계약서 흐름과 내용에 따르면 청구법인은 쟁점사업권을 상대방에 양도하기로 당초 계약을 하였으나, 최초계약서 내용을 청구법인이 이행하지 못하여 최초계약서상 금액을 지급받지 못한 것으로 보이는 바, 각 계약서상의 금액 모두를 다른 성격의 쟁점사업권 양도대가로 보기는 어려움
계약서 흐름과 내용에 따르면 청구법인은 쟁점사업권을 상대방에 양도하기로 당초 계약을 하였으나, 최초계약서 내용을 청구법인이 이행하지 못하여 최초계약서상 금액을 지급받지 못한 것으로 보이는 바, 각 계약서상의 금액 모두를 다른 성격의 쟁점사업권 양도대가로 보기는 어려움
OOO세무서장이 2011.1.10. 청구법인에게 한 2005년2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인의 공동주택사업에 대한 양도대가를 공급대가 OOO원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점사업권의 양도에 따른 공급대가를 2005.5.11. 작성된 ‘OOO동 공동주택 사업권 양도 및 양수계약서(이하 “최초계약서”라고 한다)’ 제4조 제1항의 OOO원 및 2005.7.12. 작성된 ‘양도양수계약 정산합의서(이하 “1차합의서”라고 한다)’ 제4항의 OOO원(부가 가치세 OOO원 포함)을 합하여 OOO원으로 보았으나, 청구법인이 사업양수법인으로부터 받은 금액은 OOO원으로 이 중 OOO원은 매출세금계산서를 발행하였고(기 결정), 나머지 OOO원은 소 유권이 이전되지 않은 사업부지의 제한물권 등을 사업양수법인을 대신 하여 해소하는 과정에서 투입된 비용으로 사업권 양도대가가 아니며, 최초계약서 제4조 제1항의 OOO원은 지급시기가 도래하기 전에 1차합의서 및 2005.11.4. 작성된 ‘OOO동 공동주택 사업권 양수도 관련 최종정산 합의서(이하 “최종합의서”라고 한다)’에 의해 소멸된 금액 으로 청구법인이 대가를 지급받았거나 요구한 적이 없는 명목상의 금액일 뿐이므로, 처분청에서 쟁점사업권의 양도대가를 OOO원으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다. (2) 청구법인은 2005년 제1기 부가가치세 신고의무를 이행하였고, 처분청에서는 2011.1.10. 이 건 부 가가치세 고지서를 송달하였으므로, 2005.5.11. 작성된 최초계약서 제4조 제1항에 기재된 사업권 양도대가 OOO원에 대하여는 2005년 제1기 부가가치세 확정신고기한의 다음날로부터 5년이 경과하여 부과한 위법한 처분이다.
(1) 청구법인과 사업양수법인 사이에 작성된 최초계약서에는 사업권 양도대가로 청구법인의 토지매입대금 OOO원을 받기로 약정되어 있었으며, 청구법인은 이후 정산과정에서 약정된 금액이 소멸되어 전혀 받은 사실이 없다고 주장하나 이는 받아들이기 어렵고, 어떤 형태로든 토지매입대금 OOO원이 청구법인에게 지급되었을 것으로 판단되므로, 처분청에서 사업권 양도대가를 신고누락한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 쟁점사업권 양도와 관련하여 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 공급대가 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였고 그 대금이 2005.9.6. 청구법인 계좌로 입금된 사실이 확인되므로, 처분청에서 쟁점사업권 양도대가 중 세금계산서 미발행분에 대하여 2005년 제2기 부가가치세 확정신고기한의 다음날로부터 5년이 경과하지 아니한 2011.1.10. 청구법인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
① 청구법인이 세금계산서를 발행한 금액 외에 추가로 쟁점사업권 양도대가가 발생하였는지 여부
② 2005.5.11. 작성한 최초계약서에 나타나는 OOO원에 대한 부과처분이 국세부과제척기간을 도과하였는지 여부
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 (2) 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.
(3) 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다름 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세 를 방지 하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상 호합의 절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기나 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간 (4) 국세기본법시행령 제12조의3 【국세부과제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제4 항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고ㆍ예정결정기간에 대한 신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
(1) 처분청에서 이 건 부가가치세를 과세하게 된 경위를 보면, (가) 청구법인은 2005.5.11. 사업양수법인에게 쟁점사업권을 OOO원에 양도 하기로 최초계약서를 작성하였고, 2005.7.12. 1차합의서를 작성한 이후인 2005.9.6. 쟁점사업권 양도에 따른 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 발행하였으나(같은 날 부가가치세를 포함한 OOO원을 송금 받음), 부가가치세 및 법인세를 신고누락(사업양수법인은 신고)한 것으로 나타나고, (나) 처분청은 신고누락금액에 대하여 2010.2.8. 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세하는 한편, 송금받은 OOO원을 대표자에게 상여처분하고 원천징수의무 불이행을 이유로 근로소득세OOO원을 과세하였다가, 이의신청 과정에서 송금받은 금액(OOO원)이 법인의 채무상환에 사용한 사실을 인정하여 취소결정하였으며, (다) OOO국세청장은 처분청에 대한 감사에서 최초계약서상의 쟁점 사업권 공급대가 OOO원에 1차합의서의 정산금 OOO원을 합한 OOO원을 쟁점사업권의 양도에 따른 대가로 보아 과세하도록 지적하였고, 그에 따라 처분청은 쟁점사업권 공급대가 OOO원에서 기결정한 OOO원을 차감한 OOO원에 대하여 2011.1.10. 청구법인에게 2005년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다.
(2) 처분청에서 제출한 계약서의 내용을 보면, (가) 2005.5.11. 작성된 최초계약서에 계약의 목적물은 청구법인이 주택사업 승인신청OOO한 공동주택사업권과 도시계획 관련 용역업체 및 건축설계업체와 체결한 용역계약상의 권리, 사업대상 토지(청구법인 명의로 소유권 이전받은 토지, 매매계약을 체결한 토지, 사업부지 소유자와 협의 중인 사업부지내 토지, 매도인으로부터 발급받은 일체서류의 사용권 포함) 및 예금채권․채무이고, 사업양수법인이 청구법인에게 지 급하는 사업권 양도대가는 청구법인의 토지매입관련 직접 투입비로서 OOO원과 사업지출비용으로서 O OO원을 합한 OOO원으로 하며, 계약금으로 지급되는 OOO원은 설계비, 도시계획관련 용역비 등 본 사업에 직접 투입된 비용으로 한정하여 해당자료 및 증빙을 사업양수법인이 실사한 후 해당 금액 범위 내에서 최종 정산하여 아래 〈표1〉과 같이 지급하기로 하고, 청구법인은 사업부지내 건물세입자에 대한 명도를 완료할 수 있도록 적극 협력하며, 청구법인의 노력으로 당초 계획한 사업부지 전체의 토지대금 OOO원(금융이자를 제외한 순 토지대금)보다 감액이 발생하는 경우 감액분 해당금액은 청구법인에게 지급하고 증액이 발생하는 경우에는 청구법인이 이를 부담하는 것으로 나타난다. (나) 최초계약서에 첨부하여 정산 합의한 1차합의서(2005.7.12.)에는 사업양수법인이 최초계약서에서 청구법인에게 지급하기로 한 직접 투입비 OOO원은 토지관련 제비용의 상환으로, 사업지출비용 OOO원은 사업부지 전체의 토지대금이 OOO원을 이미 초과집행되어 지급할 의무가 없음을 확인하고, 1차합의서 작성일 현재 미계약 잔여토지 5건 중 양OOO 소유토지를 제외한 4건에 대하여 2005.7.25.까지 아래 〈표2〉와 같이 지정된 조건으로 매입이 완료되었을 경우 사업양수법인은 청구법인에게 OOO원(부가가치세 별도)을 지급하기로 합의한 것으로 되어 있다. (다) 2005.11.4. 작성된 최종합의서를 보면, 1차합의서와 관련한 OOO원 중 2005.9.6.자로 청구법인에게 지급한 OOO원(부가가치세 별도)은 사업권 양도 대가이고, 미지급한 OOO원은 토지매입 및 관련부대비용으로 발생한 금액을 지급하는 것이며, 청구법인 명의의 가처분 말소, 최OOO 명의의 가압류 해제서류 징구, OOO에 접수한 진정서를 철회하는 경우 미지급금을 지급하기로 한다는 내용이 나타난다.
(3) 처분청의 이의신청 결정문(청구법인에 대한 근로소득세 과세부분에 대한 이의신청)에는 청구법인이 2005.9.6. 사업양수법인으로부터 OOO원을 송금받아 대표이사 가수금을 반제한 것으로 보인다는 내용이, 사업양수법인의 2005사업연도 법인세 결산서에는 건설업 용지비용으로 OOO원이 계상되어 있다.
(4) 상기 사실관계를 바탕으로 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 최초계약서에 기재된 OOO원을 쟁점사업권의 양도대가로 보아 부가가치세를 과세하였으나, 최초계약서에 토지매입대금 등 사업진행사항이 변경될 경우 정산하기로 약정되어 있으며, 청구법인과 사업양수법인이 최초계약서를 작성한 이후 사업진행사항이 변경되어 쟁점사업권 양도에 대하여 2차례에 걸쳐 수정합의를 한 사실이 있고, 수정된 1차 합의서 및 최종합의서에는 토지매수대금이 당초 예정금액 OOO원을 초과하여 최초계약서에 나타나는 OOO원을 청구법인이 지급받지 못한다는 사실이 나타나며(사업양수법인의 2005사업연도 재무제표상 건설업 용지비용 OOO원 계상), 1차합의서 작성일 현재 미계약 잔여토지 5건 중 양OOO 소유토지를 제외한 4건에 대하여 2005.7.25.까지 지정된 조건으로 매입이 완료되었을 경우 사업양수법인은 청구법인에게 OOO원(부가가치세 별도)을 지급하기로 별도로 합의하였고, 청구법인과 사업양수법인은 쟁점사업권 양도대가를 OOO원(부가가치세 포함)으로 합의하여 2005.9.6. 세금계산서를 수수하고, 같은 날 사업양수법인은 동일금액을 청구법인의 계좌로 송금한 사실이 처분청의 이의신청 결정문에서 나타나므로, 처분청에서 청구법인이 수령하지 아니하고 이후 정산과정에서 소멸된 것으로 보이는 최초계약서상의 기재금액 OOO원을 쟁점사업권의 양도대가에 합산하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다. 또한, 청구법인은 2005.9.6. 세금계산서를 발행한 금액OOO을 제외한 OOO원은 토 지매입 및 관련부대비용이므로 쟁점사업권의 양도대가가 아니어서 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주 장하나, 쟁점사업권의 양도와 관련하여 부수적으로 지급받은 비용인지, 토지매입 등과 관련하여 실제 발생된 비용인지의 구분이 명확하지 아니하고, 청구법인 역시 관련 주장내용을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 아니하므로, 1차합의서 및 최종합의서상의 기재금액 OOOOO원을 쟁점사업권의 양도대가로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 처분청이 사업권의 양도대가를 공급대가 OOO으로 하여 청구법인의 2005년 제2기 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(5) 쟁점②에 대하여는 쟁점①의 청구주장을 인용하여 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.