기존 주택을 멸실 후 재건축한 것은 조세특례제한법 상 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 적용대상이 아니어서 감면할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2009.5.8. ○○○(이하 “쟁점구주택”이라 한다)을 취득하여 건물을 멸실하고, 다가구주택(대지 228.2m2, 건물 393.08m2로서 이하 “쟁점다가구주택”이라 한다)을 신축하여 2009.11.5. 양도한 후, 2009.12.14. 쟁점다가구주택이 조세특례제한법제98조의3 제1항에 해당하는 것으로 보아 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점구주택을 멸실후 쟁점다가구주택을 신축한 것으로 조세특례제한법제98조의3 제2항 제2호의 감면배제사유에 해당한다 하여 2010.11.24. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 42,118,510원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점구주택을 취득한 후 가족전체가 이사할 계획으로 구건물을 멸실하고 쟁점다가구주택을 준공하였으나 개인적인 사정으로 매도하게 되었는바, 양도소득세 과세특례를 적용하지 아니하는 조세특례제한법제98조의3 제2항 제2호 단서규정 “거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택”은 현소유자가 지속적으로 거주를 해오거나 또는 보유하다가 기존건물이 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택을 말하는 것으로, 청구인의 경우처럼 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적으로 구건물이 있는 토지를 취득하여 새로운 주택을 신축하여 양도한 경우에는 실질적으로는 나대지를 취득한 것과 동일한 효과가 있으므로 상기 감면배제 조항에 해당하지 아니하며, 조립식 창고를 매입하여 멸실한 후 다가구주택을 신축한 경우 본 조항에 따른 미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있다고 한 기획재정부 예규(재재산-105., 2010.10.29.) 등으로 보아 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제98조의3 제2항 제2호에 “거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택”은 양도소득세 과세특례 대상에서 제외한다고 명문으로 규정되어 있고, 쟁점구주택을 2009.5.8. 취득한 후 주택을 멸실하여 2009.10.7. 신축 및 2009.11.5. 양도한 사실이 확인되므로 쟁점다가구주택은 과세특례 대상이 아니며, 청구인이 제시한 기획재정부 예규(재재산-105, 2010.10.29.)는 관련 법령상 창고를 취득하여 멸실후 주택 재건축시 감면배제규정이 없어 당연히 감면대상에 해당하는 것이므로 처분청의 과세처분과 상충되지 않으며, 본 법의 입법취지는 기존미분양 주택과 신규분양주택의 분양을 촉진하고 주택경기를 활성화시킬 목적으로 신규주택의 취득자에게 양도소득세 과세특례를 주는 것으로 기존 주택을 재건축할 목적으로 신축하는 경우에는 과세특례 대상이 아닌 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 쟁점구주택을 취득하여 멸실하고 쟁점다가구주택을 재건축후 양도한 것이라 하여 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제98조의3 【미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조 의 2에 따른 지정지역은 제외한다)에 소재하는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제38조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 ② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만 다음 각호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 일반건축물대장에 의하면, 쟁점구주택은 연면적 80.47m2의 연와세멘벽돌조 구조로 주용도는 주택이며, 2009.5.8. 청구인에게 소유권이 이전되었고, 토지대장 및 공유재산 매매계약서 등에 의하면, 대지의 당초 면적은 150.4m2이였으나, 청구인이 2009.5.4. ○○○ 대지 77.8m2를 50,350,000원에 매수하여, 2009.5.17. 쟁점구주택의 토지와 합병하여 228.2m2가 되었다.

(2) 쟁점다가구주택의 일반건축물대장 등을 보면, 대지는 228.2m2, 건물 연면적은 393.08m2이고 철근콘크리트구조의 4층 건물로서 1층은 사무소 및 주차장, 2층·3층·4층은 다가구주택 각 2세대이며, 2009.9.24. 청구인 명의로 소유자 등록된 후 2009.11.5. 김○○○ 명의로 소유권 이전된 것으로 되어 있고, 등기부등본에 의하면, 대지는 2009.4.15. 매매를 원인으로 2009.5.8. 청구인 명의로 소유권이전등기 접수된 후 2009.9.5. 매매를 원인으로 2009.11.5. 김○○○에게 소유권이전등기 접수되었으며, 건물은 2009.10.7. 소유권보존등기 접수된 후 2009.9.5. 매매를 원인으로 2009.11.5. 김○○○에게 소유권이전등기 접수되었는바, 건축허가일은 2009.6.4., 착공일은 2009.6.9., 사용승인일은 2009.9.24.로서 조세특례제한법 제98조의3 제2항 에서 규정한 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공하고, 사용승인 또는 사용검사한 경우에 해당되는 것으로 보인다.

(3) 양도소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 2009.5.8. 및, 2009.10.7. 토지와 건물을 534,403,679원에 취득하여 2009.11.5. 다가구주택 371.24m2, 사무소 21.84m2 및 대지를 625,000,000원에 양도한 것으로 하여 실지거래가액으로 2009.12.15. 양도소득세 예정신고를 하였으며, 총 양도소득금액 84,920,249원 중 다가구주택 면적부분에 대한 양도소득금액 80,172,302원은 조세특례제한법제98조의3 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 해당하는 것으로 보아 일반세율로 계산한 14,703,075원을 감면세액으로 신청하였고, 사무소 면적부분에 대하여는 1년 미만 보유에 대한 50%의 중과세율을 적용한 것으로 나타난다.

(4) 처분청은 쟁점다가구주택이 조세특례제한법제98조의3 제2항 제2호 단서조항인 “거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택”에 해당하는 것으로 보아 감면배제하고, 1년미만 보유에 대한 중과세율 50%를 적용하여 2010.11.24. 2009년 귀속 양도소득세 42,118,510원을 경정·고지하였음이 결정결의서 등에 나타난다.

(5) 살피건대, 청구인은 쟁점구주택을 취득한 후 가족전체가 이사할 계획으로 구건물을 멸실하고 쟁점다가구주택을 준공하는 등 실질적으로는 나대지를 취득한 것과 동일한 것이므로 조세특례제한법제98조의3에 규정된 미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 대상이라고 주장하나, 동 법령의 입법취지는 전국에 소재하는 미분양 주택 해소를 통한 경제활성화 지원을 위하여 1년간 한시적으로 거주자가 서울특별시 밖에 소재하는 미분양주택을 취득한 경우 양도소득세를 감면하기 위한 것인 점, 같은 법 제2항 제2호에 “거주하거나 보유하는 중에 소실·도괴·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택”은 양도소득세 과세특례 대상에서 제외하는 것으로 규정되어 있는 점, 청구인은 쟁점구주택을 2009.5.8. 취득하여 보유하다가 멸실하고 2009.6.9. 쟁점다가구주택을 착공한 점, 주택을 취득한 후 멸실하고 그 토지에 재건축하는 주택은 조세특례제한법 제98조의3 제2항 제2호 에 해당하여 같은 조에 따른 ‘미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례’가 적용되지 아니하는 것(재재산-1063, 2010.11.1.)인 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.