1주택과 1조합입주권을 보유한 1세대가 주택을 양도하는 경우에는 비과세 받을 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 대지 84.97㎡, 건물 46.09㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.9.23. 취득하여 거주하다가 2006.1.10. ○○○(이하 “쟁점외주택”이라 한다)의 조합원입주권을 승계취득하여 2008.1.8. 쟁점외주택이 완공된 후, 2008.10.14. 쟁점주택을 5억 5,500만원에 양도한 것에 대하여 처분청은 쟁점외주택이 완공된 후 세대전원이 1년 이상 거주하지 아니한 상태에서 쟁점주택을 양도한 것은 양도일 현재 1세대1주택 비과세 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 중과세율(50%)을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 2010.11.5. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 202,825,470원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.1. 이의신청을 거쳐 2011.3.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점주택을 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주하여 비과세요건을 갖추고, 쟁점주택을 쟁점외주택의 조합원입주권 취득일로부터 1년이 경과하여 양도한 경우로서 소득세법 시행령제156조의2 제4항의 1세대1주택 비과세 특례 요건인 쟁점외주택에서 1년 이상 거주하여야 하는 요건을 충족하지 못하여 양도소득세 과세대상이기는 하나,

(2) 세법 적용시에 조합원입주권인지 주택인지의 여부는 국세청 예규(재일46014-1982, 1994.7.20.)와 같이 양도일 현재 상황에 따라 판정하여야 하는 것으로 쟁점외주택이 취득 당시에는 조합원입주권이었으나 2008.1.8일 준공되어 양도 당시에는 주택이어서 청구인은 쟁점주택의 양도일 현재 2주택 보유자에 해당하고, 관리처분계획인가일(2005.3.11.) 이후인 2006.1.10. 조합원입주권을 승계받아 취득한 재건축주택은 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 ‘자기가 건설한 건축물’에 해당하므로 쟁점외주택의 취득시기는 재건축주택의 ‘사용검사필증교부일(2008.1.8일)’로 보아야 하며, 청구인은 쟁점외주택의 취득일부터 1년 이내에 쟁점주택을 양도한 경우에 해당하므로 소득세법 시행령제167조의5 제1항 제7호의 규정에 의해 2주택 중과대상에서 제외되어야 한다.

(3) 처분청은 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호가 쟁점외주택이 완공된 후 그 완공된 주택을 양도할 경우 보유기간을 산정할 때의 취득시기를 규정한 것”이라고 주장하나, 동일한 문구에 대한 세법 적용시에 특별한 예외규정이 없는 경우에는 세법 전반에 걸쳐 동일한 해석이 적용되어야 함에도 쟁점외주택을 양도한 경우에는 사용검사필증교부일을 취득시기로, 쟁점주택을 양도한 경우에는 조합원입주권을 취득시기로 하는 것은 자의적인 세법 해석이고,

(4) 처분청이 쟁점외주택을 조합원입주권으로 보는 근거인 소득세법부칙(2005.12.31., 법률 제7837호)은 2005.12.31. 신설된 같은 법 제104조 제1항 제2호의6의 규정을 적용함에 있어 2006.1.1.이후 조합원입주권을 매매로 인하여 승계취득한 경우에 조합원입주권으로 보아 법 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다는 규정으로 해석해야 함에도, 처분청은 조합원입주권이 주택으로 변환된 경우에도 동부칙에 의해 조합원입주권으로 의제되므로 중과세율 적용이 정당하다고 주장하는 것은 조세법률주의에 반하는 부당한 해석이다.

(5) 위와 같이 2주택자의 중과세 예외규정인 소득세법 시행령제167조의5 제1항 제7호의 규정을 적용함에 있어 승계조합원으로서 취득한 쟁점외주택의 취득시기는 사용검사필증교부일(2008.1.8.)로 보아야 하며, 청구인은 쟁점외주택의 취득일로부터 1년 이내 쟁점주택을 양도하였으므로 소득세법제104조 제1항 제2호의5 및 같은 법 시행령 제167조의5 제1항 제7호의 규정에 의해 중과세 대상에서 제외되어야 하므로 소득세법제104조 제1항 제1호의 세율 및 장기보유특별공제(10%)를 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2005.12.31. 이전에 관리처분계획인가(인가일 2005.3.11.) 받은 조합원입주권을 2006.1.10. 경락받아 승계취득하고 재건축주택이 완공된 후 쟁점주택을 양도한 것으로 2006.1.1. 이후 쟁점외주택을 승계취득하는 경우와 같이 볼 수 없고,

(2) 1주택과 1조합원입주권을 보유하다가 종전주택을 양도하는 경우, 1세대1주택 양도소득세 비과세를 배제하는 것이 원칙이므로 1주택과 1조합원입주권 보유자에 대해 예외적으로 1세대1주택 양도소득세 비과세를 적용하는 소득세법 시행령제156조의2 제4항의 규정은 엄격히 해석하여야 하며,

(3) 쟁점주택이 양도될 당시 쟁점외주택이 완공되었다고 해서 이를 조합원입주권으로 보지 않고, 자기가 건설한 건축물로 보아 그 취득시기를 사용검사필증교부일(2008.1.8.)로 보아야 한다는 청구인의 주장은 쟁점외주택이 완공된 후 그 완공된 주택을 양도할 경우 보유기간을 산정할 때의 취득시기를 규정한 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 법리와 입법취지를 오인한 청구인의 자의적인 해석이고,

(4) 1주택을 소유한 1세대가 2005.12.31. 이전에 조합원입주권을 승계취득한 후 재건축주택이 완공되어 일시적으로 2주택이 된 경우 1년 이내 종전주택을 양도한 경우에는 1세대1주택 비과세를 적용하는 것이나, 2005.12.31. 이전에 관리처분계획인가를 받은 조합원입주권을 2006.1.1. 이후에 경매로 승계취득한 청구인의 조합원입주권은 소득세법부칙(2005.12.31. 법률 제7837호)에 의하여 2006년 1월 1일 이후 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아 소득세법제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용하는 것이므로 같은 법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하기 어렵다.

• 가. 쟁 점 1주택과 1조합원입주권을 보유한 1세대가 종전주택인 쟁점주택을 양도한 경우 일시적 1세대 2주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제95조【양도소득금액】

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 1세대1주택"이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제156조2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이 경과하여 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항의 규정을 적용한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업"이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 "주택재건축사업"이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의5【양도소득세과 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의5에서 "대통령령이 정하는 1세대2주택에 해당하는 주택"이라 함은 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

7. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 1년이 경과하지 아니한 경우(1년이 경과한 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에 한한다

○ 소득세법 시행령 제167조의6【1세대2주택․조합원입주권에서 제외되는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의6에서 "대통령령이 정하는 1세대"라 함은 제154조의 규정에 따른 1세대를 말한다.

③ 법 제104조 제1항 제2호의6에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 국내에 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 소유하고 있는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택을 말한다.

1. 제156조의2 제3항 내지 제5항의 규정에 따라 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용받는 주택으로서 양도소득세가 과세되는 주택

4. 1세대의 구성원 중 일부가 근무상의 사유로 인하여 다른 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(직장의 소재지와 같은 시·군에 소재하는 주택)을 취득함으로써 1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우의 당해 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 당해 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

○ 소득세법 부칙 【2005.12.31. 법률 제7837호】 제1조(시행일) 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제156조의4의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제95조 제2항(각 호 외의 본문 중 제104조 제1항 제2호의5 내지 제2호의8에 관한 부분에 한한다), 제101조 제2항 및 제104조 제1항(제2호의4를 제외한다)의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 제12조(조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례)

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 주택건설촉진법(법률 제6852호 도시 및 주거환경정비법으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매·상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 양도소득세 결정결의서에 의하면, 처분청은 청구인의 양도소득세를 결정하면서 양도가액 5억 5,500만원에서 취득가액 220,101,690원, 필요경비 9,273,450원을 차감하되 장기보유특별공제는 배제하고 양도소득기본공제 250만원만 추가 차감하여 과세표준을 325,124,860원으로 계산한 후, 세율 50%를 적용한 산출세액 161,562,430원에 신고불성실가산세 16,156,243원, 납부불성실가산세 25,106,801원을 가산하여 양도소득세 고지세액을 202,825,470원으로 결정한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 권리의무승계(명의변경)확인서 및 경락대금완납증명서 등의 자료를 종합하면, 청구인은 ○○○를 통해 경락대금 2억 6,250만원에 낙찰받아 2006.1.10. 경락대금을 완납한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 ○○○에게 ○○○에 대한 관리처분계획인가를 처리하였음을 통지하는 공문을 발송하였다.

(4) 청구인이 제출한 쟁점주택 등기부등본에 의하면, 청구인은 2005.10.28. ○○○(쟁점주택)의 소유권보존등기를 하였고, 2008.6.14. 매매를 원인으로 쟁점주택을 양도하였다.

(5) 청구인이 제출한 쟁점외주택 등기부등본에 의하면, 청구인은 2008.7.21. ○○○(쟁점외주택)의 소유권보존등기를 하였고, 등기부등본 열람일시인 2011.1.28. 현재까지 소유권을 보유하고 있다.

(6) 청구인이 제출한 매매계약확인서에 의하면, 청구인은 2002.2.1. ○○○로부터 양수하고, 매매계약서는 별도로 작성하지 않았으며, 조합원입주권 프리미엄으로 2,000만원을 지급한 것으로 확인되어 청구인은 쟁점주택도 조합원입주권을 승계취득하여 주택 완공후 거주하다가 양도한 것으로 나타난다.

(7) 청구인의 주민등록등본에 의하면, 청구인은 쟁점주택 주소지에 전입하기 전 ○○○에 전입하였다가 2005.10.5. 쟁점주택 주소지에 전입하였고, 2008.10.14. ○○○로 전출하였다.

(8) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 2005.12.31. 법률 7837호로 개정된 소득세법제89조 제2항은 주택과 조합원입주권을 보유한 자가 주택을 양도하는 경우에는 원칙적으로 1세대1주택 양도소득세 비과세의 적용을 배제하고, 1주택을 보유하고 있던 1세대가 1조합원입주권을 취득하여 조합원입주권을 취득한 날로부터 1년이 경과하여 종전주택을 양도한 경우로서 재건축주택이 완공된 후 1년 이내에 그 주택에 세대전원이 이사하여 1년 이상 거주하고, 재건축주택 완공전 또는 완공 후 1년 이내에 종전주택을 양도하는 경우에만 예외적으로 1세대1주택 비과세를 적용하도록 하고 있으므로 청구인은 쟁점외주택에 거주하지 아니하여 1세대1주택 비과세를 적용받을 수 없다. 또한, 같은 법 제104조 제1항에서 주택과 조합원입주권을 보유한 세대가 주택을 양도하는 경우 양도소득세율 50%를 적용하도록 하여 주택 보유세대의 재개발·재건축아파트에 대한 투기적 수요를 억제하려는 입법취지를 감안하면, 기존 주택을 보유하고 있으면서 조합원입주권을 취득한 청구인은 취득한 그 조합원입주권이 단지 주택으로 변환되었다는 사실 이외에 양도소득세를 중과하지 않아야 할 당위성을 달리 찾을 수 없다. 가사, 청구주장과 같이 조합원입주권이 2008.1.8. 준공되어 주택으로 변환되어 청구인이 1세대 2주택에 해당한다 하더라도, 1세대 2주택자에 대한 양도소득세 중과세의 예외를 규정하고 있는 소득세법 시행령제167조의5 제1항 제7호는 종전주택에서 이사하기 위해 새 주택을 취득하는 경우에 “자기가 건설하여 취득하는 경우를 포함한다”고 규정하고 있을 뿐, 신규주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면을 규정하고 있는 조세특례제한법제99조 제1항 제1호와 같이 조합을 통해 조합원이 취득한 주택을 포함한다고 명시적으로 규정하고 있지 아니하여 청구인과 같이 조합원입주권에 기초하여 조합을 통해 재건축주택을 취득하는 것은 소득세법 시행령제167조의5 제1항 제7호의 적용대상에 포함된다고 보기도 어려운 것으로 보이며, 소득세법제104조 제1항 제2호의5 또는 제2호의6을 적용받은 청구인은 같은 법 제95조 제2항의 규정에 의하여 장기보유특별공제대상에서도 제외된다고 보인다. 따라서, 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 양도소득세 중과세대상에 해당한다고 보아 양도소득세율 50%를 적용하고 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.