장기임대주택인 쟁점주택의 소유자와 그 부수토지인 쟁점토지의 소유자가 다르다 하더라도 쟁점주택의 양도차익은 물론 부수토지인 쟁점토지의 양도차익에 대하여도 조특법 제97조의 양도소득세 감면을 동일하게 적용하여야 함.
장기임대주택인 쟁점주택의 소유자와 그 부수토지인 쟁점토지의 소유자가 다르다 하더라도 쟁점주택의 양도차익은 물론 부수토지인 쟁점토지의 양도차익에 대하여도 조특법 제97조의 양도소득세 감면을 동일하게 적용하여야 함.
○○○세무서장이 2011.4.21. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 119,488,340원의 경정 거부처분은 이를 취소한다.
○ 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】
① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 해당 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 해당 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 40(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】
① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.
② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령 제150조 의 2 제6항 및 제7항을 준용한다.
③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 1.임대주택법제6조의 규정에 의한 임대사업자등록증
3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본
5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것
4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것
5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것
(1) 청구인은 1983.5.31. 쟁점토지(248.2㎡)를 취득하였고, 이○○○이 쟁점토지상에 연면적 546.79㎡의 다세대주택 8세대를 신축하기 위하여 1996.7.2. 건축허가를 받아 1997.5.20. 사용승인을 받고 1997.6.23. 쟁점주택에 대하여 소유권보존등기를 한 것으로 부동산등기부와 건축물대장에서 나타난다.
(2) 청구인과 이○○○은 2009.11.13. 김○○○와 쟁점토지 및 쟁점주택 중 1세대 주택(401호)과 그 토지지분에 대하여 매매가액을 292백만원으로 하여 매매계약을 체결하였고, 같은 날 김○○○과 나머지 주택 7세대와 그 부수토지에 대하여 매매가액을 1,898백만원으로 하여 매매계약을 체결하였으며, 당해 매매계약서상 잔금지급일인 2009.12.9. 매수인의 명의로 소유권 이전등기를 한 것으로 매매계약서 등에 나타난다.
(3) 이○○○은 쟁점주택을 양도한 후 양도소득과세표준예정신고를 하면서 양도당시 김○○○외 7인에게 쟁점주택을 임대하고 있다는 임대현황을 제시하면서 조특법 제97조의 규정에 의하여 양도소득세 전액 감면대상으로 신고하였고, 처분청은 이○○○이 신고한 양도소득세 감면여부를 검토하여 신고내용을 시인하였다.
(4) 한편, 청구인은 2010.2.2. 이 건 양도소득세를 신고납부하였다가, 2011.4.18. 처분청에 경정청구를 하여 쟁점토지에 대하여도 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하였고, 처분청은 2011.4.21. 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면규정은 장기임대주택과 그 부수토지의 소유자가 다른 경우 부수토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 적용되지 아니한다는 내용으로 동 경정청구를 거부하는 내용의 통보(재산세과-2612)를 한 사실이 확인된다.
(5) 이에 대하여 청구인은 장기임대주택의 부수토지에 대하여 건물과 토지의 소유자와 다르다 하여 토지소유자가 양도한 주택의 부수토지를 양도소득세 감면대상에서 배제하는 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 조특법 제97조 제1항에서는 이 건 다세대주택과 같이 1986. 1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택으로서 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함하여 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하고, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택으로서 2009.12.31.까지 양도분에 대하여는 100분의 100에 상당하는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우, 청구인은 1983.5.31. 쟁점토지를 취득하였고, 이○○○이 1997.6.23. 그 지상에 쟁점주택을 신축한 후 이를 장기임대하다가 청구인과 이○○○은 2009.11.13. 쟁점토지와 주택을 김○○○외 1인에게 함께 양도하였는바, 조특법 제97조에서 장기임대주택의 양도에 대하여 양도소득세를 감면하는 취지가 주택의 장기임대를 활성화하여 영세서민의 주거안정을 지원하는 것을 목적으로 하고 있는 점, 쟁점토지는 장기임대주택의 부수토지로서 동 부수토지가 건물연면적의 2배 이내에 해당하는 점, 쟁점주택이 장기임대주택으로서 양도소득세 감면대상에 해당된다는 점에 대하여는 처분청이 사실조사를 통하여 이를 인정한 사실이 있는 점 등을 감안하면, 비록 장기임대주택인 쟁점주택의 소유자와 그 부수토지인 쟁점토지의 소유자가 다르다 하더라도 쟁점주택의 양도차익은 물론 부수토지인 쟁점토지의 양도차익에 대하여도 조특법 제97조의 양도소득세 감면을 동일하게 적용하는 것이 타당하다고 판단된다(국심2007서83, 2007.5.22. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 쟁점토지와 쟁점주택의 소유자가 다르다는 이유로 쟁점토지가 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 위 관련법령의 취지를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.