실제 양도한 토지가 따로 있다는 주장에 대해 증빙에 의해 확인되지 않으므로 당초 과세처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.1.24. ○○○ 임야 119㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 조○○○ 외 1명에게 양도하고 양도소득세를 무신고하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세를 무신고한 쟁점토지에 대하여 등기부등본에 기재된 금액 390,000천원을 양도가액으로 하고, 취득가액은 207,391천원으로 환산하여 2011.1.7. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 45,558,450원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1965.2.27. 청구인 명의의 쟁점토지를 ○○○ 명의의 ○○○ 토지 133평 중 39.7평(이하 “○○○토지”라 한다)과 교환계약하였고 소유권이전등기가 안된 상태에서 1970년 경 실질적으로 청구인의 소유인 ○○○토지 위에 무허가주택을 신축하여 2008년 양도일까지 거주하였다. 청구인과 ○○○은 쟁점토지와 ○○○토지를 소유권이전등기하려 하였으나 교환되는 토지 면적 및 분할시 무허가주택 위치 등에 대한 문제로 소유권이전등기가 지연되자 청구인은 ○○○ 및 매수인 합의하에 형식상 쟁점토지를 양도하는 것으로 하여 매매계약서를 작성하고 실지는 ○○○토지 및 무허가 주택을 양도하는 것으로 특약사항에 명기하였다. 청구인과 매수인은 주택건설이 가능하고 실질적으로 청구인 소유인 ○○○토지 및 무허가주택을 매매한 것이며, ○○○의 인접도로이고 주택건설이 불가능한 쟁점토지를 매매한 것은 아니므로 국세기본법 제14조 실질과세원칙에 의하여 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1965.2.27. 쟁점토지와 ○○○토지를 교환하여 ○○○토지의 실소유자이며 동 지상에 주택을 신축하여 거주요건도 충족하였으므로 1세대 1주택 비과세에 해당한다고 주장하나, 학교법인 ○○○의 회신 공문에 의하면, ○○○은 교환계약서 작성 사실은 인정하고 있으나 ○○○토지의 소유자는 학교법인 ○○○이며, 1998년 축대 복구공사시 쟁점토지의 소유자인 청구인의 허락을 받아 축대공사를 하였고 ○○○토지에 청구인이 주택을 지어 살고 있다고 명시하고 있어 쟁점토지의 소유자는 청구인이라는 ○○○의 확인내용, 1965년부터 43년 동안 등기상 명의이전이 이루어지지 않은 점, ○○○이 실 소유주라면 1998년 축대 공사시 굳이 청구인의 허락을 받을 이유가 없는 점, 청구인의 부동산매매계약서 상에 쟁점토지만 명기되어 있는 점을 종합하면 청구인의 주장은 신빙성이 없으므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 등기부상 청구인 소유의 쟁점토지를 양도하였으나, 실질적으로는 쟁점토지가 아닌 교환계약서에 의하여 쟁점토지와 교환되고 실제 거주한 ○○○토지 및 무허가주택을 양도한 것으로 보아 1세대 1주택 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략)

③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만，주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 부수되는 토지는 전체 토지면적에 주택부분의 면적이 건물면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (3) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2008.1.24. 쟁점토지를 조○○○ 외 1명에게 양도하고 양도소득세를 무신고하였으나, 처분청은 등기부등본에 기재된 금액 390,000천원을 양도가액으로 하고, 취득가액은 207,391천원으로 환산하여 2011.1.7. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 45,558,450원을 고지한 사실이 결정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점토지와 ○○○토지를 교환계약에 의하여 교환하였고, 실제 청구인의 토지인 ○○○토지와 무허가주택을 양도한 것이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지 매매계약서(2007.3.19.)에 의하면, 양도부동산은 쟁점토지이고 매매대금은 355,000천원(계약금 35,500천원, 중도금 100,000천원, 잔금 219,500천원)이며, 특약사항에 학교부지 분할측량 확정하고 소유주 청구인과 학교법인 ○○○ 토지 교환 후 잔금은 지불한다고 기재되어 있다. (나) 1965.2.27. 작성한 교환계약서에는 ○○○ 이사장 최○○○을 “갑”으로 하고, 쟁점토지 김○○○을 “을”로 칭하고, 주요 계약내용은 아래와 같이 나타난다.

• 계약 목적: “갑”의 소유 대지와 “을”의 소유 대를 상호 교환한다.

• 교환대지 표시는 “갑”의 소유 대지 ○○○ 대 133평 중 39평 7합과 “을”의 소유 대지 ○○○ 39평 7합을 일대일 교환한다. (다) 쟁점토지는 지목이 임야이고 1980.10.28. 청구인 명의로 소유권이전되었으며, 2008.1.24. 조○○○ 외 1명에게 390,000천원에 양도한 것으로 등기부등본에 나타난다. (라) 청구인은 2005.6.30. ○○○에 전입하여 2008.9.1. 까지 거주한 것으로 주민등록표에 나타난다. (마) 쟁점토지 양수자인 조○○○은 2011.5.18. 쟁점토지를 매입한 조건은 건축하기 위한 것이며, 건축허가가 되지 않은 쟁점토지를 매입할 하등의 이유가 없기에 현 등기부상 소유자인 학교법인 ○○○을 방문하여 교환계약 효력을 확인하고 매입하였고, 매매계약서에는 쟁점토지를 매입하는 것으로 계약하고 특약사항에 ○○○토지와 무허가주택의 양도조건을 명기하여 계약하였다고 확인한 것으로 나타난다. (바) 학교법인 ○○○이 ○○○세무서장에게 제출한 부동산거래 사실 관련 회신문(2010.10.22.)에 의하면, 교환계약서 작성사실에 대하여 ○○○은 1965.2.27. 계약서를 작성한 사실은 있으나, ○○○토지의 소유자는 등기부등본과 같이 학교법인 ○○○이며, 1998.8.8. 폭우로 ○○○ 축대가 붕괴되어 축대 복구공사를 하면서 쟁점토지 소유자의 허락을 얻어 축대를 설치하였으며, ○○○토지에 청구인이 주택을 지어 살고 있다고 답변한 것으로 나타난다. (사) ○○○토지의 지목은 대지이고 면적은 380㎡이며, ○○○이 1968.6.14.(1956.12.28. 매매원인) 소유권 이전한 것으로 등기부등본에 나타난다. (아) 쟁점토지의 재산세 납부현황을 보면, 2000년～2003년까지 청구인에게 종합토지세가 부과되었으나, 2004년부터는 도로부지로 되어 재산세가 비과세되었으며, ○○○토지는 학교부지로 재산세가 비과세된 것으로 나타난다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구인은 쟁점토지와 ○○○토지의 교환계약서를 제시하면서 쟁점토지가 아닌 ○○○토지를 양도하였다고 주장하나, 매매계약서상에는 청구인과 양수자가 쟁점토지를 양도하는 것으로 계약되어 있고 등기부등본상 쟁점토지가 양수자에게 소유권이전된 점, ○○○은 등기부등본상에 기재된 ○○○토지가 학교법인 ○○○의 소유라고 답변하고 있는 점, 등기부등본상 소유자인 ○○○이 청구인의 ○○○토지 양도에 대하여 어떠한 확인이나 승인을 한 것으로 나타나지 아니한 점, 등기부등본상 ○○○토지가 양수자 명의로 소유권이전된 것으로 나타나지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구인이 등기부등본상 학교법인 ○○○ 소유인 ○○○토지를 양도한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 청구인이 쟁점토지를 양도한 것으로 보아 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.