일반분양된 사실이 확인되지 않는 경우 조특법 제99조의3이 적용될 수 없음

○○○세무서장이 2010.12.1. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 34,853,500원의 부과처분은 기납부한 농어촌특별세액을 기납부세액으로 하여 납부불성실가산세를 감액․경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 조합원 231명으로 구성된 ○○○지역주택조합(이하 “지역주택조합”이라 한다)은 ○○○구청장으로부터 2002.5.15. 설립인가를 받고, 2002.9.9. 사업승인을 받아 주택 231세대를 신축하였으며, 신축된 주택은 조세특례제한법제99조의3의 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인되었다.
• 나. 청구인 박○○○, 황○○○, 예○○○, 이○○○, 류○○○(이하 “청구인들”이라 한다)은 지역주택조합에 가입하여 조합원 자격으로 ○○○아파트 102동 303호, 103동 1001호, 101동 401호, 102동 103호, 102동 901호(건물면적 각 84.98㎡이고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 아래 <표1>과 같이 취득․양도하고, <표2>와 같이 조세특례제한법제99조의3에 따라 산출세액 전액을 감면받는 것으로 양도소득세를 신고하고, 감면세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 신고·납부하였다. 신축주택 취득 및 양도내역

○○○ 양도소득세 신고내역

○○○

• 다. ○○○세무서장은 지역주택조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 이외의 자에게 일반분양한 사실이 없으므로, 쟁점주택의 양도에 대해 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 양도소득세 감면이 적용되지 아니한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 처분청은 위 과세자료에 따라 아래 <표3>과 같이 청구인들에게 양도소득세 5건 합계 138,936,640원 경정·고지하였다. 처분청 고지내역

○○○

• 마. 청구인들은 이에 불복하여 2011.3.4. ～ 2011.4.8. 기간 동안 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 처분청은 ○○○구청장의 공문 및 주택조합설립(변경) 인가필증에 의하면, 2004.11.12.부터 조합원의 임의탈퇴가 있었으므로 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2002.12.31.)내에는 조합원 이외는 일반분양이 없었다고 하나, 청구인들이 ○○○구청에 확인한 바에 의하면 지역주택조합에서 임의분양된 13세대가 있었고, 지역주택조합에서 건축한 주택 중 부동산 등기부등본에 등기원인일(매매계약일)이 2001.11.9.∼2002.3.18.로 되어 있는 경우가 8건으로 확인됨에도, 쟁점주택의 양도에 대해 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지역주택조합은 구 주택건설촉진법에 의한 지역조합으로서 관련법령에서 자격요건을 갖춘 자만 조합원이 될 수 있고, 원칙적으로 조합원의 변경을 금지하고 있으며, 결원 발생시 지방자치단체장의 허가를 받아야만 조합원을 추가모집할 수 있도록 규율하고 있어 지역주택조합이 조합원 이외의 자에게 주택을 일반분양할 수 없고, 지역주택조합은 당초부터 조합원 231명에게 분양할 주택 231세대를 신축하기 위한 사업승인을 받아 일반분양이 없음을 알 수 있으며, 청구인들이 일반분양되었다고 주장하는 13세대는 조합원 자격이 없는 조합원에 대하여 조합원 자격을 승계하거나 신규가입한 세대로 신축주택취득기간 내에 일반분양과는 아무런 관련이 없으며, 지역주택조합의 설립 및 변동내역이 ○○○구청장의 공문 및 주택조합설립(변경)인가필증 사본에 의하여 아래 <표4>와 같이 확인되므로, 설령 조합원 이외의 일반분양이 있었다 하더라도 2003.8.28. 조합원 13명이 무자격자로 확인된 이후에나 가능하였을 것이므로, 신축주택취득기간 내에 최초계약을 체결하여 일반분양한 세대가 있다는 청구인들의 주장은 이유없다. 지역주택조합 설립 및 변동내역

○○○

• 가. 쟁점 지역주택조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양하였으므로, 청구인들이 양도한 주택에 대하여 조세특례제한법제99조의3에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11, 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다).

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 조세특례제한법(2002.12.11., 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월1일부터 시행한다. 부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31, 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1호의 규정에 의한 신축주택 취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 주택건설촉진법 시행령(2002.12.5. 대통령령 제17793호로 개정되기 전의 것) 제42조【주택조합의 설립등】① 법 제44조제1항의 규정에 의하여 주택조합설립인가·변경인가 또는 해산인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 가장 많은 수의 조합원이 거주하는 지역(직장조합인 경우에는 직장소재지를 말한다) 또는 조합주택건설예정지를 관할하는 시장등에게 제출하여야 한다. (각호 생략)

④ 지역조합이나 직장조합은 그 설립인가를 받은 후에는 당해 조합의 구성원을 교체하거나 신규로 가입하게 할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 결원이 발생한 범위안에서 충원하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 법 제33조의 규정에 의한 주택건설사업계획의 승인이후에 입주자로 선정된 지위(당해 주택에 입주할 수 있는 권리·자격 및 지위 등을 말한다)가 양도·증여 또는 판결 등으로 변경된 경우

3. 조합원이 확정판결등의 사유로 다른 주택을 소유하게 되어 조합원 자격을 상실하는 경우4. 조합원이 전산조회등으로 무자격자로 판명되어 자격을 상실하는 경우

5. 기타 제1호 내지 제4호에 준하는 경우로서 건설교통부장관이 정하는 경우

(4) 국세기본법 제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호(국세징수법 제14조 에 따른 납기전 징수 사유에 해당하는 경우는 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에만 한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다)

3. 세법에 따라 자진납부하는 국세

• 나. 사실관계 및 판단

(1) ○○○지방국세청장의 종합감사 결과, 지역주택조합이 신축한 ○○○아파트 관련 양도소득세 부당감면에 대해 ○○○세무서에게 현지시정을 요구한 공문에 의하면, 지역주택조합이 신축한 주택은 일반분양이 없고, 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인이 되어 양도소득세 감면대상이 아니며, 관련 추징대상자는 24명으로 총 추징세액은 1,071백만원으로 나타난다.

(2) ○○○구청장이 2003.8.29. 지역주택조합에게 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면, 지역주택조합은 조합원 수가 231명이고, 최초 인가(2002.5.15.), 1차 변경인가(2003.2.27.), 2차 변경인가(2003.8.28.) 당시에도 조합원 수는 231명으로 확인된다.

(3) 청구인들의 세무대리인이 2010.9.2. ○○○구청장으로부터 수령한 “분양관련 사실확인 요청에 대한 회신” 공문에는 지역주택조합이 신축한 총 231세대 중 조합분양 218세대, 임의분양 13세대라고 기재되어 있다.

(4) 지역주택조합이 전산조회 결과 조합원 무자격자로 확인되어 2003.8.26. ○○○구청장에게 보고한 13명의 명단은 아래 <표5>와 같다. 무자격자 명단(2003.8.26.) <표5>

○○○

(5) 청구인들은 조합원이 아닌 김○○○ 등이 신축주택취득기간(○○○ 등의 지정지역은 2001.5.23～2002.12.31.) 내에 매매계약을 체결하여 지역주택조합으로부터 일반분양받았다고 주장하면서, 김○○○을 포함한 13명의 부동산 등기내역을 제출하였는바, 그 주요내역은 아래 <표6>과 같다. 청구인들이 제시한 일반분양 내역 <표6>

○○○

(6) 청구인들과 동일한 사유로 양도소득세 감면이 배제되어 2010.11.4. 과세전적부심사를 청구한 홍○○○에 대한 ○○○세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 윤○○○, 지○○○, 최○○○에게 유선확인한 결과, 이들은 일반분양받은 것이 아니라 당초 조합원 중 결격사유가 있어 자격을 상실하거나 조합을 탈퇴한 지위를 승계하여 조합원이 되었다고 진술하였고, 특히 지○○○은 등기부등본상 등기원인은 2001.11.9. 매매로 되어 있으나, 지역주택조합과 조합원계약서를 작성한 시점은 2004년이라고 진술하였다”라고 되어 있으며, 2010.9.9. 과세전적부심사를 청구한 강○○○에 대한 ○○○세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 김○○○의 경우 실제로는 신○○○의 조합원 지위를 승계한 것으로 확인되었다”라고 되어 있다.

(7) 위 사실관계를 종합하여 살펴보면, 청구인들이 조합원이었던 지역주택조합이 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2002.12.31.)내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양하였는 바, 청구인들이 양도한 주택에 대하여 조세특례제한법제99조의3에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴보면, 청구인들은 조합원이 아닌 김○○○ 등이 신축주택취득기간 내에 지역주택조합과 매매계약을 체결하여 일반분양한 사실이 있다고 주장하나, ○○○구청장이 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면 조합원 수가 신축주택 수와 동일한 231명으로 확인되고, 청구인들이 일반분양자로 제시한 윤○○○, 지○○○, 최○○○, 김○○○의 경우 모두 조합원의 지위를 승계한 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 기납부한 농어촌특별세에 대한 납부불성실가산세에 대하여 살펴보면,농어촌특별세법제5조 제1항 및 제7조 제1항에서 조세특례제한법에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고․납부하는 때에 함께 신고․납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인들이 쟁점주택에 대한 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고․납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인들이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액․경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.