토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우 비사업용 토지가 아님

OOO세무서장이 2010.12.3. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO의 환급 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 OOO를 취득한 후 2010.3.2. 쟁점농지를 주식회사 OOO에 양도하고 양도소득세 신고당시 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 하지 아니하고 2010년 귀속 양도소득세 954,839,230원을 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 청구인은 쟁점농지를 토지구획정리사업지구 지정일 이후 취득하였다 하더라도 실제 쟁점농지의 사용제한이 쟁점농지를 취득한 뒤에 이루어진 것으로 쟁점농지를 취득한 후 법령상 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하여 비사업용 토지로 볼 수는 없으므로 장기보유특별공제를 적용하여서 2010년 귀속 양도소득세 OOO을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 2010.10.11. 처분청에 제기하였다.
• 다. 처분청은 쟁점농지의 취득 전인 토지구획정리사업지구지정일에 법령상 사용이 금지 또는 제한되었으므로 쟁점농지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2010.12.3. 청구인에게 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 양도소득세의 신고당시 쟁점농지의 경작제한 시기가 불분명하여 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하였으나, OOO구획정리사업주체인 OOO에게 쟁점농지의 경작제한 시기를 문의한 결과 2001.4.17. 환지예정지지정공고일 이후에 쟁점농지를 사용․수익할 수 없다고 회신하였는바, 결국 쟁점농지는 취득 후인 2001.4.17.에 법령에 의한 사용제한이 발생하여 양도일 직전 5년 중 3년 이상 사업에 사용한 토지에 해당되므로 비사업용 토지가 아니며, 특히 농지를 양도한 경우 여러 선결정례에서 각종 사업지구지정일은 농지경작의 사용제한이 없는 것으로 판단하고 있는데도, 처분청이 쟁점농지를 취득하기 전인 토지구획정리사업지구 지정일에 이미 법령에 의한 사용제한이 있었다고 보아 비사업용 토지 로 판단하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1998.6.12.토지구획정리사업법에 따른 토지구획정리사업지구로 지정된 후 쟁점농지를 취득하여 양도한 것이고, 쟁점농지는 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 규정에 의하여 토지를 취득한 이후에 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하지 아니하는 것이므로 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 토지구획정리사업지구지정일 이후에 취득하여 기반시설조성공사 준공일 후에 양도한 농지의 경우 법령상 사용제한에 따른 비사업용 토지에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제104조의3 (비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제168조의6 (비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간.

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의14 (부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

(3) 토지구획정리사업법 (1999.2.8. 법률 제5893호로 개정되기 전의 것) 제32조 (지방자치단체 등의 시행인가) ① 제7조의 규정에 의하여 지방자치단체 등이 구획정리사업을 시행하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 시행규정 및 사업계획을 정한 후 그 시행에 관하여 건설교통부장관의 인가를 받아야 한다. 제39조 (건축행위의 제한) ① 제13조 또는 제14조 제2항(제31조 제1항․제34조 또는 제35조의 규정에 의하여 준용되는 경우를 포함한다)의 규정에 의한 공고(이하 "구획정리사업시행 등의 공고"라 한다)가 있은 날로부터 제61조 제5항의 규정에 의한 공고(이하 "환지처분의 공고"라 한다)가 있는 날까지는 시행지구 안에 있어서 구획정리사업의 시행에 장애가 될 토지의 형질의 변경, 건축물 기타의 공작물의 신축․개축 또는 증축이나 대통령령이 정하는 물건의 설치 또는 퇴적을 행하고자 하는 자는 관할시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 제56조 (지정) ① 시행자는 구획정리사업을 시행하기 위하여 필요할 때에는 시행지구안의 토지에 대하여 환지예정지를 지정할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 의한 지정을 하고자 할 때에는 시행자는 관계토지소유자 및 임차권자등에 대하여 환지예정지의 위치․면적과 환지예정지지정의 효력발생시기를 통지하여야 한다. 제57조 (지정의 효과) ① 환지예정지가 지정된 경우에는 종전의 토지에 관한 토지소유자 및 임차권자 등은 환지예정지의 지정의 효력발생일로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지 환지예정지 또는 그 부분에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며, 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없다.

② 시행자는 제56조 제1항의 규정에 의하여 환지예정지를 지정한 때 에 그 토지에 사용 또는 수익의 장애가 될 물건이 있거나 기타 특별한 사유가 있는 경우에는 환지예정지의 사용 또는 수익을 개시할 날을 따로 정할 수 있다.

③ 환지예정지의 지정의 효력발생 당시나 제2항의 규정에 의하여 환지예정지의 사용 또는 수익을 개시할 당시에 당해 환지예정지의 종전의 토지소유자 또는 임차권자등은 제1항 또는 제2항에 규정하는 기간 이를 사용하거나 수익할 수 없으며, 제1항의 규정에 의한 권리의 행사를 방해할 수 없다. 제58조 (사용․수익의 정지) ① 시행자는 환지를 정하지 아니하기로 결정된 토지에 관한 토지소유자 또는 임차권자등에게 기일을 정하여 그 날로부터 당해 토지 또는 그 부분의 사용 또는 수익을 정지시킬 수 있다.

② 시행자가 제1항의 규정에 의하여 사용 또는 수익을 정지시키고자 할 때에는 상당한 기간을 두고 미리 이를 당해 토지소유자 또는 임차권자등에게 통지하여야 한다. 제59조 (토지의 관리) 환지예정지의 지정이나 사용 또는 수익의 정지처분으로 인하여 이를 사용 또는 수익할 수 있는 자가 없게 된 토지 또는 그 부분은 그 날로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지 시행자가 이를 관리한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 이 건 양도소득세 경정청구에 대한 검토내용(2010년 12월) 등을 보면, 처분청이 국세청OOO에 과세자문 신청의뢰를 한바,토지구획정리사업법에 따르는 토지구획정리사업지구로 지정된 지역에 농지를 취득한 경우 해당 농지는 소득세법 시행령제168조 의14 제1항 제1호의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해 당하지 아니하는 것으로 회신함에 따라 청구인의 당초 신고내용이 적정하다고 보아 경정청구에 대하여 거부를 통지한 것으로 나타난다.

(2) 청구인의 쟁점농지 취득․양도 및 OOO의 OOO 관련 고시자료 등 심리자료를 보면, 1998.6.12. OOO 지정고시OOO가 되고, 1998.7.

16. 청구인이 쟁점농지를 취득한 뒤, 2001.1.29. 사업시행인가(OOOO O OO OOOOO-OOO)를 받아, 2001.4.17. 환지예정지 지정공고(OOOO O OOOOOOOO OOOOO-OOO)가 되며, 2002.1.29. 쟁점농지에 대하여 실농보상금 OOO을 지급하기로 결정하고, 2009.12.31. 기반시설 조성공사를 준공한 후, 2010.3.2. 청구인이 쟁점농지를 양도하고, 2011 년 10월 토지구획정리사업이 완료될 예정인 것으로 나타난다.

(3) 2002.1.29. 청구인에 대한 쟁점토지 실농보상금 지출 문서OOO에 의하면, 보상금액이 OOO, 재배작물은 벼, 재배면적은 3,620㎡인 것으로 기재되어 있다.

(4) OOO의 OOO 기반시 설 조성공사 준공보고서(내부문서)를 보면, 총 사업면적은 802,720㎡, 공 사기간은 2000.12.28.～2009.12.31.(준공검사일 2009.12.28.)이다.

(5) 2011.9.15. 현재 쟁점토지의 토지대장 및 등기부등본 지번표시 내역을 보면, 지번 표시란에 종전 지번이 기재되어 있고, 토지대장상 토지구획정리사업 시행신고일은 2001.2.14.로 등재되어 있다.

(6) 쟁점농지의 환지예정지(체비지)증명원(2011.9.6.)을 보면, 아래 표와 같은 내용임이 확인된다. OOOOOOOOO OOOOO OOOOOOO (OO: O)

(7) 청구인의 OOO의 토지 사용제한내역 조회에 따른 2010. 4.26. OOO의 회신OOO내용에 의하면,도시계획법제12조에 의거 1998.6.12. 토지구획정리사업지구 지정 및 용도지역(일반주거지역)이 변경 경정되었고,토지구획정리사업법제32조에 의하여 OOO으로부터 2001.1.29. 시행인가를 받았으며,토지구획정리사업법 제39조에 의한 건축행위의 제한 및 토지구획정리사업에 관한 사무처리규정 제11조의2에 의한 토지의 형질변경 및 건축 등의 허가기준에 따른 행위제한을 받고, OOOO OOOOOO OOOOO OOOO(쟁점농지 등) 건축물 허용용도와 관련하여 22블럭은 2009.11.2. OOO 결정이 되었으며, 아파트 및 부 대복리시설의 허용용도 이외의 용도는 불허한다고 되어 있다.

(8) 청구인의 OOO의 쟁점농지 사용제한내역의 조회와 관련하여서 2010.8.27. OOO이 답변한 내용에 의하면, OOO 사업시행인가 되었고,토지구획정리사업법제47조의 규정에 의한 환지계획인가를 득하여 같은 법 제56조 규정에 의거 2001.4.17.자 환지예정지를 지정 ․공고 하였는바, OOO 토지구획정리사업지구 환지예정지가 지정(2001.4.17.)되는 경우에는토지구획정리사업법제57조 제1항(지정의 효과)과 같이 종전의 토지에 관한 토지소유자 및 임차권자 등은 환지예정지의지정의 효력발생일로부터 환지처분 공고가 있는 날까지 환지예정지 또는 그 부분에 대하여 종전과 동일한 내용의 권리를 행사할 수 있으며, 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없다 는 규정을 적용받는 것으로 되어 있다.

(9) 살피건대,소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14에서 비사업용 토지 판정시 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있도록 규정하고 있으며, 이 때 농지의 경우 농지 본래의 용도인 경 작 자체가 금지 또는 제한되지 아니한 것은 법령에 따라서 사용이 금지 또 는 제한된 토지에 해당되지 아니하는 것이라 하겠고(조심 2010중1411, 2010.8.4. 외 다수 같은 뜻임), 구토지구획정리사업법제39조 에서 구획정리사업시행 등의 공고가 있는 날부터 일반적인 건축행위 에 대한 제한규정을 두면서 같은 법 제56조 내지 제58조 규정에서 사업시행자가 시행지구안의 토지에 대하여 환지예정지를 지정하면 종전의 토지에 관한 토지소유자 등은 환지예정지 지정의 효력발생일로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지는 종전의 토지에 대하여는 이를 사용하거나 수익할 수 없고 사업시행자의 권리행사를 방해할 수 없으며, 환지예정지의 지정이나 사용 또는 수익의 정지처분으로 인하여 이를 사용 또는 수익할 수 있는 자가 없게 되는 토지는 그 날로부터 환지처분의 공고가 있는 날까지 시행자가 이를 관리하도록 규정하고 있는 바, OOO의 OOO 기반시설조 성공사 준공보고서에 공사기간이 쟁점농지 취득(1998.7.16.) 이후인 2000.12.28.～2009.12.31.로 나타나는 점, 쟁점농지 토지대장에서 토지구획정리사업 시행신고일에 대하여 2001.1.29. 토지구획정리사업시행 인가가 된 후인 2001.2.14.로 기재되어 있고 OOO 의 쟁점농지에 대한 실농보상금 지출자료에서 2002.1.29. 벼 작물에 대한 보상을 한 것으로 나타나는 점, 구토지구획정리사업법 제57조 제1항의 규정에 따라 토지구획정리사업에 따른 환지예정지로 지정․공고되면 지정된 날부터 환지예정지 지정에 따라 권리행사를 할 수 있는 것이므로 환지계획인가일부터 종전농지에 대한 사용ㆍ수익의 권리가 상실되었다고 볼 수가 있는 점(조심 2008구35, 2008.9.18. 같은 뜻임), 쟁점농지가 2009.12.28. 기반시설조성공사가 준공되고 구획정리사업완 료 (2011년 10월 예정)가 되기 전인 2010.3.2. 양도된 점 등을 미루어 보 면, 처분청의 의견과 같이 쟁점농지의 취득 전에 이미 법령상 사용제한이 있었던 것으로 보기는 어렵다 하겠고, 쟁점농지에 대하여 실제 사용제한이 이루어진 시점은 환지예정지 지정공고일 무렵으로 보는 것이 합리적이므로 결국 쟁점농지는 양도일 직전 5년 중 3년 이상 법령상 사용제한이 있었던 것으로 보는 것이 타당함에도, 처분청이 쟁점농지 를 취득하기 이전에 법령상 사용제한이 있었다고 보아 비사업용 토지에 해당한다고 하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.