시공사의 사업경비를 시행사가 부담한 경우, 중복공제 받은 것으로 보이는 사업경비는 손금으로 산입할 수 없고, 실질적인 출자자를 제2차 납세의무자로 지정함이 타당함
시공사의 사업경비를 시행사가 부담한 경우, 중복공제 받은 것으로 보이는 사업경비는 손금으로 산입할 수 없고, 실질적인 출자자를 제2차 납세의무자로 지정함이 타당함
1. 청구법인들의 OOO 유한회사에 대한 2005년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분에 관한 청구부분은 각하한다.
2. OOO세무서장이 2010.9.13. OOO 유한회사에게 한 2005년 제2기∼2007년 제1기 부가가치세 4건 합계 OOO 및 2005∼2008사업연도 법인세 4건 합계 OOO의 부과처분은, OOO 유한회사가 2005～2007사업연도에 지출한 사업경비 OOO(세부내역 <표12>) 및 2006사업연도에 OOO주식회사에 도급한 도시계획도로․오수집관공사 공급가액 OOO(세부내역 <표2>)과 관련하여 교부받은 세금계산서의 부가가치세 매입세액을 공제하고, 당해 사업경비 및 도급액을 OOO 유한회사의 해당사업연도 손금으로 산입하여 그 과세표준 및 세액을 각 경정한다.
3. OOO세무서장이 2010.9.9. 및 2010.10.7. OOOO 주식회사에게 한 OOO 유한회사의 체납세액 OOO에 대한 제2차납세의무 지정․납부통지 처분은, OOO 유한회사의 체납세액을 위 2.와 같이 감액경정(위 2.의 경정사유에 따라 제2차납세의무 감액세액을 계산하되, 위 1.에서 각하한 2005년 제1기 부가가치세OOO원과 관련하여 감액되는 세액도 포함한다)한 후 남은 세액을 한도로 하여 이를 경정한다.
4. 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) OOO는 다음 <표1>과 같이 2001.11.30. 시공사인 OOO과OOO 도급공사계약서(2004.6.28. 변경된 도급계약서를 포함)를 작성하면서 계약서 제12조(사업경비)에서 현장운영비·설계비·감리비·각종 수수료 및 공과금 등의 각종 사업경비를 OOO이 부담하기로 하였으나, 2005∼2007사업연도에 총 OOO(이하 “쟁점㉮경비”라 한다)을 부당하게 부담하고 이를 공사원가에 산입하였고, OOO가 2005.8.1. OOO과 체결한 OOO 오수집관 공사, 도시계획도로 신설공사, 와부초등학교 부지조성공사 도급계약서 제17조(사업경비)에서 현장운영비·측량비·안전진단비 등의 사업경비를 OOO이 부담하기로 하였으나, 실제로는 2005∼2006사업연도에 OOO가 OOO(이하 “쟁점㉯”경비라 한다)을 부당하게 부담하였다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO (OO: O)
(2) OOO가 2001.11.30. OOO과 체결한 OOO도급공사계약서(2004.6.28. 변경된 도급계약서 포함) 제5조(사업의 재원 등) 제2항 제10호를 보면, OOO이 건축시설을 시공함에 있어 사업계획승인 이행조건에 관련된 제반 공사를 수행하기로 되어 있음에도, 다음 <표2>와 같이 2005.8.1. 아파트 시공과는 별도로 도로계획도로 신설 및 오수집관 공사를 OOO에게 도급하여 2006사업연도에 부당하게 공급가액 OOO(이하 “쟁점㉰공사원가”라 한다)의 세금계산서를 교부받고 관련 부가가치세 매입세액을 공제하였으며 이를 공사원가에 산입하였다. <표2> 쟁점㉰공사원가 내역 (OO: O)
(3) OOO가 2004.11.1. OOO과 체결한OOO 일부구간 지중화 및 지중송전선로 이설공사(이하 “쟁점지중화공사”라 한다) 도급계약과 관련하여, 2006.1.22. OOO이 OOO에 기성청구한 내역을 보면 총 도급금액 중 OOO와 OOO 해당분은 각각 공급가액 기준 OOO으로 확인됨에도 OOO는 2006.12.14. OOO로부터OOO원(이하 “쟁점㉱경비”라 한다)에 해당하는 세금계산서를 부당하게 교부받았고, 공사원가를 중복계상하였다.
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
(1) OOO와 OOO 간의 도급공사 계약은 반드시 문서화되어야만 효력이 있는 것은 아니고, 당사자 간의 협의나 합의에 의한 변경도 모두 유효한 것이며, 다음과 같이 경제적 합리성이 충분한 정상적인 의사결정을 거쳐 OOO가 부담한 것이고, 사업시행에 있어서 공과금 등은 필수적인 경비에 해당하므로 이를 OOO가 부담하는 것이 정상적이며, 나아가 OOO에 대한 업무무관경비로 볼 경우 당해 경비는 모두 OOO의 손금으로 인정될 것이어서 결과적으로 조세부담에도 아무런 차이가 나지 아니하므로, 처분청이 업무무관경비로 본 것은 부당하고 과세처분은 모두 취소되어야 한다. (가) 쟁점㉮·㉯경비 및 쟁점㉰공사원가에 관하여 당초 계약시 제반 사업경비를 OOO이 부담하기로 약정하였다가 이후 협의를 거쳐 OOO가 부담하기로 변경하였으나, 관련 서류를 찾지 못하였고, 이에 궁여지책으로 객관적인 의사결정 내용을 바탕으로 관계자들이 계약서의 날짜만 소급하여 만들어 제시하게 되었으나, 이러한 비용부담의 주체를 변경한 것은 사실이며, 제반사업 경비의 대부분이 국가에 납부하는 세금, 지방자치단체에 납부한 각종 공과금 등이 대부분인바, 그 구체적인 내역에 비추어 보아도 사업시행자인 OOO가 이를 부담하는 것이 정상적이다. (나) 쟁점㉱경비에 관하여 처분청은 쟁점㉱경비가 손금에 중복산입되었다고 주장하나, OOO가 쟁점지중화공사를 하면서 추가적으로 OOO에 지급할 비용을 지급한 것이다.
(2) 처분청은 OOO의 출자자가 OOO등임에도 OOO이 실질적으로 지배·관리한다고 보아 제2차납세의무자로 지정·통지하였으나, 이는 OOO의 실체를 인정하여 이 건 부가가치세 및 법인세를 OOO에게 부과한 처분과 모순되는 것이고, OOO의 출자자가OOO외 2인이므로 OOO에게 한 제2차납세의무자 지정·통지처분은 위법하다.
(1) 다음과 같이 OOO이 부담하여야 할 제반경비 및 공사원가를 OOO가 부담하였으므로 청구주장은 이유없다. (가) 쟁점㉮경비에 관하여 OOO는 영리를 목적으로 한 법인이 아닌 OOO의 아파트 건설사업을 영위하기 위해 설립한 한시적 특수목적법인이고, 그 설립을 주도한 OOO과 맺은 계약은 일방계약의 성격이 강하며, 이러한 일방계약은 그 특성상 구술이나 협의에 의하여도 변경이 가능하고, 계약내용의 일부 변경은 반드시 문서에 의한 변경만 효력이 있는 것은 아니므로 당사자 간의 실질적인 변경도 유효하다고 주장하나, 조사기간 중 과세관청에서 제반 사업경비를 OOO가 부담한 사유에 대하여 수차례 소명을 요구하였음에도 정당한 사유를 제출하지 아니하다가 2010.5.31. OOO의 대표사원OOO가 2006년 11월에 작성하였다는 “OOO 도급공사 변경합의서”를 제출하였으나, 확인한 결과 합의서 작성시기는 2006년이 아닌 세무조사 기간 중인 2010.5.28.이고, OOO의 주재로 회의하여 합의서를 소급하여 작성한 것으로 진술되었던 점, 백번 양보하여 계약내용의 변경을 인정할 경우에도 계약내용이 변경과 관련된 실질적인 내용이 있어야 함에도 불구하고, 청구법인들이 현재까지 제출한 서류는 2006년 11월자로 소급된 변경합의서밖에 없으며, OOO억원에 달하는 쟁점㉮경비의 부담주체에 관하여 구체적인 증빙없이 막연히 정황과 당시 관계자들의 기억에 의존하여 내부적인 의사결정이 있었다고 주장하는 점, 경비의 부담주체를 변경하였다면 당연히 도급공사 계약금액의 변경이 있어야 함에도 그러한 내용을 찾을 수 없는 점, 감리비와 설계비의 경우를 보면 감리비는 2004년부터 2006년까지 OOO가 전액 부당하게 부담하였던 반면, 설계비는 OOO이 당초 계약내용에 부합하게 2004년 제1기 및 제2기에 지급하고 세금계산서를 교부받은 사실을 보아도 경비의 부담주체를 변경하였다는 주장은 사실이 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인들이 소급작성하여 제시한 도급공사 변경합의서는 진실된 것이 아니다. 또한, 시공사인 OOO이 일방적으로 계약내용을 변경하는 것이 가능하고 언제든지 계약내용을 유리하게 변경하였다고 하는 것은, 세무 신고자료를 임의로 조작할 수 있음을 단적으로 말하는 것이며, 건전한 사회통념 및 상관행상 있을 수 없는 것이다. (나) 쟁점㉯경비에 관하여 2005.8.1. 작성된 OOO 오수집관 공사, 도시계획도로 신설공사 및 와부초등학교 부지 조성공사 도급계약서 제17조(사업경비)를 보면 각종 사업경비(현장운영비, 측량비, 안전진단비, 인허가비, 각종 영향평가비, 각종 수수료 및 기타 공과금, 민원처리비 등)를 시공사인 OOO이 부담하도록 되어 있으나, 변경합의(청구법인들의 주장에 불과한 변경합의에 불과하다)조차 없이 OOO가 부당하게 부담하였으므로 청구주장은 설득력이 없다. 또한, 청구법인들은 쟁점㉮경비와 관련한 도급공사에 대해서만 변경합의서를 제시하고, 위 오수집관공사 등에 관하여는 변경합의서 조차도 제시하지 아니하고 있으므로 경비의 부담주체를 변경하였다는 주장은 사실이 아니다. (다) 쟁점㉰공사원가에 관하여 청구법인들은 쟁점㉰공사원가와 관련하여 2006년 11월경 변경합의하였다고 주장만 할 뿐, 소급작성한 변경합의서에도 이에 관한 내용이 전혀 없고, OOO와 OOO이 2001.11.30. 작성한 OOO 도급공사계약서(2004.6.28. 변경도급계약서 포함) 제5조(사업의 재원 등) 제2항 제10호를 보면, OOO은 건축시설을 시공하고 본 공사를 시공함에 있어 사업계획승인 이행조건에 관련된 제반공사를 수행하는 것으로 되어 있어 아파트 도급공사 계약금액에 포함되는 것이 명확하게 확인되는바, 구체적인 증빙도 없이 막연한 정황과 당시 관계자들의 기억에 의존하여 OOO가 쟁점㉰공사원가를 부담하는 내부 의사결정이 있었다고 주장하는 점, 2004.7.9. 승인된 OOO 주택건설사업계획 행정준수 사항을 보면 오수관련시설과 도시기반시설인 도로, 학교, 공공용지에 대한 사항이 언급되어 있고, 2004.5.10. OOO 내부문서를 보면 사업승인 보완서류인 도시계획시설 시행자지정승인 및 실시계획인가시 필요한 기부채납도로 설계업체로 주식회사OOO를 선정한다는 내용이 있음에 비추어 OOO는 사업초기부터 오수관련시설 및 도시기반시설인 도로, 학교, 공공용지에 관한 내용을 인지하고 있었음에도 2001.11.30. OOO과 체결한 도급공사계약(2004.6.28. 변경계약 포함)과는 별도로 약 1년이 경과한 2005.8.1. 일률적으로 OOO과 쟁점㉰공사원가와 관련된 별도 계약을 체결하였다는 것을 상식적으로 납득하기 어려운 점 등으로 볼 때, 쟁점㉰공사원가는 당초 도급계약에 포함된 것이 명백하고 변경합의된 내용도 없으므로 청구주장은 이유없다. (라) 쟁점㉱경비에 관하여 청구법인들은 쟁점지중화공사와 관련된 쟁점㉱경비를 OOO가 부담하여야 할 비용이므로 이중 공제받은 것이 아니라고 주장하나, 2004.11.1. 작성한 쟁점지중화공사 도급계약과 관련하여 2006.1.22. 수급인인 OOO이 OOO에 기성청구한 내역을 보면, 총 도급금액 OOO(공급가액) 중 OOO 해당분 OOO 해당분OOO원이 명확하게 나뉘어 있는 점, 2006.1.22. OOO이 기성청구하면서 OOO을 기준으로 하여 공급가액 OOO의 세금계산서를 OOO가 교부받았으나, 2006.12.14. 세금계산서 수수시 기성내역서상 OOO에 해당하는 금액 OOO원의 세금계산서를 OOO가 교부받은 점, 위 기성내역서상 OOO 해당분 OOO의 상세내역을 확인한 결과, 감리비·용역비·전주이설비·용지매입비·민원대책비·대관 허가수속비·국유지 점용료 등으로서, OOO는 이들 비용에 대하여 각 사업자 등으로부터 자기 명의로 세금계산서나 기타 증빙을 수취하여 공사원가에 산입하였고, 대략 장부상 다음 <표4>와 같이 확인됨에도 불구하고 재차 OOO로부터 세금계산서를 교부받아 공사원가에 반영하였으므로 청구주장은 이유없다. <표4> 쟁점㉱경비 관련 장부상 세부내역 (OO: O) (O) OOOOO는 2001.9.18. OOO가 출자하여 설립되었는바, 이들은 OOO에서 약 20년 동안 근무하던 직원으로서 OOO의 권유에 따라 OOO를 설립한 사실을 일관되게 진술하고 있고, 현재도 다음 <표5>와 같이 OOO과 관련있는 회사에서 재직하고 있으며, 2004.7.9. 경기도 OOO시장으로부터 주택건설사업계획 승인이 나자 OOO이 다음 <표6>과 같이 OOO 등에게 2004.7.22.∼2004.7.26. 사이에 자본금 및 이자상당액을 지급(OOO은 이를 가지급금으로 계상함)함으로써 OOO의 출자 지분 100%가 2004.7.26.부터 사실상 OOO에게 이전·변경된 점, OOO 주택공급 사업은 OOO 설립 이전부터 OOO이 진행한 사실이 확인되고, OOO 설립 이후에도 청구법인이 사업을 주도한 점 등에 비추어 시행사인 OOO는 OOO그룹의 위장계열사로서 그 사실상의 경영·지배주체는 OOO로 보는 것이 타당하므로, 국세기본법 시행령 제20조 제12호 및 법인세법 시행령제87조 제1항 제1호 및 제4호의 규정에 의거 OOO(모회사)과 OOO(자회사)는 특수관계가 있고, OOO은 국세기본법제39조 제1항 제2호의 규정에 따라 OOO의 체납세액에 대하여 출자자로서 제2차납세의무가 있다. <표5> OOO OO OO OO
(1) 주된 납세의무자인 OOO에 대한 2005년 제1기 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 청구부분이 본안심리 대상인지 여부
(2) 아파트 분양사업에 필요한 제반경비 및 공사원가(쟁점㉮경비․쟁점㉯경비․쟁점㉰공사원가․쟁점㉱경비)를 시공사인 OOO에서 부담하기로 약정하였음에도 이를 시행사인 OOO가 부담하였다 하여 업무무관경비로 보아 OOO에게 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 관련 체납액을 OOO에게 납부통지한 처분의 당부
(3) OOO이 OOO의 실질적 출자자로서 제2차납세의무가 있는지 여부
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(괄호 생략)과 그 부대비용
18. 제1호 내지 제17호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제50조【업무와 관련이 없는 지출】법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 규정하는 것을 말한다.
1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(괄호 생략)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략) 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)
9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
(3) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 및 각호 생략)
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
(4) 국세기본법 제39조【출자자의 제2차납세의무】① 법인(괄호 생략)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. (단서 생략)
2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자
② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 말한다. 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.
1. 제2차 납세의무자로서 납부통지서를 받은 자 (5) 국세기본법 시행령 제20조【친족 기타 특수관계인의 범위】법 제39조 제2항에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. (단서 생략)
12. 주주 또는 유한책임사원이 법인인 경우에는 그 법인의 소유주식수 등이 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(괄호 생략)과 소유주식수 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50 이상인 법인(괄호 생략) 또는 개인
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청은 OOO에게 2010.7.1. 2005년 제1기 부가가치세OOO원을 고지하였고, OOO는 그로부터 148일 경과한 2010.11.6. 심판청구를 제기한 사실이 심리자료에 의해 확인되므로, OOO가 당해 부과처분의 취소를 구하는 청구부분은 청구기간을 경과한 부적법한 청구에 해당한다. (나) 처분청은 2010.9.9. 및 2010.10.7. OOO에게 OOO의 제2차납세의무자로 지정하여 체납세액 납부를 통지하였고, OOO은 법정기간 내인 2010.12.8. 심판청구를 제기하였는바, OOO은 이해관계인(제2차납세의무자)으로서 OOO에게 부과된 2005년 제1기 부가가치세OOO원과 관련한 위법사유를 근거로 자신에게 부과된 체납세액의 납부통지 뿐만 아니라, 주된 납세의무자인 OOO에게 한 부가가치세 과세처분을 선행적으로 취소하여야 한다고 주장한다. (다) 살피건대, 제2차납세의무는 주된 납세의무의 존재를 전제로 하는 것이므로 거기에 주종의 관계가 있고, 주된 납세의무의 범위를 넘어서 성립할 수 없으며, 또 주된 납세의무에 대하여 발생한 사유는 원칙적으로 제2차 납세의무자의 납세의무에도 영향이 미치게 되는 이른바 부종성을 가지는 것이고, 따라서 제2차납세의무자는 주된 납세의무의 위법 여부에 대한 확정에 관계없이 자신에 대한 제2차납세의무 부과처분의 심판청구에서 주된 납세의무자에 대한 부과처분의 하자를 주장할 수는 있다고 할 것이나(대법원 2006두14926, 2009.1.15., 서울행정법원 2009구합8014, 2009.7.23. 참고), OOO은 OOO에 대한 2005년 제1기 부가가치세 과세처분과 관련하여 그 직접적인 당사자가 아닌 이해관계인(제2차납세의무자)에 해당하는바, 그러한 지위를 갖는 OOO의 경우 결국 심판의 실익은 자신에게 부과된 제2차납세의무에 한정되는 것이므로 주된 납세자인 OOO에 대한 당해 부가가치세 부과처분의 위법성을 주장하여 인정되면 그에 따라 제2차납세의무만 취소 또는 감액․경정할 수 있다고 보인다. (라) 따라서, 청구법인들의 주된 납세의무자인 OOO에 대한 2005년 제1기 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 청구부분은 심판청구 기간을 경과하여 한 부적법하거나 심판의 실익이 없는 경우에 해당하므로 본안심리의 대상이 아니라고 판단된다. 한편, 2005년 제1기 부가가치세 부과처분과 관련하여 OOO에게 부과된 제2차납세의무에 대하여 심판청구한 부분은 심리의 대상이 된다.
(2) 처분청이 제시한 OOO아파트 공급사업의 개략적인 진행경과는 다음 <표7>과 같다. <표7> OO OOOOOO OOO OOOO OO OO
(3) 쟁점②의 쟁점㉮경비(2005∼2007사업연도 아파트공사 관련 제반경비 OO,OOO,OOO,OOOO) 에 대하여 본다. (가) 처분청은 쟁점㉮ 경비를 다음 <표8>과 같이 법인세 소득금액 계산시 손금불산입하였다. <표8> OOOOO OOOOO OO (OO: O) O OO가치세의 경우 다른 항목과 혼재되어 구분되지는 아니하나, 위 손금불산입 금액 중 세금계산서 교부분의 매입세액 불공제 및 그에 따른 공통매입세액 중 면세금액 증가액으로 보임 (나) 처분청은 OOO가 동부건설에게 아파트 및 부대 복리시설 등의 건축공사를 도급(2001.11.30. 최초 계약 후 2004.6.28. 변경계약)하면서 제반 경비를 OOO이 부담하기로 하였음에도 OOO가 부담하였다면서 다음과 같은 과세근거를 제시하였다.
1. 도급인을 OOO(갑), 수급인을 OOO(을)로 하여 2001.11.30. 작성된 OOO 도급공사계약서의 주요 내용은 다음 <표9>와 같다. <표9> OO OOOOOO OOOOOOO(OOOOOOOOOOO) OO OO O) OOOOO와 OOO이 2004.6.28. 작성한OOO변경도급공사계약서에 의하면, 계약금액이 OOO 별도)으로 변경되었고, 당초 계약서 제12조(사업경비)는 종전과 내용이 같다.
3. 조사기간 중 각종 사업경비를 OOO가 부담하게 된 구체적인 사유를 요구하였으나, 제출하지 못하다가 2010.5.31. 변경합의서(작성일자가 2006.11.30.로 되어 있음)를 제출하였는바, 실제로는 그 작성시기가 2010.5.28.이고, OOO 상무가 주재하여 소급작성한 것이다.
4. 청구법인들이 정당한 사유없이 약OOO(쟁점㉮·㉯경비 합계액)에 상당하는 각종 사업경비의 부담주체를 OOO가 부담하기로 변경하였다는 것은 상식적으로 납득하기 어렵고, 나아가 사업경비의 부담주체를 OOO로 변경하였다면 통상적으로 도급금액의 감액이 있어야 함에도 그러한 감액이 없으며, 2001.11.30. 도급금액을 OOO만원)으로 정하였다가, 2004.6.28.OOO만원)으로 변경하여 도급금액이 증액되었고, 변경계약서에 각종 사업경비와 관련된 감액 등의 고려사항이 나타나지 아니한다.
5. OOO 대표사원 OOO는 조사과정에서 시공사인 OOO이 부담하여야 할 각종 사업경비를 OOO가 부당하게 부담하였음을 인정하는 진술을 하였다. (다) 청구법인들은 실제로 내부의사결정 및 상호간의 협의를 거쳐 경비부담 주체를 변경한 것은 사실이나, 그러한 내용이 나타나는 서류를 찾지 못하였을 따름이고, 사업경비의 성격에 비추어 사업시행사인 OOO OO 가 부담하는 것이 당연하다면서 다음과 같은 증빙을 제시하였다.
1. OOO 대표이사 OOO는 확인서(2011.9.22. 인감증명 첨부)를 통해 “국세청의 조사과정에서 OOO과 OOO 간의 변경도급계약서를 소급하여 작성하였음을 2010.5.28. 확인한 사실이 있고, 그와 같이 소급작성하였다고 확인한 이유는 당초 변경계약서가 분명히 존재하였으나, 찾지를 못하는 상황에서 책임감을 느꼈기 때문이며, 당초에 분명히 변경계약이 있었다”라고 확인하였다. 2) 쟁점㉮경비를 항목별로 요약해 보면 다음 <표10>과 같이 세금․ 공과금 및 감리비가 대부분이고, 세부적인 내역은 <표11>과 같다. <표10> 쟁점㉮경비 항목별 요약 (OO: O)
3. 청구법인들이 제시한 관련 세금계산서, 납부영수증, 용역계약서 등에 의하여 지출한 항목별로 그 성질을 살펴보면 다음과 같다.
(4) 쟁점②의 쟁점㉯경비(2005∼2007사업연도 아파트공사 이외의 부대공사와 관련한 제반경비 OOO)에 대하여 본다. (가) 처분청은 다음 <표12>의 쟁점㉯경비를 법인세 소득금액 계산시 손금불산입하였는바, 구체적으로 살펴보면 쟁점㉯경비의 발생 사업연도에는 모두 손금불산입(기타사외유출) 및 손금산입(△유보)로 세무조정하였다가, OOO가 실제 장부상 비용으로 반영한 2007사업연도에 학교용지 및 학교용지 조성경비OOO), 2008사업연도에 도로·오수집관 및 도로용지 경비(OOO)를 익금산입하여 법인세를 과세한 것으로 심리자료에 나타난다. OOOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OO (OO: O) (나) 청구법인들이 쟁점㉯경비 중 도로 및 오수집관 공사와 관련하여 제시한 증빙은 다음과 같다.
1. 도로 및 오수집관 공사와 관련하여 지출한 경비의 세부내역은 다음 <표13>과 같다. <표13> OOOOO O OO O OOOO OO OO OO OOOO O) OOOOO가 OOO시청에 납부한 도시계획도로 개설부담금 2,166백만원은 도로법제76조에 의한 도로 관련 원인자 부담금(타공사나 타행위로 인하여 필요하게 된 도로공사의 비용은 타공사나 타행위의 비용을 부담하여야 할 자에게 그 전부 또는 일부를 부과)으로서, 남양주시장이 OOO에게 보낸 도로개설부담금 납부통지서에는 “도시계획시설사업 시행관련 조치결과에 대한 회신내용과 같이 중로1-22호선 도로의 축소구간(약 468m)에 대한 용지보상비 및 사업비(OOO)수용에 대하여 아래와 같이 납부고지하오니 도시계획도로개설이 원활히 이루어 질 수 있도록 납부(OOO 및 OOO)하기 바란다”라는 내용이 나타난다.
3. OOO가 대한지적공사에게 지급한 측량비 33백만원의 경우 세금계산서 적요란에는 “ [특수] 분할측량, [특수] 경계복원, [특수] 확정(구획정리), [특수] 기초(도근), [특수] 연속지측량, [일반] 지적현황, [일반] 분할측량” 등으로 되어 있다.
4. OOO가 OOO(주)에게 지급한 도로개설 이행보증 보험료 OOO에 대한 영수증을 보면, 계약명은OOO) 도시계획도로 개설공사, 보증내용은 도시계획시설실시계획 인가도로 설치 이행보증금, 계약금액(담보금액)은OOO으로 나타난다. 5) 법무사OOO에게 지급한 공매업무 수수료 OOO관련 세금 계산서에는 “기부체납 부지 공매업무OOO)”라고 기재되어 있다. (다) 청구법인들이 제시한 쟁점㉯경비 중 도로용지와 관련 경비의 세부내역은 다음과 <표14>와 같다. <표14> 쟁점㉯경비 중 도로용지 관련 경비 세부내역 (라) 청구법인들이 쟁점㉯경비 중 학교용지와 관련하여 제출은 증빙은 다음과 같다.
1. 쟁점㉯경비 중 학교용지 관련 경비의 세부내역은 다음과 <표15>와 같다. <표15> 쟁점㉯경비 중 학교용지 관련 경비 세부내역 O) OOOOO가OOO에 납부한 그린벨트훼손부담금 284백만원[개발제한구역의 훼손을 억제하고 개발제한구역의 관리를 위한 재원을 확보하기 위하여 토지의 형질변경허가 등을 받은 자에 대하여는 부과(구개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법제20조)]의 납부영수증을 보면, 와부2중 신축 및 도시계획도로 개설과 관련하여 OOO와 OOO이 부과액의 1/2을 분담한 것으로 되어 있고, 세원건설에게 지급한 학교용지 매입용역비 OOO에 대한 세금계산서 적요란에는 OOO 학교부지 매입용역비 기성금 및 용역비 잔금으로 기재되어 있으며, 서울․경기지역 도시가스 공급업체인 (주)OOO에게 지급한 가스시설 분담금 OOO에 대한 세금계산서 적요란에는 시설분담금이라고 되어 있다. (마) 청구법인들이 제시한 쟁점㉯경비 중 학교용지 조성과 관련된 경비의 세부내역은 다음과 <표16>과 같다. <표16> 쟁점㉯경비 중 학교용지 조성관련 경비 세부내역 (바) 살피건대, 쟁점㉯경비의 경우도 위에서 쟁점㉮경비에 대하여 설시한 바와 같이 OOO가 부담하는 것이 타당하다고 보이므로, 처분청이 관련 세금계산서의 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 쟁점㉯경비를 법인세 소득금액 계산시 손금부인한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(5) 쟁점②의 쟁점㉰공사원가(2006사업연도 도시계획도로 및 오수집관공사비OOO)에 대하여 본다. (가) 처분청은 OOO가 OOO에게 아파트 및 부대 복리시설 등의 건축공사를 도급(2001.11.30. 최초 계약 후 2004.6.28. 변경계약)하여 OOO이 사업계획승인 이행조건에 관련된 제반 공사를 수행하기로 되어 있음에도 쟁점㉰공사원가를 OOO가 부담하였다면서 다음과 같은 과세근거를 제시하였다.
1. OOO와 OOO이 2001.11.30. 체결한OOO도급공사계약서” 중 관련 부분의 내용은 다음 <표17>과 같다. <표17> 당초 도급계약서 중 쟁점㉰공사원가 관련 부분
2. 당초 계약을 변경하여 OOO와 OOO이 2004.6.28. 체결한 OOO변경도급공사계약서”를 보면, 당초 계약서 상의 도급금액이 변경되었으나, 제5조(사업의 재원 등)는 종전과 내용이 같고, 일부 용어만 변경된 것으로 나타난다.
3. OOO시장이 2004.7.9. OOO에게 보낸 주택건설 사업계획승인의 행정준수사항(주택과-OOO) 중 관련 부분의 내용은 다음 <표18>과 같다. <표18> 주택건설 사업계획승인 내용 중 행정준수사항(2004.7.9.) O) OOOO OOOOOOO이 주택사업부장에게 보낸 내부서류(2004.5.10.)를 보면, OOO사업소 사전시공 승인요청(기부채납도로 실시설계)을 제목으로 하여 “당 사업소는 현재 OOO에 사업승인 요청중에 있고, 사업승인 보완서류인 도시계획시설 시행자지정승인 및 실시계획인가시 필요한 기부채납도로 실시설계에 대해 아래와 같이 사전시공을 실시하고자 하며, 기부채납도로(3.27km) 및 주변도로 실시설계와 관련하여 동부 추천 2개 업체와 현대산업개발 추천 2개 업체 중 최저가 견적업체인 (주)OOO계약의뢰 예정이고, 비용은OOO이라는 내용이 나타난다.
5. OOO 및 현대산업개발이 2004년 5월OOO작성한 기술용역표준계약서에는, 용역명이 OOO 도시계획시설(도로)변경결정 및 인가 및 도로실시설계 용역으로 되어 있고, 계약금액은 2억원, 계약기간은 계약체결일부터 120일(실시계획 인가시)로 되어 있다. (나) 청구법인들은 OOO와 OOO이 아파트 도급공사와는 별도로 도시계획도로 신설공사, 오수집관공사에 대하여 2005.8.1. 계약을 체결하였고, 이에 따라 OOO이 공사용역을 제공하고 도급금액을 수입으로 계상하는 한편, 공사를 의뢰한 OOO도 비용을 계상하여 정상적으로 거래하였으며, 전체적으로 볼 때에도 조세부담에 있어 차이가 나지 아니함에도 처분청이 변경계약에 대하여 이해하기 어렵다는 이유만으로 과세한 것은 부당하다고 주장하고 있다. (다) 살피건대, 쟁점㉰공사원가와 관련된 도로신설 등의 부대공사의 경우 2001.11.30. 작성된 도급계약서에서 이를 OOO이 수행하기로 약정되기는 하였으나, 당시에는 사업계획승인 이행조건에 관련된 제반공사가 필요한지 여부 및 필요시 구체적인 이행방법․소요 비용규모․경비의 부담주체 등을 알 수 없었던 상황이므로, 당초 도급계약서는 향후 구체적인 상황에 따라 내용변경을 예정한 가계약의 성격을 갖고 있었다고 보이는 점, 이후 2004.6.28. 작성된 변경도급계약서를 보면 도급금액 이외에는 일부 자구변경만 있었다가 2005.8.1. OOO가 별도의 계약에 의하여 도시계획도로 신설 및 오수집관 공사를 OOO에 도급하였으므로 실질적인 계약변경이 있었다고 볼 수 있는 점, OOO가 2004.7.9. OOO시장으로부터 사업계획승인을 받았으므로 그 시기를 전후하여 도시계획도로 신설․학교부지 기부채납 등의 부대공사의 범위가 구체적으로 확정되었다고 보이고, 또한 인근에서 OOO와 동일한 사업을 추진하던OOO의 분담비율(위에서 살펴본 바와 같이 사업계획승인에 따른 이행조건에 포함된 도시계획도로 신설공사와 관련한 OOO와 현대산업개발과의 분담비율은 각 50%이다)도 확정되었으므로, 이와 같이 확정된 내용을 반영하여 OOO와 OOO이 변경계약하였다는 주장이 설득력이 있는 점, 다음 쟁점③ 관련부분에서 설시하는 바와 같이 OOO이 OOO의 사실상 출자자에 해당하고 OOO의 설립경위 등에 비추어 청구법인들은 서로 특별한 관계에 있는바, 쟁점㉰공사원가와 관련하여 전체적인 조세부담은 차이가 나지 아니한다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 당초의 도급계약서 또는 변경도급계약서와 다르게 OOO가 쟁점㉰공사원가를 부담하였다는 사유로 법인세 소득금액 계산시 손금부인하는 등으로 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(6) 쟁점②의 쟁점㉱경비(쟁점지중화공사비OOO)에 대하여 본다. (가) 쟁점㉱경비는 쟁점지중화공사(154KV 도봉T/L 일부구간 지중화 및 지중송전선로 이설공사) 도급금액 중 OOO 해당분 886,857,779원이고, 처분청은 OOO가 쟁점㉱경비에 대해 OOO로부터 세금계산서를 교부받았음에도 위 <표4>와 같이 관련 공사비를 재차 경비로 계상한 것은 중복공제라는 의견을 제시하였다. (나) 공사도급계약서(OOO ↔ OOO, 2004.11.1.) 및 OOO이 쟁점지중화공사 관련하여 기성청구한 내역(제1회분, 2006.1.22.)을 보면 계약금액은 OOO(공급가액)으로 되어 있고, OOO과 OOO가 공사를 나누어 수행하는 것으로 되어 있으며, 각자의 공사비는 OOO원으로 되어 있으나, 실제로 OOO가 OOO로부터 관련 세금계산서를 수취한 내역을 보면 2006.1.22. OOO으로 확인되므로 OOO는 당초 자신이 부담하기로 하였던 쟁점㉱경비에 대하여도 OOO로부터 세금계산서를 교부받은 것으로 확인된다. (다) 처분청이 제시한 위 <표4>의 경비 내역을 보면 모두 쟁점지중화 공사와 관련이 있다고 보이고, 이에 관하여 청구법인들이 제시한 증빙은 없다. (라) 살피건대, 위에서 살펴본 바와 같이 OOO가 쟁점지중화 공사와 관련하여 경비를 지출하면서 비용으로 계상하는 동시에 그에 상당하는 세금계산서를 OOO로부터 교부받은 사실을 인정할 수 있다고 보이므로 이 부분 청구법인들의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점③에 대하여 본다. (가) 심리자료에 의하면 OOO는 2001.9.18.OOO가 출자하여 설립되었고, OOO이 2004.7.22.∼2004.7.26. 기간 동안 OOO등에게 투자금 및 이자상당액을 지급하여 OOO의 출자 지분 100%가 2004.7.26.부터 사실상 OOO에게 이전·변경된 것으로 나타난다. (나) 처분청이 위와 같이 제시한 OOO 출자자 OOO외 2인의 투자내역 및 투자금 회수내역OOO외 2인의 재직현황 등의 사실관계에 대해 OOO은 별다른 이견을 제시하지 못하고 있다. (다) OOO은 OOO의 체납세액에 대하여 제2차납세의무가 없다고 주장하나, OOO의 체납 이전에 그 출자자가 OOO 등으로부터 OOO로 변경된 사실이 인정되고, 그밖에 OOO이 제2차납세의무자에 해당하지 아니한다는 점을 입증할 만한 구체적이고 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호 내지 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.