가격차이가 있음에 대해 명확한 입증이 없어 재조사하여 결정함이 타당함

OOO세무서장이 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO및 2007사업연도 법인세 OOO부과처분은, 청구법인이 주식회사 OOO로부터 매입한 라텍스 OOO매입가격에 기술료가 포함되어 있는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2006년 2월 주업종 교량포장공사업과 부업종 시멘트 도․소매업을 영위할 목적으로 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 100% 출자하여 설립된 법인으로, 2006년～2007년 중 OOO로부터 도로포장 재료인 라텍스(OOO를 매입하였다.
• 나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인제세 통합조사 결과, 청구법인이 OOO로부터 매입한 라텍스의 시가를 OOO가 특수관계 없는 제3자에게 판매한 가격인 톤당 OOO천원으로 보아 청구법인의 매입단가인 톤당 OOO천원과의 차이를 특수관계자로부터 고가매입 하였다는 조사결과를 통보하였고, 이에 따라, 처분 청은 부당행위계산부인한 2006년 OOO천원과 2007년 OOO천원에 대하여, 2011.1.13. 청구법인에게 2006사업연도 OOO과 2007 사업연도 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 OOO2001.10.22. 특허청장으로부터 “불투수성 교량표면 포장용 개질 콘크리트”라는 명칭으로 특허를 받아 2006.5.9. 청구법인에게 동 특허권리를 전부 이전하였으며, 특허권이 이론적인 기술로 실제 공사시공에 적용되는 공법이 아니므로 기술료를 지급받을 수 없는 반면, OOO2004.12.16. 건설교통부장관으로부터 지정받은 신기술은 권리의 이전이 되지 아니하나, 동 기술을 사용하는 자에게 신기술지정자가 기술사용료를 받을 수 있는 것으로, OOO거래처 중 자체 신기술을 보유한 주식회사 OOO는 기술료를 지급할 이유가 없으므로 톤당 OOO매입한 반면, 청구법인과 같이 신기술을 보유하지 아니한 OOO 톤당 OOO외에 공사금액의 4%를 기술료로 지급하여 톤당 OOO천원에 매입하였는 바, 청구법인이 특허권을 이전받았더라도 신기술지정자인 OOO보유한 공법을 적용하였으므로 기술료를 지급할 의무가 있어 물품계약서상 매입단가를 시험비와 품질관리비를 포함한 톤당 OOO천원으로 정하였으므로 고가매입으로 볼 수 없다.
• 나. 처분청 의견 OOO외 2개 업체로부터 톤당 OOO천원에 매입하여 특수관계 없는 타 법인에게는 톤당 OOO천원～OOO천원에 판매하였으나, 청구법인에는 톤당 OOO천원에 판매하였으므로 부당행위로 보아 과세한 처분은 정당한 것으로, 청구법인이 라텍스의 시장가격이 톤당 OOO천원이라며 제출한 OOO자료는 정상시세로 볼 수 없는 점, 2008년도에 주식회사 OOO로부터의 OOO매입단가는 OOO천원으로 확인되는 점, OOO라텍스 제조회사도 아니며 OOO제조공장에서 청구법인의 공사현장으로 직접 투입되어 사용되었으므로 품질검사나 기술이 반영될 소지가 없는 점, 청구법인이 OOO로부터 분할될 당시 특허를 양도받았으므로 도로포장에 관한 기술은 청구법인이 가지고 있으므로 OOO품질관리비 등 비용을 지출할 이유가 없는 점 등으로 보아 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터 라텍스를 매입하면서 기술료를 포함하여 대금을 지급하였으므로 고가로 매입한 것이 아니라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.(단서 생략)

③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.

(3) 건설기술관리법 제18조【신기술의 활용 등】① 국토해양부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건설기술을 개발한 자(이하 "기술개발자"라 한다)가 요청한 경우로서 그 건설기술을 보급할 필요가 있다고 인정될 때에는 그 건설기술을 새로운 건설기술(이하 "신기술"이라 한다)로 지정ㆍ고시할 수 있다.

1. 국내에서 최초로 개발한 건설기술로서 신규성ㆍ진보성 및 현장적용성이 있다고 판단되는 건설기술

③ 국토해양부장관은 기술개발자를 보호하기 위하여 필요하면 보호기간을 정하여 기술개발자에게 신기술에 대한 기술사용료를 받을 수 있게 하거나 그 밖의 방법으로 보호할 수 있으며, 기술개발자가 보호기간의 연장을 신청하는 경우에는 그 신기술의 활용실적 등을 검증하여 보호기간을 연장할 수 있다.

④ 국토해양부장관은 발주청에 신기술과 관련된 신기술장비 등의 성능시험, 시공방법 등의 시험시공을 권고할 수 있으며, 성능시험 및 시험시공의 결과가 우수하면 신기술의 활용ㆍ촉진을 위하여 발주청이 시행하는 건설공사에 신기술을 우선 적용하게 할 수 있다.

(4) 건설기술관리법 시행령 제42조【신기술의 활용 등】① 법 제18조 제1항에 따른 기술개발자(이하 "기술개발자"라 한다)는 신기술을 사용한 자에게 기술사용료의 지급을 청구할 수 있다.

③ 발주청은 법 제18조 제1항에 따라 지정․고시된 신기술을 특별한 사유가 없으면 그가 시행하는 건설공사의 설계에 반영하여야 하며 건설공사를 발주하는 경우에 이를 공사계약서에 구체적으로 표시하고 기술개발자로 하여금 해당 건설공사 중 신기술과 관련되는 공정에 참여하게 할 수 있다.

④ 제3항의 경우 발주청은 신기술을 적용하여 건설공사를 준공한 날부터 1개월 이내에 국토해양부장관이 정하여 고시하는 방법 및 절차 등에 따라 그 성과를 평가하고, 그 결과를 국토해양부장관에게 제출하여야 한다. 제44조【신기술의 보호기간 등】① 법 제18조 제6항에 따른 신기술의 보호기간은 신기술의 지정ㆍ 고시일부터 5년의 범위에서 국토해양부장관이 정하는 기간으로 한다.

② 국토해양부장관은 신기술의 지정을 받은 자가 신청하면 그 신기술의 활용실적 등을 검증하여 제1항에 따른 신기술의 보호기간을 7년의 범위에서 연장할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO1998.5월에 설립된 법인으로, 2001.10.22. 특허청장으로부터 “불투수성 교량표면 포장용 개질 콘크리트”라는 명칭으로 특허(특허번호 제OOO)를 받았으며, 2006.5.9. 청구법인에게 동 특허권리를 전부 이전하였고, 2004.12.16. 건설교통부장관으로부터 신기술지정증서(제OOO호)를 지정받았는 바, 그 내용은 아래와 같다.

(2) 청구법인은 도로포장을 전문으로 하는 건설업을 영위하고 있고, 2006.2.28. 주식회사 OOO100% 출자하여 물적분할한 O OOOOO 특수관계회사이며, 2007.11.28. 기업부설연구소를 설치하였다.

(3) OOO2004.3.31. OOO라텍스 OOO제품 총 대리점 계약을 체결하여 국내에서는 OOO제품인 “라텍스 OOO독점판매하고 있으며, 거래처별원장상 2006년～2007년에 라텍스 품목별․거래처별 매입․매출 거래단가를 보면 <표1>과 같다. OOOOOOOOOO OOO OO O OOOO

(4) 처분청은 청구법인이 OOO로부터 라텍스를 고가매입한 것이 아래와 같은 사유로 인정되고, 이는 부당행위계산부인 대상이므로 이 건 과세처분은 정당하다고 주장하고 있다. (가) 청구법인은 OOO자료에 의하여 라텍스의 시장거래가격이 톤당 OOO천원이므로 고가매입이 아니라고 주장하나, OOO라텍스 매입단가는 2006년 톤당 OOO천원, 2006년 OOO천원이고, 청구법인이 주식회사 OOO로부터 매입하기 시작한 2008년 1월～2008년 6월까지의 라텍스 매입가격이 톤당 OOO천원, 2008년 7월이후 톤당 OOO천원인 점으로 볼 때, OOO자료는 정상시세로 보기 어려운 바, 2006년～2007년 톤당 매입가격 OOO고가로 매입한 것이다. (나) 청구법인은 라텍스 매입단가에 품질관리비, 시험비가 포함되어 가격결정이 되었다고 하나, OOO라텍스 제조회사도 아니며 OOO등 제조공장에서 청구법인의 공사현장으로 직접 투입되어 도로포장에 이용되었으므로 OOO기술연구소의 품질검사나 기술이 반영될 소지가 없으며, 청구법인이 제출한 물품거래계약서는 아래 ‘물품거래계약서’ 비교에서와 같이 시험비 등의 문구와 단가세부내역서가 추가되어 진실한 서류가 아닌 것으로 보이고, 청구법인이 분할당시 특허를 OOO억원으로 평가하여 양도받았으므로 도로포장에 관한 기술의 권리는 청구법인 소유이다. O OOOOOOO OO (다) 라텍스 OOO사실상 동일제품으로 제조사별로 고유의 제품명을 붙인 것으로 OOO2006년 11월까지 OOO(주)로부터 라텍스 OOO구매하여 독점판매하다, 2006년 11월 이후에는 OOO주식회사 OOO주식회사 OOO로부터 구매하여 청구법인에게 판매하였으므로, 2006년 11월 이후 OOO(주)에서 직접 구매하였다면 싸게 공급받을 수 있었음에도 합리적인 이유없이 특수관계자를 통하여 고가매입한 것이다.

(5) 청구법인은 OOO로부터 매입한 라텍스에는 기술료가 포함된 가격이므로 고가매입이 아니라며 다음과 같이 주장한다. (가) OOO라텍스를 판매한 거래처의 매입내역<표2> 및 거래처별 사업 현황은 아래와 같으며, OOO건설 능력이 없이 연구기관만 있는 법인으로 매입량도 소규모이고, OOO“초속경라텍스 개질콘크리트를 이용한 공용 중 교량바닥판 콘크리트 보수 및 재포장 공법(VES-LMC 공법, 보호기간 8년)”이라는 자체 신기술을 보유하고 있으며, 2006년～2007년에 공사한 39건 모두 자체 신기술 공법을 이용하여 공사한 반면, (O)OOOOOOOOOO 자체 기술이 없으므로 OOO신기술 사용 협약을 체결하고 공사금액에 일정비율(4%)의 기술료를 지급(2006년 6건, OOO천원)하였음을 알 수 있다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOO O OOOO (나) 반면, 청구법인은 자체 기술이 없는 법인으로 2006.4.4. OOO체결한 물품거래계약서 내용과 같이 OOO로부터 공급받은 가액에는 기술료가 포함되어 있다. ㅇ 거래조건

• 공급가격은 \1,600/㎏(시험비, Test비, 품질관리비 포함) 단 가격변경요인으로 인한 가격변동 요청이 있을 경우 상호 협의에 의하여 조정 ㅇ 단가 세부 내역서(천원)

• Latex OOO시험비 OOO, Test비 OOO, 품질관리비 OOO 합계 OOO (다) 또한, 처분청은 청구법인이 2006년～2007년 OOO로부터 매입한 라텍스OOO라텍스OOO중 OOO라텍스OOO제3자에 판매한 단가인 톤당 OOO천원 및 OOO천원을 비교가능가격으로 하여 청구법인이 매입한 OOO톤당 시가를 OOO천원으로 보고 <표3>과 같이 부당행위계산부인하여 이 건 법인세 등을 과세하면서, 라텍스 OOO대하여는 청구법인이 톤당 O,OOOOOOO,OOOO O에 매입하였으나 이에 대하여는 부당행위계산부인을 적용하지 아니하였다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO OOOOOOOO OO (라) 청구법인이 OOO로부터 2008년도에 매입한 OOOOOO O 월별 매입현황 및 OOO지급한 기술료의 내역은 아래 <표4>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOOO (마) 사단법인 OOO에서 월간으로 발행하는 “가격정보”에 수록된 OOO시장거래가격은 아래와 같다. (바) OOO에서 작성한LMC 품질시험 대장에 의하면 시험일자, 청구법인의 공사 현장명, 시험자 및 시험내용으로 배합 확인 및 시험한 내용, 라텍스 상태 등이 기록되어 있으며, 문제가 발생한 현장 등에 대하여는 아래와 같이 발생원인 및 대책 보고서를 작성하고 있고 있는 바, 청구법인이 OOO로부터 매입한 라텍스 공급가격에는 품질관리비 등 기술료가 포함된 것임을 알 수 있다.

(6) 청구법인은 2011.11.29. 우리원 심판관회의에 출석하여, 처분청은 다른 법인과의 평균 거래가액인 톤당 OOO시가로 보고 부당행위계산부인 하였으나, 거래가액은 라텍스를 매입하는 업체가 자체기술 보유하고 있는지의 여부에 따라 가격이 달라지는 구조로, 청구법인은 자체 기술이 없고 OOO100% 출자한 법인이므로 모든 포장공사를 OOO기술을 사용하는 것은 당연하다고 생각하며 따라서 라텍스 매입시 기술료를 단가에 포함하여 톤당 OOO매입한 것으로, OOO같이 신기술지정자는 법률에 의하여 기술사용료의 지급을 청구할 수 있다고 규정하고 있고 OOO신기술지정증서상 보호내용에도 보호기간을 2002.1.2.부터 2010.1.1.까지로 하면서 신기술을 사용한 자에게 기술사용료를 받을 수 있다고 명시되어 있는 바, 이와 같이 라텍스의 매입단가가 고가인지 여부는 이러한 제반 조건을 검토하여 판단하여야 할 것인 바, 청구법인이 OOO지급한 기술료를 고려하지 않고 단순히 매입단가만 비교하여 고가로 매입하였다고 하여 부당행위계산부인하는 것은 부당한 처분이라는 취지의 의견진술을 하였다.

(7) 이상의 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO가 라텍스 제조회사도 아니고 OOO제조공장에서 청구법인의 공사현장으로 직접 투입되어 품질검사나 기술이 반영될 소지가 없고, 청구법인이 OOO로부터 분할될 당시 도로포장 기술에 대한 특허를 양도받았으므로 OOO품질관리비 등 기술료를 지급할 이유가 없다고 주장하면서도 2006년도에 OOO로부터 매입한 라텍스 OOO경우 청구법인과의 거래단가가 톤당 OOO천원으로 OOO등 다른 법인의 OOO천원～OOO천원과 차이가 있음에도 이를 부당행위로 보지 아니한 데 대한 납득할 만한 사유를 제시하지 아니한 점, 라텍스 거래와 관련하여 청구법인이 제출한 물품거래계약서의 거래조건에는 품질관리비 등 기술료가 포함되어 있는 반면, 처분청이 제출한 물품거래계약서에는 관련내용이 기재되어 있지 아니한데, 처분청은 청구법인이 제출한 물품거래계약서가 진실한 것이 아니라는 의견을 제시하고 있는 바 이에 대한 조사가 필요해 보이는 점, 처분청은 청구법인이 도로포장과 관련하여 신기술을 적용한 것은 인정하나 라텍스 매입금액에 기술료가 포함되었다는 부분은 인정할 수 없다는 의견이고, 이에 대하여 조사청의 당시 조사담당공무원도 우리원의 심판관회의에 출석하여 확인하고 있는 바, 청구법인이 OOO로부터 라텍스 매입금액에 기술료가 포함되어 있다는 주장에 대한 기술적인 입증자료 등을 명확하게 제시하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 OOO로부터 매입한 라텍스 OOO매입단가에 기술료가 포함되어 있는 지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 처분청이 청구법인에게 부과한 2006년 사업연도 및 2007사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유있으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.