주거지역에 편입된 후 취득한 토지를 10년 이후에 양도하였다 하여 농지대토 감면을 배제한 처분은 정당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 답 231㎡를 2006.12.15. 매매가액 200,659,700원에 취득하고, 같은 리 374-15 답 104㎡를 2007.11.1. 매매가액 90,340,300원에 취득(이하 2필지 답 335㎡를 “쟁점토지”라 한다)한 후 쟁점토지를 2010.12.30. 김OOO에게 505,000,000원에 양도하고 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 1994.3.3. 주거지역에 편입된 후에 청구인이 취득하였다가 양도하였으므로 조세특례제한법제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용대상이 아니라고 보아 감면을 부인하고 2011.8.5. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 46,433,750원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.8.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제70조 제1항 단서조항이 2010.1.1. 개정되면서 주거지역에 편입된 군 지역소재 농지를 양도할 경우 편입일까지 발생한 소득에 대하여만 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 받을 수 있도록 되어 있는 바, 동 법 개정 이전에는 주거지역에 편입된 군 지역소재 농지를 3년 이상 자경 후 양도한 경우에는 양도소득세를 전액 감면받았다. 조세특례제한법제69조의 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정이 2001.12.29. 개정되면서 개정 이전에 주거지역에 편입된 농지는 종전규정에 따라 양도소득세를 전액 감면하도록 경과규정을 두었던 점에 비추어, 경과규정을 두지 않은 농지대토에 관한조세특례제한법제70조 제1항 개정규정도 개정 이전에 주거지역에 편입되었던 농지를 2010.1.1. 이후에 양도하는 경우에는 양도소득세를 전액 감면하여야 함에도 개정일(2010.1.1.) 이후에 양도하였다 하여 감면배제하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되어 부적법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 OOO의 고액 근로소득자로서 OOO사택에 거주하고 있으며, 쟁점토지는 대규모 아파트단지가 조성된 지역의 소규모 텃밭으로 농지로 볼 수 없는 대지이며, 인근 주민인 서OOO이 청구인의 양도시까지 계속 경작한 것으로 확인된다. 쟁점토지는 청구인의 취득 이전인 1994.3.3. 주거지역에 편입된 토지로서 조세특례제한법제70조 개정 이후에 양도하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정의 적용대상이 아니므로 양도소득세 감면을 부인한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 주거지역에 편입된 후 취득한 토지를 2010년 이후에 양도한 데 대하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 배제한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 면제한다.

② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 부 칙 (2010. 1. 1. 법률 제9921호) 제1조 【시행일】이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략) 제2조 【일반적 적용례】③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

⑥ 법 제70조 제1항 단서에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액" 이라 한다) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 계산식 중 양도당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1994.3.3. 주거지역에 편입된 쟁점토지를 2006.12.15. 및 2007.11.1. 취득하여 2010.1.1. 조세특례제한법제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정이 개정된 후인 2010.12.30.에 양도하고 농지대토 양도소득세 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 직접경작한 사실이 없고, 주거지역에 편입된 쟁점토지를 취득하여 위 조세특례제한법개정 이후에 양도하였다 하여 농지대토 양도소득세 감면적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 양도소득세 감면을 부인하였다.

(2) 먼저, 주거지역에 편입된 토지를 취득하여 2010.1.1. 조세특례제한법제70조가 개정된 이후에 양도한 경우에 농지대토에 대한 양도소득세 감면적용대상인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법제70조가 2010.1.1. 개정되기 전까지는 농지대토 요건에 해당할 경우 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 군지역 소재 농지의 주거지역 편입에 대하여 감면을 배제하는 규정이 없었으나, 2010.1.1. 동 법이 개정되면서 해당토지가 주거지역에 편입된 경우에는 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득에 대하여만 같은 법 시행령에서 규정하는 아래 산식에 따라 양도소득세를 감면하도록 하였다. 양도소득금액 × (주거지역에 편입된 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가) (나) 위 개정규정은 부칙에서 법 시행일인 2010.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다는 일반적 적용례만 두었을 뿐 주거지역에 편입된 토지에 대한 경과조치는 없는 점에서 2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되어 2002.1.1. 시행된 조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 부칙 제28조 제1항에서 주거지역에 편입된 농지의 양도에 대한 양도소득세 면제에 관하여는 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의하도록 경과조치를 둔 점에서 차이가 있다. (다) 살피건대, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로, 법규 등의 변경으로 과거에는 과세대상이 되지 않던 것에 대하여 부과처분을 하게 되었다고 하여 헌법규정에 위반된 소급과세라거나 재산권의 부당한 침해라고 할 수 없는 바(조심 2008서3311, 2008.10.31. 같은 뜻), 조세특례제한법제70조 제1항이 2010.1.1. 개정되면서 주거지역에 편입된 농지는 편입된 날까지 발생한 소득에 대하여만 양도소득세를 면제하도록 하여 개정 이전보다 납세의무자에게 불리하게 개정되었다 하더라도 개정된 법령에서 특별히 이에 대하여 경과규정을 두고 있지 아니한 이상 부칙 시행일 및 일반적 적용례에 따라 개정법률 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용된다고 할 것이므로 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 수 없다.

(3) 따라서, 청구인은 이미 주거지역에 편입된 쟁점토지를 취득하여 조세특례제한법제70조 제1항이 개정된 2010.1.1. 이후에 양도하여 위 개정규정에서 양도소득세 감면대상으로 한 주거지역에 편입된 날까지 발생한 소득이 없고 그에 따라 감면할 세액도 없으므로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부에 불구하고 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 농지대토 양도소득세 감면을 부인하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다