고유사업으로 승인통지한 과세관청의 견해를 믿고 관련 제세를 신고하지 않은 경우 신의성실의 원칙에 위배되는 것은 아니나 가산세 부과처분은 취소함이 타당함

○○세무서장이 2010.12.6. 청구법인에게 한 2005사업연도부터 2009사업연도까지의 각 사업연도 법인세 24,116,600원 및 2005년 제2기부터 2009년 제2기까지의 각 과세기간의 부가가치세 92,262,070원의 부과처분은 해당 사업연도 및 과세기간의 고지세액에서 가산세 전부를 차감하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 간호사 등 병원업무 종사자들의 능력향상에 기여하고자 비영리법인으로 사업자등록을 신청하고, 종사자들을 위하여 민간자격증인 ○○○ 검정시험을 주관하면서, 2005사업연도부터 2009사업연도(이하 “2005～2009사업연도”라고 한다)까지의 각 사업연도 및 2005년 제2기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 과세기간동안 시험전형료로 693,770천원(이하 “쟁점전형료”라 한다)를 받고 부가가치세 및 법인세를 무신고하였다. 처분청은 국가공인자격시험이 아닌 민간자격시험을 주관하고 받은 쟁점전형료는 비영리법인의 수익사업에 해당하고, 부가가치세 과세대상이라고 판단하여, 2010.12.6. 청구법인에게 2005～2009사업연도 법인세 24,116,600원(2005사업연도분 3,014,220원, 2006사업연도분 13,389,670원, 2007사업연도분 3,424,730원, 2008사업연도분 2,953,140원, 2009사업연도분 173,030원) 및 2005년 제2기 ～ 2009년 제2기 부가가치세 92,262,070원(2005년 제2기분 7,094,400원, 2006년 제1기분 4,112,840원, 2006년 제2기분 13,492,960원, 2007년 제1기분 5,932,650원, 2007년 제2기분 17,627,780원, 2008년 제1기분 4,962,590원, 2008년 제2기분 14,922,520원, 2009년 제1기분 5,149,620원 및 2009년 제2기분 18,966,670원)을 각각 결정․고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구 청구법인은 정관에 ○○○의 권익향상, 복리증진 및 자격검증을 고유목적사업으로 정하였고, 청구법인이 당초에 스스로 수익사업으로 분류하여 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 제출하였음에도 불구하고, 2006.6.20. △△세무서장으로부터 받은 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부 통지서’에는 자격검정사업이 고유사업으로 기재되어 있어, 이를 과세관청의 공적견해로 믿고 쟁점전형료에 대하여 부가가치세 및 법인세를 무신고한 것인 바, 처분청이 청구법인의 자격검정사업을 수익사업으로 보아 부과가치세 및 법인세를 과세한 처분은국세기본법제15조에서 규정하는 신의․성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다.

(2) 예비적 청구 설령, 이 건 과세처분이 신의․성실의 원칙에 반하지 아니한다고 하더라도 청구법인은 과세관청의 판단을 믿고 법인세 및 부가가치세를 신고하지 아니한 바, 제세를 무신고한 것에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 있다고 할 수 없으므로, 최소한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구 관련 청구법인이 민간 자격검정시험을 주관하여 응시자들부터 쟁점전형료를 수수한 행위는부가가치세법제12조(면세) 및 같은 법 시행령 제37조(종교․자선․학술․구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위)에서 규정하는 부가가치세 면세 대상 용역에 해당되지 아니하고,법인세법제3조(과세소득의 범위) 제1항, 제3항 및 같은 법 시행령 제2조(수익사업의 범위) 제1항에 열거된 비영리법인의 수익사업에 해당되며, 송파세무서장이 청구법인을 ‘법인으로 보는 단체’로 승인하면서 통지서를 배부한 것은국세기본법제13조(법인으로 보는 단체) 제2항의 요건을 충족한 것에 대하여 승인통지를 한 것이며, 동 통지서에 ‘자격검정사업’이 고유사업으로 기재된 것은 법인으로 보는 단체의 승인통지서를 발부하기 위한 요식행위로 정관에 명시된 사업내용을 그대로 표시한 것으로 판단되고, 자격검정사업은 고유목적사업인지 여부 및 비영리법인인지 여부와 관계없이부가가치세법상 과세대상이며,법인세법상 수익사업에 해당되는 바, 이 건 과세처분이 신의․성실의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 주위적 청구: 과세관청으로부터 받은 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부 통지서’에 따라 자격검정시험이 고유사업에 해당하는 것으로 보아 부가가치세 등을 신고하지 아니한 것에 대하여 이를 수익사업으로 보아 부가가치세 등을 결정․고지한 처분이 신의․성실의 원칙에 위배되는지 여부

(2) 예비적 청구: 과세관청을 신뢰하고 부가가치세 등을 신고․납부하지 아니하였으므로 부가가치세 등의 납부의무를 해태하지 아니한 것으로 보아 가산세 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

○ 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제15조【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 설립당시에는 주사무소를 △△세무서 관할에 두었으나, 2009.5.15. 처분청 관할로 사업장을 이전하였고, 처분청은 청구법인의 자격검정사업에서 발생하는 쟁점전형료를 부가가치세 과세대상 및법인세법상 수익사업으로 판단하여 부가가치세 및 법인세를 결정․고지한 사실이 청구법인의 고유번호증(처분청, 2009.5.15.) 등 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 부가가치세조사 종결보고서(2010년 10월)에 의하면, 청구법인의 수입의 대부분은 시험 전형료 및 수험서 판매수익인 바, 쟁점전형료에 대하여는 부가가치세를 무신고하였고, 청구법인의 회계감사보고서상의 수입지출내역을 검토한 바, 2005～2009사업연도의 쟁점전형료는 693,770천원(부가가치세 포함)으로 확인되는 것으로 조사되었다.

(3) 주위적 청구에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2006.6.5. △△ 세무서장에게 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’ 제출시 병원코디네이터 자격검정 및 자격인증을 수익사업으로 신청하였으나, △△ 세무서장은 2006.6.20. 자격검정사업을 고유목적사업으로 표시한 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부 통지서’를 교부․통지하였고, 청구법인은 이를 과세관청의 정당한 견해표명으로 보아 부가가치세 등 제세를 신고․납부하지 아니하였으므로 과세관청의 견해표명을 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 없었음이 확인되므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하면서, 청구법인의 정관 등 관련 자료를 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 살펴본다.

1. 고유번호증(2009.5.15., 처분청)은 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등에 교부하는 것으로서, 수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업개시신고를 하여야 한다고 기재되어 있다.

2. 청구법인의 정관을 보면, 그 목적(제2조)은 교육 및 학술연구를 통하여 ○○○의 육성, 능력 및 경력개발 등을 도모하는 것으로 되어 있고, 사업(제4조)에는 ○○○의 자격검정 및 자격인증이 포함되어 있으며, 재원(제29조)은 회비, 정부 및 지방자치단체보조금, 각종 기부금, 기본재산으로부터 생기는 과실금, 기타로 충당하는 것으로 되어 있다.

3. 청구법인이 2006.6.5. △△ 세무서장에게 제출한 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’에는 ○○○ 자격검정 및 자격인증사업이 수익사업으로 기재되어 있으나, ○○○세무서장이 청구법인에게 통지한 ‘법인으로 보는 단체의 승인여부 통지서'(2006.6.20.)에는 ○○○ 권익 보호, 자격검정사업이 고유사업으로 기재되어 있다. (나) 이에 대하여, 처분청은 청구법인의 자격검정사업은 당초부터 부가가치세법제12조(면세) 및 같은 법 시행령 제37조(종교․자선․학술․구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위)에서 규정하는 부가가치세 면세대상 용역에 해당되지 아니하고,법인세법제3조(과세소득의 범위) 제1항, 제3항 및 같은 법 시행령 제2조(수익사업의 범위) 제1항에 열거된 비영리법인의 수익사업에 해당되므로, 자격검정사업은 고유목적사업인지 여부 및 비영리법인인지 여부와 관계없이부가가치세법상 과세대상이며,법인세법상 수익사업에 해당되는 바, 이 건 과세처분이 신의․성실의 원칙에 위배되므로 취소하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없다는 의견이다. (다) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의․성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2002.11.26. 선고 2001 두9103 판결 참조), 이러한 신의․성실의 원칙이나국세기본법제18조 제3항 에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다(대법원 2002.10. 25. 선고 2001두1253 판결 참조)할 것인 바, 살피건대, 청구법인은 △△ 세무서장의 공적인 견해를 신뢰하였다고 주장하는 바, △△ 세무서장이 2006.6.20. 청구법인에게 통지한 ‘법인으로 보는 단체의 승인통지서’에는 ○○○ 자격검정사업이 고유사업으로 기재되어 있으나, 처분청이 2009.5.15. 청구법인에게 교부한 고유번호증에는 수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업개시신고를 하여야 한다고 기재되어 있고, 청구법인의 ○○○ 자격검정사업은 민간자격시험으로써 응시자로부터 일정액의 응시수수료를 받은 수익사업이므로, 쟁점전형료와 관련된 청구법인의 자격검정사업이부가기치세법상 과세대상이며,법인세법상 수익사업에 해당된다는 것에 대하여는 다툼의 여지가 없고, 신의․성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니며, 신뢰의 대상이 될 만한 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 성립하였다고 볼 수도 없다고 판단되므로, 이 건 과세처분이국세기본법제15조에서 규정하는 신의․성실의 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다((대법원 2004.2.13. 선고 2002 두12144 판결 참조).

(4) 예비적 청구에 대하여 본다. (가) 청구법인은 과세관청의 판단을 믿고 쟁점전형료와 관련하여 법인세 및 부가가치세를 신고하지 아니한 바, 제세를 무신고한 것에 대하여 청구법인에게 귀책사유가 있다고 할 수 없으므로, 최소한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있으며, 이에 대하여 처분청은 심판청구 답변서에서 특별한 의견을 제시하지 않았다. (나) 가산세는 정부의 과세권 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자에게 부과하는 제제로서 납세의무자의 의무불이행에 대하여 고의 또는 과실을 고려함이 없이 조세의 형태로서 부과징수하는 행정벌적 과태료의 성격으로 납세의무자에게 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과하는 것인 바(조심 2010서1130, 2010.11.1. 참조), 살피건대, 이 건의 경우 청구법인은 설립 당시 스스로 자격검정사업을 수익사업으로 구분하여 송파세무서장에게 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 제출하였고, 동 사업을 고유사업으로 하여 승인통지를 해 준 과세관청의 견해를 믿고 관련 쟁점전형료에 대하여 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하지 아니한 사실이 청구법인이 제시한 증빙에 의하여 확인되는 바, 청구법인이 해당 부가가치세 및 법인세 신고 및 납부의무를 해태한 것으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서, 이 건 과세처분은 청구법인의 2005～2009사업연도 법인세 및 2005년 제2기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 고지세액에서 해당 가산세를 차감하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.