폐업법인의 수정세금계산서 발행 절차가 없어도 경정청구 가능함

00세무서장이 2011.7.27. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기 예정분 4,793,130원, 2008년 제1기 확정분 6,757,080원, 2008년 제2기 예정분 5,021,970원, 2009년 제1기 예정분 6,146,000원의 환급에 대한 경정청구의 거부처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 0000 주식회사의 00지점으로 00항 00여객선터미널을 1989.9.12. 준공하여 1989.10.5. 이를 00항만청장에게 기부채납한 뒤, 20년간 당해 여객선터미널에 대한 관리운영권을 취득하고 이를 이용 하여 2008년 제1기 예정신고부터 2009년 제1기 예정신고기간까지 제공한 해상운송용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 과세대상으로 보아 거래상대방에게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부한 후, 2009.5.27. 폐업하였다.
• 나. 청구법인은 나중에 쟁점용역이 조세특례제한법에 의하여 부가가치세가 면제된다는 사실을 알고 부가가치세 2008년 제1기 예정분 4,793,130원, 2008년 제1기 확정분 6,757,080원, 2008년 제2기 예정분 5,021,970원, 2008년 제2기 확정분 6,753,440원, 2009년 제1기 예정분 6,146,000원 및 2009년 제1기 확정분 7,848,820원 합계 37,320,440원을 환급하여야 한다는 취지로 2011.5.25. 처분청에 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 쟁점용역에 대한 수정세금계산서를 발급한 뒤에 소급하여 계산서를 교부하여야 함에도, 이러한 절차를 이행하지 아니하고 경정청구를 하였으므로 해당 부가가치세를 환급할 수 없다는 취지로 2011.7.27. 청구법인에게 거부처분을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점용역이 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면제됨에도, 경정청구를 하기 전에 수정세금계산서 및 계산서를 교부하지 아니하였다는 형식적 이유만으로 경정청구를 거부한 처분은 부당하며, 당초 착오로 인하여 신고․납부한 부가가치세를 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점용역을 과세대상으로 착각하여 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하여서 신고․납부하였기 때문에 경정청구에 의하여 환급받기 위해서는 쟁점용역에 대하여는 수정세금계산서를 교부하고, 추가로 계산서를 교부하여야 함에도, 이를 이행하지 아니하였다. 만약, 청구법인의 경정청구를 받아들일 경우 거래상대방은 지급한 부가가치세를 매입세액 불공제로 추징당함에 따라서 이중으로 세금을 부담하는 모순이 발생하며, 이미 폐업한 청구법인에게 직접 부가가치세를 환급하여 주는 경우 거래상대방이 폐업한 청구법인을 상대로 하여 부가가치세를 거래상대방에게 반환하는 절차가 환급에 선행되어야 한다. 또한, 청구법인이 2009년 제1기 확정 부가가치세를 신고한 내역이 없으므로 당해 과세기간분은 경정청구의 대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 부가가치세가 면제되는 용역에 대하여 세금계산서를 교부하였다가 폐업일 이후 경정청구를 하는 경우 반드시 거래상대방에게 수정세금계산서를 교부하는 절차가 선행되어야만 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제2조【납세의무자】① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 제15조【거래징수】사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제14조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다. 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 (2) 부가가치세법 시행령 제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

(3) 조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제106조【부가가치세의 면제】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제6호의 규정에 의한 걱 중 대통령령이 정하는 것과 제7호 및 제8호의 규정에 의한 것은 2000년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 부 칙1999.12.28. 법률 제6045호로 개정된 것) 제15조【사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치】이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제 받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2000.1.10. 대통령령 제16693호로 개정되기 전의 것) 제106조 【부가가치세 면제 등】⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다.

(5) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의조세특례제한법제106조 제5호 및 같은 법 시행령 제106조 제5항, 같은 말에 개정된 조세특례제한법부칙 제15조에 따라 쟁점용역이 부가가치세 면제대상이라는 점에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 경정청구기한이 경과한 2000년 제1기부터 2007년 제2기까지 신고 ․ 납부한 부가가치세 합계인 112,822,666원에 대하여는 고충청구를 제기하였으나, 처분청이 이를 받아들이지 아니하자, 청구법인의 부가가치세 신고행위의 하자가 중대․명백하여서 당연무효임을 전제로 하여 2011.8.10. 국가를 상대로 하여 부당이득금 반환청구소송을 제기하였지만, 00지방법원은 2011.9.9. 청구법인의 소를 기각하는 취지의 판결(2011가합58133)을 하였다.

(3) 청구법인은 2009년 제1기 확정 부가가치세 7,848,820원을 포함하여 경정청구를 하였으나, 국세통합전산망 및 부가가치세 과세표준증명에는 당해 과세기간분에 대한 신고내역이 나타나지 아니한다.

(4) 청구법인이 경정청구를 하기 전에 이미 폐업하였음에도, 반드시 수정세금계산서를 교부한 후 경정청구를 하여야만 하는지를 본다. (가) 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하고 착오로 인하여 세금계산서를 교부하였을 경우 부가가치세법제21조에 의하여 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지는 같은 법 시행령 제59조에 의한 수정세금계산서를 교부하고 추가로 계산서를 교부할 수가 있는 것이며, 관할세무서장은 사업자의 부가가치세 확정신고내용 중 과세대상이 아닌 것을 신고 ․ 납부한 사실을 확인한 경우 같은 법 제21조에 의하여 이를 경정하고 착오 납부된 금액을 환급할 수 있다(국세청 부가46015-1592, 2000.7.5. 등 참조) (나) 이 건의 경우 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 것은 달리 다투지 아니하는 점, 청구법인이 2009.5.27. 폐업한 이후에 비로소 쟁점용역이 부가가치세 면제대상인 사실을 알았으나, 그 때는 이미 사업자가 아니어서 부가가치세법상 수정세금계산서를 교부할 수 없는 점, 거래상대방이 청구법인에게 부가가치세의 반환을 청구하는 것은 이 건 경정청구와는 별개의 사안인 점 등을 감안할 때, 청구법인의 경정청구를 받아들여 부가가치세를 환급할 경우 거래상대방이 부담한 부가가치세가 사실상 청구법인에게 귀속될 수 있고, 또한 그 상대방은 청구법인으로부터 돌려받기가 곤란한 현실적인 문제점이 있지만, 그러한 이유만으로 경정청구를 거부하는 것은 무리가 있다 하겠다. (다) 그렇다면, 청구법인이 경정청구를 제기하기 전에 청구대상이 되는 과세기간에 제공한 쟁점용역에 대하여 수정세금계산서를 교부하지 아니하였다는 절차적인 이유만 가지고 2008년 제1기 예정신고분부터 2009년 제1기 예정신고분까지 신고 ․ 납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (라) 다만, 청구법인이 법정신고기한까지 2009년 제1기 부가가치세 확정신고를 이행한 사실이 확인되지 아니한 이상, 국세기본법제45조의 2 제1항에 따라서 당해 과세기간분은 경정청구 대상에 해당하지 아니하므로 처분청이 이를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.