지역주택조합이 신축주택취득기간 내에 조합원에게 분양하는 경우 양도소득세를 감면할 수 없음

○○세무서장이 2010.11.2. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 24,685,170원의 부과처분은 기 납부한 농어촌특별세액을 기 납부세액으로 하여 납부불성실가산세를 감액 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

• 가. 조합원 231명으로 구성된 ○○○○제1지역주택조합(이하 “지역주택조합”이라 한다)은 ○○구청장으로부터 2002.5.15. 설립인가를 받고, 2002.9.9. 사업승인을 받아 주택 231세대를 신축하였으며, 신축된 주택은 조세특례제한법 제99조의3 의 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인 되었다.
• 나. 청구인 박○○, 황○○, 예○○, 이○○, 류○○(이하 “청구인들” 이라 한다)은 지역주택조합에 가입하여 조합원 자격으로 서울특별시 ○○구 ○○동 997 ○○아파트 102동 303호, 103동 1001호, 101동 401호, 102동 103호, 102동 901호(건물면적 각 84.98㎡이고, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 아래 <표1>과 같이 취득 ․ 양도하고, <표2>와 같이 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 산출세액 전액을 감면받는 것으로 양도소득세를 신고하고, 감면세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 신고·납부하였다.
• 다. ○○세무서장은 지역주택조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 이외의 자에게 일반분양한 사실이 없으므로 쟁점주택의 양도에 대해 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 양도소득세 감면이 적용 되지 아니한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 처분청은 위 과세자료에 따라 아래 <표3>과 같이 청구인들에게 양도소득세 5건 합계 138,936,640원 경정·고지하였다.
• 마. 청구인들은 이에 불복하여 2011.3.4. - 2011.4.8. 기간 동안 각각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 처분청은 ○○구청장의 공문 및 주택조합설립(변경) 인가필증에 의하면, 2004.11.12.부터 조합원의 임의탈퇴가 있었으므로 신축주택취득기간(2001.5.23. -2002.12.31.)내에는 조합원 이외는 일반분양이 없었다고 하나, 청구인들이 ○○구청에 확인한 바에 의하면 지역주택조합에서 임의분양된 13세대가 있었고, 지역주택조합에서 건축한 주택 중 부동산 등기부등본에 등기원인일(매매계약일)이 2001.11.9. - 2002.3.18.로 되어 있는 경우가 8건으로 확인됨에도, 쟁점주태의 양도에 대해 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지역주택조합은 구 주택건설촉진법에 의한 지역조합으로서 관련법령에서 자격요건을 갖춘 자만 조합원이 될 수 있고, 원칙적으로 조합원의 변경을 금지하고 있으며, 결원 발생시 지방자치단체장의 허가를 받아야만 조합원을 추가모집 할 수 있도록 규율하고 있어 지역주택조합이 조합원 이외의 자에게 주택을 일반분양할 수 없고, 지역주태조합은 당초부터 조합원 231명에게 분양할 주택 231세대를 신축하기 위한 사업승인을 받아 일반분양이 없음을 알 수 있으며, 청구인들이 일반분양 되었다고 주장하는 13세대는 조합원 자격이 없는 조합원에 대하여 조합원 자격을 승계하거나 신규가입한 세대로 신축 주택취득기간 내에 일반분양과는 아무런 관련이 없으며, 지역주택조합의 설립 및 변동내역이 ○○구청장의 공문 및 주택조합설립(변경)인가필증 사본에 의하여 아래 <표4>와 같이 확인되므로, 설령 조합원 이외의 일반분양이 있었다 하더라도 2003.8.28. 조합원 13명이 무자격자로 확인된 이후에나 가능하였을 것이므로, 신축주택취득기간 내에 최초계약을 체결하여 일반분양한 세대가 있다는 청구인들의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 지역주택조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양하였으므로, 청구인들이 양도한 주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구 주장의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○지방국세청장의 종합감사 결과 지역주택조합이 신축한 ○○아파트 관련 양도소득세 부당감면에 대해 ○○세무서에게 현지시정을 요구한 공문에 의하면 지역주택조합이 신축한 주택은 일반분양이 없고, 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인이 되어 양도소득세 감면대상이 아니며, 관련 추정대상자는 24명으로 총 추정세액은 1,071백만 원으로 나타난다.

(2) 서울특별시 ○○구청장이 2003.8.29. 지역주택조합에게 교부한 주택조합설립(변 경)인가 필증에 의하면, 지역주택조합은 조합원 수가 231명이고, 최초 인가 (2002.5.15.), 1차 변경 인가(2003.2.27.), 2차 변경 인가(2003.8.28.) 당시에도 조합원 수는 231명로 확인된다.

(3) 청구인들의 세무대리인이 2010.9.2. ○○구청장으로부터 수령한 “분양관련 사실확인 요청에 대한 회신” 공문에는 지역주택조합이 ‘ 신축한 총 231세대 중 조합분양 218세대, 임의분양 13세대라고 기재 되어 있다.

(4) 지역주택조합이 전산조회 결과 조합원 무자격자로 확인되어 2003.8.26. 서울특별시 ○○구청장에게 보고한 13명의 명단은 아래 <표5>와 같다.

(5) 청구인들은 조합원이 아닌 김○○ 등이 신축주택취득기간(서울, 과천 등의 지정지 역은 2001.5.23 - 2002.12.31.) 내에 매매계약을 체결하여 지역주택조합으로부터 일반분양 받았다고 주장하면서, 김○○을 포함한 13명의 부동산 등기내역을 제출하였는바, 그 주요내역은 아래 <표6>과 같다.

(6) 청구인들과 동일한 사유로 양도소득세 감면이 배제되어 2010.11.4. 과세전적부심사를 청구한 홍○○에 대한 ○○세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 윤○○, 지○○, 최○○에게 유선확인한 결과, 이들은 일반분양 받은 것이 아니라 당초 조합원 중 결격사유가 있어 자격을 상실하거나 조합을 탈퇴한 지위를 승계하여 조합원이 되었다고 진술하였고, 특히 지○○은 등기부등본상 등기원인은 2001.11.9. 매매로 되어 있으나 지역주태조합과 조합원계약서를 작성한 시점은 2004년이라고 진술하였다”라고 되어 있으며, 2010.9.9. 과세전적부심사를 청구한 강○○에 대한 ○○세무서장의 결정서에는 “일반분양자로 제시된 김○○의 경우 실제로는 신○○의 조합원 지위를 승계한 것으로 확인되었다”라고 되어 있다.

(7) 위 사실관계를 종합하여 살펴보면 청구인들이 조합원이었던 지역주태조합이 신축주택취득기간(2001.5.23. -2002.12.31.)내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양 하였는바 청구인들이 양도한 주택에 대하여 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구 주장에 대하여 살펴보면, 청구인들은 조합원이 아닌 김○○ 등이 신축 주태취득기간 내에 지역주택조합과 매매계약을 체결하여 일반분양한 사실이 있다고 주장하나, 서울특별시 ○○구청장이 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면 조합원 수가 신축주택 수와 동일한 231명으로 확인되고, 청구인들이 일반분양자로 제시한 윤○○, 지○○, 최○○, 김○○의 경우 모두 조합원의 지위를 승계한 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 기 납부한 농어촌특별세에 대한 납부불성실가산세에 대하여 살펴보면, 농어촌특별세법 제5조 제1항 및 제7조 제1항에서 조세특례제한법 에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하는 때에 함께 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인들이 쟁점주택에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별 세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여 금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기 한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인들이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기 납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액 ․ 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.