창업후 3년 이내인 벤처기업에는 특수관계가 없어야 하며, 특수관계가 있고 벤처기업 출자일로부터 5년이 경과되기 전에 양도하는 경우는 양도소득세 과세대상임.
창업후 3년 이내인 벤처기업에는 특수관계가 없어야 하며, 특수관계가 있고 벤처기업 출자일로부터 5년이 경과되기 전에 양도하는 경우는 양도소득세 과세대상임.
심판청구를 기각한다.
(1) 주식발행초과금 등 자본잉여금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되는 경우에는 기존주식에 재산적 가치가 이미 반영되어 있던 주식 발행초과금 등이 전입되면서 자본의 증가에 따라 그 증자액에 해당하는 만큼의 신주가 발행되어 기존의 주주에게 그가 가진 주식의 수에 따라 균등하게 무상으로 재분배되는 것이어서 회사의 자본금은 증가 되지만 순자산에는 아무런 변동이 없고, 주주의 입장에서도 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만큼 주식의 수가 늘어날 뿐 그가 보유하는 총주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에는 아무런 차이가 없는 것이므로 무상증자는 새로운 출자로 보지 아니하는 바, 쟁점2주식 및 쟁점3주식에 대하여도 쟁점1주식과 같이 최초 유상으로 출자하여 취득한 당시를 기준으로 청구인과 ○○○○○의 특수관계자 해당여부를 판단하여야 하는 것이므로 청구인은 쟁점1주식 취득 당시 ○○○○○와 특수관계자에 해당하지 아니하며, 쟁점2주식 및 쟁점3 주식은 ○○○○○가 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전업으로 취득하였고 출자일로부터 5년 이상 보유하다가 양도하였으므로 조세 특례제한법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조에 의한 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호 에서 『창업후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환 한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것”으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호 에서 “당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법”으로 규정하고 았는 바, 쟁점1주식은 유상출자 당시 3년 이내의 벤처기업에 출자한 것이 고, ○○○○○가 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전업에 의한 방법으로 취득한 쟁점3주식에 대하여도 양도소득세 비과세를 적용하여야 한다.
(1) 청구인은 쟁점2주식의 취득 당시 ○○○○○의 총 발행주식 중 18.00%를 보유하고 있어 청구인과 ○○○○○는 특수관계자에 해당 하며, 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 의 양도소득세 비과세 요건인 “개인인 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항 에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것”을 충족하지 못하여 쟁점2주식의 양도는 양도소득세 과세대상이므로 당초 처분은 정당하다.
(2) ○○○○○는 2000.5.22. 설립되었으며 청구인은 ○○○○○ 창업 후 3년이 경과한 2006.8.8. 쟁점3주식을 취득하였으므로 조세특례 제한법 시행령 제12조 제1항 제1호 의 양도소득세 비과세 요건인 “창업후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것”을 충족하지 못하고 있고, 또한 쟁점3주식의 출자 당시 청구인과 ○○○○○는 위 (1)에서와 같이 특수관계자에 해당하여 쟁점3주식의 양도는 양도소득세 과세대상이므로 당초 처분은 정당하다.
(1) 청구인이 자본잉여금의 자본전입으로 취득한 쟁점2주식과 쟁점 3주식에 대하여 취득 당시 청구인과 ○○○○○가 특수관계자에 해당 한다 하여 양도소득세 비과세 적용을 배제한 처분의 당부
(2) ○○○○○는 2000.5.22. 설립되었고 청구인이 2006.8.8. 자본잉여금의 자본전입으로 취득한 쟁점3주식에 대하여 창업 후 3년이 지난 후에 취득하였다 하여 양도소득세 비과세 적용을 배제한 처분의 당부
□ 조세특례제한법 제12조 【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】
① 법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다. <개정 2001.12.31, 2005.2.19, 2010.2.18>
1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
소득세법 시행령 제98조제1항 또는 법인세법 시행령 제87조제1항 의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 법인세법 시행령 제87조제1항 의 규정을 적용함에 있어서 동항제6호중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 본다.
(1) 기한후 양도소득 과세표준 신고 및 자진납부계산서, 기한후 신고에 대한 신고시인결정 통지서, 답변서, 이의신청결정서, ○○○ 전산자료 등 심리자료에 의하여 과세근거 등의 내용을 보면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) ○○○○○는 2000.5.22. 설립되어 2000.6.l. 사업자등록신청을 하였고, 대표자는 ○○○이며, 사업장 소재지는 충청남도 ○○○ ○○○○이고, 업종은 반도체 장비 등 제조업이며, 2007.5.22. 코스닥시장에 상장된 코스닥상장법인으로, 자본금 변동현황과 청구인이 쟁점1주식, 쟁점2주식 및 쟁점3주식을 취득한 내역은 아래 표와 같다. (나) 청구인이 ○○○○○의 2001요14. 유상증자에 참여하여 쟁점1 주식(12,000주)을 취득하고, 자본잉여금의 자본전입에 따라 2002.3.22. 쟁점2주식(25,542주), 2006.8.8. 쟁점3주식(184,167주, 액면가액이 분할 된 이후의 주식임)을 취득하여 총 559,587주를 보유하고 있다가 2007 년 5월부터 2007년 11월까지 총 488,674주(쟁점양도주식)를 양도하고, 2010.4.30. 양도소득 과세표준 기한후신고를 하고(양도가액 3,051,755,285, 취득가액 76,437,000원), 양도소득세 415,703,050원을 납부하자 처분청은 2010.8.18. 청구인의 양도소득 과세표준 기한후신고에 대하여 신고시인결정을 하여 통지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2010.9.28. 납부한 양도소득세 415,703,050원을 환급하여 야 한다는 취지의 이의신청을 처분청에 제기하였다. (다) 청구인의 이의신청청구에 대하여 처분청이 결정한 주요 내용을 보면 아래와 같다.
1. 쟁점1주식은 청구인이 특수관계가 없는 창업 후 3년 이내인 ○○○○○의 유상증자에 증자대금을 납입하는 방법으로 취득한 주식이고, 청구인은 2001.9.14. 출자하여 쟁점1주식을 취득하였는데 ○○○○○는 2001.2.17. 기술신용보증기금으로부터 보증금액이 ○○○○○ 총 자산의 5%를 초과하는 170백만원인 기술대출보증서를 발급받은 점, 2001.2.27. 기업은행으로부터 동 기술대출보증서를 담보로 200백만원을 대출받은 점, 출자일로부터 77일 후인 2001.11.30. 중소기업청장이 ○○○○○가 벤처기업임을 확인하는 벤처기업확인서를 발급한 점, 중소기업청장이 발급한 벤처기업확인서의 확인기준에 ‘기술평가사업 (기술신용보증기금)’이라 기재되어 있는 점 등을 종합하여 보면 ○○○○○는 기술대출보증서를 발급받은 2001.2.17. 기술신용보증기금으부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 법인으로 평가받은 것으로 보여지므로 청구인이 출자하여 쟁점1주식을 취득할 당시 ○○○○○는 벤처기업으로 봄이 타당하고 청구인과 ○○○○○가 특수관계자에 해당하지 아니하므로 쟁점1주식은 양도소득세 과세대상이 아니다. 처분청은 2010.12.23. 위 이의신청결정에 따라 쟁점1주식에 상당하는 양도소득세 121,134,540원을 청구인에 게 환급하였다.
2. 청구인은 2002.3.22 출자하여 쟁점 제2주식을 취득하였는데, 출자 당시 ○○○○○는 비상장법인이었고, 청구인은 출자 당시 ○○○○○의 총 발행주식의 18%에 해당하는 12,000주를 보유하고 있어 청구인과 ○○○○○는 특수관계자에 해당하여조세특레제한법 시행령 제12조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 양도소득세 비과세 요건인 “개인이 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항 에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것”을 충족하지 못하므로 쟁점2주식은 양도소득세 과세대상이다.
3. ○○○○○는 2000.5.22. 설립되었는데 청구인은 창업 후 3년이 경과한 2006.8.8. ○○○○○에 출자하여 쟁점3주식을 취득하였으므로 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호 에서 규정하고 있는 양도소득세 비과세 요건인 “창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자 일 것”을 충족하지 못하고 있고, 또한 쟁점3주식은 출자 당시 청구인이 ○○○○○의 총 발행주식의 9%를 소유하고 있어 청구인과 ○○○○○는 특수관계자에 해당하므로 양도소득세 과세대상이다.
(2) 청구인은 쟁점2주식과 쟁점3주식도 쟁점1주식과 같이 조세특례제한법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 규정한 요건에 충족 되므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하면서, 이사회 의사록 (2002.3.12. ; 2006.7.31.), 벤처기업확인서, 기술대출보증서(보증번호 ○○○○○○), 주식 등 변동상황명세서 (2000-2002사업 연도, 2006-2007 사업연도), 자본금과 적립금 조정명세서 등을 제시하므로 이에 대하여 본다. (가) 이 사회 의사록(2002.3.12. ; 2006.7.31.) 및 자본금과 적립금 조정명세서에 의하면, 쟁점2주식과 쟁점3주식은 ○○○○○가 자본준비금(주식발행초과금)을 자본전입함에 따라 취득한 것으로 나타난다. (나) ○○○○○에 대하여 중소기업청장이○○○○○ 발급한 벤처 기업확인서(제○○○○○○○○○호)에는, 확인기준은 기술평가사업(기술 신용보증기금)이고, 유효기간은 2001.12.30.부터 ○○○○○○.까지이며, ○○○○○는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의 하여 벤처기업임을 확인한다고 되어있다. (다) 기술신용보증기금(○○○○○○)이 2001.2.17. 발급한 기술 대출보증서(보증번호 ○○○○○○)의 보증금액은 170백만원이고, 보증금액 170백만원은 ○○○○○의 2000사업연도 총자산 230백만원의 73.9%에 해당하며, ○○○○○는 200l.2.27. 기업은행으로부터 기술부분신용보증을 담보로 200백만원을 대출받은 것으로 나타난다.
(3) 살피건대, (가) 조세특례제한법 제14조, 제13조 및 같은 법 시행령 제12조에 의하면, 중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례로 개인이 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업(창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자)에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법이나 잉여금의 자본전입에 의하는 방법으로 출자함으로써 취득한 주식을 그 출자일로부터 5년이 경과한 후 에 양도하는 경우에 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 되어 있고, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 및 같은 법 시행령 제2조에 의하면, 벤처기업이라 함은 중소기업으로서 기술신용보증기금으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수 한 것으로 평가받은 기업을 말하는 것으로 되어 있다. (나) 쟁점1주식은 청구인이 2001.9.14. 특수관계가 없는 창업 후 3년 이내이고 중소기업이며 벤처기업인 ○○○○○의 유상증자에 참여하 여 취득한 주식으로 5년이 경과한 후인 2007년에 양도하여 위 관련 법령에서 규정하는 요건에 모두 충족되어 양도소득세 과세대상이 아닌 것으로 판단된다. (다) 청구인은 무상증자에 의한 주식의 취득은 새로운 출자로 볼 수 없으므로 쟁점2주식과 쟁점3주식은 쟁점1주식과 같이 조세특례제한법 제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 규정한 요건에 충족되므로 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하나, 주식을 취득하는 방법은 유상으로 취득하는 방법과 잉여금의 자본 전입에 따라 무상으로 취득하는 경우가 있을 것인데 취득사유가 발생 할 때마다 각각 취득하는 것이지 무상으로 취득하였다 하여 그 취득 원인이 되는 유상으로 취득한 때로 취득시기를 소급할 수는 없는 것 이고, 조세특례제한법 제13조 제2항 에서 출자의 개념을 유상과 무상으로 나누어 규정한 점을 보더라도 쟁점2주식과 쟁점3주식은 무상 증자일에 각각 취득한 것으로 보아야 할 것인바, 쟁점2주식의 경우 2002.3.22. 취득 당시 청구인이 ○○○○○의 총 발행주식의 18%에 해당하는 12,000주를 보유하고 있어 청구인과 ○○○○○는 특수관계자에 해당하고, 쟁점3주식의 경우 2006.8.8. 취득 당시 청구인이 ○○○○○의 총 발행주식의 9%를 보유하고 있어 청구인과 ○○○○○는 특수관계자에 해당하므로 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 에서 규정하고 있는 양도소득세 비과세 요건인 “개인이 그와 법인세법 시행령 제87조 제1항 에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것”을 충족하지 못하므로 양도소득세 과세대상이라 할 것이고, 또한 쟁점3주식의 경우 2006.8.8. 취득하여 그 취득일부터 5년이 경과되기 전에 양도되었으므로 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 본문 및 제1호에서 규정하고 있는 양도소득세 비과세 요건인 “창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자이어야 하고 그 출자일 로부터 5년이 경과되어 양도되어야 할 것”을 충족하지 못하므로 처분청이 쟁점2주식과 쟁점3주식에 대하여 조세특례제한법 제14조 의 규정에 의한 양도소득세 비과세 적용을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.