복수의 사업을 영위하는 사업자가 다른 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여도 사업용계좌 개설 사업장에 대해서는 중소기업 특별세액감면 규정의 적용해야 함(인용)

○○세무서장이 2010.08.05 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 20,699,770원의 부과처분은 청구인의 사업장인 ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)에 대하여 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx) 및 ★★★★중기(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)를 영위하고 있는 사업자로서 2008년 귀속 종합소득세 신고시 조세특례제한법제7조의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면 신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 ★★★★중기에 대하여 사업용계좌 개설을 신고하지 아니하였다 하여 사업용계좌 미개설에 의한 가산세를 적용하고 중소기업에 대한 특별세액감면 적용을 배제하여, 2010.08.05. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 20,699,770원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.09.06. 이의신청을 거처 2010.12.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 주된 사업장인 ☆☆☆☆에 대하여 사업용계좌 개설신고를 이행하였고, 2008년 종합소득세 신고시 감면신청한 중소기업 특별세액감면 신청금액 18,506,728원 또한, ☆☆☆☆개발에 대한 감면금액이므로 이를 부인하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 규정을 적용함에 있어 다수의 사업장이 있는 복식부기의무자가 일부 사업장에 대하여 사업용계좌 개설신고를 하지 아니한 경우 같은 법 제128조에 따라 해당 과세기간에 감면규정을 적용할 수 없는 것이므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 복수의 사업을 영위하는 청구인이 다른 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 청구인의 사업용계좌 개설 사업장에 대해서도 중소기업 특별세액감면 규정의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)국세통합전산만(TIS) 및 종합소득세 등 결정(경정) 결의서에 의하면, 청구인은 2007.06.25. ☆☆☆☆개발(사업자등록번호 xxx-xx-xxxxx)에 대하여 사업용계좌 개설신고(경남은해 xxx-xx-xxxxxxx)를 하였고, 2008년 귀속 종합소득세 신고시 중소기업에 대한 특별세액감면(신청금액 18,506,728원)을 신청한 것으로 나타난다. (2)살피건대, 조세특례제한법제7조 제1항에 의하면 중소기업 중 제조업 등 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 일정한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다고 되어 있고, 같은 법 제128조 제4항 제1호에는 소득세법제160조의5 제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 위의 조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 규정을 적용하지 아니한다고 되어 있는바, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에는 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 한하여 중소기업 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2010중3168, 2010.12.30. 같은 뜻임) 따라서, 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 사업용계좌를 개설․신고한 청구인의 다른 사업장에 대해서도 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.