3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 비영리법인의 부동산이 고유목적사업에 사용되지 않았다고 보아 과세한 처분의 당부
- 나. 관련법령 ⑴ 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제62조의2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. ⑵ 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 쟁점부동산의 부동산등기부등본에 의하면, 청구법인은 2003.2.11. 매매로 취득하여 2008.6.10. 대한예수교장로회 ○○○에 증여를 원인으로 소유권이전하였고, 일반건축물대장에 의하면 쟁점부동산 중 1993.3.23. 사용승인을 받은 건물은 2003.1.30. 용도를 ‘창고’에서 ‘종교집회장’으로 변경한 것으로 나타난다. ⑵ 청구법인의 담임목사 ○○○의 납세지 관할 ○○○세무서장은 당해 증여를 부담부증여로 보아 ○○○에게 양도소득세 47,272,000원을 과세예고통지하였다가 과세전적부심사 과정에서 양도소득세 과세예고통지를 취소하고 청구법인의 납세지를 관할하는 처분청에 법인세 과세자료로 통보하였으며, 처분청은 쟁점부동산이 비영리법인의 고유목적사업에 사용되지 아니하였다고 보아 쟁점부동산의 처분 수입을 익금산입하여 청구법인에게 2008사업연도 법인세 36,379,270원을 고지하고, 양도가액 475,000,000원을 대표자 상여로 소득처분한 것으로 나타난다. ⑶ 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하여 과세소득에서 제외된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ㈎ ○○○세무서장의 증여세 조사종결보고서 등에 의하면, ○○○세무서장은 청구법인에게 신도명부, 기부금 명세, 교회정관 등 제출을 요구하였으나 청구법인은 주민등록번호 등이 없는 신도 47명의 명부만 제출하였을 뿐 기부금 명세, 정관 등은 제출하지 아니하였고, 쟁점부동산 인근 주민 탐문조사에서 ○○○는 존재하지 아니하는 반면 쟁점부동산은 ○○○으로 사용되었으며, 인터넷포털사이트 ○○○의 지도검색에서 ‘○○○번지’는 ○○○으로 표시되고, ○○○은 ○○○ 목사가 월 150만원 가량을 지급하면서 운영하였으나 ○○○ 목사는 확인서 작성을 거부하였으며, 청구법인 설립발기인 겸 재정사찰집사 ○○○은 전화통화에서 위 내용을 사실로 확인하였다. 또한 청구법인은 2007년 9월 ‘○○○’이라는 인터넷사이트에 게재한 매물광고에서 쟁점부동산을 “현재 세입자가 있습니다. … 3년 계약에 아직 1년의 기간이 남아있습니다만 … 매매한다면 … 문제없이 해결해드리겠습니다.”라고 소개하였다. ㈏ 처분청은 보충적 평가방법에 의한 평가액이 443,638,000원이고, 수증인이 등기일에 근저당권을 설정(채권최고액 618,000,000원)하였으며, 근저당권자인 ○○○이 475,000,000원을 대출한 점으로 보아 증여재산을 475,000,000원으로 평가하였고, 양도가액은 수증인이 매매계약서를 작성하지 아니하고 대출금을 승계하였다고 주장하였고, 청구법인 대표 ○○○는 청구법인 명의 대출금 369,000,000원, 사채 55,000,000원, 기타비용 51,000,000원, 합계 475,000,000원을 수증인이 승계하였다고 진술하는 점으로 보아 부담부증여에 따른 양도가액을 475,000,000원으로 결정한 것으로 나타난다. ㈐ 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 법인세법 제3조 제2항 제5호 에서는 고정자산의 처분 수입을 사업소득으로 규정하면서, 비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제2항에서는 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 규정하고 있으나, 청구법인은 교회신도 명세 등을 제출하지 못하였고, 쟁점부동산 인근 주민들도 청구법인을 알지 못하여 청구법인의 교회가 실제 존재한 것으로 보이지 아니하며, 설령 교회가 존재한다 하더라도 쟁점부동산은 2007년 9월 ‘○○○’이라는 인터넷사이트에 게재된 매물광고에서 3년 계약 중 1년의 기간이 남아 있는 세입자가 있다고 하였고, 쟁점부동산은 월 150만원에 ○○○에 임대되어 사용되고 있었던 사실이 청구법인 및 ○○○의 진술과 인터넷 포털사이트의 지도검색에 의하여 확인되는 점 등으로 보아 쟁점부동산은 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용되었다고 인정하기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점부동산의 처분수입을 수익사업에서 생긴 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과하고 대표자 상여로 소득금액 변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.