청구인이 지급한 임대료가 적정한지 여부를 재조사하여 결정하여야 함

종합소득세 부과처분은 청구인과 주식회사 〇〇과의 관계 및 청구인이 주식회사 〇〇에게 지급한 임대료가 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 경상남도 〇〇시 〇〇동 319-1오 4필지에서 〇〇요양병원(이하 “요양병원”이라 한다)이라는 의료업을 2006.8.10.부터 2009.3.31.까지 영위하면서 주식회사 〇〇(이하 “임대법인”이라 한다)과 임대차계약을 하고 월 임대료를(2008년 월 6,000만원, 2009년 월 1억원으로 이하 “쟁점임대료”라 한다)을 지급하였다. 나 〇〇지방국세청장은 요양병원에 대한 조사를 실시하여 청구인이 임대법인에게 임대료를 과다 지급한 것으로 보아 요양병원의 임대료를 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에 따른 보충적 평가법을 적용하여 감정평가법인에 감정을 의뢰하여 임대료 시가를 산정한 후 청구인이 임대법인에게 과다지급한 임차료(2008년 귀속 387,980,776원, 2009년 귀속 218,132,246원)를 접대비로 보아 접대비 한도초과액(2008년 귀속 375,657,671원, 2009년 귀속 210,767,799원)을 필요경비에 불산입하고 소득금액에 산입하는 등 하여 2011.3.17. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 132,949,240원, 2009년 귀속 종합소득세 80,564,450원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점임차료는 자유롭고 건전한 사회통념 및 상관행에 따라 지급된 시가에 해당된다. 이 건 임대차계약은 임대목적물의 범위를 단순히 토지 및 건물에 한정하지 않고 사업에 필요한 일체의 시설을 임대법인이 제공하고, 청구인은 최소한의 투자비용으로 병원만 운영하면 되는 조건의 계약이었다. 즉, 임대법인은 병원운영에 관련한 일체의 모든 시설을 제공하고 병원 이외의 용도로 임대할 수 없으며, 또한 안정적이고 영속적인 병원운영을 위해 다른 사업을 영위할 목적으로 요양병원을 담보로 활용할 수 없다고 약정하였다. 처분청은 보충적 평가방법에 따른 임차료산정과정에서 단순히 토지 및 건물자체에 대한 감정평가액만을 기초로 하였고 청구인의 중요한 임차범위에 해당하는 옥외시설, 차량운반구, 의료장비, 시설장치, 비품의 자산 가액은 제외하였는데 그렇다면 계산과정에 문제가 있는 결정이다. 청구인은 계약기간 내에 병원에 관련한 일체의 시설을 사용할 수 있을 뿐만 아니라 “임대법인이 시설물을 매각 또는 의료시설 이외의 용도로 임대시 청구인의 동의를 필요로 한다”라고 규정되어 있어 청구인이 가지는 임차권은 독점적인 시설사용권의 범위를 넘어 안정적인 사업환경을 제공받을 권리까지 포함되어 있고 쟁점임차료에는 그 대가가 포함되어 있다고 보아야 한다. 쟁점임차료 산정 내용을 살펴보면, 병상가동률이 정상화되어 적정 운영이익이 창출되기 전까지는 청구인과 협의하에 월임차료를 최소화하고, 정상화 이후에는 계약 초기 3개월의 재원 환자 수를 우선적으로 고려하여 연도별로 결정하기로 합의되어 있고, 정상화 이후에는 청구인이 누려야 할 정상적인 이윤과 초기 임차료 최소화에 따른 법인의 손실 및 투자비용의 회수를 보장하기 위한 임차료 재조정 시기 등을 반영하여 결정하였다. 요양병원의 특성상 의료수가는 의료정책에 의거 정해지고 재원 환자수는 병원의 수익과 손실을 결정하는 가장 중요한 요소이므로 이를 기준으로 임차를 결정하는 것이 합리적이며 또 일반적인 임대차계약에 있어 임차인의 영업상황은 임차료 결정의 중요한 요소인 바 영업상황이 좋으면 임차료를 인상하고 그렇지 않은 경우 임차료를 인하해 주는 것이 상거래 관행인데 쟁점임대료 역시 건전한 사회통념에 부합한 정상적인 상거래 관행에 따른 것이므로 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 요양병원을 운영하면서 임대법인으로부터 의료시설등을 임차하였으나 임대법인과 특수관 계자에 해당하지 않고 통상의 경제적 이익에 반하는 고액의 임대료를 지불하여 실질적으로 임대법인에게 이익을 분여할 의도가 충분한 것으로 보인다. 그러나, 임차관계의 특수성으로 인해 동일권역에서 비교검증 가능한 요양병원을 찾을 수 없어 관련 법률에 의거 감정가액에 따른 적정임대룔 산정하였고 관련 예규(법규과-219,2009. 1.16.)에 의하여 적정임대료 산출액을 초과하는 임대료 지급분을 접대비로 보아 시부인계산한 처분은 정당하며 청구인은 건물 및 토지외 의료장비 일체의 임차료를 포함하지아니하여 임대료 산정이 부적정하다 하나 청구인이 작성한 의료장비 및 비품 임대차계약서를 보면 의료장비 등의 임대료가 월 150만원으로 월 임대료 1억원의 1.5%에 불과하여 적적임대료산출에 미치는 영향이 미미하고 2009년말 현재 임대법인에 대한 미지급임차료가 6억9,100만원이 있음에도 계약이 유지된 점, 현재 임대료가 당초 임대료 등에 18배에 달하여 개업일 이후 조사일까지 임대기간이 4년미만인 점 등을 감안하면 쟁점임대료는 상호 대등한 관계에서 이루어진 것으로 보기 어려워 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계 없는 자간에 지급한 쟁점임대료를 건전한 사회통념 및 상거래 관행에 의하여 지급하지 아니한 것으로 보아 과다임대료 상당액을 접대비로 본 후 이에 따른 한도초과액을 소득금액으로 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1)제41조 【부당행위계산】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조제1항제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)제98조 【부당행위계산의 부인】 ③ 제2항제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

④ 제2항제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. (3) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제2항제1호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

③ 제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 사업연도에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우: 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 〇〇지방국세청장이 요양병원을 조사한 내역과 처분청의 처분내역은 다음과 같다. (가) 요양병원은 〇〇시 〇〇동 319-1외 4필지에서 2006.3.31.부터 2009.3.31까지 홍〇〇이 영위하고 2009.4.1. 이후 청구인이 사업을 영위하면서 임대법인과 임대차계약을 하여 의료업을 영위한 사실이 심리자료에 나타난다. (나) 임대법인은 2005.1. 아파트형 공장시설을 낙찰받아 2006.9. 의료기관개설허가를 득한 요양병원과 임대차계약을 체결하면서 단순히 의료시설용 토지‧건물 부속시설뿐 아니라 건물전체의 유지‧보수‧수선을 책임지는 동시에 의료장비‧집기‧비품일체를 요양벙원에 직접임대(간병사 파견사업도 겸업)하였으며, 요양병원은 노인전문 요양병원으로 병실 57실, 병상 310개 규모로 내과 ‧신경과 등에서 9명의 의사가 진료중이며 직원은 150여명이고 시설이 깨끗하고 진료비가 낮아 업황은 비교적 양호하나 24시간 교대근무에 따른 과다한 인건비 지출과 보험위주의 진료, 기초생활수급자의 과다 등으로 수익성은 다소 떨어지는 것으로 나타난다. (다) 조사청은 경남지역 진주, 창녕, 마산, 진해 창원시 일원 20개 요양병원 중 비교가능한 요양병원의 의료시설 ㎡당 기준시가를 검토한 바 요양병원은 ㎡당 기준시가가 883천원이고, 비교가능 7병원은 ㎡당 기준시가가 평균 660천원으로 나타나나, 임대료가액은 요양병원은 년간 임대료가 12억원으로 비교가능 병원의 임대료 평균가액 1억 4,348만원의 836%로 높게 책정되어 있고, 임대법인의 요양병원 미수금이 2009년말 현재 691백만원으로 계상되어 임대료가액이 과다하게 높아 정당한 임대료로 보기 어렵다고 심리자료에 나타난다. 〈표〉비교가능 7개 병원과 요양병원 임대료 가액 비교 구분 개업일 면적 ㎡당 기준시가 신고임대료 토지 건물 요양병원 2006.8.10. 8,975 8,365 883

• 1억원 A요양병원 2006.8.1. 978 2,341 542 2억원 600 B요양병원 2009.5.25. 2,700 3,466 502 2,000 2,000 C요양병원 2007.9.17. 1,436 3,290 831 10억 5,000

• D요양병원 2008.11.1. 4,644 7,727 806 5억원

• E요양병원 2009.6.1. 1,311 3,056 528 1억원

• F요양병원 2009.10.13 917 2,609 646 1억원 1,800 G요양병원 2009.10.13 915 3,708 765

• 1,600 (라) 처분청은 요양병원이 임대법인에게 시가보다 현저히 높은 임대료를 지급하였으므로 특수관계 없는 자간의 고가임대료 지급에 대해 부당행위계산부인 준용하여 쟁점시설물의 임차료에 대한 시가로 법인세법 시행령제89조 제4항 제1호 규정에 의해 감정평가를 의뢰하여 산정된 임차료 적용하여 쟁점임차료와의 차이를 청구인이 특수관계없는 임대법인에게 지출한 접대비로 보고 접대비 한도초과액을 청구인 소득금액에 산입하여 과세한 사실이 나타난다. (단위:만원) 구분 2008년 2009년 비고 감정평가액(병원) 1,328,076 1,328,076 적정임대료 33,202 33,202 월 2,766만원 신고임대료 72,000 (월 6,000만원) 120,000 (월 1억원) 차액 38,798 86,798 (2)청구인은 임대차계약은 특수관계없는 사인간에 상호 사정 반영하여 자유의사로 약정한 계약으로 임대법인은 병원운영에 관련한 일체의 모든시설을 제공하고 병원이외의 용도로 임대할 수 없으며, 병원운영을 위해 다른 사업을 영위할 목적으로 부동산을 담보로 활용할 수 없다고 규정하고 있어 청구인은 최소한의 투자비용으로 병원만 운영하면 되는 조건이며, 쟁점임차료 산정내용을 보면 병상가동률이 정상화되어 적정 운영이익이 창출되기전까지는 청구인과 협의하에 월임차료를 최소화하고, 정상화 이후에는 계약 초기 3개월의 재원 환자 수를 우선적으로 고려하여 연도별로 결정하기로 합의되어 있고 또한 정상화 이후에는 청구인이 누려야 할 정상적인 이윤과 초기 임차료 최소화에 따른 임대법인의 손실 및 투자비용 회수를 보장하기 위한 임차료 재조정 시기등을 반영하여 결정한 것이고, 요양병원의 특성상 의료수가는 정부의 의료정책에 의거 결정한 것이고 재원환자수는 병원의 수익과 손실을 결정하는 가장 중요한 요소이므로 이를 기준으로 임차료를 결정하는 것은 합리적인 방식이며 또 일반적인 임대차계약에 있어 임차임의 영업상황은 임차료 결정에 중요한 요소인바 영업상황에 따라 임차료를 정하는 것이 상거래관행으로서, 이러한 관점에서 이 사건 쟁점임차료 역시 건전한 사회통념에 부합한 정상적인 상거래 관행에 따른 것으로 보아야 한다고 주장하면서 증거자료로 임대차계약서, 의료시설 임대차계약과 관련한 부가합의서, 청구인이 임대법인에게 발송 내용증명 및 임대법인이 회신한 내용증명, 관련 법원판결문 등을 제출하였다.

(3) 임대법인과 체결한 임대차계약내용은 다음과 같다. 임대차기간 월임차료 (원) 임차인 임대차계약일 2007.01.-2007.12. 10,000,000 청구인 2006.08.01. 2008.01.-2008.12. 60,000,000 청구인 2008.01.01. 2009.01.-2009.03. 100,000,000 청구인 2009.01.01. 2009.04.-2009.12. 100,000,000 이〇〇 2009.04.01.

(4) 임대법인과 임대차계약(갑:임대법인, 을: 청구인)을 체결하면서 2006.8.5 작성된 임대차 계약과 관련한 부가합의서 주요 내용은 다음과 같다

• 제1조: 임대차계약물건을 기존의 의료시설 이외의 용도로 용도변경을 금지한다.

• 제2조: 갑은 기존 채무 60억원을 초과하는 근저당 담보권등의 제한물건을 추가로 설정하여서는 안된다.

• 제5조: 임대법인이 의료시설 일부 또는 전부를 매가 또는 의료시설 이외의 용도로 임대시 청구인의 동의를 필요로 한다.

• 제6조: 청구인은 병원운영을 중단하게 하거나, 임대차계약을 해지하거나 일방적으로 병원 운영의 폭 또는 병원개설허가를 취하하여서는 아니된다.

• 제9조: 300병상이상 운영병상수가 3개월간 계속 유지될 경우 갑이 매월 상환해야할 대출원리금을 충족하는 범위이상으로 정하며, 2010년 이후 매월의 임대료는 어떠한경우라도 최소한 1억원 이상되어야 한다.

• 제11조: 기간별 임대료 산정은 다음과 같다. ‧2006년 8월~2007년 12월까지 매월 1,000만원 ‧2008년 1월~2008년 12월까지 매월 6,000만원 ‧2009년 1월~2009년 12월까지 매월 1억원 ‧2010년 1월~2010년 12월까지 매월 1억 3,000만원(다만 재원환자가 300명이 안될 경우 1명당 50만원 감액) -제12조: 임대료 상한액은 매월 1억 8,000만원이다

(4) 청구인은 요양병원 병실은 57실, 병상 310개 규모로 볼 때 2007년에도 병실대비 환자수가 57.7%이나, 2008년에는 90%,2009년에는 97.0%에 달하며, 총가용병상수가 재원환자수 150명에 이르면 손익분기점에 도달하고, 그 이상에서는 이익이 발생하고 재원환자수가 250명을 상회하면 이익의 정도가 배가된다고 주장하면서 요양병원의 재원환자수를 증거자료로 제출하고 있다. 〈표〉요양병원의 재원 환자수 (명) 월별 2006년 2007년 2008년 2009년 1월 95 265 277 2월 103 284 290 3월 122 282 297 4월 136 279 299 5월 156 280 297 6월 174 285 301 7월 190 286 308 8월 16 219 288 312 9월 40 211 278 302 10월 60 232 277 311 11월 79 239 269 306 12월 76 236 280 310 년간 재원환자 누계 271 2,113 3,353 3,610 월 평균 재원환자 수 54 176 279 301

(5) 청구인의 사업소득 신고현황 및 조사대상 기간동안 임대법인의 법인세 신고현황 〈표1〉청구인의 사업소득 신고 현황 사업자 청구인 청구인 청구인 이〇〇 사업연도 2007년 2008년 2009.1.1.〜3.31. 2009.4.1.~12.31. 수입금액 3,554,703,594 5,965,171,851 1,722,723,650 5,868,675,343 쟁점임차료 120,000,000 720,000,000 300,000,000 900,000,000 기타필요경비 3,271,747,111 4,734,921,810 1,315,604,945 4,306,742,226 사업소득금액 162,956,483 510,250,041 107,118,705 661,933,117 수입금액대비 4.58% 8.55% 6.21% 11.28% (단위:원) 〈표2〉임대법인의 법인세 신고 현황 구 분 2007년 2008년 2009년 수입금액 143,335,295 2008년 2009.1.1.〜3.31. 각 사업연도 소득금액 789,062,585 155,807,279 399,802,638 과세표준 234,673,923 155,807,279 399,802,638 산출세액 46,668,480 17,138,800 65,956,580 총부담세액 149,664,530 17,140,000 65,956,580 쟁점임차료 120,000,000 720,000,000 1,200,000,000 (단위:원)

(5) 요양병원의 임차료 미지급금이 2009.12.31. 현재 691백만원이라는 처분청으 의견에 대해 청구인은 1개월 동안 발생한 의료비를 국민건강보홈공단 심사평가원에 청구를 하게 되면 심사를 거쳐 청구인 병원으로 의료비를 지급하게 되는데 이돈의 입금시기는 해당월의 말일로부터 약 2개월 경과후 입금되기 시작하고 환자 개인들이 부담하는 본인부담금은 지급하기에도 어려운 환자가 많아 체납되는 경우가 허다하여 미수금이 많이 발생하게 되며, 위와 같은 의료미수금으로 인해 청구인은 부득이 임대법인의 양해를 얻어 임차료 625백만원을 지급 유보하였고 한편 2009.4.1.부터 2009.12.31.까지 9개월간 임차료로 지급한 금액은 12억 54백만원으로서 최소한의 운영자금을 제외하고 미지급임차료를 성실히 상환하였기에 임대법인도 양해 하여 계약을 존속될 수 있었고, 임차료 미수금은 2006년 말 5,630만원, 2007년말 1억 6,731만원, 2008년말 5억 9,959만원으로 매년 발생하였음의 증거로 미지급거래처별 원장등을 제출하고 있다.

(6) 처분청은 의료장비 등의 임대료(비율 1.5%)가 적정임대료 산출에 미치는 영향이 미미하다는 의견이나, 청구인은 2008.12.31. 현재 토지 및 건물을 제외한 자산의 취득가액 및 장부가액은 다음과 같으며 단순히 토지 및 건물 자체에 대한 감정평가액만을 기초로 하는 것은 오류라고 주장한다. 〈표〉토지 및 건물을 제외한 자산의 취득가액 및 장부가액 계정과목 취득가액 장부가액(미상각잔액) 구축물 97,000,000 85,150,000 차량운반구 24,818,174 12,600,896 비품 59,830,016 30,722,389 의료기구 377,728,362 170,399,413 시설장치 27,119,800 20,505,209 합계 586,496,352 319,377,907 (단위:원) (7)처분청은 의료업에서 발생하는 많은 수익이 임대법인의 이익으로 분여되는 효과를 발생시키며, 이는 개인소득세와 법인소득세의 세율 차이로 인한 조세를 부당하게 탈루하는 결과를 초래한다는 의견이나 청구인은 이 건의 과세가 결정되자 2011.2.22. 임대법인에게 내용증명을 보내어 청구인에 대한 추징세액을 부담하라고 요구하면서, 합당한 조치를 취하지 아니할 경우 임대계약 해지 및 소송을 제기할 것임을 통고하였고 이에 대해 임대법인은 “계약자유의 원칙과 사적 자치의 원칙은 지켜져야 하며 〇〇지방국세청장의 의견과 같이 쟁점사업장의 연간 적점임대료가 3,000만원 정도가 적당하다면 이는 150억원이 넘는 건물에 60억원의 근저당채무 이자정도의 임대료로 억지에 불과하며 소송을 통하여 청구인들의 주장을 관철코자 한다면 이를 거부할 이유가 없고, 소송 결과에 따를 것”이라는 의견을 2011.5.25. 청구인에게 통보하였다.

(8) 처분청은 비교가능 7개병원의 임대료와 요양병원과의 임대료가액을 비교하여 청구인은 과다 책정된 임대료를 지급하고 있다는 의견이나 청구인은 아래 〈표〉와 같이 비교가능 7개병원 중 병상수와 건물면적에서 요양병원의 병상수와 면적 등이 유사한 병원은 D요양병원인데, 동 병원의 토지 및 건물면적에서 90%를 대표가 소유하고 있으며 C병원의 토지 및 건물의 50%는 대표가 소유하고 있다고 등기부등본등을 증거자료로 제출하고 있다. 〈표〉비교가능 7개 병원과 요양병원 임대료 가액 비교 (단위: ㎡,만원) 구분 면적 ㎡당 기준시가 신고임대료 신고 병상수 토지 건물 요양병원 8,975 8,365 883

• 1억원 310 A요양병원 978 2,341 542 2억원 600 139 B요양병원 2,700 3,466 502 2,000 2,000 236 C요양병원 1,436 3,290 831 10억 5,000

• 228 D요양병원 4,644 7,727 806 5억원

• 375 E요양병원 1,311 3,056 528 1억원

• 216 F요양병원 917 2,609 646 1억원 1,800 151 G요양병원 915 3,708 765

• 1,600 198

(9) 부당행위계산부인은 특수관계자간에 이루어진 거래에 대하여 과세하는 것일 일반적이고 특수관계가 아닌 자간의 거래에 대하여는 부당행위계산부인과 같은 형식의 부인을 하기 어려운 점 등을 감안해 볼 때, 타인간에 아무런 제약없이 자유로이 이루어진 그 거래가액을 부인하려면 특별한 사유가 있거나 조세포탈 등 혐의사실이 있는 경우이어야만 할 것이고(국심 2006광 3704, 2007.6.7. 같은 뜻임) 특수관계가 있는 자와의 거래의 경우에도 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 당해 거래행위의 대가관계만을 따로 떼내어 단순히 특수관계자가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 이에 해당하는 것으로 볼 것이아니라, 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단해야 할 것이다(대법원 2005두 6812, 2005.10.4. 같은 뜻임)

(10) 살피건대, 요양병원의 임대와 관련하여 2006.8.5. 작성한 임대차계약 부가합의서 제9조 및 제11조를 보면, 기간별 임대료 및 300병상이상 운영병상수가 3개월간 계속 유지도리 경우 갑이 매월 상환해야할 대출원리금을 충족하는 범위 이상으로 정하며, 2010년 이후 매월의 임대료는 어떠한 경우라도 최소한 1억원 이상되어야 한다고 나타나는 점, 요양병원의 재원 환자수가 2007년에는 병실대비 환자수가 57.7%이나, 2008년에는 90%, 2009년에는 97.0%에 달하는 것으로 나타나는 점, 처분청은 임차료 미지급금이 2009.12.31. 현재 691백만원임에도 불구하고 계약이 계속 유지되었다는 의견이나, 임차료 미수금은 2006년말 현재 5,630만원, 2007년말 현재 1억 6,731만원, 2008년말 현재 5억9,959만원 등이 있었던 것으로 나타나는 점, 처분청은 의료업에서 발생하는 많은 수익이 임대법인의 이익으로 분여되는 효과를 발생한다는 의견이나, 청구인과 임대법인은 이 건의 과세가 결정되자 상호간에 내용증명을 발송한 것으로 나타나는 점, 처분청은 비교가능 7개병원의 임대료와 요양병원과의 임대료가액을 비교하여 청구인이 과다 책정된 임대료를 지급하고 있다는 의견이나, 비교가능 7개병원 중 병원중 병상수와 건물면적에서 요양병원과 병상수와 면적 등이 유사한 요양병원은 C요양병원인데, 동병원의 토지 및 건물의 90%를 대표가 소유하고 있는 것으로 나타나는 점등을 미루어보면 쟁점임대료는 건전한 사회통념 및 상거래 관행에 따라 지급된 시가라는 청구인의 주장이 일응 신빙성이 있어보이나, 처분청의 조사내용을 보면 청구인이 임대법인에게 지급한 임대료가 유사한 요건을 지닌 임대요양병원과 비교하여 적정한지 여부에 대한 조사가 미진한 점 등이 나타나므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.