부지정지공사 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로 봄이 타당하며, 당초 계약금 지급일 이후 지급시기를 변경하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하나, 완성도지급조건부 용역에서 기성청구에 따라 교부받은 세금계산서는 매입세액 공제대상으로 봄이 타당함
부지정지공사 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로 봄이 타당하며, 당초 계약금 지급일 이후 지급시기를 변경하여 교부한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 봄이 타당하나, 완성도지급조건부 용역에서 기성청구에 따라 교부받은 세금계산서는 매입세액 공제대상으로 봄이 타당함
OOO세무서장이 2010.10.15 청구법인에게 한 2010년 제1기 부가가치세 OOO의 환급처분은 청구법인이 2010.5.1. 주식회사 OOO로부터 수취한 세금계산서OOO의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 처분청은 OOO이 발행한 세금계산서OOO 중 OOO 상당의 세금계산서상 매입세액OOO을 부지정지공사비로 토지 관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하였으나, 동 부지정지공사는 건축공정상 필수공사로 건물을 신축하기 위한 터파기와 평탄작업에 소요된 비용으로 건설원가를 구성하는 비용이지 토지의 가치를 증가시키기 위한 비용이 아니므로 위 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다.
(2) 처분청은 서인이 2010.5.1. 발행한 세금계산서를 공급시기 이전에 발행한 세금계산서로 보아 관련 매입세액 OOO을 불공제하였으나, 청구법인이 OOO과 작성한 도급계약서상 ‘대금의 지급’에는 ‘기성부분금을 월 1회, 월말에 청구하여 청구법인의 지급기준에 따른다’고 되어 있는바, 이 건 거래는 완성도기준지급 조건부 용역의 제공에 해당되어 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때로서 OOO이 2010년 4월분 공사비를 4월말 구두로 청구하여 청구법인이 5월 1일 기성청구승인서를 교부하고 세금계산서를 수취한 것이며, 설사 처분청과 같이 OOO이 기성청구승인서를 제출한 5월 14일을 기성청구일로 본다고 하더라도 4월분 용역의 공급은 이미 4월말에 종료되었고, 5월 1일과 5월 14일의 기성 청구금액이 동일한바, 5월 1일 OOO이 발행한 세금계산서를 부인할 이유가 없으므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다.
(3) 처분청은 청구법인이 2010.1.13. OOO으로부터 수취한 세금계산서를 공급시기를 달리하여 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 OOO을 불공제하였으나, 청구법인은 OOO과 2009.12.18. 감리용역계약을 체결한 뒤, 청구법인의 자금지출 문제로 계약금을 지급하지 못하고 있다가 2009.12.30. 계약금 지급일을 변경하는 변경계약서를 작성하였으며, 변경된 계약서에는 계약체결 후 1개월 이내에 계약금을 지급하기로 하였는바, 이에 따라 2010.1.13. 수취한 위 세금계산서는 정당한 것이므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다.
(1) OOO의 부지정지공사는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 공사로 동 공사비 관련 매입세액 OOO은 토지 관련 매입세액이므로 이를 불공제한 처분은 정당하다.
(2) OOO의 1차 기성청구의 경우 3월분 공사비를 2010.3.29. 공문으로 청구하였으며, 청구서, 세금계산서, 법인통장사본 각 1부가 첨부되어 있는바, 동 세금계산서의 작성일자는 2010.4.1.로 청구법인이 작성일자를 승인일로 하여 수기로 기재한 것으로 보이는바, OOO은 기성청구 승인여부와 관계없이 세금계산서를 발행하여 교부하고 있음이 확인되고, OOO이 2010.5.14. 기성청구를 하여 2010.6.4. 대금지급되었음에도, 4월분 공사비에 대한 세금계산서는 OOO에서 기성청구도 없이 작성일자를 2010.5.1로 기재하여 발행․교부한 것으로 판단되므로 공급시기 전 대가의 지급없이 발행한 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
(3) 중간지급조건부로 계약을 체결한 후 대가의 지급지연으로 인하여 당초 계약의 지급일을 변경하는 경우 이미 공급시기가 경과한 분의 공급시기까지 계약변경일 이후로 변경할 수 있게 된다면 법에 의하여 확정된 거래시기를 거래당사자의 필요에 의해 언제든지 변경할 수 있게 되어 부가가치세법의 근간이 되는 세금계산서 발급시기에 대한 혼란과 왜곡을 조장하게 되므로 중간지급조건부 계약에 있어서계약변경으로 공급시기가 변경되는 경우 당초 계약상 공급시기가 도래하지 아니한 분에 대하여만 계약의 변경내용에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 있는바, 당초 계약금 지급일인 2009.12.18. 이후 2010.1.13. 발행한 OOO의 세금계산서는 공급시기 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서이므로 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
① 부지정지공사비를 지급하고 수취한 세금계산서의 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부
② 완성도지급조건부 용역의 공급시기를 기성청구승인요청서를 제출한 2010.5.14.을 공급시기로 하여 선발행 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
③ 당초 계약금지급일 이후에 지급시기를 변경하여 발행한 세금계산서를 공급시기 이후에 발행한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 따른 시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 본다.
④ 제1항과 제2항에 따른 공급 시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액 (3) 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (4) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】
② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간내에 발급받은 경우
5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우(2009.2.4. 신설)
⑥ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 OOO에 소재한 주식회사 OOO와 그 주변 토지를 매입하여 OOO 유원지 개발사업을 진행하고 있는 법인으로, 2009.12.21. 청구법인과 OOO이 체결한 OOO 콘도미니엄 신축공사 도급계약서에는 공사기간이 2009년 12월～20011년 12월, 도급금액이 OOO으로 되어 있고, 2009.12.28. 공사착공하여 부지정지, 터파기 및 가시설공사 등이 진행중으로 2010.5.31. 현재 공정율은 1.02%로 확인된다. 2010.6.21. OOO은 1차 기성금액인 OOO에 대하여 기성승인을 신청하였고, 청구법인은 2010.6.23. 이를 승인하고 OOO이 발행한 공급가액 OOO의 세금계산서(1매)를 수취하였는바, 처분청은 공사기성금액 OOO 중 부지정지공사비 OOO을 토지관련 공사비로 보아 관련 매입세액을 불공제하였다. (나) 한편, 청구법인이 동 부지정지공사비를 콘도미니엄 신축과 관련한 공사비라고 주장하며, 증빙자료로 제시한 OOO 현장대리인 장OOO의 소명서(2011.1.7.)에는 통상적으로 현장이 개설되면 일정기준 높이로 부지정지공사를 실시하고, 당현장은 부지면적이 넓고, 경사도와 지표면 기복이 심하여 원할한 토공사 수행을 위하여 부지정지공사가 선행되어야 하는 사항이며, 이는 토목공사와 불가분의 관계를 가지므로 토목공사의 소공정으로 진행된다고 기재되어 있고, 주출입구와 주차장 부지정지공사 전과 후의 사진 및 2010.3.15. 촬영한 부지정지공사 사진 2매가 첨부되어 있다. (다) 살피건대, 청구법인은 부지정지공사를 건물을 신축하기 위한 터파기와 평탄작업에 소요된 비용이므로 건설원가에 해당한다고 주장하고 있으나, OOO이 제출한 소명서에는 부지정지공사는 토목공사의 전 단계로 기재되어 있고, 터파기 공사는 별도로 기재되어있으며, 사진상으로도 현장 출입구 및 주차장 등 주변 부지 등을 정지한 것으로 나타나고 그 위에 건물을 신축한 사실이 확인되지 아니하는 바, 부지정지공사비 OOO은 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당하는 것으로 보이므로 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2010.3.5. OOO과 OOO 콘도미니엄 신축공사 중 수목이식공사에 대한 도급계약을 체결하였는바, 동 계약서에 의하면, 공사기간은 2010.3.5.～2012.7.4., 도급금액은 OOO(부가가치세 포함), 대금지급은 계약금 없이 기성부분금 월1회, 월말에 청구하여 청구법인의 지급기준에 따른다고 되어 있다(2차례 계약을 변경하여 도급금액을 OOO으로 변경하였음). OOO은 위 공사에 대한 제1회 공사기성금 OOO을 2010.3.29. 청구하였고, 청구법인은 2010.4.1. 승인하며 같은 날 OOO이 발행한 세금계산서를 수취하고, 2010.4.26. 대금을 지급하였으며, 제2회 공사기성금 OOO을 청구법인이 2010.5.1. 승인하며 같은 날 OOO이 발행한 세금계산서를 수취하고 2010.6.4. 대금을 지급였는바, 처분청은 OOO이 2010.5.14. 공문으로 청구법인에게 공사기성금을 청구한 사실을 확인하고 2010.5.1. OOO이 발행한 세금계산서를 공급시기 이전에 발행한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였다. (나) 청구법인은 도급계약서에 따라 OOO이 4월말 구두로 기성금 승인요청을 하여 2010.5.1. 이를 승인하고 2010.6.4. 대금을 지급하였으므로 이는 완성도기준지급 조건부에 의한 용역의 제공에 해당하여 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때이고, OOO이 2010년 4월말 구두로 기성청구를 한 후 2010.5.14. 공문으로 공사기성금을 청구한 것으로, 이는 청구법인이 콘도미니엄 건설과 관련하여 (주)OOO은행과 (주)OOO은행으로부터 각각 OOO씩의 자금을 대출 받았고, 이때 OOO이 채무인수인이 된 관계로 자금인출승인을 요청하면서 OOO의 요구에 따라 OOO에게 다시 공문을 요청하여 받은 것이라고 주장하며, 세금계산서, OOO은행의 이체확인증, 기성청구승인서, 2010.5.14. OOO의 기성청구 공문 및 건설공사 표준도급 계약서(2010.3.5.), 인출요청서(2010.5.28.) 등을 제시하고 있다. (다) 살피건대, 처분청은 2010.5.1. OOO이 발행한 공급가액 OOO의 세금계산서를 선발행한 세금계산서로 보았으나, 이 건의 경우 매월 기성공사금을 청구하는 완성도지급조건부 계약으로 볼 수 있어 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때로서 청구법인이 OOO과 매월말 기성부분금을 지급하기로 도급계약을 체결한 점, 청구법인이 2010.5.1. OOO의 기성금청구를 승인하고, 그에 따라 세금계산서를 교부받은 점, 2010.5.1. 기성금 승인금액이 2010.5.14. 공문에 의한 기성금 요청금액과 동일한 점 등 청구법인이 자금인출 특성상 OOO에게 공문으로 기성승인신청서를 다시 요청하였다는 주장이 신빙성이 있어 보이는 점 및 청구법인이 동 세금계산서에 대하여 조기환급을 신청하지도 아니하여 굳이 세금계산서를 선발행하여 받을 필요가 없었던 점 등을 감안하여 볼 때 2010.5.1. 청구법인이 OOO으로부터 수취한 세금계산서는 정당한 세금계산서로 보이므로 동 세금계산서의 매입세액 O,OOO,OOOO은 공제대상 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인은 OOO과 2009.12.18. 체결한 OOO에 의하면, 감리비 계약금액을 OOO으로 하여 계약체결시 감리비의 10%인 OOO를 지급하고, 나머지는 착공후 매 3개월마다 지급하기로 약정한 후, 2009.12.30. 계약금의 지급을 계약체결후 1개월 이내에 지급하는 것으로 변경하는 등 당초 계약서의 일부조항의 내용을 변경(추가)하여 ‘CM형 감리용역 계약 변경계약서’를 작성한 뒤, 변경된 계약에 따라 위 계약금에 대하여 2010.1.13. OOO이 발행한 세금계산서를 교부받고, 2010.2.9. 동 금액을 지불하였는바, 처분청은 공급시기 이후에 발행한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하였다. (나) 청구법인은 자금사정으로 인하여 계약금을 지급하지 못하여 당초 계약금의 지급시기 등을 변경하여 계약을 다시 체결하였으므로 당초 계약서에 의한 계약금의 지급은 무효인바, 변경된 계약에 따라 계약체결후 1개월 이내인 2010.1.13. 발행한 세금계산서를 교부받아 정당한 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하며, 세금계산서, OOO은행의 이체확인증, 관련 계약서 등을 제시하고 있다. (다) 살피건대, 청구법인은 당초 체결한 계약은 무효이고, 변경된 계약에 의하여 계약금을 지급하였으므로 정당한 세금계산서라고 주장하고 있으나, 당초 계약내용 중 계약금의 지급시기 등 지급시기 일부만 변경한 것으로 당초의 계약을 무효로 보기 어렵고, 이 건 중간지급부조건 계약으로 청구법인은 당초 공급시기인 2009.12.18.(계약금 지급일)이 경과한 2009.12.30. 계약을 변경하고 과세기간을 달리 하여 2010.1.13. 발행한 세금계산서를 교부받았는바, 이는 법령이 정한 공급시기를 경과하여 임의로 공급시기를 변경하는 것으로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려우므로 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.