복수의 사업을 영위하는 청구인이 부동산임대업 사업장의 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 제조업 사업장에 대하여 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 잘못임.

OOO세무서장이 2010.8.16. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 81,948,050원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 경기도 OOO에 출판업을 영위하는 5개 사업장과 서울특별시 OOO 및 같은 시 OOO에 부동산임대 사업장(OOO 사업장과 합하여 이하 “쟁점부동산임대사업장”이라 한다)을 보유하고 있는 개인사업자로서, 2003.12.8. 5개 출판업 사업장을 서울특별시 OOO로 이전함에 따라 2008년 귀속 종합소득세 신고시조세특례제 한법제63조에 따라 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대 한 세액감면을 적용하여 72,420,870원을 감면세액 (이하 “쟁점세액감면”이라 한다) 으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세액감면을 적용받기 위해서는 사업용계좌를 개설하여야 함에도 청구인이 쟁점부동산임대사업장에 대하여 사업용계좌를 개설하지 아니한 것으로 보아 쟁점세액감면을 배제하여 2010.8.16. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 81,948,050원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.10. 이의신청을 거쳐 2011.3.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2007.5.22. 경리담당 여직원이 사업용계좌를 신청하면서 매출이 가장 적은 출판사인 ‘OOO’와 쟁점부동산임대사업장의 계좌를 편의상 하나의 사업용계좌(OOO로 신청하였으나, 금융기관의 실수로 ‘OOO’의 사업용계좌로만 국세청에 등록되고, 쟁점부동산임대사업장의 사업용계좌는 국세청에 등록되지 아니하여 2009.1.1.과 2009.3.22.에 쟁점부동산임대사업장의 사업용계좌를 변경하여 쓰고 있는바, 국세청에서도 국민 홍보부족으로 조세저항을 고려하여 사업용계좌 가산세 민원축소방안을 마련하여 납세자가 금융기관에 사업용계좌를 신청한 것만 확인되면 금융기관이나 세무서의 착오나 실수로 사업용 계좌가 개설되지 않았어도 2008년도 종합소득세에 한하여 구제한 취지를 감안할 때, 처분청이 쟁점세액감면을 배제하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국세청에서 마련한 사업용계좌 가산세 민원축소 방안은 은행에서 발행한 사업용계좌 통장 앞면에 ‘사업용계좌’라는 문구가 기재되어 있고, 납세자가 은행에 사업용계좌를 개설 신청하였다는 증빙서류가 있는 것에 한하여 가산세를 부과하지 않도록 한다는 내용으로서 청구인과 같은 조세감면에도 적용하는 것은 아니며, 조세특례제한법제128조에 따른 감면배제는 세법 규정에 따른 의무를 이행하지 아니한 경우 세액감면 혜택을 받을 수 없다는 별개의 규정이므로 처분청이 부동산임대 사업장의 사업용계좌를 개설하지 아니한 청구인에게 쟁점세액감면을 배제하고 2008년 귀속 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 복수사업을 영위하는 청구인이 2008.3.31.까지 부동산 임대업 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 제조업 사업장의 수도권 과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제160조의5 【사업용계좌의 개설ㆍ사용의무 등】① 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급 하는 거래의 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 사업용계좌(이하 “사업용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 거래의 대금을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 때

2. 인건비 및 임차료를 지급하거나 지급받는 때. 다만, 인건비를 지급하거나 지급받는 거래 중에서 거래상대방의 사정으로 사업용계좌를 사용하기 어려운 것으로서 대통령령으로 정하는 거래는 제외한다.

② 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 때에는 명세서를 별도로 작성ㆍ보관하여야 한다. 다만, 제160조의2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증빙서류를 갖춘 거래 등 대통령령이 정하는 거래의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우에는 사업자등록증 교부일)부터 3개월 이내에 사업용계좌를 개설하고 해당 사업자의 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 사업용계좌가 이미 개설ㆍ신고되어 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 조세특례제한법 제63조 【수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】① 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 제128조【추계과세시 등의 감면배제】④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. 1.소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 국세통합전상망 자료 등에 따르면 청구인은 경기도 OOO에 출판업을 영위하는 5개 사업장과 서울특별시 OOO에 부동산임대 사업장인 쟁점부동산임대사업장을 보유하고 있는 사업자로서, 아래 <표1>과 같이 5개 출판업 사업장은 2007.5.22. 사업용계좌를 신고하였으나, 2개의 쟁점부동산임대사업장은 2009.1.1. 및 2009.3.26. 각각 사업용계좌를 신고하였음이 나타난다. <표1> 청구인의 사업장 및 사업용계좌 신고내역

(2) 청구인은 2003.12.8. 5개 출판업 사업장을 서울특별시OOO로 이전함에 따라,조세특례제한법제63조의 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면을 신청하여 2003.12.8.이 속하는 2003년부터 2007년까지 5개 과세연도는 출판업 사업장에서 발생하는 소득의 100%에 상당하는 세액을 감면받았고, 2008 과세연도는 당해 소득의 50%에 상당하는 세액을 감면(쟁점세액감면)신청하였으나, 처분청이 청구인의 부동산임대 사업장에 대한 사업용계좌 개설이 2008.3.31. 이후에 되어 있다 하여조세특례제한법제128조에 의하여 쟁점세액감면을 배제하여 이 건 종합소득세를 과세하였는바, 청구인의 2008년 귀속 종합소득세 신고 및 쟁점세액감면의 계산내역은 아래 <표2>와 같이 나타난다. <표2> 2008년 귀속 종합소득세 신고내역 (OO: O) * 쟁점세액감면의 계산내역 출판업 소득금액 465,993,207원 산출세액 193,476,561원 × 총 소득금액 622,463,953원 × 50/100 = 72,420,870원

(3) 조세특례제한법제63조 제1항에 따르면, 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전하여 2008.12.31.까지 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는 소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위 조세특례제한법제63조(수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면)의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 <표1>과 같이 청구인은 2007.5.22. 출판업 5개 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설․신고하였고, 부동산임대 사업장의 사업용계좌를 2008.3.31.까지 개설․신고하였는지에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 있는바, 처분청의 사업용계좌 신고내역 자료와 같이 청구인이 부동산임대업에 대한 사업용계좌를 2009년에 개설․신고하여 2008.3.31.까지 사업용계좌를 신고하지 아니한 것으로 보더라도조세특례제한법제63조의 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면은 수도권 과밀억제권역 안에 산업시설 및 기업활동의 집중을 억제하고, 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 기업의 지방이전을 유도함과 아울러 지방산업의 경영여건 향상을 지원하는데 그 제도의 취지가 있는 것으로, 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면을 신청한 당해 사업장(5개 출판사)에 대하여 사업용계좌를 미개설한 경우에만 세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

(5) 따라서, 청구인이 부동산임대업 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 이미 사업용계좌를 개설․신고한 청구인의 출판업 사업장에 대해서도 쟁점세액 감면을 배제하고 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.