현재 진행 중인 소송의 승소를 예상하여 법인세를 경정하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○○ 용역(3가지 용역을 합하여 “쟁점용역”이라 한다)을 제공받았다.
• 나. ○○○국세청장은 청구법인에 대한 법인사업자 세무조사를 실시하고 청구법인이 2004~2007사업연도 중 특수관계에 있는 ○○○에게 고가로 용역대가를 지급한 것으로 보아 2004사업연도 2,032,779,248원, 2005사업연도 2,560,728,539원, 2006사업연도 1,038,329,609원, 2007사업연도 1,027,146,456원을 손금불산입 등으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 2008.11.1. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 7,094,286,474원을 경정·고지하고, 2005사업연도 법인세 94,748,170원을 환급하였으며, 2006사업연도 이월결손금 1,038,329,609원 및 2007사업연도 이월결손금 1,027,146,456원을 감액하는 처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.29. 심판청구(조심 2009서367)를 제기하였고, 우리 원이 2010.10.12. 청구법인의 주장을 기각하는 것으로 결정하자, 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 과세처분에 대한 소송을 2011.1.7. ○○○에 제기(2011구합709)하였다.
• 라. 또한, 청구법인은 2006사업연도 및 2007사업연도 이월결손금 감액과 관련한 손금불산입 처분에 대하여는 진행 중인 소송 승소시 이월결손금 증액으로 인해 발생하는 2009사업연도 법인세 289,106,560원을 환급하여 달라는 경정청구서를 2011.11.5. 처분청에 제출하였고, 처분청은 법인세 정기조사에 따른 경정사항으로 불복청구대상(경정청구 대상이 아님)에 해당되므로 경정할 이유가 없다 하여 2011.1.11. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인을 포함한 ○○○ 전체 차원에서 물류체계의 혁신 및 효율화와 획기적인 물류비용 절감을 통한 물류경쟁력 확립이 반드시 필요한 일대 전환기를 맞이하여, 생산능력 과잉에 따른 전 세계적 자동차산업의 불확실성 증대상황에 대응하기 위해 경영전략상 불가피하게 ○○○에 물류기능을 일원화하였고, 이러한 의사결정의 결과 정당한 대가를 지급하고 2002년부터 2006년까지 총 1,610억원에 달하는 물류비용 절감효과는 물론 브랜드 가치 증대와 같은 무형의 경제적 효익을 누리고 있으므로 청구법인과 ○○○ 사이의 쟁점용역 거래는 경제적 합리성이 있는 것이어서 부당행위계산부인규정의 적용대상이 아니다. 또한, 처분청은 2001년 3월경부터 2001년 10월경까지 약 6개월 (MIP 운송용역의 경우 1개월)에 불과한 기간 동안의 글로비스의 각 개별 용역구성 항목별 매출원가 대비 매출총이익률(이하 "거래수익률"이라 한다)을 각 사업연도분 개별 용역구성 항목별 매출원가에 곱한 금액에 각 사업연도별 매출원가를 더한 가액이 각 용역구성 항목별 거래에 대한 법인세법 시행령제89조 제4항 제2호에 따른 시가라 주장하나, 처분청이 주장하는 동 산정가액은 ① 각 사업연도별로 당해 사업연도 중 제공한 용역의 거래수익률을 사용하지 아니하였고, ② ○○○가 특수관계자에게 제공한 용역거래의 수익률을 사용하였으며, ③ 각 용역구성 항목과 유사한 용역의 거래수익률에 의한 것도 아니므로 법인세법 시행령제89조 제4항 제2호에서 정하는 시가로 인정될 수 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 동일한 부과처분에 대한 심판청구에서 기각으로 결정된 후 현재 행정소송 계류 중인 것으로 확인되는 바, 이는 동일한 처분에 대하여 중복으로 청구한 경우에 해당되므로 이 건 불복청구는 각하 결정함이 타당하다.

• 가. 쟁점 이월결손금을 감액시킨 처분에 대한 불복 결과 기각 결정되었는데 이후 사업연도에서 이월결손금을 공제하여 달라는 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 처분청이 특수관계에 있는 ○○○에게 고가로 용역대가를 지급한 것으로 보아 2004사업연도 2,032,779,248원, 2005사업연도 2,560,728,539원, 2006사업연도 1,038,329,609원, 2007사업연도 1,027,146,456원을 손금불산입한 처분이 모두 위법하므로, 심판청구를 거쳐 현재 소송계류 중인 과세처분과 관련한 손금산입액을 반영하는 경우 2009사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, ○○○국세청장은 청구법인에 대한 법인사업자 세무조사를 실시하고 청구법인이 2004~2007사업연도 중 특수관계에 있는 ○○○스에게 고가로 용역대가를 지급한 것으로 보아 2004사업연도 2,032,779,248원, 2005사업연도 2,560,728,539원, 2006사업연도 1,038,329,609원, 2007사업연도 1,027,146,456원을 손금불산입 등으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 2008.11.1. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 7,094,286,474원을 경정·고지하고, 2005사업연도 법인세 94,748,170원을 환급하였으며, 2006사업연도 이월결손금 1,038,329,609원 및 2007사업연도 이월결손금 1,027,146,456원을 감액하는 처분을 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.29. 심판청구를 제기하였고(조심 2009서367), 우리 원이 2010.10.12. 청구법인의 주장을 기각하는 것으로 결정하자, 2004사업연도 및 2005사업연도 법인세 과세처분에 대한 소송을 2011.1.7. ○○○하여 진행 중인 것으로 나타난다.

(2) 또한, 청구법인은 2006사업연도 및 2007사업연도 이월결손금 감액과 관련한 손금불산입처분에 대하여는 진행 중인 소송 승소시 이월결손금 증액으로 인해 발생하는 2009사업연도 법인세 289,106,560원을 환급하여 달라는 경정청구서를 2011.1.5. 처분청에 제출하였고, 처분청은 법인세 정기조사에 따른 경정사항으로 불복청구대상(경정청구 대상이 아님)에 해당되므로 경정할 이유가 없다 하여 2011.1.11. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(3) 살피건대, 청구법인은 2006사업연도 1,038,329,609원, 2007사업연도 1,027,146,456원을 손금불산입하여 이월결손금을 감액한 처분이 위법하므로 이를 반영하여 2009사업연도 법인세를 환급하여야 한다고 주장하나, 동일한 쟁점에 대한 2004사업연도 및 2005사업연도의 법인세 과세처분은 현재 소송 진행 중에 있고, 2006사업연도 및 2007사업연도의 이월결손금 감액처분도 아직 그 처분의 효력이 유효하게 존재하고 있어, 2009사업연도 법인세에 대한 경정할 세액이 전혀 없음에도 현재 진행 중인 소송에서 승소를 예상하여 2009사업연도 법인세를 경정하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다(조심 2010서1989., 2011.5.16., 같은 뜻). 따라서, 처분청이 2006사업연도 및 2007사업연도 이월결손금을 감액된 처분은 부당하므로, 감액된 이월결손금을 해당사업연도의 소득금액에서 공제(반영)하여 2009사업연도 법인세를 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.