양수법인이 사업시행자로 지정되기 이전에 양도한 부동산은 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OO동 85 토지 112.4㎡와 건물 435.689㎡, 같은 동 89 토지 241.3㎡와 건물 270㎡, 같은 동 95-3 토지 188.4㎡와 건물 313.38㎡의 9분의 3(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 상속을 원인으로 2005.7.31. 취득하여 2008.8.6. OOO주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 4,000,000,000원에 양도한후 2008.10.30. 자진납부할 세액을 851,172,920원으로 하여 양도소득세 예정신고·납부를 하였다.
• 나. 그 후 청구인은 양수법인이 2009.5.22.도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다)에 의한 사업시행자로 지정·인가받았으므로 쟁점부동산의 양도가조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제77조 제1항 제2호의 규정에 따라 양도소득세 감면적용대상에 해당한다 하여 2010.11.30. 양도소득세 산출세액의 10%인 85,117,290원을 감면하여 달라는 경정청구서를 처분청에 제출하였다.
• 다. 처분청은 2011.1.23. 양수법인이 조특법 제77조의 공익사업시행자에 해당되지 않는다 하여 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산은 2009.5.22. 도정법 제28조에 의하여 도시환경정비사업 시행인가가 되었고, 양수법인은 사업시행자로 지정되었는바, 정비사업의 시행을 위해서는 사업시행인가 전 단계에서도 사업시행계획서 작성이나 토지소유권의 취득 등이 요구될 뿐만 아니라 건축물에 대한 건축심의위원회의 심의 등을 거칠 것이 요구되는데, 양수법인도 OO구청장으로부터 사업지구내 문화재보존조치, OO시 교통영향심의위원회로부터 교통영향평가를 통보받는 등 관할관청으로부터 사업시행자로 취급받았을 뿐만 아니라 그 후 실제로 사업시행인가를 받았으며, 사업시행인가 전에 사업시행에 협조하여 부동산을 양도한 청구인이 사업시행인가 후에 양도한 자보다 더 불리해지게 조특법 제77조의 적용을 배제할 합리적인 이유가 없고, 조특법 제77조 제2항이 2010.12.27. 개정되면서 공익사업 시행자로 지정되기 전의 사업시행자에게 양도하는 경우에도 양도일로부터 5년 이내에 양수법인이 사업시행자로 지정받은 경우 감면을 적용받을 수 있는 것으로 개정된 점 등으로 보아 경정청구 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2008.8.6. 쟁점부동산을 양수법인에게 양도하고 2009.5.22. 쟁점부동산이 속한 지역이 도정법에 의하여 “청진구역 제12~16지구 도시환경정비사업시행인가”를 받고 같은 날 양수법인이 사업시행자로 지정되었는바, 조특법 제77조의 규정에 따른 양도소득세 감면은 부동산 양수자가 도정법상 사업시행자로 재정된 후에 거래한 부동산에 대하여 적용되는 것이며, 부동산 거래일 이후에 양수법인이 사업시행자로 지정되었다는 것만으로 소급하여 감면받을 수 없는 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행자로 지정·고시되기 전에 양도된 쟁점부동산이 조세특례제한법 제77조 규정에 의한 양도소득세 감면대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31., 법률 제8827호로 개정된 것) 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

(2) 조세특례제한법(2010.12.27., 법률 제10406호로 개정된 것) 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 보금자리주택 건설 등에 관한 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

2. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2010.12.27., 법률 제10406호로 개정된 것) 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2011년 1월 1일부터 시행한다.(이하생략) 제25조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】 제77조 제2항, 제3항, 제5항 및 제9항(“제1항 및 제2항”의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. (4) 도시 및 주거환경정비법 제2조 【용어의 정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “정비구역”이라 함은 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제4조의 규정에 의하여 지정‧고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만, 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축 사업을 포함한다.

• 라. 도시환경정비사업: 상업지역‧공업지역 등으로서 토지의 효율적 이용과 도심 또는 부도심 등 도시기능의 회복이나 상권활성화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

8. “사업시행자”라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다. 제8조【주택재개발사업 등의 시행자】

③ 도시환경정비사업은 조합 또는 토지 등 소유자가 시행하거나, 조합 또는 토지 등 소유자가 조합원 또는 토지 등 소유자의 과반수의 동의를 얻어 시장‧군수, 주택공사 등,한국토지공사법에 의한 한국토지공사(공장이 포함된 구역에서의 도시환경정비사업의 경우를 제외한다), 건설업자，등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다. 제28조【사업시행인가】

① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장‧군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관 등과 그 밖에 국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다.

④ 시장‧군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장‧군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경‧중지 또는 폐지하는 경우에는 국토해양부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 사업시행자(시장‧군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 총회를 개최하여 조합원 과반수의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 하며, 제1항 단서에 따른 경미한 변경인 경우에는 총회 의결을 필요로 하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 쟁점부동산 관련 OO구역 제12~16지구 도시환경정비사업 추진경위(OO구청장 질의회신 자료: 도시개발과-OOO, 2009.7.24.)를 보면, 아래와 같은 내용이 나타난다. <OO구역 제12~16지구 도시환경정비사업 추진경위>

(2) OO시 OO구 고시 제2009-OO호(2009.5.22.)를 보면, 쟁점부동산의 소재지는 2009.5.22. 도시환경정비사업지역으로 시행인가되고, 같은 날 양수법인이 사업시행자로 지정·고시된 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 청구인은 양수법인이 사업시행자로 지정되기 전에 쟁점부동산을 양도하였다 하더라도 조특법 제77조의 공익사업용 부동산으로서 감면대상에 해당된다고 주장하나, 조세감면규정은 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 그 감면요건을 해석함에 있어 엄격하게 해석하여야 할 것으로 합리적 이유없이 사업시행자의 의미를 확장해석 또는 유추 해석해서는 안되는 점, 조특법 제77조 제1항 제2호에서 도정법에 의한 정비구역안의 토지 등을 동법에 의한 “사업시행자에게 양도”함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있고, 공익사업시행자로 지정되었는지 여부에 따라 당해 사업시행자로서의 지위 및 당해 사업시행자와 부동산양도자간의 법률행위에 따른 법률효과가 달라질 수 있으므로 공익사업시행자로 지정되기 전(이 건 양도당시 양수법인이 사실상 사업시행자의 지위에 있었는지 불분명하다)에 영리목적으로 부동산양도자와 상호 자유의사에 의하여 매매계약을 체결하고 부동산을 양수한 행위까지 공익사업시행자로서의 지위에서 법률행위를 행한 것으로 보기 어렵다 하겠다(조심 2011서1540, 2011.10.26., 같은 뜻). 따라서, 양수법인이 사업시행자로 지정되기 이전에 양도한 쟁점부동산에 대하여 처분청이 조특법 제77조 제1항 제2호의 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.