부동산임대사업장의 사업용계좌를 신고하지 아니하였다하여 제조사업장의 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하는 것은 부당함.

○○○세무서장이 2010.9.7. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 56,178,040원의 부과처분은조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○○이라는 상호로 제조업(이하 “제조사업장”이라 한다) 및 ○○○(이하 “임대사업장”이라 한다)이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 복식부기의무자로서, 2009.6.1. 제조사업장의 소득에 대하여 조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 49,404,668원을 적용하여 2008년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은소득세법제160조의5의 규정에 의하여 청구인이 부동산임대업에 대한 사업용계좌를 신고기한(2007.12.31.)이 경과한 2009.3.31.에 신고한 사실을 확인하고, 2008년 귀속 종합소득세 산출세액에서 공제하여 신고한 위 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하여 2010.9.7. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 56,178,040원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.1. 이의신청을 거쳐 2011.1.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2007.5.23. ○○○지점에 제조사업장 및 임대사업장 모두의 사업용계좌로 104-13-0006××-× ○○은행 통장으로 함께 신청하였으나, 은행직원의 실수로 제조사업장만 사업용계좌로 신고되고 임대사업장 사업용계좌 신고가 누락된 것으로, 청구인은 은행에 사업장 전부에 대하여 사업용계좌 신고를 한 것이므로 제조사업장 및 임대사업장 모두에 대하여 적법하게 사업용계좌 신고를 한 것으로 보아야 하고, 설령 임대사업장의 사업용계좌 신고가 누락된 것으로 본다 하더라도 사업용계좌를 신고한 제조사업장의 중소기업특별세액 감면을 배제하는 것은 납세자의 재산권을 심대하게 침해하는 것으로 국세기본법제18조의 세법해석의 기준에 위배되는 것이므로 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어, 복수의 사업장이 있는 복식부기의무자에 해당하는 거주자가 일부사업장에 대하여 사업용계좌의 개설·신고의무를 이행하지 아니한 경우 당해 거주자는 조세특례제한법제128조 제4항에 따라 해당 과세기간에 대하여 감면을 적용할 수 없으므로 일부 사업장에 대하여 사업용계좌의 개설 신고를 누락한 청구인에게 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 부동산 임대사업장에 대하여 사업용계좌 신고를 하지 아니하였다 하여 제조사업장에서 발생한 소득에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 등 (1) 소득세법 제160조의5 【사업용계좌의 개설ㆍ사용의무 등】① 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 사업용계좌(이하 “사업용계좌”라 한다)를 사용하여야 한다.

1. 거래의 대금을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 때

2. 인건비 및 임차료를 지급하거나 지급받는 때. 다만, 인건비를 지급하거나 지급받는 거래 중에서 거래상대방의 사정으로 사업용계좌를 사용하기 어려운 것으로서 대통령령으로 정하는 거래는 제외한다.

② 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 제1항 각 호의 어느 하나에 해당되지 아니하는 때에는 명세서를 별도로 작성ㆍ보관하여야 한다. 다만, 제160조의 2 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 증빙서류를 갖춘 거래 등 대통령령이 정하는 거래의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우에는 사업자등록증 교부일)부터 3개월 이내에 사업용계좌를 개설하고 해당 사업자의 사업장관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 사업용계좌가 이미 개설ㆍ신고되어 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 소득세법 시행령 제208조의5 【사업용계좌의 개설 등】① 법 제160조의 5 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용계좌”란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.

1. 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 “금융기관”이라 한다)에 개설한 계좌일 것

2. 사업에 관련되지 아니한 용도로 사용되지 아니할 것

② 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 1개의 계좌를 2 이상의 사업장에 대한 사업용계좌로 신고할 수 있다. (3) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업

• 가. 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권안에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 20
• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30
• 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업" 이라 한다)이 수도권외의 지역에서 도매업등을 영위하는 사업장: 100분의 5
• 마. 중기업의 사업장으로서 수도권안에서 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 사업장: 100분의 10
• 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 15

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제128조【추계과세시 등의 감면배제】④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항，제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조，제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 소득세법 제160조 의 5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 (4) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구인의 사업장 중 부동산 임대사업장에 대한 사업용계좌를 신고하지 아니한 사실을 확인하고 제조사업장에서 발생한 소득에 대하여 청구인이 신고한 중소기업특별세액 49,404,668원을 감면 배제하여 이 건 종합소득세를 과세한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 ○○시 ○○○이라는 상호로 제조사업장을, /○○시 ○○구 ○○동 1394-1과 같은동 1400-6에서 ‘○○○○빌딩’과 ‘○○빌딩’/이라는 상호로 임대사업장을 각각 영위하는 복식부기의무자로서, 2009.6.1. 제조사업장에서 발생한 소득에 대하여조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 49,404,668원을 적용하여 2008년 귀속 종합소득세를 신고·납부한 사실이 나타난다.

(3) 처분청의 국세통합전산망자료에 의하면 청구인의 제조사업장에 대한 사업용계좌는 2007.5.31. 신고가 되어 감면을 적용받는 해당과세기간에 사업용계좌가 개설되었고, 임대사업장에 대한 사업용계좌는 2009.3.31.에 신고되어 감면을 적용받는 해당과세기간에 사업용계좌가 개설되지 않은 사실이 심리자료에 나타난다.

(4) ○○은행○○지점의 사실확인서에 의하면 2007.5.23. 청구인으로부터 청구인의 제조사업장과 임대사업장의 모두의 사업용계좌로 계좌번호 104-13-0006××-× 의 ○○은행 통장으로 하는 사업용계좌 신고 신청을 받았으나, ○○○직원의 실수로 국세청에는 제조사업장만 신고가 되었으며 실제로는 2007.5.23.에 제조사업장 및 임대사업장 모두의 사업용계좌가 신고되었음을 확인한 사실이 나타난다.

(5) 살피건대,조세특례제한법제7조 제1항에 의하면, 중소기업 중 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다고 규정되어 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위의조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 규정을 적용하지 아니한다고 되어 있는 바, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업의 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 것으로 복수의 사업을 영위하는 사업자에 있어 중소기업에 대한 특별세액감면을 신청한 당해 사업장에 대하여 사업용계좌를 미개설한 경우에 한하여 당해 세액감면이 배제되는 것으로 보는 것이 관련규정의 입법취지나 헌법상의 비례원칙 등에 부합된다고 하겠다(조심 2010구2880, 2010.11.23. 같은 뜻). 따라서, 청구인이 부동산 임대사업장에 대하여 기한내에 사업용계좌 개설·신고를 하지 아니하였다 하여 사업용계좌 개설·신고를 한 제조사업장에서 발생한 소득에 대하여 처분청이 중소기업특별세액 감면을 배제한 것은 위 규정의 취지를 잘못 해석한 것으로 보이므로, 이 건 중소기업특별세액은 감면하는 것이 타당하다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.