국가로부터 위탁받아 실시한 방위산업물자의 연구 및 인력개발비 세액공제 경정청구 정당함

○○세무서장이 2011.6.8. 청구법인에게 한 경정거부처분은 청구법인이 경정청구한 금액 중 OOOOOO 관련 지출액에 대하여 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 방위사업법의 규정에 의한 OOO체로, OOOOOOOOOOOOO O OOOOOOO(OO OOOOOOO OO) 등과의 계약을 통하여 방산물자의 연구개발활동을 수행하고 그 결과물인 시제품을 생산하여 납품하고 있으며, 방위사업청으로부터 OOOOOOOOO(OOOO OOOOOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOO, OO OOOOOOOOO OO)의 개발주관기관으로 선정된 OOO과 2006.6.30. 체결한 OOO사업의 민군겸용 핵심구성품 개발협약에 의하여 핵심구성품(엔진, 보조동력장치)을 개발하여 OOO에 납품하고, 동 개발협약상 협약금액OOO 중 20%에 해당하는 청구법인 부담금OOO 관련 지출액에 대하여는 각사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하였으나, 협약금액의 80%에 해당하는 정부출연금OOO 관련 지출액(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다가, 2011.3.31. 처분청에 ‘쟁점금액 등 4개 항목 관련 지출액에 대하여 조특법제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 2007～2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 경정청구한 4개 항목 관련 지출액 중 2개 항목 관련 지출액과 관련하여서는 청구주장을 수용하여 2011.6.8. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하였으나, 쟁점금액을 비롯한 2개 항목 관련 지출액과 관련하여서는 ‘내국법인이 국가기관 등으로부터 수탁받은 연구개발용역의 수행을 위하여 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비, 재료비 등으로 지출한 금액은조특법제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없다’는 등의 이유로 청구법인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점금액과 관련된 경정거부처분에 불복하여 2011.6.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 OOO체가 수행하는 OOO물자에 대한 연구개발은 한정된 국방예산으로 효율적인 OOO물자 조달을 위해서 관련된 계획수립 및 관리 등의 기능은 정부에 두는 한편, OOO과 같은 국책연구개발기관을 개발주관기관으로 선정하고, 청구법인과 같은 OOO체가 핵심구성품 등에 대한 연구개발 등에 주도적으로 참여하도록 한 후, 그 결과로 축적된 기술을 토대고 OOO물자를 양산하도록 계획과 실행의 주체를 분리하고 있어 위탁연구 형식의 불가피성이 존재하고, 자체적 연구개발이 양산의 필수적인 선행절차가 되는 OOO의 본질적 특성 등으로 인하여 OOO 관련 연구는 연구개발 수행자가 부담하는 책임 및 위험부담의 범위 등이 일반적인 위탁연구와는 완전히 다른 것은 물론, 실패시 그 손실을 연구개발자가 고스란히 부담하는 등 연구개발에 대한 책임과 위험을 연구개발자가 직접 부담하게 되므로 청구법인과 같은 OOO체가 OOO으로부터 수탁받은 핵심구성품 관련 연구개발용역을 일반적인 재수탁 용역과 동일시 할 수 없는 점, 이 건과 유사하게 OOO체가 방산물자의 개발주관기관인 국방과학연구소로부터 위탁받은 연구개발용역을 수행하면서 지출한 비용에 대하여 조세심판원이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하고 있는 점(조심 2010구1325, 2010.9.13. 등), 기획재정부 등의 유권해석(재조예-641 2006.9.20.)을 보더라도 계약의 형식을 중요시하던 기존의 입장에서 실질을 보다 중요시 하는 쪽으로 입장이 변경되고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점금액은 조특법 시행령〔별표6〕에서 규정하고 있는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 해당된다. 또한, 처분청은 청구법인이 당초 경정청구한 금액 중 재료비 및 위탁개발비로 지출한 OOO원이 OOO사업과 직접 관련된 지출액인지 여부가 불분명하다는 의견을 심판청구시 제출하였으나, 동 금액에는 청구법인이 OOO사업과 관련하여 불복청구한 금액 이외의 금액이 상당액 포함되어 있어 그 내역을 알 수 없고, OOO사업 관련 지출액은 청구법인이 OOO과 체결한 개발협약에 따라 매년 연부금으로 지급받은 정부출연금에서 지출하고, 매년 그 지출내역을 OOO사업단에 보고하도록 되어 있으며, 사업종료후 6개월 이내(2012년 12월말까지)에 정산하도록 되어 있어 OOO사업 이외의 용도로 사용할 수 없는 금액이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조세심판원의 심판결정례를 근거로 쟁점금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 동 심판결정례는 개별사건에 대한 판단에 불과하고, 국세청 예규, 과세기준자문 의견과는 상충되는 부분이 있으므로 이를 일반화하여 적용할 것은 아니며, 청구법인이 수행한 OOO엔진 및 보조동력장치 개발용역은 OOO이 방위사업청으로부터 개발주관사로 선정되어 연구개발을 주도하면서 수탁받은 연구용역 중 일부를 청구법인이 재수탁받은 것으로 볼 수 있으므로 청구법인이 재수탁받은 연구개발용역의 수행을 위해 청구법인의 연구개발 전담부서에서 근무하는 자의 인건비, 재료비, 위탁개발비 등으로 지출한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없으며, 설사, 이 건 연구용역 관련 지출액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용한다 하더라도 청구법인이 경정청구한 연구 및 인력개발비 중 재료비 및 위탁개발비로 지출한 금액은 OOO사업 관련 지출액과 기타 사업관련 지출액 등 총 OOO원인데 이중 OOO관련 및 초소형 터보엔진 관련 기술사용료로 지출한 금액을 제외한 12,103백만원은 OOO사업 관련 위탁연구개발용역에 투입된 원가로 보기에는 그 구분이 불분명하므로 OOO사업 관련 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하기어렵다.

• 가. 쟁 점 OOO체인 청구법인이 국책사업의 개발주관기관으로부터 방산물자의 개발을 위탁받아 지출한 인건비․재료비 등이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. ～ 나. (생략)

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
• 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 ＋ 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 때에는 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4 대통령령 제21307호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 〔별표 6〕의 비용을 말한다. [별표 6] <개정 2009.2.4> 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련) 구분 비용

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 현장확인 보고서(2011.5.)에 의하면, 청구법인은 쟁점금액 이외에도 ① 위탁개발한 전산시스템 개발비(2007～2009 OOO원)에 대한 연구인력개발비 세액공제 ② 미합중국 OOO과 체결한 전략적 제휴 계약에 따라 지급한 기술료OOO에 대한 손금인정 ③ 카메라사업부 분할과 관련하여 당초 신고와 달리 직전 4년간 발생한 연구인력개발비 발생액이 감소OOO함에 따른 경정청구를 하였고, 처분청은 이 중 ②, ③에 대한 경정청구를 인정하여 2009사업연도 법인세 OOO원을 환급하였으며, 청구법인은 처분청이 거부한 경정청구항목 중 위 ①에 대한 경정거부처분에 대하여는 불복청구를 하지 아니하고, OOO사업 관련 지출액인 쟁점금액에 대하여만 심판청구를 하였다.

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, OOO사업은 UH-1H, 500MD 등 군이 보유한 노후헬기의 후속기종인OOO를 연구개발하기 위하여 방위사업청과 지식경제부가 공동추진하는 국책사업으로 OOO사업단[방위사업청 부서] 산하에 3개 개발주관기관OOO이 17개 1차 국내협력업체 및 11개 국외업체와 함께 2012년까지 개발을 목표로 하고 있다고 되어 있다.

(3) OOO의 정관 등에 의하면, OOO은 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립․운영 및 육성에 관한 법률 제8조에 의하여 항공우주과학기술영역의 새로운 탐구․기술선도․개발 및 보급을 통하여 국민경제의 건전한 발전과 국민생활의 향상에 기여함을 목적으로 설립되었으며, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인으로, 서대전세무서장으로부터 고유번호증을 교부받은 것으로 확인된다.

(4) 청구법인은 민군겸용구성품 개발 및 체계 통합 지원을 담당하는 OOO(KARI)의 협력업체로서 2006.9.30. OOO과 협약기간을2006.6.1.～2012.6.30., 협약금액을 117,068,341,000원으로 하여 ‘OOO 민군겸용 핵심구성품(구성품명: 엔진, 보조동력장치) 개발협약’을 체결하였음이 확인되고, 청구법인의 자체자금 투자금액은 위 협약금액의 20% 상당액인 OOO원으로서 동 금액과 관련된 지출액에 대하여는 당초 각 사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받았으며, 이 건 경정청구 대상금액은 협약금액의 80% 상당액인OOO원의 정부출연금과 관련된 지출액이다.

(5) 아래 <표1>에 나타난 바와 같이, 청구법인이 이 건 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 지출액으로 경정청구한 금액은 총 OOO원이며, 청구법인은 그 중 KHP사업 관련 지출액을 OOO원으로 구분한 자료를 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOO OOOO OO OOO (OO: O)

(6) 처분청의 현장확인보고서(2011.5.)에는 쟁점금액의 지출여부에 대한 처분청의 확인내용 및 경정거부의 이유가 아래와 같이 기재되어 있다. (가) 쟁점금액의 지출 여부 등

1. 인건비: 2007～2009사업연도 연구개발전담부서에 근무하는 1,174명(연간 평균인원)에 대하여 당 법인의 내부 전산시스템에 의거 근무부서 검색한바, 1,089명은 연구소에 근무하고 있으나, 현재 연구요원으로 검색되지 않는 85명(‘07), 128명(’08), 82명(‘09)에 대하여 추가 인사기록카드 검토한바 해당사업연도에는 연구소에 근무함이 확인되고, 연구요원 중 연구소에 재직하다가 근무부서를 이동한 연구원에 대한 인건비는 연구소에 근무한 기간의 급여만 계상함이 확인됨.

2. 재료비 및 위탁공동개발비: 연구개발용역에 대한 재료비, 위탁공동개발비 등에 대한 지출결의서, 내부품의서 등 검토한바, 연구소에서 발주품의함이 확인되고, 지출결의서상 ‘OOO’관련 연구용역비는 80%만 추가계상함이 확인됨.

3. 그러나, 청구법인이 제출한 경정청구 관련 수탁 연구개발비의 재료비, 위탁개발비 중 ‘OOO’기술사용료로 지급한 ’07사업연도 OOO원, ‘09사업연도OOO원 외에는 OOO위탁연구개발용역에 투입된 원가로 보기에는 그 구분이 불분명함. (나) 수탁받은 연구개발용역에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 여부

1. 조세심판원과 국세청이 다른 의견을 표명하고 있음.

2. 최근의 조세심판례(국심 2007서1000, 2008.8.29., 조심 2010구1325, 2010.9.13.)는 위탁받은 OOO물자의 연구개발용역에 대하여는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 판단하고 있음.

3. 그러나, 조세특례제한법기본통칙 10-2…2와 국세청 예규(서면2팀-286, 2005.2.14.), 과세기준 자문의견(법규과-0656, 2009.12.21.)에 의하면, 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 없음을 명시하고 있음.

4. 청구법인은 조세심판원의 결정에 따라 위탁연구개발비 세액공제를 주장하고 있으나, 심판례와 국세청 예규가 상충되는 부분이 있고, 심판례는 사례별 개별사안에 대한 판단으로 사료되고, 기본통칙 10-2…2와 같이 수탁연구개발비는 세액공제를 적용받을 수 없으므로 쟁점금액에 대한 경정청구는 기각하고자 함.

(7) 처분청은 이 건 심판청구시 위 <표1>의 총지출액 OOO원 중 아래 <표2>의 OOO은 OOO사업 관련 지출액인지, 아니면 처분청이 경정거부하였으나 청구법인이 불복청구를 하지 아니한 위탁개발 전산시스템 관련 연구개발비 등 다른 사업관련 지출액인지 그 구분이 불분명하여 OOO사업 관련 지출액으로 인정할 수 없다는 의견과 함께 그 금액의 지출일자와 전표번호 등이 기재된 목록을 제출하였다. OOOOOOOOOO OOOO OOO OO OOO OO (OO: O)

(8) 이에 대하여 청구법인은 청구법인이 경정청구시 제출한 연구 및 인력개발비 세액공제 관련 지출액 OOO원에 대하여 처분청에서 지출여부를 전부 확인하였고, 쟁점금액은 정부출연금으로 지출되었기에 그 내역이 매년 OOO사업단에 보고되고 있으며, OOO사업 종료(2012년 6월말) 후 6개월 이내(2012년 12월말까지)에 정산하도록 되어 있어 OOO사업 이외의 용도로 지출될 수 없는 금액임에도 처분청이 쟁점금액과 관련이 없는 지출액과 쟁점금액 중 일부가 포함된 금액의 목록을 제출하면서 동 금액이 OOO사업과 관련된 지출액인지 다른 사업과 관련된 지출액인지 그 구분이 불분명하다는 이유를 내세워 이를 OOO사업 관련 지출액에서 이를 제외하겠다는 의견을 심판청구시 제출한 것은 부당하다는 취지의 추가의견을 제출하였다.

(9) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO체로서 국책사업의 개발주관기관인 OOO으로부터 OOO의 핵심구성품 인 엔진 및 보조동력장치의 개발을 담당하고 있음이 확인되는바, 연구 및 인력개발비 세액공제제도의 기본취지, OOO물자의 연구개발사업은 모두 정부의 위탁연구용역 형태로 수행될 수밖에 없는 OOO의 특수성과 OOO이 수익사업을 영위하지 아니하여 쟁점금액에 대하여 이중으로 세액공제가 되지 아니하는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 경정청구한 금액 중 OOO사업 관련 지출액에 대하여는 조특법 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 처분청은 청구법인이 경정청구한 금액 중 OOO이 OOO사업과 관련된 지출액인지 여부가 불분명하다는 의견을 제출하였는 바, 동 OOO원 중에는 청구법인이 당초부터 OOO사업 관련 지출액으로 경정청구하지 아니한 금액도 상당액 포함되어 있는 것으로 보이므로 동 금액에 대하여는 처분청이 OOO사업 관련성 여부를 다시 확인하여 청구법인이 OOO사업과 관련하여 경정청구한 금액 중 OOO사업과 관련없는 지출액이 확인되는 경우, 동 지출액은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 지출액에서 제외하는 것이 타당하다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.