종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율 모두를 적용하여 산정한 처분은 정당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2010.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장 가액비율을 모두 적용하여 2010.11.22. 청구법인에게 2010년 귀속 종합부동산세 726,196,750원과 농어촌특별세 142,239,350원을 결정고지 하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 본 부과 고지서는 공정시장가액 비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액 비율만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로 최종적으로 종합부동산세액을 증가시키고 동일 부동산에 대하여 이중과세금지원칙에 반하는 처분이며, 이와 같이 공정시장가액 비율을 2회 적용하는 것은 법적 근거가 없는 위법·부당한 처분 이다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세시 재산세액의 공제 등에 대하여 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래와 같이 개정되었다. 동 규정의 개정이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정 규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산시에 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하며 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세 되는 문제가 발생 하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는 바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 공시가격으로 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는 부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 개정 규정에 따라 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액 비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제한 것이라는 점에서 이중과세로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시 장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분 이 위법·부당한 처분인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 종합부동산세법 시행령 제5조의3 에 규정된 재산세 공제액의 산출방식에 대하여 과세대상인 토지분 과세기준을 초과하는 분”에서 과세대상의 토지분 과세표준으로 개정된 것을 반영하여 이미 과세된 재산세 부과세액 합계액에서 과세기준금액 초과분 공시 가격 에 종합부동산세 공정 시장가액 비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 재산세상당액이 전체 공시가격에 대한 재산세상당액에서 차지하는 금액을 종합부동산세액에서 공제하는 방식으로 과세한 것으로 나타나고 있고, 이에 청구법인은 재산세액 합계액에서 과세기준금액을 초과한 금액에 상당하는 재산세 비율만큼은 공제함이 타당하고 공정시장가액 비율을 2회 적용하는 것은 법적 근거가 없음에도 종합부동산세 공정시장가액비율을 한번 더 곱함으로써 과세기준초과금액 중에서 종합 부동산세 공정시장가액비율에 상당하는 금액만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세액’를 계산함으로 최종적으로 위 축소된 금액에 상당하는 종합부동산세액을 증가시킨 이중과세에 해당하므로 위법·부당한 처분이라고 주장하고 있다. (2) 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로 지방세법 제187조 제1항 에 의하면, 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있다. (3) 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하면 “주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 재산세로 부과된 세액의 합계액” 중 “주택 분/(종합·별도)합산과세대상 토지를 합산하여 주택 분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”에서 “주택 분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 과세표준에 대하여 주택 분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있고, 종합부동산세법 시행규칙 별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 의하면 “(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 x 0.4%"를 “과세 표준 표준세율 재산세액”으로 하도록 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대종합부동산세 법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바, 종합부동산세법 에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합 부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세 표준으로, 지방세법 에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택 분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 과세표준에 대하여 주택 분/(종합·별도)합산과세대상인 토지 분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세 기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다. 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 이 건 처분은 정당한 것으로 판단된다(조심 2011서651, 201l.3.28.외 다수, 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.