연봉제를 적용하는 연구원의 중간정산퇴직금은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 센서 및 제어기기 제조업을 영위하고 있는 법인으로서, 2006～2009사업연도 법인세 신고시조세특례제한법제10조 규정의 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 연구원의 중간정산퇴직금 OOO,OOO,OOOO(OO OOOOOOOOO OO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OOO,OOO,OOOO)을 포함하여 신고하였다.
• 나. OOO국세청장은 2010.1.11.～2010.1.29. 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여, 조세특례제한법기본통칙 9-8…1에서 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 퇴직급여 및 퇴직급여충당금전입액은 제외하도록 규정되어 있다 하여 쟁점퇴직금을 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비가 아니라고 보아 쟁점퇴직금에 해당하는 연구․인력개발비 세액공제(OOOO: OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOO OO,OOO,OOOO)를 배제하도록 하고 이외 조사내용과 함께 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 통보받은 과세자료에 따라 2010.12.3. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 법인세법제26조 [과다경비 등의 손금불산입]에서 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제44조에서 퇴직급여의 손금불산입 규정을 두어 일정 요건에 해당하는 퇴직급여에 대해 손금을 인정하지 않는 바, 위 일정요건에 해당하는 퇴직급여 외의 다른 퇴직급여에 대하여는 손금을 인정하도록 하고 있는 것을 살펴보면 인건비에 대한 용어의 정의를 직접 법인세법에 규정하지는 아니하였지만 시행령에서 규정한 것으로 보아야 할 것이다. 조세특례제한법기본통칙 9-8…1은 시행령 별표 6의 ‘인건비’에는 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다는 취지로 규정하고 있으나, 서울행정법원(서울행법2009구합23273, 2010.7.23.)에서 “이는 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다.” 라고 언급하면서 “내국법인이 각 사업연도에 임원 또는 사용인의 퇴직급여에 충당하기 위하여 기업 회계상 퇴직급여충당금을 손금으로 계상한 경우법인세법상 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 일정한 범위 내에서 손금에 산입하므로(법인세법제33조), 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 점, 인건비는 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말한다 할 것인데, 퇴직급여충당금은 법인이 퇴직금을 당해 임원 또는 사용인의 재직기간 중의 각 기간에 사전분배하여 매기마다 일정액을 비용으로 적립한 것이고 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로 퇴직급여충당금에 대하여 이 사건 과세특례규정을 적용하더라도 그 입법 취지에 반하지 않는 점 등에 비추어 보면 퇴직급여충당금에 대하여도 이 사건 과세특례규정을 적용함이 상당하다 할 것이다.”라고 판결하였다. 그리고 “법인세 집행기준 26-44-1 [ 퇴직급여의 손금불산입 ] ① 퇴직급여란 임원 또는 사용인이 일정기간 근속하고 퇴직하는 경우에 연금 또는 일시금으로 지급하는 인건비를 말하며,”라며 인건비에 퇴직급여를 포함하고 있다. 이와 같이조세특례제한법에서 인건비에 대해 명확한 정의도 없고, 같은 법 제2조 제2항 (제1항에 규정된 용어외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조 제1항 제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 의한다)에서 정의하고 있으며, 법인세법에서 인건비와 관련하여 그 명칭 여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 손금 인정하고 있고, 법인세법 집행기준에서도 퇴직급여를 인건비에 포함하고 있으므로, 연구 및 인력개발비세액공제 대상 인건비에 연봉제 적용을 받는 연구원에게 매년말 지급되는 중간정산퇴직금도 포함하여 적용되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제9조에서 연구 및 인력개발을 위한 비용을 별표 6에 정하고 있으며, 별표 6에서 “인건비는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비”로 규정하고 있고, 기본통칙9-8…1에서 별표 6의 인건비의 정의를 “명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 소득세법제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액은 포함하지 아니한다” 라고 규정하고 있다. ‘연구 및 인력개발비에 대한 세액공제’는 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우 일정액을 세액공제 함으로써, 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위한 제도로서, 그 공제대상의 범위는 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 조세특례제한법 시행령[별표6]에 열거하는 것에 한하며, 그 중 하나로 “기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(괄호 내용 생략)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비”로 규정하고 있다. 근로기준법에서는 인건비를 임금으로 총칭하고 있으며, 임금이라 함은 근로의 대가로 근로자에게 임금, 봉급 기타 여하한 명칭으로든지 지급하는 일체의 금품을 말하며(근로기준법제2조), 통상 급여란 근로소득을 구성하는 일부분으로, 소득세법상 근로소득은 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여와 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득 등으로 정의하고 있다(소득세법제20조). 한편, 퇴직소득이란 퇴직함으로써 받는 소득 중 일시금, 공무원 등에게 지급하는 명예퇴직수당, 퇴직함으로서 받는 일시금 등을 의미하며(소득세법제22조), 이 건 중간정산퇴직금도 이러한 퇴직소득의 일종임이 분명하다. 그리고, 퇴직급여충당부채는 퇴직시 퇴직금지급을 위해 일정기간 동안 비용으로 충당되어 온 금액으로서, 종업원의 근속연수가 장기화 될수록 그 금액이 많아짐에 따라 비용의 기간부담(배분) 합리화를 위하여 각 회계기간에 충당금으로 설정하는 것이므로, 이를 인건비(급여, 근로소득) 성격의 비용으로 보기는 어렵다. 따라서 기본통칙에서 말하는 인건비라 함은, 해당연도에 연구전담요원(종업원)의 연구개발 활동에 대한 대가로 지급하는 급여 및 각종 수당을 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 연봉제를 적용하는 연구원에게 매년말 지급하는 중간정산퇴직금 지급액이 포함되는 지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장․무도장․유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장․무도장․유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다〕이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (4) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 신설된 것) 제9조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

• 가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 (5) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] (연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용)

• 가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비(소득세법제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 및 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직금여충당금은 제외한다)

• 다. 사실관계 및 판단 (1)심리자료에 의하면, 2010.10.11.～2010.10.29. OOO국세청장은 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여조세특례제한법기본통칙 9-8…1【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】에서 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에는 퇴직급여 및 퇴직급여충당금전입액을 제외하도록 규정하고 있으나, 청구법인이 2006사업연도～2009사업연도 법인세 신고시 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 쟁점퇴직금을 포함하였다 하여 쟁점퇴직금을 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외하여 관련 세액을 추징하도록 처분청에 통보하였음이 나타난다.

(2) 청구법인은 퇴직급여충당금은 인건비와 마찬가지로 법인세법상 손금에 해당하고, 조세특례제한법에서 인건비에 대한 명확한 정의도 없으며, 인건비는 그 명칭여하에 불구하고 근로의 제공 및 그와 관련하여 지급되는 일체의 비용을 말하는 것이므로, 쟁점퇴직금은 조세특례제한법상의 연구․인력개발비 세액공제 대상의 인건비에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴 보면, 법인세법은 수익에 비용을 합리적으로 대응시켜 과세소득을 산출하는것이 그 목적이나, 조세특례제한법은 이와 달리 특정분야에 대한 세제지원을 통해 소기의 국가정책목적을 달성하는데 있기 때문에 일몰기한을 설정하고 최소한의 범위에서 특정기간 동안에만 일정요건의 비용 또는 투자금액에 대해 세액공제 등을 적용하는 것으로, 이와 같이법인세법과 조세특례제한법은 서로 다른 기준 및 목적에 따라 운영되는 법률이어서법인세법에서 손금으로 인정된다고 하여조세특례제한법에서도 당해 손금액을 세액공제 대상으로 볼 수는 없다고 보이고, 조세특례제한법에서 인건비에 대해 정의하고 있지 아니하나, 처분청이 제시한조세특례제한법기본통칙 9-8…1은 구조세감면규제법기본통칙 2-5-12…16을 조세특례제한법신설시에도 유지한 것으로 1993.4.1. 신설된 이후 현재까지 동일하게 유지되어 온 것이어서 이미 납세자에게도 통일된 세법해석 기준으로 인식되었다고 보이며, 2012.2.2. 시행된 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호) 별표6 에서도 연구․인력개발비가 적용되는 인건비의 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정하고 있는 점, 또한,조세특례제한법상의 연구․인력개발비에 대해 세액공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바, 이는 해당 과세연도에 연구․인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대해 적용하는 것이 타당하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 보아, 쟁점퇴직금이조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 포함된다고 보기는 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점퇴직금을조세특례제한법의 연구․인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한 것으로 보아 세액 공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.