납세의무 성립일 이전에 주택건설 사업자등록을 하여 사업자등록 요건과 토지 취득요건을 충족하면 종부세 합산대상 토지에서 제외하는 것임

1. OO세무서장이 2010.10.21. 청구법인에게 한 2009년분 종합부동산세 309,839,630원 및 농어촌특별세 61,967,920원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. OO세무서장이 2010.11.17. 청구법인에게 한 2010년분 종합부동산세 411,824,240원 및 농어촌특별세 82,364,840원의 부과처분은 서울특별시 OOO 등 25필지 5300.1㎡(<표1> 참조)를 과세표준 합산대상에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1999.12.31. 개업하여 건물신축판매업을 주업으로 하는 법인으로 2006년 5월부터 2007년 1월까지 취득한 서울특별시 OOO 등 25필지 대 5,300.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 조세특례제한법제104조의19의 주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례에 해당하는 것으로 보아 2009.9.30. 처분청에 2009년분 종합부동산세 합산배제대상 토지로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 주택건설사업자로 2007.2.5. 등록하여 쟁점토지를 주택건설사업자등록 전에 매입하였으므로 조세특례제한법제104조의19의 과세특례 규정을 적용할 수 없는 것으로 보아 종합부동산세 과세표준에 합산하여 청구법인에게 2010.10.21. 2009년분 종합부동산세 309,839,630원 및 농어촌특별세 61,967,920원을, 2010.11.17. 2010년분 종합부동산세 411,824,240원 및 농어촌특별세 82,364,840원을 경정 및 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.7. 이의신청을 거쳐 2011.2.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2008.12.31. 신설한 조세특례제한법제104조의19의 과세특례 규정의 입법취지는 주택건설용 토지는 사전에 확보되어야 하고 당해 토지에 종합부동산세가 부과되면 그 부담이 주택가격에 전가되어 분양가가 상승하는 문제가 발생하므로 이를 해소하기 위한 것인바, 쟁점토지를 청구법인이 주택사업자등록일 이전에 취득하였다고 하여 종합부동산세 과세표준에 합산하여 과세한다면, 결국 쟁점토지에 부과된 종합부동산세는 주택가격에 전가되고 분양가를 상승시키게 되므로 위 특례규정의 입법취지에 어긋나며, 청구법인은 2009년 종합부동산세 납세의무성립일인 2009.6.1.을 기준으로 이미 주택건설사업자등록(2007.2.5.)을 하였고, 쟁점토지는 주택건설사업을 위하여 취득한 후 5년 이내인 2010.5.10. 주택건설 사업계획의 승인을 받은 토지이므로 기획재정부 예규(재재산-1469, 2009.9.17.)에 따라 과세표준 합산대상 토지에서 제외함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제104조의19의 과세특례는 종합부동산세 과세원칙의 예외를 인정하는 것으로 이의 해석은 조세법률주의의 원칙인 엄격한 문리해석에 의하여야 하는바, 과세특례대상 토지는 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 취득하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지를 말하는 것으로, 청구법인이 주택건설사업자등록을 하지 아니한 상태에서 취득한 쟁점토지를 과세특례를 받을 수 없는 것으로 보아 과세표준 합산대상으로 하여 종합부동산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주택건설사업자가 주택건설사업자등록일 전에 토지를 취득한 경우 주택건설사업자등록일 이후 종합부동산세 납세의무가 성립하는 분부터 종합부동산세 과세표준 합산대상에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제3조 【과세기준일】 종합부동산세의 과세기준일은 지방세법 제190조 에 규정된 재산세의 과세기준일로 한다. 제11조【과세방법】 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법제182조 제1항 제1호의 규정에 의한 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 동법 제182조 제1항 제2호의 규정에 의한 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조【납세의무자】

① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조【과세표준】

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. (2) 조세특례제한법 제104조의19 【주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2. 주택법제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3. 도시 및 주거환경정비법제7조부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자

4. 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 에 따른 법인

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법인등기부에 의하면, 청구법인은 1999.12.27. 설립되었고, 2005.12.16. 주택건설업을 추가하였으며, 대한주택건설협회장이 발행한 주택건설사업자등록증에서 주택법에 의하여 2007.2.5. 주택건설사업자로 등록하였음이 나타난다.

(2) 과세심리자료 등에서 청구법인은 쟁점토지를 아래 <표1>과 같이 주택건설사업자등록 이전인 2006.5.12.부터 2007.1.5.사이에 취득하였고, 서울특별시 OO구청장이 발행한 사업계획승인서에서 2010.5.10. 쟁점토지를 포함한 서울특별시 OOO 등 83필지 13,527.1㎡에 대하여 주택건설 사업계획 승인을 받았는바, 쟁점토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받은 것으로 나타난다. <표1> 청구법인의 쟁점토지 취득내역

(3) 위의 관련법령 및 사실관계 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제104조의19에서 과세특례 대상 토지는주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받을 토지로 규정하고 있어 문언상 토지 취득 전에 주택건설사업자 등록을 하여야 하는 것으로 볼 수 있으나, 당해 특례조항은 주택건설용 토지에 대한 과중한 종합부동산세 부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위하여 2008.12.31. 신설된 규정으로, 주택건설업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업승인에 3~5년이 걸리는 점을 감안하여 토지 취득부터 사업계획승인 전까지의 종합부동산세 부담을 완화하기 위하여 마련된 것인 점, 종합부동산세는 일정한 가액 이상의 부동산을 보유하는 데에 그 담세력을 인정하여 부과하는 조세로서, 해당 부동산을 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하고, 과세표준도 매년 독립적으로 과세기준일 현재 해당 부동산의 현황에 따라 구분됨을 감안하면, 납세의무성립일(과세기준일) 이전에 주택건설사업자 등록요건과 주택건설용 토지 취득요건을 갖춘 경우에는 시기상 선후에 관계없이 과세특례가 적용되는 것으로 보이는 점, 당해 특례규정에서 주택건설사업자 등록요건과 토지 취득요건을 충족하였더라도 토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 경우에는 종합부동산세를 추징하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우 청구법인이 주택건설사업자 등록 전에 쟁점토지를 취득하였더라도 납세의무성립일(2009.6.1.) 이전에 주택건설사업자 등록을 하여 주택건설사업자 등록요건과 주택건설용 토지 취득요건을 충족한 이상 당해 과세특례를 적용받을 수 있다 할 것이므로, 2009년분 및 2010년분 종합부동산세를 과세함에 있어 쟁점토지를 과세표준 합산의 대상이 되는 토지에서 제외함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.