소득금액변동통지에 따른 원천징수분 근로소득세 납세고지에 대하여도 불복청구 할 수 있음

OOO세무서장이 2010.12.8. 청구법인에게 한 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO의 부과처분은 청구법인이 제출한 사업용계좌OOO의 금융거래내역 및 이와 관련된 증빙서류에 근거하여법인세법제66조 제3항에서 규정하고 있는 실지조사방법에 의하여 재조사하고, 그 결과에 따라 소득처분금액 및 소득금액변동통지금액을 확정하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1998.12.8. 개업하여 전기․통신․소방건설업을 주업으로 하는 업체로 2008사업연도 법인세 신고시 매출액을 OOOO,OOOOO으로, 매출원가를 OOO으로, 당기순이익을 OOO으로 재무재표를 작성하고 세무조정을 한 후 소득금액을 OOO으로, 산출세액을 OOO으로 하여 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2009년 6월 청구법인의 2007년 제2기 부가가치세 환급신청이 적정한지 여부를 검토한 결과, 2008사업연도에 가공매출액 OOO,OOOOO2, 가공매입액 OOO이 확인되어 가공원가가 총원가의 56%를 차지하는 사실 등으로 보아 장부 및 증빙서류의 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하여 소득금액을 추계로 결정하는 것이 타당하다고 판단하고 그 추계소득금액을 OOO으로 산정하여 2009.9.16. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 서울지방국세청장이 처분청에 대한 종합업무감사시 위 추계소득금액과 결산서상 당기순이익 간의 차액인 OOO에 대한 상여처분을 누락한 것에 대하여 시정지시를 함에 따라 처분청은 2010. 7.21. 소득자를 실질적인 사주인 김OOO으로 하는 소득금액변동통지서(OOOOO OO OOOO O,OOO,OOO,OOOO)를 청구법인에게 발송하였으나, 청구법인이 이에 대한 신고․납부를 이행하지 아니하므로(불복청구를 제기하지는 아니함) 2010.12.8. 청구법인에게 2008년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 전기통신 및 소방공사를 주업으로 하는 업체로서 OOO, 국가기관 등을 대상으로 관급공사를 전문으로 하고 있으며, 청구법인의 실질운영자는 김OOO으로 30여년 간 관급공사를 전문으로 하여 왔고, 아들인 김OOO은 OOOOOOOO(이하 “쟁점업체”라 한다)이라는 상호로 청구법인과 같이 전기통신 및 소방공사를 주업으로 하면서 관급공사를 전문으로 하는 개인사업체를 운영하고 있다. 관급공사 입찰에 참여하기 위해서는 매출액이 일정 수준이 되어야 하므로 청구법인과 쟁점업체는 이를 위하여 실적을 부풀리는 과정에서 가공매출 및 매입세금계산서를 수수한 사실이 있는바, 처분청이 적출한 2008년 제2기 매출세금계산서 OOO과 쟁점업체로부터 교부받은 매입세금계산서 OOO이 모두 실제 거래 없이 세금계산서만 수수한 것임에는 이의가 없으나, 위 매입세금계산서 중 OOOOOOOO(공급가액, <표1>의 ③,④,⑤ 참조)은 청구법인이 직접 공사를 진행한 것이므로 이를 소득금액변동통지금액에서 제외하여야 한다. 청구법인이 쟁점업체로부터 실물거래가 없이 세금계산서만 수취한 내역은 <표1>과 같다. <표1> 생략 OOOOOOOOOO OOOOOOO OOO OOOOOOO (OO: O) 위 ①,② 금액 OOO(공급가액)은 가공매출 OOO을 상쇄하기 위한 가공매입분임을 인정하지만, ③은 OOO 전기공사분으로 계약금액은 OOOO,OOOOO이었고, 청구법인이 직접 공사를 진행하였으면서도 쟁점업체의 매출액을 높여 관급공사를 낙찰받기 위하여 2008.12.31.자로 OOO의 가공의 세금계산서를 교부받았으며, ④,⑤는 OOO분으로 계약금액은 OOOO,OOOOO이었으며, 청구법인이 직접 공사를 진행하였으면서도 쟁점업체의 매출액을 높여서 관급공사를 낙찰받기 위하여 2008.10.7.자로 OOO, 2008.12.31.자로 OOO, 합계 OOO 상당의 가공세금계산서를 교부받았다. 당초 조사당시 청구법인의 실사주인 김OOO은 간암, 대장암, 피부암 등 지병에 시달리고 있는 중에 조사를 받았고, 위 5개 세금계산서가 가공이라는 내용의 확인서에 도장을 날인한 사실은 있으나, 처분청은 청구법인이 실제 ③,④,⑤공사를 진행한 것에 대해서는 아무런 확인도 하지 아니하고 단지 위 확인서에 근거하여 동 매입금액 OOO이 전부 가공비용으로 사외에 유출되어 김OOO에게 귀속된 것으로 보았는바, 위의 ③,④,⑤에 대한 공사비용은 모두 청구법인의 사업용 계좌에서 지급되어 금융거래증빙에 의하여 지출한 사실이 확인되는 등 장부와 증빙서류가 구비되어 있음에도 처분청이 추계로 법인소득금액을 산정하여 본 건 상여처분을 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점업체로부터 수취한 ③,④,⑤의 매입세금계산서 OOOOOOOO은 청구법인이 실제 공사한 것이며, 해당 공사비용은 청구법인의 사업용 계좌를 통하여서 지급하였다고 주장하고 있으나, 당해 금액의 지출에 대하여 당초 조사시에는 제출하지 아니한 점, 동 금액이 당해 공사와 관련하여 직접 지출되었는지 여부가 불분명한 점, 위의 지급내역 중에는 타공사분의 비용이 혼재되어 있을 가능성도 배제할 수 없는 점 등으로 보아 청구주장을 받아들일 수 없다. 따라서, 2008사업연도의 가공매출액이 OOO, 가공매입액이 OOO이나 되어 가공원가가 총원가의 56%를 차지하고, 가공원가를 소득금액에 가산시 소득율이 67%에 이르는 등 실제 매출에 대응하는 공사원가가 비현실적으로 과소한 점은 법인세법 시행령제104조(추계결정사유) 제1항 제1호의 ‘소득금액을 계산함에 있어 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하는 것이므로 소득금액을 추계결정한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 가공매입거래분OOO 중 OOO은 실제 공사비로 지출한 내역이 금융거래증빙 등으로 확인되므로 이를 대표자 상여처분 대상금액에서 제외하여야 한다는 주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때

② 다음 각 호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다.

1. 원천징수하는 소득세 또는 법인세에 있어서는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때 제22조【납세의무의 확정】① 국세는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 제1항에도 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정된다.

3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

5. 중간예납하는 법인세(세법에 따라 정부가 조사·결정하는 경우는 제외한다. (2) 국세기본법 시행령 제10조의2【납세의무의 확정】법 제22조 제1항에서 규정하는 해당 세법의 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각 호와 같다.

1. 소득세, 법인세, 부가가치세, 개별소비세, 주세, 증권거래세, 교육세 또는 교통·에너지·환경세: 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 제1호의 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 경우: 그 결정하는 때

3. 종합부동산세: 정부가 종합부동산세의 과세표준과 세액을 결정하는 때. 다만, 제4호에 해당하는 경우는 제외한다.

4. 납세의무자가종합부동산세법제16조 제3항에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 경우: 그 신고하는 때

5. 제1호 및 제3호 외의 국세: 해당 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때 (3) 소득세법 시행령 제192조【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

(4) 법인세법 제66조【결정 및 경정】③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방 국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (5) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원 수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전략사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조 의 규정에 의한 표준소득률(이하 “표준소득률” 이라 한다)을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법으로 한다. 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 본 건의 경우 심판청구일(2011.3.4.)이 청구법인이 소득금액변동통지서를 받은 날(2010.7.21.)부터는 90일이 경과하였으며 원천징수분 근로소득세 납세고지서를 받은 날(2010.12.8.)부터는 90일이 경과하지 아니하였는바, 먼저 본 건 심판청구가 본안심리 대상인지 여부에 대하여 직권으로 살펴보기로 한다. (가) 납세의무 확정절차를 정하고 있는국세기본법제22조 제1항 및 같은 법 시행령 제10조의 2의 규정에 의하면 이른바 신고납세제도하의 국세에 있어서는 납세의무자의 신고(다만, 정부가 과세표준과 세액을 결정하는 때에는 그 결정)에 의하여, 부과과세제도하의 국세에 있어서는 정부의 결정에 의하여 납세의무가 각각 확정되는 것을 원칙으로 하고 있으나, 관련법령을 종합하면 과세관청이 인정상여처분을 하고 소득금액변동통지를 하는 경우 그 통지를 받은 날에 해당 소득금액이 지급된 것으로 간주되어서 그 날에 원천징수할 근로소득세에 대한 납세의무가 성립됨과 동시에 납세의무자의 신고나 정부의 결정 등의 특별한 절차가 없이 확정되므로 과세관청의 소득금액변동통지에 따라 원천징수하는 소득세에 있어서는 부과처분 등 별도의 확정절차 없이 동 통지에 의하여 납세의무가 확정되는 것임을 알 수 있다. 위와 같이 과세관청의 인정상여처분 및 이에 따른 소득금액변동통지는 외형적으로는 통지의 형식을 빌었으나, 그 실질은 법인에게 원천징수하는 소득세의 납세의무를 법률의 규정에 의하여 직접 확정시키는 ‘처분’이라 아니할 수 없고 그 법적인 성격은 부과처분과 유사하다 할 것이다(국심 95서1073, 1996.12.26. 합동회의, 같은 뜻임). 따라서 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접적인 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라 봄이 상당하다(대법원 2006. 4. 20. 선고, 2002두1878 전원합의체 판결 참조). (나) 그런데, 소득금액변동통지를 불복대상인 처분으로 보는 경우, 본 건과 같이 소득금액변동통지를 받고 불복을 하지 아니하고 있다가 원천징수분 신고․납부를 불이행하여 근로소득세 납세고지서를 받고 불복하는 경우 당초 소득금액변동통지일을 기준으로 하여 적법한 불복청구기간이 경과하였다고 할 것인가 하는 문제가 남는다. 물론, 소득금액변동통지를 불복대상인 처분으로 본다면 그 통지를 받은 날을 기산일로 하여 불복하여야 하고 그 후의 납세고지는 이미 확정된 조세채무의 이행을 최고하기 위한 징수처분에 불과하여 불복청구의 대상인 처분으로 볼 수 없으며(대법원 2011.4.14. 선고, 2010두28908 판결 참조), 소득금액변동통지와 이에 따른 납세고지 모두 다툴 수 있도록 한다면 납세자에게 이중으로 불복기회를 제공하는 결과가 되어 불합리하다는 견해가 있을 수 있다. (다) 살피건대,국세기본법제21조 제2항 제1호 및 제22조 제2항 제3호와 소득세법 시행령제192조 제2항에 의하여 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 당해 통지서에 기재된 인정상여금액이 귀속자에게 소득금액으로 지급한 것으로 의제되어 그 때에 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되는 것이나, 납세고지서와는 달리 소득금액변동통지서상에는 소득금액만 기재되어 있고 과세표준과 세액이 없어서 납세자는 자신이 부담하여야 할 세액을 정확하게 알 수가 없는 점, 이에 따라 원천징수분 근로소득세 납세고지에 순수한 징수처분의 성격만 있다고 보기는 어려우며 과세표준과 세액이 기재되어 있지는 아니한 소득금액변동통지를 보완하여 조세행정처분을 완성시키는 측면이 있는 점, 우리 원이 소득금액변동통지를 불복청구의 대상으로 인정(국심 95서1073, 1996.12.26. 합동회의 참조)하는 취지는 소득금액변동통지를 행정법상의 처분으로 보았다기 보다는 처분과 유사한 효과가 생기기 때문에 납세자 권리를 보호하기 위한 것인 점, 동일한 행정목적을 달성하기 위하여 단계적인 일련의 절차로 연속하여 행하여지는 선행처분과 후행처분이 서로가 결합하여 하나의 법률효과를 발생시키는 경우에 선행처분이 당연무효도 아니고 또한 불가쟁력이 발생한 후에도 선행처분의 하자를 이유로 하여 후행처분의 취소를 구할 수 있는 점(대법원 92누4567, 1993.2.9. 선고 외에 다수 같은 뜻임) 등을 감안할 때, 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 신고․납부를 불이행함에 따라서 법인에게 통지하는 근로소득세 납세고지도 불복청구대상인 처분으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 법인이 소득금액변동통지서를 받고 불복하든지 또는 납세고지서를 받고 불복하든지 한 번만 불복기회를 주는 것이 합리적이라 할 것이며, 이중으로 불복을 제기하며 내용이 같은 경우 일사부재리의 원칙에 따라 처리(조심 2009서84, 2009.5.21. 참조)하여야 할 것이다. 따라서, 본 건의 경우 심판청구일이 소득금액변동통지서를 수령한 날부터는 90일이 경과하였으나, 원천징수분 근로소득세 납세고지서를 받은 날부터는 90일이 경과하지 아니하였으며, 이중으로 불복을 제기하지도 아니하였으므로 본안심리대상으로 인정함이 타당하다 하겠다.

(2) 다음으로 본안에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 <표1>의 ③매입세금계산서와 관련하여서 제시하는 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2006.11.18. OOO와 OOO 전기공사와 관련하여서 OOO에 공사도급계약을 체결하였다(착공일 2007.1.11., 준공일 2009.4.6.).

2. 이 건 전기공사 용역 수행자는 청구법인의 사내이사인 OOO이다(법인등기부등본상에 의하면 배OOO의 이사취임일이 2006.11.1.이며 일종의 사내하도급과 유사한 형태임).

3. 원재료비, 노무비, 경비 등 지출 내용

• 이 건 전기공사와 관련하여 청구법인은 공사용역을 총괄하는 배OOO에게 각 회차의 기성대금에서 재료비 매입부가가치세와 현장 근로자의 5대보험료 등 공과금을 차감한 금액에 73%를 곱한 금액을 순공사비로 산정하고 그 순공사비와 현장근로자에게 지급하는 건강, 국민연금, 퇴직공제부금을 합계한 금액(산재와 고용보험료는 가입자의 부담이 없어 본사에서 일괄지급 하기 때문임)을 일종의 사내 하도급처럼 운영한 다음 기성대금 입금시마다 정산하였는바 그 내용을 요약하여 보면 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOO OO OO (OO: O)

• 청구법인의 사업용 계좌OOO를 보면, 위 기성공사대금 OOO이 입금되고 하도급지불금 O,OOO,OOO,OOOO 중 OOO이 출금된 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 <표1>의 ④,⑤매입세금계산서와 관련하여 제출한 내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2006.12.21. OOO지점과 저압전기공사와 관련하여 OOO에 공사도급계약을 체결하였다. (계약기간: 2007.1.1.～2008.12.31.)

2. 이 건 전기공사용역은 청구법인의 사내이사인 김OOO가 수행하였다.

3. 원재료비, 노무비, 경비 등의 지출내용

• 청구법인은 이 건 저압전기공사와 관련하여 김OOO에게 지급할 하도급금을 각 분기별로 2～3회 등 총 23회에 걸쳐서 입금 받은 기성대금에서 현장 매입부가가치세와 현장 근로자 보험료 등의 공과금을 차감한 금액에 72%를 곱한 금액을 순공사비로 산정하고 그 공사비에 각 현장에 지급하여야 할 금액을 합계한 금액을 하도급금으로 산정한 다음 하도급지불금을 정산하였는바, 그 내용을 요약하면 <표3>과 같다. OOOOOOOOOO OOOO OOOO (OO: O)

• 청구법인 명의 사업용 계좌OOO에 의하면, 공사대금 OOO이 입금되고, 하도급지불금 OOO,OOO,OOOO 중 OOO이 김OOO의 계좌로 출금된 사실이 나타난다. (다) 처분청은 2008사업연도 가공매출액이 OOO, 가공매입액이 OOO이나 되어 가공원가가 총원가의 56%를 차지하고, 가공원가를 소득금액에 가산하는 경우에 소득율이 67%에 이르는 등 실제 매출에 대응하는 공사원가가 비현실적으로 과소한 점은 법인세법 시행령제104조(추계결정사유) 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ‘소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하는 것이므로 추계로 소득금액을 결정한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다. 살피건대, 법인세 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 납세자가 비치․기장한 장부 중 일부가 허위기재 또는 누락된 부분이 있는 경우에도 그 부분을 제외한 나머지 부분을 근거로 과세가 가능하다면 과세표준과 세액을 실지조사방법에 의하여 결정하여야 하는 것인바, 관급공사의 입찰에 참여하기 위하여 청구법인 및 쟁점업체의 매출실적을 부풀리는 과정에서 청구법인이 쟁점업체로부터 가공세금계산서 OOOO,OOOOO을 수취하였으나, 그 중 OOO(<표1>의 ③,④,⑤)은 청구법인이 직접 공사를 진행한 것이라는 주장내용이 신빙성이 있어 보이는 점, <표1>의 ③,④,⑤에 해당하는 공사의 하도급금이 모두 청구법인의 사업용 계좌에서 출금되어 사용내역이 금융증빙으로 확인되는 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 제출한 사업용계좌의 금융거래내역 및 증빙서류를 근거로 실지조사방법에 따라 법인세 과세표준을 계산할 수 있다고 할 것이므로 처분청이 이를 추계조사방법에 의하여 결정한 후 그 추계소득금액과 결산서상 당기순이익과의 차액을 상여처분하여 본 건 종합소득세를 경정한 것은 잘못된 것으로 보인다. 다만, 당초 조사당시에 처분청이 이에 대한 사실여부를 확인하지 못하였으므로 청구법인이 제출한 사업용 계좌(OOOO OOO-OOOOOO-OO-OOO, OOOO OOO-OO-OOOOO-OO)의 금융거래내역 및 관련된 증빙서류에 근거하여법인세법제66조 제3항에서 규정한 실지조사방법에 따라 재조사하여 그 결과에 따라 소득처분금액 및 소득금액변동통지금액을 확정하여 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의의 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.