ○○○수선공사의 설계 변경으로 인해 쟁점철거공사 범위가 축소되고 이에 따라 폐자재를 매입할 수 없게 되어 선급금 중 공사가 진행되지 아니한 부분에 대한 대금(5억5,000만원)을 ○○○산업, ○○○기업으로부터 각각 3억5,000만원, 2억원씩 수령하였다. 처분청은 청구인이 ○○○기업에 선지급한 금액이 4억원이나 2억원만을 반환받은 것을 근거로 청구인이 ○○○기업으로부터 일부 폐자재를 매입하였음에도 폐자재 전부를 ○○○산업으로부터 매입한 것으로 부가가치세를 신고하였다고 하여 이에 대한 매입세액을 불공제하였으나 청구인이 ○○○산업, ○○○기업으로부터 각각 3억5,000만원, 2억원을 수령한 것은 ○○○산업과 ○○○기업간의 금액 배분문제일 뿐 ○○○기업으로부터 폐자재를 매입한 사실이 없고, 모든 폐자재는 ○○○산업으로부터 매입하였으며, 이에 근거하여 ○○○산업으로부터 세금계산서를 발급받았으므로 이를 사실과 다르다 하여 매입세액을 불공제한 당초 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 ○○○산업·○○○기업과 작성한 합의서, 청구인이 ○○○산업·○○○기업에게 반환받을 대금을 청구하는 소장, 실제 ○○○산업·○○○기업에 입금하고 반환받은 대금 등으로 판단할 때 청구인은 2008년 제1기에 ○○○산업, ○○○기업으로부터 각각 3억5,000만원, 2억원의 폐자재를 매입하였으나 ○○○산업으로부터 5억5,000만원의 매입세금계산서를 수취하고 동 금액을 매입세액공제 받았으므로 이는부가가치세법제17조 제2항에 따른 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액이라 할 것이므로 ○○○기업으로부터 매입한 폐자재 2억원에 대해 매입세액불공제하고 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 세금계산서에 기재된 매입세액 중 일부분이 공급자가 사실과 다르다 하여 이를 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 청구인과 ○○○산업이 2008.1.31. 작성한 폐자재 도급(고재환수) 약정서의 주요 내용은 아래와 같다.

○○○ (나) 청구인은 본인과 ○○○산업이 폐자재 매입과 관련한 약정서를 작성할 당시에는 ○○○산업이 쟁점철거공사를 단독으로 수행하기로 하였으나 이후 ○○○건설이 구두지시를 통해 동 공사에 ○○○기업을 추가하여 ○○○산업과 ○○○기업이 공동으로 쟁점철거공사를 수행하게 되었다고 주장하고 있다.

○○○ (다) 변경된 약정에 따라 청구인이 ○○○산업, ○○○기업에게 각각 7억원, 4억원을 선급하였다고 주장하면서 제출한 청구인 명의의 ○○○은행 통장(계좌번호 389-0015××-××-×××, 이하 “쟁점통장”이라 한다) 거래내역 및 입금표(2008.3.12.)의 내용은 아래와 같다.

○○○ (라) 청구인이 ○○○산업으로부터 발급받은 세금계산서의 내역은 아래와 같으며, 쟁점통장 거래내역에서 청구인은 2008.4.25., 2008.7.25. ○○○산업에게 각각 부가가치세 27,500,000원을 송금한 것으로 나타난다.

○○○ (마) 청구인과 ○○○산업·○○○기업간의 2008.12.10. 합의서(청구인은 ○○○건설이 중재하였다고 주장함)에 따르면, ○○○수선공사의 설계 변경으로 청구인의 폐자재 매입물량이 축소되었고, 이에 청구인은 2008.10.26 이후 잔여공사를 포기하였으며, ○○○산업 및 ○○○기업은 청구인으로부터 수령한 선급금 중 청구인이 포기한 공사부분에 해당하는 5억5,000만원에서 인건비 등을 차감한 금액을 청구인에게 2009.1.30.까지 지급하기로 한다고 기재되어 있다. (바) 청구인이 2009.2.18. ○○○지방법원에 제기한 합의금 청구의 소의 소장에 따르면, ○○○산업·○○○기업은 2008.12.10. 합의서에 따라 청구인에게 합의금 5억5,000만원에서 인건비 등의 비용을 차감한 금액을 2009.1.30.까지 지급하여야 하나 이를 이행하지 않았으며, 이에 청구인은 ○○○산업·○○○기업이 5억5,000만원에서 비용 92,297,750원을 차감한 457,702,250원과 그에 따른 이자를 청구인에게 지급하라는 판결을 구한다는 내용이 기재되어 있다. (사) 청구인이 위 (바)의 소를 제기한 이후 작성된 청구인과 ○○○산업간의 합의서(2009.3.16.)에서 합의금 5억5,000만원 중 ○○○산업은 3억5,000만원에서 인건비, 자재비 등 비용 62,856,250원을 제외한 287,143,750원을 청구인에게 지급한다고 기재되어 있으며, ○○○지방법원 2009가합3549 판결서(2009.7.29.)에는 ○○○기업은 합의금 2억원에서 ○○○기업이 직불한 청구인의 비용 21,085,000원을 차감한 178,915,000원과 그 이자를 청구인에게 지급하라고 기재되어 있다. 쟁점통장 거래내역에는 위의 합의서에 따라 청구인이 ○○○산업으로부터 회수하였다고 주장하는 금액 287,143,750원이 2009.3.17. 입금된 것으로 나타난다. (아) 쟁점철거공사 당시 ○○○산업의 공무차장이었던 박○○○의 2010.7.16. 확인서에 따르면, 청구인은 2008년 2월부터 2008년 6월까지 ○○○산업의 쟁점철거공사 작업장에서 지하1층, 지상3층 및 지상5층부터 지상12층까지의 철재철거공사를 수행하였음을 확인한다고 기재되어 있다. (자) 쟁점철거공사 당시 청구인의 폐자재 환수와 관련하여 현장소장으로 근무하였던 신○○○은 2011.7.6. 확인서에서 2008.2.25.부터 2008.11.21.까지 쟁점철거공사에서 발생한 폐자재 환수 업무를 수행하였고, 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 반출된 폐자재는 모두 ○○○산업의 공사구간에서 발생한 것임을 확인한다고 기재되어 있다. (차) 청구인·○○○기업과 ○○○산업·○○○기업간 체결한 고철매매계약서(2008.6.9.)에서 청구인·○○○기업은 쟁점철거공사에서 발생하는 ○○○센터빌딩 지하2층의 고자재 및 비철을 840,000,000원에 ○○○산업·○○○기업으로부터 매입한다고 기재되어 있으며, 청구인은 이후 동 계약이 파기되어 청구인은 계약당사자에서 제외되었고, ○○○기업 단독으로 ○○○센터빌딩 지하2층의 폐자재를 매입하기로 하였다고 주장하고 있다.

(2) 처분청의 부가가치세 경정결의서 등에 따르면, 청구인은 쟁점철거공사 폐자재 매입과 관련하여 2008년 1월부터 2008년 3월까지 ○○○산업, ○○○기업에게 선급금으로 각각 7억원, 4억원을 지급하였고, 폐자재 매입에 대해 2008.4.25., 2008.7.25. ○○○산업으로부터 각각 공급가액 275,000,000원의 세금계산서(총 550,000,000원)를 발급받았으며, ○○○수선공사 및 쟁점철거공사의 범위가 축소되어 진행되지 아니한 잔여공사 부분에 대해 ○○○산업으로부터 3억5,000만원, ○○○기업으로부터는 2억원을 회수하였는 바, 처분청은 이러한 사실을 근거로 청구인이 ○○○기업으로부터 일부 폐자재를 매입하였음에도 폐자재 전부를 ○○○산업으로부터 매입한 것으로 2008년 제1기 부가가치세를 신고하였다 하여 ○○○산업으로부터 받은 세금계산서의 공급가액 550,000,000원 중 181,818,182원은 ○○○기업에 대한 거래금액으로 보아 이에 대한 매입세액 18,181,818원을 불공제한 것으로 나타난다.

(3) ○○○지방국세청장이 ○○○기업에 대한 법인세 통합조사과정에서 수령한 ○○○기업의 대표자 김○○○ 및 회장 김○○○이 2009.8.3. 작성한 확인서 및 ○○○산업의 대표자 김○○○의 확인서(2009.7.31.)에 따르면, ○○○산업과 ○○○기업은 2008년 2월 공동으로 ○○○건설과 쟁점철거공사의 계약을 체결하고 공사를 진행하면서 2008년초 ○○○기업 윤○○○, 청구인에게 철거현장에서 생산되는 고철 등을 1,050,000,000원에 매매하기로 하고 매매대금 전액을 수령하였으며, 이후 ○○○수선공사의 규모가 축소되어 선수금 중 5억5,000만원을 반환하였는 바, ○○○산업과 ○○○기업의 실제 고철 등 매매금액은 5억원이고, 매매계약일은 2008.6.9.이며, ○○○산업과 ○○○기업의 매출에 대한 지분비율은 6: 4로 각각 3억원, 2억원을 매출누락하였다고 기재되어 있다. 청구인이 ○○○기업과 공동으로 ○○○산업 및 ○○○기업과 매매계약을 통해 진행하기로 한 ○○○센터빌딩 지하2층의 폐자재 매입 계약은 폐기되어 ○○○기업이 단독으로 진행하였고, 이와 별도로 청구인은 단독으로 ○○○산업·○○○기업과 지하1층부터 지상25층(옥상포함)까지의 폐자재 매입 계약을 체결하고 이와 관련된 공사를 진행하였으며, 청구인의 고철 매입에 대한 ○○○산업과 ○○○기업의 매출비율은 7억원: 4억원임에도 ○○○산업과 ○○○기업의 대표자가 진술한 확인서에는 동 비율이 6: 4라고 진술되어 있고, ○○○산업과 ○○○기업이 매출누락액 관련 매매계약일이 2008.6.9.이라고 기재되어 있으나 동 계약일은 청구인이 제외되고 ○○○기업이 단독으로 진행한 지하2층의 폐자재 매입 관련 계약일인 점 등을 감안할 때 ○○○산업과 ○○○기업의 대표자가 진술한 확인서는 신뢰할 수 없다고 주장하고 있다.

(4) 살피건대, 청구인은 ○○○산업으로부터 폐자재를 매입하고, 동 법인으로부터 매입세금계산서를 수취하였으며, ○○○기업에서 폐자재를 매입한 사실이 없음에도 ○○○기업에 4억원을 선지급하고 2억원만 반환받은 사실을 근거로 청구인이 ○○○기업으로부터 일부 폐자재를 매입한 것으로 보아 ○○○산업으로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다르다 하여 매입세액불공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인이 쟁점철거공사에서 발생하는 폐자재 매입과 관련하여 ○○○산업과 ○○○기업에 각각 7억원, 4억원을 선지급하였으나 5억5,000만원의 폐자재만을 매입한 후 ○○○산업과 ○○○기업으로부터 각각 3억5,000만원, 2억원을 반환받았는 바 이는 ○○○기업으로부터 2억원에 상당하는 폐자재를 매입한 것으로 보는 것이 타당하고, ○○○기업의 대표자 김○○○·회장 김○○○ 및 ○○○산업의 대표자 김○○○의 확인서에서 ○○○기업이 2억원의 매출을 누락하였다고 진술하고 있으며, 청구인이 ○○○산업으로부터만 폐자재를 매입하였다는 주장을 입증할 자료가 박○○○·신○○○의 확인서 외에는 존재하지 않고, ○○○센터빌딩 지하2층의 폐자재 매입에 대해 청구인과 ○○○기업이 공동으로 ○○○산업·○○○기업과 체결한 계약이 파기되어 ○○○기업이 단독으로 폐자재를 매입하였다고 하나 이를 입증할 자료가 제시되지 않고 있는 점 등을 감안할 때 ○○○산업으로부터만 폐자재를 매입하였으므로 동 법인으로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다르다 하여 매입세액을 불공제한 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.