새로운 조선소 조성 공사에 관련된 세금계산서로 공급시기 인정하여 경정처분 인용함

부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.12.19. 개업하여 주택건설업을 영위하는 법인으로 2005년부터 경상남도 진주시 □□동 47에서 아파트(△△△△△) 분양 사업을 하던 중 2008.10.25. 발생한 분양계약 해제금액 8,484,952천원에 대하여 2005년 제2기~ 2007년 제2기 과세 기간 중의 당초 세금계산서 작성일자를 기준으로 수정세금계산서를 발행하였고, 2010.6.14. 당초 신고한 과세기간에 대하여 부가가치세 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 위 경정청구 내용대로 경정하여 부가가치세 848,495천원을 환급하였다.
• 다. 부산지방국세청장은 2010년 11월 처분청에 대한 종합감사 결과, 위 분양계약 해제금액(8,484,952천원) 중 2006.12.31. 이전 공급분인 2005년 제2기~2006년 제2기 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라한다)의 귀속분 4,848,544천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여는 계약해제 사유가 발생한 2008.10.25.이 속하는 과세기간에 경정청구를 하여야 하는 것으로 감사 지적하였다.
• 라. 처분청은 이에 따라 재경정하여 2011.1.10. 청구법인에게 2005년 제2기 140,498,680원, 2006년 제1기 280,997,360원, 2006년 제2기 140,498,680원, 합계 561,994,720원의 부가가치세를 경정‧고지하였고, 2008년 제2기에 대하여는 485,784,402원의 부가가치세를 감액 경정‧환급하였다(환급가산금 32,805,590원 별도) 마, 청구법인은 이에 불복하여 2011.4.6. 이의신청을 거쳐 2011.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)국세청은 2007.2.28. 부가가치세법 시행령 제59조 개정전에는 계약의 해제사유가 발생한 때에는 그 해제된 날을 작성일자로 하여 해제사유가 발생한 때에는 그 해제된 날을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 발급하도록 해석하였으나, 대법원 판례 등에서 계약해제와 관련하여 해제의 소급효과로 이낳여 처음부터 재화의 공급이 없었던 것이므로 계약해제분의 부가가치세는 당초 신고한 과세기간의 과세표준에서 차감하여야 한다는 결정을 하였고, 이를 반영하여 계약해제의 경우 수정세금세금계산서 작성일(공급시기)를 ‘당초 세금계산서 작성일’로 명확히 규정하여 개정함에 따라, 현재 국세청은 계약해제로 인하여 수정세금계산서를 교부할 경우 개정전 공급분(2006.12.31. 이전분)은 ‘해제사유가 발생한 때’, 개정후 공급분(2007.1.1. 이후분)은 ‘당초 세금계산서 작성일’로 하여 수정세금계산서를 교부하는 것으로 해석(서면3팀-3081 등)하고 있는 바, 2006.12.31. 이전 공급분인 쟁점 과세기간 중의 계약 해제분(쟁점금액)에 대하여도 대법원 판례의 취지와 같이 당초 신고한 과세기간의 과세표준에서 차감하여야 함에도 처분청이 이 건 계약 해제일이 속하는 과세기간의 과세표준에서 쟁점금액을 차감하여 한 재경정 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 이 건 계약해제가 발생한 2008.10.25.이 속하는 과세기간(2008년 제2기)의 과세표준에서 쟁점금액을 차감하여 부가가치세를 환급하면서 그 가산금의 기산일을 계약 해제일이 속하는 과세기간(2008년 제2기) 부가가치세 신고‧납부일을 기준으로 계산하였으나, 대법원 판례의 취지와 같이 계약해제로 인하여 처음부터 재화의 공급이 없었던 것으로 보아야 하므로, 이 건 부가가치세 환급가산금의 기산일을 당초 신고‧납부일의 다음날로 하여 처분청이 산정한 동 환급가산금(32,805,590원)을 재계산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 구 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조(수정세금계산서)의 규정을 보면, “세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다”고 되어 있으며, 동 시행령이 개정된 이후에는 “계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제 된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부의 표시를 하여 발급한다”라고 규정하고 있는 바, 현 부가가치세법 시행령 이전인 쟁점 과세기간에 공급된 재화의 계약해제로 인한 수정세금계산서 발행시 그 작성일자는 사유발생일인 2008.10.25.로 기재하여야 하고, 관련 부가가치세 감액 경정도 2008년 제2기를 과세기간으로 함이 타당하므로 청구주장은 이유가 없다.

(2) 청구법인은 국세청 질의‧회신(징세-254, 2009.11.4. 등)을 근거로 이 건 부가가치세 환급금의 기산일이 쟁점 과세기간의 각 부가가치세 신고‧납부일의 다음날이 되어야 한다고 주장한, 동 질의‧회신문의 경우 수정세금계산서가 계약해제 발생일이 아닌 당초 공급시기를 기준으로 발행된 경우로서 당초 공급시기에 대하여 감액 경정이 이루어졌으므로 국세환급 가산금의 기산일도 당초 공급시기가 속한 과세기간의 신고‧납부일의 그 다음날이 되는 것인 바, 이 건의 경우는 수정세금계산서 교부시 그 작성일이 계약해제 사유 발생일(2008.10.25.)이 되는 것이고, 부가가치세 감액경정은 2008년 제2기 과세기간을 대상으로 이루어지는 것이므로, 국세환급기산일도 동 과세기간의 부가가치세 신고‧납부일을 기준으로 계산함이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 2006.12.31 이전에 발행‧교부된 세금계산서의 계약해제로 인한 수정세금계산서 발행시 세금계산서 작성일(공급시기)을 계약해제 사유 발생일로 하여야 하는지, 아니면 당초 세금계산서 발행일로 하여야 하는지 여부

(2) 2006.12.31. 이전에 발행‧교부된 세금계산서의 계약해제로 인한 부가가치세 환급시 환급가산금 기산일을 당초 세금계산서 발행일이 속하는 과세기간의 신고‧납부일의 다음날로 하여야 한다는 청구 주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조세금계산서① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. (3) 부가가치세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정된 것) 제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】 ① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

(2) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 제52조 【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호를 적용할 때에는 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 그 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 한다.

6. 소득세법, 법인세법, 부가가치세법, 개별소비세법 또는 주세법에 따른 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정으로 인하여 환급하는 경우: 그 신고를 한 날(법정신고기일 전에 신고한 경우에는 그 법정신고기일)부터 30일이 지난 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급하는 경우에는 해당 결정일부터 30일이 지난 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위 등을 보면, 청구법인은 아파트분양과 관련하여 2005년 제2기~2007년 제2기 부가가치세 과세기간의 세금계산서교부분 8,484,952천원에 해당하는 분양계약이 해제됨에 따라, 당초 세금계산서 작성일자를 기재하여 수정세금계산서를 교부하고, 당초 과세표준으로 신고한 과세기간에 대한 경정청구를 하여 2010년 6월 처분청으로부터 848,495천원의 부가가치세를 감액 경정‧환급받았는 바, 이 중 쟁점과세기간(2005년 제2기~2006년 제2기)에 대하여는 아래 〈표1〉과 같이 쟁점금액 (4,848,544천원)에 해당하는 부가가치세(484,853천원)를 환급받은 것으로 나타난다. 〈표1〉쟁점과세기간에 대한 처분청의 당초 경정 내역 (단위:천원) 과세기간 당초과세표준 경정과세표준 환급세액 환급가산금 2005년 제2기 5,039,630 3,827,494 121,213 22,402 2006년 제기 9,639,879 7,215,607 242,427 41,419 2006년 제2기 5,064,802 3,852,666 121,213 17,924 합계 19,744,311 14,895,767 484,853 81,745

(2) 부산지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사시 쟁점과세기간의 세금계산서 교부분(2006.12.31. 이전 공급분)인 쟁점금액 상당액에 대한여는 계약해제 사유 발생일인 2008.10.25.이 속하는 과세기간의 과세표준으로 삼아 경정청구를 하여야 하는 것으로 감사 지적함에 따라, 처분청은 아래 〈표2〉와 같이 이 건 부가가치세 과세기간(2005년 제1기~2007년 제2기) 중 쟁점과세기간에 해당하는 공급분(쟁점금액)에 대하여만 당초 환급세액(484,853천원) 및 환급가산금(81,745천원)을 추징하고, 과소신고‧납부불성실가산세(77,137천원)를 부과하는 한편, 쟁점금액을 분양계약 해제일(2008.10.25.)이 속하는 부가가치세 과세기간인 2008년 제2기의과세표준으로 삼아 부가가치세 485,783천원 및 환급가산금 32,805천원을 한급한 것으로 이 건 심리자료에 나타난다. 〈표2〉처분청의 당초 경정에 대한 재경정 내역 (단위:천원) 과세기간 당초과세표준 재경정과세표준 환급세액 2005년 제2기 3,827,494 5,039,630 140,498 2006년 제1기 7,215,607 9,639,879 280,997 2006년 제2기 3,852,666 5,064,802 140,498 2008년 제2기 12,549,917 7,701,373 (485,784) 합계 27,445,684 27,445,684 76,209

(3) 처분청은 이 건 재경정에 따른 부가가치세 환급가산금 산정시 그 기산일을 분양계약 해제일이 속하는 과세기간(2008년 제2기)을 기준으로 하여 적용하였는 바, 그 세부내역은 아래 〈표3〉과 같다. 〈표3〉재경정시 부가가치세 환급가산금 및 그 기산일 (단위:천원) 과세기간 환급금 환급가산금 기산일 비 고 2008년 제2기 16,831 1,336 2009.1.28. 납부일 368,022 27,633 2009.2.28. 미신고환급세액 (신고일로부터 30일) 100,930 3,805 2010.3.10. 납기연장분 고지‧납부일 합계 485,783 32,805 76,209 ※2008년 제2기 자진신고‧납부한 세액은 116,831천원임

(4) 2007.2.28. 개정된 부가가치세법 시행령일부개정안 입법예고 내용을 보면, 동 개정안 제59조(수정세금계산서 교부 사유 및 교부절차)를 개정함으로써, 당초 공급한 재화의 환입, 계약의 해제, 공급가액의 변동 등 수정세금계산서 교부사유, 시기, 방법 등을 명확히 규정하여 과세당국과 납세자와의 조세마찰 소지를 제거할 필요가 있다고 되어 있다. (5)이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴보면, 아파트 분양계약이 해제된 경우, 그 계약해제 이전에 부가가치세 부과처분이 이루어졌다 하더라도 해제의 소급효과로 인하여 분양계약의 효력이 소급하여 상실되는 이상, 부가가치세의 부과대상이 되는 건물의 공급은 처음부터 없었던 것이 된다고 할 것(대법원 2001두 5989, 2002.9.27., 국심 2006중1893, 2007.6.7. 같은 뜻)인 바, 이 건의 경우에도 당초 신고한 쟁점과세기간의 매출액에서 분양계약 해제분인 쟁점금액 상당의 공급가액을 차감하여 경정함이 타당한 것으로 판단되며, 이 건과 관련한 2007.2.28. 부가가치세법 시행령 개정시 입법취지가 수정세금계산서 교부사유, 시기, 방법 등을 명확히 규정하여 과세당국과 납세자와의 조세마찰 소지를 제거하려고 한 점에 비추어 볼 때, 동 법 시행령 개정 이전 공급분(2006년 이전 공급분)에 대한 계약해제분(쟁점금액 상당액)에 대하여만 계약해제일이 속하는 과세기간의과세표준에 산입함으로써, 동 법 시행령 개정의 취지를 달리 적용할 이유는 없어 보이므로, 처분청이 쟁점금액 상당액을 쟁점과세기간의 과세표준에서 차감하여 계약해제일이 속하는 과세기간(2008년 제2기)의 부가가치세 과세표준으로 하여 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 보면, 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법제52조의 규정에 따라 당해 국세의 신고‧납부일의 다음날이 되는 바, 위 쟁점①에서 청구주장이 이유가 있는 것으로 판단하였으므로, 이 건 부가가치세 환급가산금의 기산일은 당초 세금계산서 발행일이 속하는 과세기간의 신고‧납부일을 기준으로 하여 정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.