토지거래계약허가구역 내에서 토지를 양도한 손익의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도임

심판청구를 기각한다. 이 유

• 가. 청구법인은 토지 등을 분할 판매하는 기획부동산업체로서 ○○○ 소재하면서 ○○○ 9,031㎡ 및 ○○○ 110,195㎡를 취득하였다가 토지거래 허가 이전인 2008사업연도에 ○○○ 토지 중 5,124㎡를 양도하고 토지매각대금 1,039,000,000을 선수금으로 계상하였고, ○○○ 토지 중 2008사업연도에 41,818㎡, 1,910,820,000원 및 2009사업연도에 39,570㎡, 3,138,065,300원에 양도하고 토지매각대금 5,048,885,300원을 선수금(2008사업연도 및 2009사업연도 선수금 합계 6,087,885,300원)으로 계상하였으나, 2011.2.1. ○○○청장으로부터 양도 계약 토지 중 2007사업연도에 ○○○ 4,463㎡, 양도가액 953,000,000원 및 ○○○ 토지 중 2008사업연도에 27,273㎡, 1,201,420,000원 및 2009사업연도에 26,430㎡, 2,153,615,300원이 거주요건 불충족으로 토지거래 불허가되어 계약해제되었다.
• 나. 처분청은 청구법인이 양도한 토지매각대금 86,512㎡, 6,087,885,300원 중 토지거래허가구역 내 토지 28,346㎡, 1,779,850,000원(이하“쟁점토지”라 한다)에 대하여 대금청산일 기준으로 수익을 인식하여 선수금으로 과대 회계처리된 2008사업연도 매출누락 2,749,620,804원 및 기타 매출누락 200,199,196원과 2009사업연도 매출누락 909,083,300원 및 기타 매출누락 2,008,982,000원을 익금에 가산하고 2010.12.10. 청구법인에게 2008년 법인세 920,295,750원, 2009년 법인세 162,795,160원 합계 1,083,090,910원을 경정․고지하였다가 쟁점토지 중 ○○○ 4,463㎡ 및 ○○○ 53,703㎡가 계약 해제됨에 따라 2008년 법인세 850,4956,520원, 2009년 법인세 151,815,090원 합계 1,002,311,610원을 결정․취소하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 청구일 현재까지 토지거래 허가구역으로 양도할 당시 토지거래허가를 득하게 될 가능성이 확실하지 아니하여 한국회계기준원의 질의(회신 06-038 건설업의 용지 관련 회계처리)에 따라 쟁점토지의 양도에 대하여 매출로 인식하지 않고 선수금으로 회계 처리하였으며, 청구법인은 법인세법 제43조 (기업회계기준과 관행의 적용)에 따라 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우에 해당하므로 손익귀속 시기는 잔금청산일이 아닌 토지거래 허가를 득한 사업연도로 보아야 한다. 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서에는 양도소득과세표준예정신고를 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.”고 규정하고 있는 바, 소득세법에 토지거래 허가구역의 토지에 대한 양도소득신고 시기를 예외로 둔 것은 당사자들 사이에 원상회복 의사가 불명확하더라도 당사자들의 채권자 등에 의하여 원상회복청구가 이루어 질 가능성이 있어 매도인이 취한 이익이 확정적이라고 보기 어려운 점, 만일 매도인에게 과세한 후 매도인이 매수인에게 대금반환을 하게 되는 경우에 매도인이 부과처분 취소소송이나 국세기본법 제15조 의 2 후발적인 경정청구제도로 항상 구제될 수 있다고 단정할 수 없어 매도인이 이중으로 부담을 지게 될 가능성이 있다○○○. 따라서 법인세법 예규에서 토지거래허가구역의 토지처분에 대한 손익귀속시기를 대금을 청산한 날로 하고, 잔금 청산 후 국토이용계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항의 규정에 의한 토지거래계약에 관한 허가를 받지 아니한 경우 잔금청산일이 속하는 사업연도 법인세 신고분을 수정신고 또는 경정청구 하도록 한 것은 동일한 사항에 대하여 각각 다른 기준을 적용하여 법인 사업자에게는 억울한 측면이 있다. 따라서 쟁점토지 처분의 손익귀속 시기는 잔금청산일이 아닌 토지거래허가를 득한 사업연도로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 법인세 신고시 손익계산서상 손익으로 계상하지 아니하고 재무상태표 상 선수금으로 2008년 2,950백만원, 2009년 3,138백만원 계상하였음이 확인되나, 법인세법시행령 제68조 제1항 제3호 에는 토지거래계약허가구역 내에서 토지를 양도하는 손익의 귀속시기는 대금청산일로 명확히 명시되어 있으므로 상기금액은 당해 사업연도의 수입금액으로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 토지거래허가 구역 내 토지를 허가 받기 전에 잔금을 수령하고 선수금으로 계상한 경우 익금의 귀속시기를 잔금청산일이 아닌 토지거래허가일로 볼 수 있는 지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. (3) 소득세법 제105조 【양도소득과세표준예정신고】 ① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약 허가구역 안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 토지 등을 분할 판매하는 기획부동산업체로서 ○○○ 소재하면서 ○○○ 9,031㎡ 및 ○○○ 110,195㎡를 취득하였다가 토지거래 허가 이전인 2008사업연도에 ○○○ 토지 중 5,124㎡를 양도하고 토지매각대금 1,039,000,000을 선수금으로 계상하였고, ○○○ 토지 중 2008사업연도에 41,818㎡, 1,910,820,000원 및 2009사업연도에 39,570㎡, 3,138,065,300원에 양도하고 토지매각대금 5,048,885,300원을 선수금(2008사업연도 및 2009사업연도 선수금 합계 6,087,885,300원)으로 계상하였으나, 2011.2.1. ○○○청장으로부터 양도 계약 토지 중 2007사업연도에 ○○○ 4,463㎡, 양도가액 953,000,000원 및 ○○○ 토지 중 2008사업연도에 27,273㎡, 1,201,420,000원 및 2009사업연도에 26,430㎡, 2,153,615,300원이 거주요건 불충족으로 토지거래 불허가되었고, 처분청은 청구법인이 양도한 토지매각대금 86,512㎡, 6,087,885,300원 중 토지거래허가구역 내 쟁점토지 28,346㎡, 1,779,850,000원에 대하여 대금청산일 기준으로 수익을 인식하여 선수금으로 과대 회계처리된 2008사업연도 매출누락 2,749,620,804원 및 기타 매출누락 200,199,196원과 2009사업연도 매출누락 909,083,300원 및 기타 매출누락 2,008,982,000원을 익금에 가산하고 2010.12.10. 청구법인에게 2008년 법인세 920,295,750원, 2009년 법인세 162,795,160원 합계 1,083,090,910원을 경정․고지하였다가 쟁점토지 중 ○○○ 4,463㎡ 및 ○○○ 53,703㎡가 계약 해제됨에 따라 2007년 법인세 850,4956,520원, 2008년 법인세 151,815,090원 합계 1,002,311,610원을 결정․취소하였고, 청구법인은 2008년 법인세 69,799,220원, 2009년 법인세 10,980,070원 합계 80,779,300원 중 토지거래허가구역 내 토지의 처분 507,400,000원과 관련한 법인세를 취소하는 불복을 제기하였다.

(2) 청구법인의 토지 취득 및 양도, 계약해제 내역은 다음과 같다.

○ 청구법인의 취득 및 양도 내역

○○○

○ 청구법인의 계약해제 내역

○○○

(3) 청구법인의 쟁점토지 양도 잔금 수령시 회계처리 내역은 다음과 같다.

○ 2008사업연도 (차) 현금 2,949,820,000원 (대) 선수금 2,949,820,000원

○ 2009사업연도 (차) 현금 3,138,065,300원 (대) 선수금 3,138,065,300원

(4) 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 청구일 현재까지 토지거래 허가구역으로 양도할 당시 토지거래허가를 득하게 될 가능성이 확실하지 아니하여 한국회계기준원의 질의에 따라 쟁점토지의 양도에 대하여 매출로 인식하지 않고 선수금으로 회계 처리한 것으로 법인세법 제43조 (기업회계기준과 관행의 적용)에 의한 일반적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용한 경우에 해당하므로 손익귀속 시기는 잔금청산일이 아닌 토지거래 허가를 득한 사업연도로 보아야 한다고 주장하고 있지만, 청구법인은 쟁점토지를 취득하였다가 쟁점토지의 일부를 양도하고 토지거래허가구역으로 허가 받기 이전에 양도계약을 하고 토지매각대금을 선수금으로 계상하였음이 확인되고 있는 바, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 에는 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 상품 등외의 자산의 양도로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 규정하고 있음에 따라 처분청이 토지거래계약허가구역 내에서 토지를 양도한 손익의 귀속시기를 대금청산일로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.