신고목적으로 소급감정평가한 감정평가액을 인정하지 아니하고, 기준시가에 의해 안분계산한 건물가액으로 부가가치세를 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.12.26. 모(母) 고△△의 명의로 사업자등록을 한 후 2004.

29. 준공한 OOO OOOOOO OO OOOOOOOOOO (이하 “쟁점토지”라 한다)지상에 업무시설(오피스텔 421세대 및 기타 부대시설로서 지하 2층, 지상 30층, 연면적 68,613.97㎡, 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)의 분양과정에서 토지가액과 건물가액을 구분하여 분양계약서를 작성한 후, 이를 기준으로 쟁점 건물의 공급가액을 계산하여 당해 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

• 나. 처분청은 고△△이 신고한 쟁점부동산의 건물가액이 토지가액에 비하여 너무 낮게 산정되었다고 보아 토지가액과 건물가액이 불분명한 경우로서 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서 규정에 따라 쟁점건물의 공급가액을 기준시가에 의해 안분계산하여 2005.8.19. 고△△에게 2001년 제1기～2004년 제1기 부가가치세 7건 3,464,258,240원(2001년 제1기 363,101,960원, 2001년 제2기 890,005,140원, 2002년 제1기 310,926,280원, 2002년 제2기 638,586,280원, 2003년 제1기 307,503,550원, 2003년 제2기 305,145,580원, 2004년 제1기 648,989,450원)을 경정·고지하였다.
• 다. OO국세청장은 2005.6.29.～2005.10.18. 기간동안 개인사업자 일반통합조사를 실시하여 고△△이 수입금액누락 및 초과인출금에 해당하는 지급이자를 필요경비로 산입한 것을 확인하고 처분청에 과세자료로 통보하였는 바, 처분청은 2005.12.1. 고△△에게 2004년 귀속 종합소득세 1,570,663,340원을 경정·고지하였으나, 고△△은 이를 체납하였다.
• 라. 처분청은 △△국세청장이 고△△에 대한 체납추적조사 결과, 쟁점부동산 분양사업의 실질사업자가 청구인으로 확인되었다는 과세자료를 통보받고, 처분청은 당초 고△△에게 부과된 세액을 결정취소하고, 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 2010.6.21. 청구인에게 부가가치세 3,079,221,340원(2001년 제1기 82,431,790원, 2001년 제2기 1,061,759,600원, 2002년 제2기 663,139,070원, 2003년 제1기 263,697,100원, 2003년 제2기 269,352,070원, 2004년 제1기 635,480,480원, 2004년 제2기 103,361,230원) 및 2004년 귀속 종합소득세 2,556,910,590원을 경정·고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서에 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 그 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 토지·건물을 일괄 양도하여 각 자산별 양도가액이 불분명한 경우에는 기준시가에 의하여 그 양도가액을 구분하는 것이나 감정평가가액이 있는 경우에는 그 감정평가가액을 기준시가 보다 우선 적용하도록 하는 특례규정을 두고 있고, 감정평가가액의 범위는 2006.2.9. 이전에 공급(양도)한 것에 대하여는 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있을 뿐, 적용할 감정가액의 범위(소급감정가액 포함여부)에 대하여는 제한하는 규정이 없어 소급감정가액이라도 적법성과 적정성이 있다면 실지거래가액과 시가의 안분기준으로 적용할 수 있다 할 것이다. 감정평가법인인 주식회사 ◇◇이 쟁점부동산에 대한 소급감정한 감정평가서상 가격시점은 2001.3.31.로 쟁점부동산 분양시작일(2001년 제1기)과 같고, 쟁점토지에 대한 세부감정내역을 보면, 쟁점토지 인근지역에 소재하는 표준지 중에서 쟁점토지와 유사한 이용 가치를 지닌 비교표준지(OOO OO OOOOO)를 선정하여 지가변동률(0.11%)를 반영하여 시점을 수정하였고, 지역요인에는 비교표준지에 1.00의 보정율을 반영하였으며, 개별요인으로는 비교표준지에 비해 가로조건상 1.05, 접근조건상 1.07, 환경조건상 1.03, 획지조건상 1.10, 행정조건상 1.00, 기타조건상 1.00 각각 적용하여 총 1.27의 보정율을 적용하였으며, 인근지역의 지가수준을 적정히 반영하기 위하여 1.20의 추가 보정율을 적용한 결과, 쟁점토지의 가격은 459억원[2,290,000원×1.0011×1.00×1.27×1.20= 3,493,000원/㎡(=3,500,000원/㎡)]으로 감정되었다. 쟁점건물에 대한 세부감정내역을 보면, 건축원가(직접원가)는 본 건과 가장 비교성이 있다고 판단되는 2000년 건물신축단가표(OOOOO 발행)상 철근콘크리트 슬래브위 아스팔트슁글 초고층형 2급(아파트) 및 철근콘크리트 슬래브위 아스팔트슁글 초고층형 3급(아파트)의 평균가격인 517,500원/㎡을 적용하였고, 건물의 부대설비는 설비기자재의 품질, 규격, 재질 및 제작회사 등에 따라 가격차이가 있으나 2000년 건물신축단가표(OOOOO OO)상 통상적이고 일반적인 건물을 상정하여 200,000원/㎡으로 보정하여 쟁점건물의 가격은 477억2,900만원[517,500원+200,000원=717,000원/㎡(=720,000원/㎡)]으로 평가되었다. 처분청은 쟁점토지 감정평가액 459억원(가격시점 2001.3.31.)은 취득가액 184억6,800만원(취득일 2000.12.26.)에 비해 지나치게 높고, 쟁점건물 감정평가액 477억2,900만원은 도급금액 533억7,500만원에 미달 하므로 객관적이고 합리적인 평가액이 아니라고 주장하나, 청구인이 쟁점토지 취득일은 외환위기 이후 부동산경기가 극도로 침체되었던 시기이고, 쟁점토지를 취득 후 건폐율 15.2% 용적율 397.9%의 초고충 주상복합건물의 건축허가를 받아냄에 따라 토지의 이용가치가 월등히 높아진 점 등을 고려한다면 쟁점토지 취득가액과 감정가액의 단순 비교는 적합하지 아니하며, 주식회사 ▽▽의 쟁점토지 감정가액 46,129백만원(2001년 분양당시 분양가 산정을 위하여 감정평가한 가격으로 시점은 2001.6.13. 감정평가의뢰일 2001.6.12.임)과 비교해 보아도 객관적인 가액임을 알 수 있고, 쟁점건물 준공일은 2004.6.29.인 반면, 동 감정가액은 분양시작일인 2001.3.31.로 양자간에 3년 3개월의 시점차이가 있으며, 국가정책 및 공적자료에 적용되는 등 보다 일반성과 객관성이 담보되는 건물신축단가표에 의한 간접법으로 산정한 쟁점건물평가액을 단순히 공사도급금액에 비교하여 그 평가의 객관성을 부인한 것은 부당하다. 따라서, 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 적법한 감정평가법인이 쟁점부동산 분양당시 현재를 기준으로 개별적 특성 등을 적정하게 반영하여 감정평가한 감정가액은 비록 소급감정가액 이기는 하나 동 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산의 토지 및 건물 공급가액을 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 일반적으로 부동산매매계약서상 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분 표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정 되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보는 것이고, 부동산 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 건물가액을 공급가액으로 하는 것인바, 이 건의 경우 청구인은 쟁점부동산의 분양가액(토지가액 및 건물 가액)을 결정하면서 벽산건설 주식회사에 협조요청을 하고 동 법인이 회신한 토지, 건물, 부가가치세 비율에 의하여 건물가액을 결정한 것으로 나타나고, 건물가액 비율 31.96%는 쟁점건물 준공시의 기준시가에 의하여 안분계산한 건물가액 비율 59.11%에 비하여 크게 차이가 나고, 분양계획표상 토지가액 647억5,800만원은 토지 매입가액 184억6,800만원을 훨씬 상회하는 반면(원가의 350.6%), 건물분 분양가액은 건물공사원가에도 못미치고 있는 점 등을 볼 때, 비록 쟁점부동산의 분양계약서에 토지가액과 건물가액이 구분되어 표시되어 있다 하더 라도 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 구분표시된 토지 및 건물가액이 합당하지 아니한 경우에 해당하여 정상적인 거래에 의한 가액으로 볼 수 없다. 고△△이 2005.1.15. 제기한 심판청구(국심 2005서4383, 2007.2.15.)의 결정내용을 보면, 분양계약서상 쟁점건물가액은 기준시가에 의하여 안분계산한 건물가액과 크게 차이가 나고, 건물분 분양가액은 건물 공사 원가에도 못 미치고 있는 점 등을 볼 때, 비록 쟁점부동산의 분양계약서에 토지가액과 건물가액이 구분되어 표시되어 있다 하더라도 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 구분 표시된 토지 및 건물가액이 합당하지 아니한 경우에 해당하여 쟁점건물가액을 정상적인 거래에 의한 가액으로 볼 수 없다고 판단하였음에도, 청구인이 과세기간으로부터 9년 6개월이 경과한 이후에야 소급감정평가한 것은 쟁점부동산 분양당시의 이용가치와 주변환경 및 상태 등을 정확하게 판단할 수 없고, 소급감정평가액도 분양계약서상 쟁점건물가액과 유사하여 그 소급감정평가가액이 객관적이고 합리적인 방법에 의한 평가된 가액으로 볼 수 없다고 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 소급감정가액을 객관적이고 합리적인 방법에 의한 평가액으로 보아 동 감정가액을 기준으로 토지와 건물가액을 안분 계산할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우로서 소득세법제99조의 규정에 의한 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산한 건물의 공급가액으로 이 건 처분을 하였고, 청구인은 기준시가가 아닌 소급감정가액을 기준으로 안분계산하여 과세함이 정당 하다는 주장과 함께 그에 따른 증빙으로 소급감정평가서를 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구인은 2000.12.26. 주식회사 방림과 매매계약을 체결하여 쟁점토지를 18,468백만원에 매입하고, 2001.7.25. 건축허가(연면적 68,613.97㎡, 지하2층, 지상30층)를 받았 으며, 2001.6.1. □□□□와 공사도급계약(도급금액 46,617백만원, 도급금액은 계약이 변경되어 최종 53,375백만원이 되었음)을 체결하여 업무시설(오피스텔, 명칭: ◁◁◁◁◁) 421실(38평형 411실, 51평형 5실, 63평형 5실), 판매, 운동 및 문화시설 3실(560평)을 2004.6.29. 준공하여 분양하고 아래 [표1]의 분양계약서상 분양가액을 토지가액과 건물가액으로 구분기재하여 건물가액에 대한 부가가치세를 신고하였으며, [표1]쟁점부동산 분양 및 부가가치세 신고내역 처분청은 청구인이 구분기재한 토지가액과 건물가액은 합리적인 가액으로 볼 수 없어 총분양가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분 계산하여 이 건 처분을 하였다. (2)부가가치세법제13조 제1항과 같은 법 시행령 제48조의2 제4항을 보면, ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지 거래가액에 의하되, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인이 쟁점부동산에 대한 감정평가를 의뢰하여 주식회사 ◇◇이 쟁점부동산을 소급감정평가한 내용은 아래 [표2]와 같은 바, [표2]소급감정평가내역 쟁점토지에 대한 세부평가내역은 쟁점토지와 유사한 이용가치를 지닌 인근지역 비교표준지(OOO OO OOOOO)를 선정하여 지가변동률(0.11%)를 반영하여 시점을 수정하였고, 지역요인에는 비교표준지에 1.00의 보정율을 반영하였으며, 개별요인으로는 비교표준지에 비해 가로조건상 1.05, 접근조건상 1.07, 환경조건상 1.03, 획지조건상 1.10, 행정조건상 1.00, 기타조건상 1.00 각각 적용하여 총 1.27의 보정율을 적용하였고, 인근지역의 지가수준을 적정히 반영하기 위하여 1.20의 추가 보정률을 적용한 결과, 쟁점토지의 가격을 459억원[2,290,000원×1.0011×1.00×1.27×1.20= 3,493,000원/㎡(=3,500,000원/㎡)]으로 감정평가하였고, 쟁점건물 세부평가내역은 건축원가(직접원가)는 본 건과 가장 비교성이 있다고 판단되는 2000년 건물신축단가표(OOOOO 발행)상 철근콘크리트 슬래브위 아스팔트슁글 초고층형 2급(아파트) 및 철근콘크리트 슬래브위 아스팔트슁글 초고층형 3급(아파트)의 평균가역인 517,500원/㎡을 적용하였으며, 건물의 부대설비는 설비기자재의 품질, 규격, 재질 및 제작회사 등에 따라 가격차이가 있으나, 2000년 건물신축단가표(OOOOO OO)상 통상적이고 일반적인 건물을 상정하여 200,000원/㎡으로 보정한 결과, 쟁점건물의 가격은 477억2,900만원[517,500원+200,000원=717,000원/㎡(=720,000원/㎡)]으로 평가하였으나, 감정평가목적이 부가가치세법상 토지 및 건물 공급가액의 적정한 안분비율 산정을 위한 소급감정평가이고, 평가시기가 과세기간으로부터 9년 6개월이 경과한 이후인 점 등으로 보아 쟁점부동산 분양당시의 이용가치와 주변환경 및 상태 등을 정확 하게 반영된 것으로 보기 어렵다. (4) 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항의 취지는 일반적으로 부동산매매계약서상 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물가액이 구분 표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 보는 것이고, 부동산 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물가액의 구분이 불분명하거나 그 구분 표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 국세청 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분 계산한 건물가액을 공급가액으로 하는 것이라 할 것이다.

(5) 위의 내용을 종합하면, 부가가치세법상 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되지만 토지와 건물 가액의 구분이 불분명하거나 그 구분표시된 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 아니한 경우에는 부득이 기준시가에 따라 계산한 가액에 의해 안분계산한 건물가액을 공급가액으로 하는 것인바, 청구인이 제시한 쟁점부동산의 감정평가액은 과세기간으로부터 9년 6개월이 경과한 이후에 신고목적으로 소급감정평가한 것으로 쟁점부동산 분양당시의 이용가치와 주변환경 및 상태 등을 정확하게 반영한 합리적인 가액으로 보기 어렵다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산에 대한 소급감정가액에 의하여 토지와 건물가액을 안분계산하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들이지 아니하고 기준시가에 의해 안분계산한 건물가액으로 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.