쟁점주식거래는 경영권 프리미엄이 수반된 거래가 아닌 점, 비상장주식을 기준시가로 산정하는 경우 상속세 및 증여세법상 최대주주 할증평가는 적용하지 않는 점, 2014.2.21. 법인세법 시행령제131조 제3항의 개정규정은 2014.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 한 점 등에 비추어 최대주주 할증가산을 하지 않는 것이 타당함
쟁점주식거래는 경영권 프리미엄이 수반된 거래가 아닌 점, 비상장주식을 기준시가로 산정하는 경우 상속세 및 증여세법상 최대주주 할증평가는 적용하지 않는 점, 2014.2.21. 법인세법 시행령제131조 제3항의 개정규정은 2014.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 한 점 등에 비추어 최대주주 할증가산을 하지 않는 것이 타당함
OOO세무서장이 2010.9.aaa16. 청구법인에게 한 2009사업연도 법인(원천)세 OOO및 증권거래세 OOO부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주식의 거래는 OOO설립된 양도법인이 소유지분 100%를 모회사인 청구법인에게 내국법인 주식을 양도한 거래인 바, 양도법인이 쟁점주식의 양도소득에 대한 실질귀속자인지에 관계없이 국내에서 과세대상이 아닌 사유는 첫째, 양도법인이 쟁점주식 양도소득의 실질 귀속자로 인정하지 않는 경우에는 쟁점주식 거래의 양도법인인 OOO주식보유 외에 다른 활동 수행이 없는 지주회사로서 과세당국 및 조세심판원이 다수 사례에서 일관되게 그 실체를 부인해 온 OOO설립된 법인이므로 쟁점주식의 거래는 청구법인과 양도법인들이 동일인에 의한 내부거래에 해당하게 되므로 세법상 과세대상거래에 해당하지 않으며, 둘째, 양도법인이 쟁점주식 양도소득의 실질귀속자로 인정하는 경우는 한․말레이시아 조세조약 제13조 제4항에 따르면 말레이시아 거주자가 대한민국 법인의 주식을 양도함으로써 발생하는 양도소득은 말레이시아에서만 과세되어야 하므로 당초 처분은 부당하다.
(2) 소득세법상 비상장주식평가와 관련하여 소득세법 제99조 제1항 제4호 에서 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액이라고 규정하고 있다. 그런데 주식 평가시 최대주주 할증평가규정은 상속세 및 증여세법 제63조 제3항 에 규정되어 있어 ｢소득세법｣에서 준용하고 있는 범위에서 명백히 제외되어 있고, ｢소득세법｣ 제99조 제1항 제4호 는상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목이라고 하위 조문을 특정하여 규정하고 있는바, 만일 최대주주 할증평가규정을 적용할 의도였다면 같은 법 제63조 전체 조문을 준용한다고 규정하였어야 할 것이며, 관련법령은 물론 소득세법 집행기준 99-165-5 및 국세청의 기존 유권해석, 심사결정례 등에 비추어 볼 때 쟁점주식 양도소득 산정을 위한 소득세법상 비상장주식 평가시 최대주주 할증평가가 적용되지 않으므로 당초 처분은 부당하다.
(1) 국내사업장이 없는 외국법인간 쟁점주식의 양수․도거래가 조세조약 적용대상이거나 국내세법상 과세권이 없는지 아니면, 국내원천소득에 대한 원천징수절차의 특례적용대상에 해당하는지 여부
(2) 쟁점주식의 양도가액(정상가격)을 산정함에 있어 최대주주할증평가(15%) 적용대상에 해당하는지 여부
① 이 법은 국세와 지방세에 관하여 규정하는 다른 법률보다 우선하여 적용한다.
② 국제거래에 대해서는 소득세법 제41조 와 법인세법 제52조 를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.
(2) 대한민국정부와 말레이시아 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약 제13조(양도소득)
1. 제6조에 언급되고 타방체약국내 소재하는 부동산의 양도로부터 일방체약국의 거주자에게 발생되는 이득에 대하여는 동 타방체약국에서 과세할 수 있다.
2. 일방체약국의 기업이 타방체약국내에 가지고 있는 고정사업장의 사업용 재산의 일부를 형성하는 동산의 양도나 독립적 인적 용역의 수행목적상 일방체약국의 거주자가 이용할 수 있는 타방체약국내에 고정시설에 속하는 동산의 양도로부터 발생되는 이득 및 그러한 고정사업장 (단독으로 또는 기업체와 함께) 또는 고정시설을 양도함으로써 발생하는 이득에 대하여는 그 타방체약국에서 과세할 수 있다.
3. 국제운수에 운행되는 선박 또는 항공기 및 그러한 선박이나 항공기의 부수되는 동산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 기업이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다.
4. 제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도법인들이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다. (3) 법인세법
1. 제92조(국내원천소득금액의 계산)
② 제91조 제2항 및 제3항의 규정에 따른 외국법인의 각 사업연도의 제93조 제7호의 규정에 따른 소득외의 국내원천소득의 금액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
2. 제93조 제1호 내지 제6호 및 제9호 내지 제11호의 국내원천소득의 경우에는 동조 각 호(제7호를 제외한다)의 소득별수입금액으로 한다. 다만, 제93조 제10호의 규정에 따른 국내원천소득에 있어서는 그 수입 금액에서 대통령령이 정하는 바에 따라 확인된 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용을 공제하여 계산한 금액으로 할 수 있다.
3. 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조 제10호에 규정하는 국내원천소득이 다음 각 목의 요건을 갖춘 경우에는 제2호의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 정상가격(이하 이 호에서 “정상가격”이라 한다)을 당해 수입금액으로 한다.
③ 국내사업장이 없는 외국법인은 주식ㆍ출자증권 또는 그 밖의 유가증권(이하 이 항에서 "주식등"이라 한다)을 국내사업장이 없는 비거주자나 외국법인에 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 제98조 제1항 제5호에 따른 비율을 곱하여 산출한 금액을 지급받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. 다만, 주식등의 양도에 따른 소득의 금액을 지급하는 자가 제98조에 따라 해당 주식등의 양도로 발생한 국내원천소득에 대한 법인세를 원천징수하여 납부한 경우에는 그러하지 아니하다. 제98조의5(외국법인에 대한 원천징수절차 특례)
① 제98조, 제98조의2부터 제98조의4까지 및 제98조의6에 따른 원천징수의무자는 기획재정부장관이 고시하는 국가나 지역에 있는 외국법인의 국내원천소득 중 제93조제1호, 제2호, 같은 조 제7호 나목, 같은 조 제8호 또는 제9호에 따른 소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하는 경우에는 제98조의4 및 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제 또는 제한세율 규정에도 불구하고 제98조 제1항 각 호에서 규정하는 세율을 우선 적용하여 원천징수하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제 또는 제한세율을 적용받을 수 있음을 국세청장이 미리 승인한 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항에 따른 국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 법인(그 대리인 또는 국세기본법 제82조 에 따른 납세관리인을 포함한다)이 그 소득에 대하여 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제 또는 제한세율의 적용을 받으려는 경우에는 제1항에 따라 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있다.
③ 제2항에 따라 경정을 청구받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 6개월 이내에 과세표준과 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 알려야 한다. (4) 소득세법 제99조(기준시가의 산정)
① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.
5. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식등 중 제4호의 규정에 해당하지 아 니하는 것과 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식등 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.
(5) 상속세 및 증여세법 제63조(유가증권 등의 평 가)
① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 등에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통 령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. (6) 법인세법 시행령 제138조의2(외국법인의 유가증권 양도소득 등에 대한 신고·납부 등의 특례)
③ 법 제98조의2 제3항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 유가증권을 양도하는 경우를 말한다.
1. 조세특례제한법 시행령 제18조 제4항 제1호 및 제2호에 따라 과세되는 주식등 유가증권
2. 외국에서 거래되는 원화표시 유가증권(외국유가증권시장 외에서 거래되는 것을 말한다) 제131조(정상가격의 범위 등)
① 법 제92조 제2항 제3호 본문에서 “대통령령이 정하는 정상가격”이라 함은 국제조세조정에 관한 법률제5조 및 동법 시행령 제4조의 규정에 의한 방법을 준용하여 계산한 가액을 말한다.
② 법 제92조 제2항 제3호 가목에서 규정하는 “대통령령이 정하는 특수관계”라 함은 다음 각 호의 어느 하나의 관계를 말한다.
1. 일방이 타방의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 관계
2. 제3자가 일방 또는 타방의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상 직접 또는 간접으로 각각 소유하고 있는 경우 그 일방과 타방간의 관계
③ 제1항의 규정에 의한 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한하여 소득세법제99조 제1항 제3호 내지 제6호의 규정을 준용하여 평가한 가액을 정상가격으로 한다. (7) 소득세법 시행령 제165조(토지ㆍ건물외의 자산의 기준시가 산정)
④ 법 제99조 제1항 제5호 후단에 따른 평가기준시기 및 평가액은 다음 각 호에 정하는 바에 따른다.
1. 1주당 가액의 평가는 가목의 산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항 에서 “순손익가치”라 한다)과 나목의 산식에 따라 평가한 가액(이하 이 항에서 “순자산가치”라 한다)을 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인의 경우에는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.
(1) 이 건 과세관련자료 등에 의하면, OOO주주로서 OOO지역에 소재한 OOO(양도법인)는 2009.12.14. 보유주식(총발행주식수 6,200,000주의 각 2분의 1) 전부를 같은 국에 소재한 청구법인에게 액면가액(OOO)에 양도하고, 청구법인은 2010.2.25. 주식양도에 따른 증권거래세 OOO(양도가액 OOO×0.05%)을 신고․납부하였으나, 양도가액과 취득가액이 동일하여 양도차액이 발생하지 아니한 것으로 보아 쟁점주식의 양수에 따른 법인세를 원천징수․납부하지 아니하였다. 이에 대해 OOO지방국세청장은 양도법인이 청구법인의 자회사(지분율 100%)로서법인세법제92조 제5항에 따른 특수관계자에 해당하므로 양도법인의 양도가액은 소득세법제99조의 규정을 준용하여 평가한 1주당 OOO(1주당 평가액 OOO×최대주주 할증 115%)을 정상가격으로 하고 이에 따른 양도차액은 OOO으로 계산되는데, 양도법인은 말레이시아 OOO소재한 외국법인이므로 이들의 국내원천 유가증권 양도소득에 대하여는 조세조약의 비과세․면세 또는 제한세율 규정에 불구하고 양수법인(청구법인)이 그 지급하는 때에 그 정상가격의 100분의 10에 상당한 OOO양도차액의 100분의 20에 상당한 금액 OOO중 적은 금액에 대해 원천징수하여야 하는데도 이를 누락한 것으로 한 감사지적서를 처분청에 통보함에 따라 이 건 법인(원천)세 및 증권거래세를 과세한 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여, 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식 거래가 자기거래(내부거래)에 불과하고, 양도법인이 인적․물적시설 없이 주식보유 외에 다른 활동이 없어 청구법인을 쟁점주식 거래의 실지귀속자로 판단하는 경우 한․말레이시아 조세조약에 따라 쟁점주식의 양도소득은 말레이시아에서 과세함이 타당하다고 하나, ｢법인세법｣ 제98조의5 에서 기획재정부장관이 고시하는 국가나 지역에 있는 외국법인의 국내원천소득에 대한 원천징수의무자가 동 외국법인으로부터 내국법인이 발행한 주식 양도소득에 대하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하는 경우에는 조세조약에 따른 비과세․면제 또는 제한세율을 적용받을 수 있음을 국세청장이 미리 승인한 경우 외에는 같은 법 제98조 제1항에 따른 세율을 우선 적용하여 원천징수하여야 하는 것으로 규정되어 있어, 처분청이 OOO지역에 소재하는 양도법인의 쟁점주식 양도소득에 대하여 청구법인에게 법인(원천)세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 처분청의 쟁점주식에 대한 평가방법(｢소득세법｣상 기준시가에 의한 1주당 평가액에 최대주주 할증률 15% 가산)이 타당한지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 말레이시아의 법령에 따라 프랑스의 OOO과 호주의 OOO이 각 50%씩 투자한 외국법인이고, 쟁점주식을 2009.12.29. 청구법인에게 양도한 OOO청구법인이 전액 투자하여 같은 국 OOO에 설립한 자회사들이며, 이들간 쟁점주식의 양수․도는 국내사업장이 없는 외국법인간 거래로서법인세법상 양도소득금액을 지급하는 청구법인이 쟁점주식의 양도로 발생한 국내원천소득에 대한 법인세를 원천징수하여 신고․납부하도록 규정하면서 그 양도가액은 정상가격에 의하도록 하고 이를 산출할 수 없는 때에는소득세법상의 기준시가 산정방법에 의해 평가하도록 규정하고 있으며, 쟁점주식과 같은 비상장주식의 양도가액은상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가하되 평가기준시기 및 평가액은 소득세법 시행령제165조 제4항에 따르도록 규정하고 있다. (나) 한편, 쟁점주식의 양도가액 산정을 위한 준용규정인 상속세 및 증여세법제63조 제3항에 의하면 주식 및 출자지분을 평가함에 있어 최대주주 또는 최대출자자가 당해 법인의 총발행주식의 100분의 50을 초과하여 보유한 주식에 대하여는 제1항에 따라 평가한 가액의 100분의 15(중소기업)를 가산하도록 규정하고 있는데, 이는 최대주주의 보유주식이 통상적인 주식가치에 더하여 당해 법인의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치인 ‘경영권 프리미엄’을 지니고 있으므로 정당한 조세부과가 아닌 낮은 액수의 세금을 부담한 채 이전되는 것을 방지하려는 것이 입법취지라 할 것이다. (다) 청구법인은 자회사인 양도법인을 통해 간접 소유하던 OOO발행주식 전부(쟁점주식)를 양수받음에 따라 직접 소유의 방법으로 변경한 것에 불과하여 최대주주가 향유하는 ‘경영권 프리미엄’을 지닌 거래로 보기 어려운 점, ｢소득세법｣ 제99조 제1항 제5호 에서 비상장주식에 대한 기준시가를 산정함에 있어 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액으로 하되, 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 규정하고 있는바, 해당 규정을 해석함에 있어 최대주주 할증평가에 관한 내용은 규정된 것으로 보기 어려운 점, 2014.2.21. 대통령령 제25194호로 ｢법인세법 시행령｣ 제131조 제3항 이 개정되어 국내사업장이 없는 비거주자․외국법인의 특수관계자 간 유가증권 양도시 정상가격을 산출하지 못하여 ｢상속세 및 증여세법｣에 따라 가액을 평가하는 경우 최대주주에 대한 할증평가를 하도록 규정하면서 2014.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 하여 이 건은 동 규정 시행 전의 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식의 기준시가를 산정함에 있어 그 평가방법을 규정한상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목을 준용하면서, 그 평가시기 및 평가액에 대하여는 소득세법 시행령에서 정한 방법에 따라 평가한 후 그 가액에 소득세법상의 기준시가 산정과는 관련없이 최대주주의 보유주식에 적용하는 할증률(15%)을 가산하여 계산한 양도가액에 의해 청구법인에게 법인(원천)세와 증권거래세를 부과한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다(이 건의 경우 최대주주 할증률을 가산하지 아니하면 쟁점주식의 1주당 평가액 OOO양도가액 OOO미달하므로 양도차액이 발생하지 아니함).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.