쟁점주식의 양도시기를 주권 인도일로 보아 과세한 처분은 정당

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 (주)○○○의 대표이사 및 대주주로 2009.9.15. 청구인이 보유중이던 ○○○의 주식 3,398,884주 중 2,550,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 2,104원으로 평가하여 53억6520만원에 (주)○○○에게 양도하는 주식매매계약을 체결[쟁점주식 외에 ○○○의 이사 이○○○이 보유하던 2,200,000주으로 46억2800만원(이하 “쟁점외주식”이라 한다)를 쟁점주식과 일괄양도계약을 체결함으로써 ○○○의 경영권을 쟁점주식과 함께 양도하였고 총 양도대금 100억원, 2009.9.15. 계약금 10억원, 중도금 2009.10.14. 40억원, 2009.10.28. 잔금 50억원으로 약정하였다]한 후 계약금으로 10억원(쟁점외주식 매도계약금도 포함된 것이나 실제 수령내역을 보면 청구인지분에 해당하는 매각금액으로 보임)을 수령하였으나, 이후 중도금 및 잔금 조달이 어렵게 된 (주)○○○이 2009.10.16. 위 주식 및 경영권 양수․도계약을 (주)○○○에게 승계함에 따라 청구인은 ○○○으로부터 2009.10.14. 중도금 4억원, 2009.10.27. 중도금 10억원을 수령(이○○○은 청구인과는 별개로 쟁점외주식 매도대금 2009.10.13. 26억원, 2009.12.6. 잔금 22억원 총 48억원을 수령한 것으로 예금계좌에 나타난다)하고, 잔액(청구인은 28억원으로 주장)은 청구인이 ○○○의 경영에 참여하는 조건으로 금전소비대차로 변경하기로 하고 2009.11.11.에 쟁점주식을 한빛에 인도하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주식의 양도시기가 주식인도일인 2009.11.11.임에도 청구인이 양도소득세를 신고하지 않은 것으로 보아 쟁점주식의 양도가액을 53억6,520만원, 취득가액을 11억4,449만원으로 하여 2010.9.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 517,953,880원을 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 현재 쟁점주식은 2009.11.11. 양수인에게 인도되어 양수인이 보유하고 있는 것은 사실이나 쟁점주식의 양수인이 잔금을 지급하지 못하고 있어 청구인이 다시 ○○○의 대표이사로 복귀하여 ○○○의 경영권을 행사하고 있는 상태로, 청구인이 ○○○의 쟁점주식 매매 및 경영권 이전계약을 체결하고 계약에 의한 대금지급조건에 따라 계약금 및 중도금을 지급받았으나 계약서상 잔금지급일이 경과하도록 양수인으로부터 잔금의 일부를 지급받지 못한 상태이므로 실질적인 양도시기가 도래한 것으로 볼 수 없어 처분청이 쟁점주식의 양도시기를 2009.11.11.로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○○은 쟁점주식의 양도와 관련하여자본시장과 금융투자업에 관한 법률제147조(주식등의 대량보유 등의 보고) 제1항의 규정에 의거 금융위원회와 거래소에 보고하여 대외적으로 쟁점주식의 변동내용을 공시(2009.11.11.)하였을 뿐만 아니라 ○○○의 감사보고서에 의해 쟁점주식의 소유권이 변동되었음이 확인되는 점, 쟁점주식의 취득자인 ○○○에서 2009.11.11. 주권을 인도받은 사실이 주식매매계약서와 확인서에 의하여 확인되고, 쟁점주식을 취득 및 인도한 양수자가 계약서의 내용에 의해 ○○○의 경영권을 행사한 사실이 확인되는 점, 미지급한 잔금에 대해 양수자가 금전소비대차로 전환하였음을 금융위원회에 보고한 점 등으로 볼 때 쟁점주식의 양도시기를 2009.11.11.로 보고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 잔금청산이 이루어지지 않았으므로 쟁점주식의 양도시기를 주권인도일(2009.11.11.)로 보아 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기․등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식 양도일 전에 청구인은 ○○○의 최대주주로 확인되고 있고, 2009.9.15. 청구인 보유주식 3,398,884주 중 2,550,000주와 이○○○ 보유주식 2,200,000주 전체를 1주당 2,104원으로 평가하여 (주)○○○에게 100억원에 양도하는 계약을 체결하였으며, 2009.10.19. (주)○○○은 중도금을 지급하던 중 중도금과 잔금 조달이 어렵게 되자 바이오산업에 진출하기 위하여 전략적 제휴를 맺고 있던 ○○○으로 위 양도계약내용 전부를 인계요청하였고, ○○○은 (주)○○○의 쟁점주식 매매계약 승계요청을 검토하여 신규 바이오 제약합작사업이 사업성이 있을 것으로 판단하여 기존 고유사업으로 개발한 고가의 ○○○(대당 15억원 내외)를 고객사에 원활하게 납품하기 위하여 상장사의 지위가 필요하게 됨에 따라 2009.10.16. (주)○○○이 유○○○ 등과 2009.9.15. 체결한 쟁점주식 등 매매계약을 승계함에 따라 ○○○의 최대주주는 청구인에서 (주)○○○으로, (주)○○○에서 ○○○으로 변경된 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 제시한 증빙만으로는 확실한 대금청산내역이 확인되지 않으나, ○○○ 등이 제시한 금융증빙 등에 의하면 ○○○은 중도금 40억원 중 2009.10.13. 26억원, 2009.10.14. 4억원, 2009.10.27. 10억원을 지급한 사실이 한빛이 제출한 ○○○와 ○○○의 예금계좌에 나타나고 있으며, 2009.10.16.자 수정계약에 의하면, ○○○은 2009.10.16. 기준 매매대금 중 잔금 50억원의 약정된 기일까지 담보를 제공하지 못함으로 인하여 임시주주총회일까지 보관금을 해제하지 못하였고 이에 따라 2009.11.2.까지 금융기관에 50억원을 예치하기로 하면서 2009.12.10.까지 ○○○를 해제하기로 재합의하였고, 특약으로 ○○○이 매매계약조건을 이행하지 않을 경우 ○○○은 2009.10.16. 수령보관중인 주식 4,752,812주를 2009.11.3.까지 청구인과 이○○○에게 반환하며, 청구인과 이○○○은 2009.10.14. 수령한 중도금 30억원을 ○○○에게 반환함으로써 매매계약을 해지하는 것으로 합의한 사실이 확인되고 있으나, 대금청산에 관한 ○○○의 확인내용을 보면 2009.12.6. 위 ○○○를 해제한 후 같은 날(2009.12.6.) 이○○○의 잔금 22억원을 지급하였고, 청구인에 대한 잔금 28억원도 상호합의에 의하여 유○○○가 ○○○의 경영에 참여하는 조건으로 ○○○과 금전소비대차로 변경되어 지분양수도 계약이 완료된 사실을 확인하고 있다.

(3) 2010.11.12. ○○○이 작성한 확인서에 의하면 “2009.9.15.에 체결된 ○○○의 주식매매 및 경영권 이전에 관련하여 본사가 청구인에게 지급하여야 할 양수대금 53억7120만원 중 2010.8.4. 현재 14억원만 지급하고, 현재까지 잔금을 해결하지 못하였으며, 청구인에게 받은 주식 또한 돌려줄 수 없는 상황에서 주식회사 ○○○로 경영권을 넘겼고, 주식회사 ○○○도 이를 해결하지 못하여 다시 청구인이 ○○○ 대표이사로 복귀하여 경영권을 행사하고 있는 것으로 알고 있습니다”라는 사실확인서를 유○○○(청구인)에게 보낸 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 ○○○에게 최대주주 유○○○와 등기임원인 이○○○이 2009.9.15. 주식매매 및 경영권 이전계약 체결 및 2009.10.16. 주식매매 및 경영권 이전 승계계약에 따라 기명식 보통주 4,750,000주(청구인 보유주식 2,550,000주, 이○○○ 보유주식 2,200,000주)가 ○○○으로 변경된 사실이 ○○○의 최대주주 변경서 및 ○○○이 2009.11.11.자 작성한 주식인수증에 기재되어 있고, 2010.6.17. ○○○이 작성한 확인서에 의하면 현재 쟁점주식을 포함한 주권실물은 ○○○이 2009.11.11.자로 ○○○의 전 최대주주 유○○○와 이○○○으로부터 4,750,000주를 인수한 후 명의개서하지 않고 보관하다가 2010.3.8. (주)○○○에 2,000,000주를 장외매각하고 현재 나머지 2,750,000주를 실물보관하고 있음을 확인하고 있다.

(5) 한편 쟁점주식과 함께 ○○○이 발행한 2,200,000주를 ○○○에게 양도한 일경의 이사였던 이○○○은 양도소득세 및 증권거래세를 신고납부한 후 조세불복을 제기하지 않은 것으로 처분청의 답변서에 나타나고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 소득세법 시행령제162조 제1항은 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 양도시기로 한다고 명시하고 있는 점, 청구인은 ○○○에게 최대주주 유○○○와 등기임원인 이○○○이 2009.9.15. 주식매매 및 경영권 이전계약 체결 및 2009.10.16. 주식매매 및 경영권 이전 승계계약에 따라 2009.11.11. 잔금청산전에 이미 쟁점주식을 포함한 기명식 보통주 4,750,000주(청구인 보유주식 2,550,000주, 이○○○ 보유주식 2,200,000주)가 ○○○으로 명의개서된 사실이 ○○○의 최대주주 변경서 및 주식인수증에 나타나고 있는 점 등으로 볼 때 처분청이 쟁점주식의 양도시기는 2009.11.11.로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다