양도대금으로 대체토지를 취득하였다는 이유만으로 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없음.

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 1972.2.2. OOOOO OOO OOO OOOOOO에 설립된 비영리법인으로서 1980년 7월 등에 취득한 OOO OOO OOO OOO OOOOO 임야 외 20필지 374,969㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2005.9.16. OOO에 협의 양도하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 양도차익이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산의 처분이익으로 보아, 2010.10.8. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 4,560,695,600원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ⑴ 청구법인은 OOOO 선교 및 교육사업 등을 고유목적사업으로 하여 설립된 비영리내국법인으로서 정관에서 정하고 있는 교육사업을 위해 쟁점토지를 취득하였고, OOO대학 설립 목적에 사용하였으며, 보유기간 중 수익사업 목적에 사용하거나 수익이 발생되지 아니하였다. 청구법인의 교육사업은 내부의사결정이 아닌 정부 간 합의에 따라 대외에 공표한 사업으로서 쟁점토지는 단순히 시세차익을 위해 취득한 것이 아니며, 불가피하게 양도(수용)하였으나 고유목적사업을 계속하기 위하여 대체토지를 취득하였으므로, 쟁점토지는 고유목적사업에 사용된 것으로 보아야 한다. ⑵ 설령 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되지 않았다고 보더라도, 쟁점토지는 1990년 7월 OOO 상수원 수질보전특별대책지역 편입(환경청 고시 제90-15호), 2003.1.22. 보전녹지지역 지정, 2005년 3월 휴양림조성사업부지 지정(산림청 고시 제2005-30호), 2005.9.16. OOO에 협의 매각되는 등 청구법인의 의지와 무관하게 대학건립이 불가능하게 되었으므로 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 것으로 인정되어야 하며, 쟁점토지는 OOOOO에 청구법인의 기본재산으로 등록되어 고유목적사업 외의 용도로 사용이 불가능하고, 양도대금은 대체토지 취득에 사용하여야 하는데 조세를 부담하면 사업진행에 차질이 발생하므로 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 ⑴ 청구법인이 정관에 정한 교육사업을 위해 1980년 7월 취득한 쟁점토지는, ① 1995년 소유권 이전 소송에서 패소하여 진입로와 핵심 건축 부지를 원 소유자에게 반환함으로써 사실상 학교부지로 활용할 수 없게 되었고, ② 쟁점토지 처분 직전인 2004 ～ 2005년 환경부 건축제한지역 고시, 산림청 휴양림조성부지로 고시됨에 따라 처분일 현재 계속하여 3년 이상 고유목적사업(대학설립)에 사용한 토지로 볼 수 없다. 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에서 고유목적사업에 직접 사용할 것을 명시하였고, ‘고유목적사업에 직접 사용한’ 시점은 건물이 준공되어 정관상의 고유목적사업에 실질적으로 공한 때를 말하는 것이므로, 쟁점토지는 고유목적사업에 사용되지 아니하였다. ⑵ 법인세법 제3조 제2항 제5호 에 규정된 비영리법인의 과세소득에서 제외되는 ‘고유목적사업에 직접 사용한 자산’을 판단함에 있어서 고유목적사업에 사용하지 아니한 정당한 사유(건축제한 및 수용)가 있는 경우에도 ‘고유목적사업에 직접 사용한 자산’에 해당하는 것으로 확대해석할 수 없고, 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우에는 정당한 사유 유무에 관계없이 처분으로 인하여 얻는 수입에 대하여는 법인세가 부과되는 것이므로, 고유목적사업에 사용하지 아니한 쟁점토지의 처분이익에 대하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업(대학설립)에 직접 사용하였는지 여부

② 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보아 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부

• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 법인등기부등본에 의하면, 청구법인은 1967.3.13. 문교부장관의 설립허가를 받아 1972.2.2. OOOOO OOO OOO OOOOOO에 설립된 비영리법인으로서, 세계 3대 종교의 하나인 OOOO를 국내에 선교하고 국제간의 종교문화의 교류 및 친선을 도모하여 복지사회에 공헌하기 위하여 발족한 OOOOOO 중앙회 및 산하단체에 소속된 재산을 유지관리하기 위한 목적으로 설립되었으며, OOOO 선교활동, OOOO 및 운영관리, 국제간의 종교문화교류, 사회복지사업 및 교육사업 등을 사업내용으로 하고 있는 것으로 나타난다. ⑵ 청구법인은 1980.7.3. 등에 취득한 쟁점토지를 2005.9.16. OOO에 13,485,791,500원에 협의 양도하였으나 법인세 신고를 하지 아니하였고, 처분청은 쟁점토지의 양도차익 11,505,255,900원을 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산의 처분이익으로 보아, 2010.10.8. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 4,560,695,600원을 부과하였다. ⑶ 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업에 사용되었고, 고유목적사업에 사용되지 아니하였다 하더라도 정당한 사유를 인정하여 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ㈎ 쟁점①에 대하여 본다.

1. OOO대학 설립추진현황보고 등에 의하면, 청구법인은 1976년 8월부터 교육사업의 일환으로 OOOOO대학 설립을 추진하였고, 1980년 5월 OOOOOO 정상회담 등 외교적 협의에 따라 한국 정부로부터 1980년 7월 대학건립 용도로 쟁점토지(374,969㎡)를 포함한 430,177㎡의 토지를 지원(기증)받아 취득하였으나, OOO 정부가 학교건축 비용을 지원하지 못함에 따라 진입로(2.4㎞) 외에는 쟁점토지에서 건물의 건축 등 학교설립 행위는 없었던 것으로 나타난다.

2. 소유권이전등기 판결(OOOOOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO O OOO OOOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO)에 의하면, OOO대학 설립이 지연되자 일부 농지의 원 소유주들이 소유권이전등기 소송을 제기하였고, 패소한 청구법인은 1995년에 농지 55,207㎡를 원소유주에게 반환하였다. 한편 쟁점토지는 1990.7.19. OOO 상수원 수질보전특별대책지역으로 편입(환경청 고시 제90-15호)되고, 국토이용관리법에 따라 자연환경보전지역으로 지정된 후 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행으로 2003.1.22. 대부분 보전녹지지역으로 지정되었으며, 2004.5.20. OOO 상수원 수질보전 특별대책지역으로 지정(환경부 고시 제2004-72호)되어 건축제한지역에 편입되고, 2005.3.16. 휴양림조성사업부지로 지정(산림청 고시 제2005-30호)되어 2005.9.16. OOO에 협의 매각된 것으로 나타난다.

3. 청구법인은 쟁점토지 처분과 관련하여 OOOOO로부터 기본재산 처분허가(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)를 받았으며, OOOOO는 허가조건으로 쟁점토지 양도대금은 사전승인을 받은 후 고유목적사업에 사용하도록 하였으며, 청구법인은 OO구청장의 사전승인(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)을 받아 2007.12.31. OOO OOO OOO OOO O OO 외 26필지 임야 등 285,884㎡를 취득(취득가액 29억원)한 것으로 나타난다.

4. 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인은 OOOO 선교활동 및 교육사업 등을 고유목적사업으로 하는 법인으로서 OOO대학 설립을 위하여 쟁점토지 등을 취득하였으나, 1995년 소유권이전 소송에서 패소하여 진입로와 핵심 부지를 원 소유자에게 반환하여 사실상 학교부지로 활용할 수 없게 되었고, 처분 직전인 2004 ～ 2005년에 건축제한지역 및 휴양림 조성용지로 지정되어, 쟁점토지는 처분일 현재 계속하여 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 판단되며, 수익목적으로 사용되지 아니하였다거나 양도대금으로 대체토지를 취득하였다고 하여 고유목적사업에 사용한 것으로 보기 어렵다고 판단된다. ㈏ 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 청구법인의 의지와 무관하게 대학건립이 불가능하였고, 쟁점토지를 양도하였으므로 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정되어 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 법인세법 제3조 제2항 제5호 에서 규정하고 있는 비영리법인의 과세소득에서 제외되는 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산’인지 여부를 판단함에 있어, 고유목적사업에 사용하지 아니한 정당한 사유(건축제한 및 수용)가 있다고 하여 ‘고유목적사업에 직접 사용하는 자산’으로 해석할 수 없고, 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우에는 정당한 사유의 유무에 불구하고 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 부과되는 것이므로(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산의 처분이익으로서 과세소득에 해당한다고 보아 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.