주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 토지에 대해 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.5.4. 취득한 ○○○ 전 535.28㎡ 외 3필지 합계 539.63㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.3.6. ○○○에 협의 양도하고 조세특례제한법 제69조 의 규정에 의하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. ○○○지방국세청장은 정기감사에서 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 지난 농지로서 8년 이상 자경농지 감면 대상에 해당하지 아니한다고 지적함에 따라, 처분청은 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 2010.12.20. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 2005.6.27. 일반주거지역으로 지정되었고 2006.7.21. ○○○택지개발예정지구로 지정되어 건축행위 등을 할 수 없었으며, 토지소유자가 양도소득세 감면 혜택을 받기 위해서는 주거지역 편입일로부터 3년이 되는 2008.6.27.까지 소유권이전을 하여야 함에도 사업시행자인 ○○○는 이 기간을 약 8개월 경과하여 소유권이전을 함으로써 청구인은 양도소득세 감면혜택을 받을 수 없게 되었던바, 토지보상을 지연시킨 책임이 사업시행자에게 있으므로 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 및 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항 의 규정에 의하여 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였더라도 양도소득세 감면대상이 되어야 하므로 8년 자경 감면을 배제하고 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.”라고 판시하고 있는바○○○, 쟁점토지는 2006.7.21. 대규모 개발사업지구인 ○○○ 택지개발예정지구로 지정되기 전인 2005.6.27. ○○○ 도시계획에 의하여 주거지역으로 편입되었고, 주거지역으로 편입된 후 3년이 경과된 후에 양도되었으므로 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 ⑴ 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[생략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) ⑵ 조세특례제한법 시행령(2009.6.26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 ⑶ 조세특례제한법 시행규칙(2009.4.7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것) 제27조【농지의 범위 등】

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제6항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만 제곱미터로 하되, 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는 주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유” 란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구인은 1993.5.4. 취득한 ○○○ 전 2,092㎡ 중 2,109분의 826.45, ○○○ 전 10㎡ 중 2,109분의 826.45, ○○○ 전 4㎡ 중 2,109분의 826.45, ○○○ 전 3㎡ 중 2,109분의 826.45를 2009.3.6. ○○○에 1,229,897,860원에 양도하고, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지로서 감면 대상에 해당한다고 보아 감면세액 2억원을 적용하여 양도소득세 78,525,390원을 신고하였으나, 처분청은 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 경과되었다는 이유로 감면 대상이 아니라고 보아 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 138,860,660원을 부과한 것으로 나타난다. ⑵ 청구인은 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 경과되었으나 사업시행자에게 책임이 있으므로 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 및 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제5항 에 의한 양도소득세 감면 대상이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ㈎ 2005.6.27. ○○○ 등에 의하면, 쟁점토지가 소재한 ○○○ 일원은 2005.6.27. 제1종 일반주거지역으로 지정고시○○○되었고, 2006.7.21. ○○○택지개발예정지구○○○로 지정고시된 후에 2008.8.5. ○○○택지개발예정지구○○○로 명칭이 변경된 사실이 확인되는바, ○○○택지개발예정지구는 ○○○ 일원으로서 면적은 6,768,000㎡로 나타난다. ㈏ 조세특례제한법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항의 규정에 의하면, 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받을 수 있으나, 양도일 현재 특별시․광역시․시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없으며, 다만 이 경우에도 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점토지를 2009.3.6. 양도하였으나, 쟁점토지는 2005.6.27. 제1종 일반주거지역으로 지정고시되었고, 2006.7.21. ○○○택지개발예정지구로 지정고시된 후 2008.8.5. ○○○택지개발예정지구로 명칭이 변경되었으며, 쟁점토지는 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 경과된 후에 양도되었고, 개발사업의 시행 이전에 이미 주거지역으로 편입되어 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당한다고 볼 수 없으므로 조세특례제한법 제69조 제1항 에 의한 양도소득세 감면대상으로 보기 어렵다○○○. ㈐ 따라서 처분청이 쟁점토지에 대하여 8년 자경 농지 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 아니라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.