최저한세 임시투자세액공제를 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면보다 우선 적용함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.11.19. 설립된 외국인투자법인으로 재정경제부로부터 2002.10.29. 고속연주 및 열연속 압연기술에 대하여 외국인투자조세감면결정을 받고 2003～2004사업연도에 관련된 설비를 투자한 후 2004.9.7.부터 감면사업을 시작하였고, 2004사업연도 법인세 신고당시 그 해에 발생한 임시투자세액공제(이하 “임투공제”라 한다) OOO을 공제하고, 최저한세에 미달하는 OOO은 이월하였으며, 2005사업연도에는 이월된 임투공제 OOO을 공제하는 것으로 하였다가, 2006.10.23. 경정청구당시에 외국인투자에 대한 법인세 등 감면(이하 “외투감면”이라 한다)을 OOO으로 증액함과 동시에 기공제한 임투공제 OOO을 전액 감액하여 이월공제액을 다시 OOO으로 하였으며, 2007.12.28. 2004사업연도 법인세 경정청구에 대하여 처분청이 과다하게 신청한 임투공제 OOO을 감액결정함에 따라 이월되는 임투공제액이 46억원으로 변경되어 2009사업연도까지 계속 이월되었고, 청구법인은 2010.7.14. 한 법인세 수정신고당시 동 임투공제액 OOO에 대하여 공제를 포기하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOO OOOOOOOOO (OO: OO)
• 나. 처분청은 2004사업연도에 이월된 임투공제와 외투감면이 동시에 있는 경우 최저한세 대상인 임투공제를 우선 적용하여야 함에도 외투감면을 먼저 적용하고 임투공제를 계속 이월시킨 것은 잘못이 있다고 하여 2011.3.18. 청구법인에게 임투공제를 먼저 적용하는 것으로 경정 하고, 그에 따른 농어촌특별세 2005사업연도분 OOO, 2006사 업연도분 OOO 합계 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.15. 이의신청을 거쳐 2011.10.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제132조(최저한세) 제1항에 의하면, 최저한세가 적용되는 감면 등을 포함하여 법인세를 계산한 후에 최저한세에 미달하는 경우 해당 세액에 상당하는 금액을 위 감면 등에서 배제하는 것으로 한정하여서 해석하여야 함에도 처분청은 청구법인이 최저한세의 대상인 임투공제를 포기하였음에도 불구하고 최저한세 대상이 아닌 외투감면을 강제적으로 우선하여 적용하는 것으로 확대해석하고 있는 바, 이는 국가가 장려하는 사업에 대한 세제의 지원이라는 입법취지 와 상충이 되는 것이며, 더욱이 청구법인과 같이 임투공제와 외투감면이 동시에 적용 가능한 경우에는 외투감면만 적용할 수 있는 사업자보다 세제상 불이익(농어촌특별세 부담)을 받는 결과가 되므로 불합리하다. 따라서 위 규정은 최저한세 대상인 임투공제를 최저한세에 도달할 때까지 반드시 적용하여야 하는 것이 아니라 납세자가 유리하다 면 그 중 일부 또는 전부를 포기할 수 있는 것으로 해석하여야 한다. 또한, 최저한세의 적용대상인 임투공제를 외투감면보다 우선 적용하여야 하나, 회사가 임투공제의 적용을 포기하는 것은 가능하고(조심 2009구3975, 2010.12.31. 같은 뜻), 중소기업특별세액감면과 임투공제가 중복하여 적용되는 경우에 중소기업특별세액감면만 적용하여야 하나 이를 포기하고 법인에게 유리한 임투공제를 선택하는 것이 가능한 점 (심사법인 2003-65, 2003.11.24.) 등을 감안할 때, 본 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제132조(최저한세) 제1항에서 최저한세 대상과 대상이 아닌 공제감면이 동시에 적용되는 경우, 최저한세 대상 공제감면을 먼저 적용하는 것이며,법인세법제59조 제1항에서 법인세 감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우에 감면을 먼저 적용하도록 규 정하고 있으나, 위임규정(같은 법 제60조 제2 항 → 같은 법 시행령 제97조 제3항 → 같은 법 시행규칙 제82조 제1항 제3호)에 의한 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)에도 최저한세 대상 인 공제감면세액을 먼저 적용하고 최저한세 대상이 아닌 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정하고 있다. 또한,조세특례제한법제132조 제3항이 2010.1.1. 개정됨에 따라 최저한세의 대상인 감면과 그러하지 아니한 감면이 동시에 있는 경우 전자를 먼저 적용하는 것으로 하여서 순서를 명문화한 것을 보더라도 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 청구법인에게 2005～2006사업연도 중에 2004사업연도에서 이월된 임투공제와 당해 사업연도에 발생한 외투감면이 동시에 발생하여 최저한세의 대상인 임투공제를 먼저 적용하여야 하지만, 반대로 외투감면을 먼저 적용하여 임투공제에 따른 농어촌특별세를 신고에서 누락한 것에 대하여 과세한 본 건 처분은 적법․타당하다.

• 가. 쟁점 이전 사업연도에 최저한세를 적용하여 이월된 임시투자세액공제 (최저한세 대상)와 외국인투자에 대한 법인세 등 감면(최저한세 제외) 이 중복되는 경우, 전자를 포기하고 후자만 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제26조〔임시투자세액공제〕(2009.05.21. 법률 제9671호로 일부 개정되기 전의 것) ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 합한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대 한 소득세에 한정한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하 는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액

2. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 연평균투자액을 초과하는 경우 그 초 과하는 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액 제121조의2 [외국인투자에 대한 법인세 등의 감면] (2005.12.31. 법 률 제7839호로 일부 개정되기 전의 것)

① 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고 도의 기술을 수반하는 사업

② 외국인투자촉진법제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제127조 [중복지원의 배제] ③ 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 제5조, 제10조의2, 제11조, 제24조 내지 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항의 규정을 적용함에 있어 제121조의2 또는 제121조의4의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면하는 경우에는 해당 규정에 따라 공제할 세액에 해당 기업의 총주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또 는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다. 제132조 [최저한 세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] (2005.12.31. 법률 제7839호로 일부 개정되기 전의 것) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세를 계산함에 있어서 다음 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 15[과세표준이 1천억원 이하 부분은 100분의 13, 중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. (생략) 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금

2. (생략) 소득공제금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의2, 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조, 제104조의8, 제122조의2, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항의 규정에 의한 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제63조, 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득에 한한다), 제102조, 제121조의17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항․제4항의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면 제132조 [최저한 세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] (2010.1.1. 법률 제9921호로 일부개정된 것)

③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다. 제144조 [세액공제액의 이월공제](2005.12.31. 법률 제7839호로 일부개정되기 전의 것) ① 제5조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조 내지 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액중 당해 과세년도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세 연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세 연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5 조, 제5조의3, 제7조의2, 제10조 내지 제11조, 제12조제2항, 제24조 내지 제26조, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하 여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다.

(2) 법인세법 제59조 [감면 및 세액공제액의 계산] ① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호의 순서에 따른다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 제60조〔과세표준 등의 신고〕② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (3) 법인세법 시행령 제97조〔과세표준의 신고〕③ 법 제60조 제2항 제2호의 규정에 의 한 세무조정계산서는 재정경제부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액조 정계산서로 한다. (4) 법인세법 시행규칙 제82조〔서식〕① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제4항 본문의 규정에 의한 세무조정계산서 부속서류는 제4호 내지 제56호 및 제60호의 규정에 의한 서류 중 당해 법인과 관련된 서류로 한다.

3. 영 제97조 제3항의 규정에 의한 별지 제3호 서식의 법인세 과 세표준 및 세액조정계산서 <표> [별지 제3호 서식]: 법인세 과세표준 및 세액조정계산서

④ 납 부 할 세 액 계 산 <120> 산출세액 (<120>=<119>) <121> 공제감면세액(ㄱ) <122> 차감세액 <123) 공제감면세액(ㄴ) <124> 가산세액 <125> 가감계 (<122>-<123>+<124>) ※ 작성요령 <121> 공제감면세액㈀: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 <170>합계란의 금액(최저한세 적용대상 공제감면세액) 기재 <123> 공제감면세액㈁: 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(갑)[별지 제8호 서식(갑)]의 <120>란의 금액(최저한세 적용제외 공제감면세액) 기재

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 임투공제 및 외투감면 현황은 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOO O OOOO OO (OO: OOO) (2)조세특례제한법은 조세정책상 목적으로 준비금․특별상각․ 익금불산입․손금산입․소득공제․비과세․세액감면 및 세액공제 등 의 조세지원을 하고 있으며, 납세자가 조세지원을 중복하여서 받게 되면 세금을 전액 납부하지 아니하는 경우도 발생하여 과세의 형평과 국민 개납주의에 어긋나게 되므로 감면의 종합한도인 최저한세 규정을 두 고 있고, 같은 법 제132조 제1항에는 최저한세 적용대상으로 내국법인의 각 사업연도 소득과법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득을 규정하고 있고, 최저한세가 적용되는 경우에는 그 대상인 조세의 특례 및 감면을 적용받은 후의 세액(감면 후의 세액)이 최저한세에 미달하는 때에는 당해 미달세액에 대해서는 조세의 특례 및 감면을 하지 아니하게 된다. (3)조세특례제한법제132조 제3항이 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전까지는 최저한세의 대상인 임투공제 등 세액공제와 그로 하지 아니한 외투감면 등 세액감면을 동시에 적용하는 경우 그 순서 에 대한 명확한 규정이 없다가, 2010.1.1. 최저한세 대상인 세액공제감면 등을 먼저 적용하여 공제하고 그러하지 아니하는 세액공제감면 등을 뒤에 적용한다고 개정하였는바, 기획재정부의 2009년 개정세법 해설책자에 의하면 그 이유가 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화한 것”으로 나타난다.

(4) 청구법인은 이전사업연도에 최저한세를 적용하여 이월된 임투공제와 외투감면이 중복되는 경우에, 납세자가 선택하여 전자를 포기하고 후자만 적용할 수 있다고 주장하고 있다. 살피건대,조세특례제한법제132조(최저한세) 제1항은 조세감면 의 한도를 제한하는 특별규정으로서 최저한세의 대상인 세액공제와 감면 등을 우선하여 적용하도록 하고 있는 점, 법인세법 시행규칙제82 조 및 별지 제3호 서식(법인세 과세표준 및 세액조정계산서)도 최저한세 대상인 공제감면세액을 먼저 적용하고, 그러하지 아니하는 공제감면세액을 나중에 적용하도록 규정한 점, 기획재정부의 2009년 개정세법 주요내용에 의하면 2010.1.1. 개정된조세특례제한법제132조 제3항의 개정이유를 “적용순서에 대한 명확한 규정이 없어 이를 명문화”한 것이라고 해설하고 있는바, 이는 명백히 문자화되어 있지는 아니하였지만 이미 시행되고 있었던 사항에 대하여 법률에서 이를 명확하게 한다는 의미의 확인적 규정으로 보이는 점 등을 감안할 때, 최저한세 대상인 임투세액을 그러하지 아니하는 외투감면보다 우선하여 적용하여야 할 것으로 판단된다(조심 2011중2645, 2011.11.22. 참조). 따라서, 청구법인과 같이 이월된 임투공제가 존재하고 외투감면의 적용도 가능한 경우에 최저한세 대상인 이월된 임투공제를 납세자가 임의로 포기할 수 없고 이를 우선적으로 적용하도록 하는 것이조세특례제한법제132조의 입법취지에 부합한다 할 것이므로 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 없으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.