2005년 양도분으로 양도소득세 계산 시 양도당시 기준시가를 보상가액의 기초가 되는 개별공시지가로 적용할 수 없음.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.12.10. 취득한 ○○○ 325-2 답 410㎡와 같은 곳 325-4 답 224㎡(위 2필지를 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2005.1.3. ○○○도시개발공사에 양도(수용)한 후 8년 자경농지로 보아 양도소득세 감면을 신청(2005.2.)하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 주거지역편입일인 2003.12.26.부터 3년 이내에 양도된 사실을 확인한 후 주거지역편입일 이후부터 양도일(2005.1.3.)까지의 양도소득 해당분에 대하여 감면을 배제하여 2011.3.7. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 29,871,490원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지에 대한 수용보상금은 수령일과 관계없이 보상금산정의 기초가 되는 기준시가를 2003년 개별공시지가를 적용하였고, 주거지역편입일은 2003.12.26.이므로 조세특례제한법 시행령제66조 제7항 단서를 적용하여 양도당시의 기준시가는 보상가액이 기초가 된 2003년 개별공시지가를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제66조 제7항 단서조항은 2008.12.31. 신설되어 2008년 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 2005년 양도당시 기준시가를 적용하여 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법 시행령제66조 제7항의 규정에 의한 양도소득세 계산시 양도당시 기준시가를 보상가액의 기초가 되는 개별공시지가를 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등" 이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2004.12.31. 개정) (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정된 것)

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득" 이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. (2008.12.31. 단서신설) (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 － (취득당시의 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 × ─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) 부 칙 (2008.12.31. 대통령령 제21196호) 제3조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】제66조 제7항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○○구청장이 ○○○지방국세청장에게 회신한 공문○○○을 보면, 쟁점토지의 용도지역(일반주거지역)편입일은 2003.12.26.○○○로 나타난다.

(2) ○○○도시개발공사의 ○○○택지개발사업지구 토지 등 보상협의 및 이주대책 신청 통보(2004.1.29.)를 보면, 쟁점토지의 평가는 2003년 표준지 공시지가를 기준으로 하되, 가격시점인 2004.2. 현재까지의 지가상승률·물가상승률 등과 토지의 위치·형상·이용상황·기타 가격 형성상의 제 요인을 감안하여 종합적으로 평가한 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 조세특례제한법 시행령제66조 제7항 단서의 규정은 2008.12.31. 신설되어 그 부칙 제3조에서 당해 개정규정이 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정된 바, 쟁점토지는 주거지역에 편입(2003.12.26.)되어 2005.1.3. 양도(수용)된 것이므로 동 개정규정을 적용할 수 없다고 보인다. 따라서 처분청이 양도당시의 규정을 적용하여 주거지역편일일 이후부터 양도일(2005.1.3.)까지의 양도소득 해당분에 대하여 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.