비거주자에게는 소득세법 제95조 제2항 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.6.5. ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 소득세법제95조 제2항 [표1]의 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세 신고 및 납부하였다가, 2010.12.20. 처분청에 같은 항 [표2]의 장기보유특별공제율 44%로 적용해 달라는 양도소득세 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2011.2.11. 청구인이 비거주자이므로 1세대1주택에 적용하는 장기보유특별공제율(44%)을 적용할 수 없다며 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.4.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 소득세법제95조 제2항 및 같은 법 시행령 제159조의2에서는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율 적용시 거주자와 비거주자에 대한 구분규정이 없으므로 비거주자이고 1세대 1주택에 해당하는 청구인에 대해서 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율를 적용해야 함에도 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1세대 1주택 비과세를 규정하고 있는 소득세법제89조 및 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 양도소득세 비과세는 거주자에 한하여 적용하는 것이고, 1세대 1주택에 대해 차등적으로 적용하는 장기보유특별공제율을 비거주자에게 적용할 수 없다 할 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 비거주자인 청구인에게 소득세법제95조 제2항 [표1]의 공제율을 적용할 것인지, 아니면 [표2]의 공제율을 적용할 것인지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ○○○

○ 소득세법 제121조【비거주자에 대한 과세방법】

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조 제1항에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】(2009.12.31., 법률 제9897호로 개정된 것)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 부칙(2009.12.31., 법률 제9897호) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○ 소득세법 시행령(2008.7.24., 대통령령 제20931호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대 1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 임대주택법에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
• 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.
• 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우

○ 소득세법 시행령 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 [표] 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령(2010.2.18., 대통령령 제22034호로 개정된 것) 제159조의2【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 [표] 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제180조의2 【1세대1주택 비과세 등을 적용하지 아니하는 비거주자】 법 제121조 제2항 단서에서 "대통령령으로 정하는 비거주자"란 법 제1조의2 제1항 제2호의 비거주자를 말한다. 다만, 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때에는 제154조 제1항 제2호 나목 및 다목의 요건을 충족하는 비거주자는 제외한다.

○ 소득세법 시행령 부칙 제3조【양도소득세에 관한 일반적 적용례】 이 영은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2010.12.20. 처분청에 제출한 청구인의 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서에 의하면, 청구인이 당초 2008.6.5. 양도소득세 신고시 장기보유특별공제액으로 양도차익인 818,022,135원의 30%인 245,406,640원을 공제하는 것으로 신고하였으나, 경정청구시에는 양도차익의 44%인 359,929,738원을 장기보유특별 공제액으로 공제하여 과세표준 및 세액을 경정하여 줄 것을 청구한 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 처분청의 양도소득세 경정청구 거부통지 공문에 의하면, 처분청은 1세대 1주택 과세특례는 거주자의 주거생활 안정 목적에서 운영되는 것이므로 비거주자인 청구인에 대해서는 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 부동산매매계약서에 의하면, 청구인은 2008.4.17. 쟁점주택을 9억 2,000만원에 매수인 허○○○에게 양도하고 잔금을 2008.6.5.까지 지급받기로 계약한 것으로 확인된다.

(4) 청구인이 제출한 주 ○○○의 장이 2008.4.18. 발행한 재외국민등록부등본에 의하면, 청구인은 ○○○인 것으로 나타난다.

(5) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정한 소득세법 시행령 제154조 제1항 에서 거주자 및 그 배우자와 그들이 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족을 “1세대”로 정의하고 있어 1세대는 거주자로 구성됨을 알 수 있고, 한편 장기보유특별공제에 관한 규정인 소득세법 제95조 제2항 본문에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하면서, 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 하였고, 법 제95조 제2항 [표] 외의 부분 단서의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 대하여 소득세법 시행령 제159조의2 에서는 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”고 규정되어 있는 바, 위 규정의 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 보여지므로 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 하겠다.(조심 2009서2060, 2009.7.8. 같은 뜻) 따라서 처분청이 비거주자인 청구인에 대하여 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제율 적용대상이 아니라 [표1]의 장기보유특별공제율 대상이라고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.