구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니며 감면세액도 조세특례제한법에서 기준시가에 따라 5년간의 감면소득금액을 산정하여야 함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○아파트 21동 304호(이하 “구주택”이라 한다)를 1996.12.1. 취득하였다가 동 아파트의 재건축사업으로 ○○○아파트 106동 2002호(사용승인일 2003.5.10., 이하 “신주택”이라 한다)를 취득하여 2009.12.1. 1,250,000,000원에 양도하고 2010.2.28. 양도소득세 예정신고를 하면서 1세대 1주택으로 비과세되는 9억원을 초과하는 양도소득금액 1억6,974만원에 대하여는조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】및 소득세법 시행령제166조【양도차익의 산정】을 근거로 감면율을 100%로 하여 전액감면 신청을 하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 신축주택 취득자의 양도소득세 감면금액은 신축전의 양도차익에 대하여는 적용되지 아니한다 하여 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 감면금액을 산정하고 2011.1.10. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 23,806,580원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세의 감면금액을 계산시 같은 법 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 산출하면서 분모는 양도당시의 기준시가에서 구주택 취득시의 기준시가를 차감한 금액으로, 분자는 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신주택 취득시의 기준시가를 차감한 금액으로 한 비율(21.1%)을 양도소득금액에 곱하여 감면소득금액을 계산하였다. 처분청의 이러한 계산은 재건축아파트의 권리변환과정을 이해하지 못하고 신축전 16평 아파트와 신축후 44평 아파트를 동일한 부동산으로 취급하는 오류를 범한 것으로서 소득세법 시행령제166조【양도차익의 산정】제7항에서 기준시가로 양도차익을 계산함에 있어서 기존 아파트의 보유기간, 건물철거후 나대지의 보유기간 및 신축건물 보유기간으로 나누어 계산하도록 규정하고 있으므로 이 건 양도소득세의 양도차익을 각각의 기간별로 나누어 각각 계산하여야 하고(조심 2010부415, 2010.9.17. 참조), 이 경우 양도소득금액에 곱하게 될 감면율은 98.2%가 된다. 또한, 처분청은 이 건조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세 감면대상 양도차익을 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 산출하면서 분자에 있는 ‘취득당시의 기준시가’는 신주택의 기준시가(2003년 기준시가)를, 분모에 있는 ‘취득당시의 기준시가’는 구주택(멸실전 주택)의 기준시가(1996년 기준시가)를 대입하였는 바, 이는 똑같은 법문에 있는 같은 문자가 달리 해석될 이유가 없음에도 이를 자의적으로 다르게 해석하여 과세한 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이조세특례제한법제99조의3의 적용을 위해 감면대상 소득금액을 산정함에 있어 적용하여야 한다고 주장하는 소득세법 시행령제166조【양도차익의 산정】규정은 일반적인 기준시가에 의한 양도소득금액을 구할 때 적용하는 규정으로서 감면대상 소득금액을 산정하기 위한 규정이 아니므로 현행조세특례제한법의 규정에 부합되지 아니한다. 당해 사건의 경우처럼조세특례제한법제99조의3의 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발을 포함)의 경우, 종전 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 아니하므로 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제99조의3의 규정에 따라 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 양도소득을 구하는 적합한 방법이다. 또한, 조심 2010부415(2010.9.17.) 심판결정례는 소득세법 시행령제166조를 감면대상소득의 구분을 위해 인용하였을 뿐 감면대상소득의 계산을 명시한 것이 아니므로 감면대상소득의 계산시 소득세법 시행령제166조를 적용하여야 한다는 청구주장은 적절하지 아니하고,조세특례제한법에서 기준시가에 따라 5년간의 감면소득금액을 산정하도록 규정하고 있으므로 시세와 맞지 아니하다 하여 동 산정방법이 부당하다는 청구주장은 적법하지 아니하며, 신주택은 구주택의 재개발사업에 따라 취득하였는 바, 당해 양도소득세 과세표준은 구주택을 청구인이 취득한 시점부터 발생한 것이므로 양도소득금액을 신축 전·후로 배분할 수 없다는 청구주장은 타당성이 없다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 산출방법
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원" 이라 함은 도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(4) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제100조【양도차익의 산정】

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 것) 제166조【양도차익의 산정 등】

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 이 건조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세 감면대상 양도차익을 소득세법 시행령제166조에서 규정하고 있는 바와 같이 구주택의 보유기간, 건물철거 후 나대지의 보유기간 및 신주택의 보유기간으로 나누어 배분하고, 이 중 신주택의 보유기간에 배분된 양도차익을 다시 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 신주택 취득후 5년 이내와 5년 이후의 양도차익으로 배분한 후 이 중 5년 이내의 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

(2) 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는 바, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득은 아래 산식과 같으며, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임).

(3) 나아가 처분청의 심리자료 및 청구인의 이 건 심판청구 불복이유서에서 언급된 우리 심판원의 조심 2010부415(2010.9.17.) 심판결정례는 소득세법 시행령제166조를 감면대상소득의 구분을 위해 인용하였을 뿐 감면대상소득의 계산을 명시한 것이 아니다. 그렇다면, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것인 바(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 등 다수가 같은 뜻), 처분청이 위에서 본 바와 같이 청구인의 이 건조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 소득금액을 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에 분자의 취득당시 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시의 기준시가’를, 분모의 취득당시 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 적용하여 산정하고 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.