공익법인이 기한 후 신고한 원천징수 이자소득의 환급은 불가함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 이자소득만 있는 비영리법인으로서 2009사업연도 법인세 과세표준신고서를 기한(2010.3.31.) 내에 제출하지 아니하였다가, 2010.10.25. 원천징수된 이자소득 288,210,653원을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 기한 후 신고하면서 원천징수세액 40,349,020원의 환급을 청구하였다.
• 나. 처분청은 비영리법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세법 제62조 의 규정에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 당해 이자소득을 국세기본법 제45조의3 규정에 따른 기한 후 신고에 의하여 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어 과세표준에 포함시킬 수 없다는 이유로 2010.11.5. 환급이 불가함을 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청의 이 건 거부처분의 이유처럼 당해 이자소득을 국세기본법 제45조의3 규정에 따른 기한 후 신고에 의하여 각 사업년도의 소득금액 계산에 있어서 과세표준에 포함시킬 수 없다고 한다면, 기한 내 신고한 비영리법인은 원천징수한 이자소득 환급을 받을 수 있는 반면 기한을 일실해 신고하지 못한 법인은 이자소득 환급을 받을 수 없어 형평과세의 원칙에 반하는 것이고, 법인세법 제62조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없다는 법인세법시행령 제99조 제2항 은 2010.2.18. 개정되어 2010.1.1.이후 개시하는 사업년도분부터 적용하는 것이므로, 2009년 사업년도에 대한 이 건 환급신청을 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법시행령 제99조 제2항 은 비영리법인이 법인세법 제60조 제1항 에 의하여 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 당해 이자소득을 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하였고, 2010.2.18. 개정된 법인세법시행령 제99조 제2항 은 법적안정을 위해 기한 후 신고를 통해 사후에 이자소득 과세방법을 변경할 수 없도록 정비하여 규정을 명확하게 한 것으로, 동 개정령 시행 전에는 기한 후 신고에 의한 환급이 가능하다는 취지가 아닌 것이다. 따라서, 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않았다면 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세 절차가 종결된다 할 것이므로, 기한 후 신고인 청구법인의 환급청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 이자소득만 있는 비영리법인이 법정신고기한 내에 법인세를 신고하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하여 환급받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법률 (1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】② 비영리 내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업” 이라한다)에서 생기는 소득으로 한다.

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자․할인액 및 이익 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】① (비영리내국법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다) 이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금 (이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 부터 제10호까지의 이자소득의 금액 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 따른 이자․할인액 및 이익 (소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득” 이라 한다)으로서 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 따른 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령(2010.2.18 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (3) 법인세법 시행령(2010.2.18 대통령령 제22035호로 개정된 것) 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다.

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. 부칙(대통령령 제2205호, 2010.2.18. 개정) 제2조 【일반적 적용례】이영은 법률 제9898호 법인세법 일부개정법률 시행 후 개시하는 사업년도 분부터 적용한다. (4) 국세기본법 제45조의3 【기한 후 신고】 ① 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할세무서장이 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액 (이 법 및 세법에 의한 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다. 다만, 자산재평가법 제15조 의 규정에 따른 재평가신고의 경우에는 그러하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 (납부할 세액이 있는 경우에는 해당 세액을 납부한 경우에 한한다) 관할세무서장은 세법에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○○내 학생과 ○○의 외국어 구사능력을 향상시키고 ○○의 국제화 의식형성 및 국제적 경쟁력을 갖춘 인재를 육성함을 목적으로 2000.12.29. 설립된 비영리재단법인으로서, 2009사업연도에 ○○ 및 ○○은행으로부터 183,242,907원 및 104,967,746원의 이자소득만이 발생하여 25,653,590원 및 14,695,430원의 이자소득세를 원천징수 방식으로 납부하였다.

(2) 청구법인은 법인세 신고기한인 2010.3.31.까지 2009사업연도 법인세 과세표준신고를 하지 아니하였다가 기한 후인 2010.10.25. 쟁점이자 소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하면서 해당 원천납부세액의 환급을 청구하였으나, 처분청은 법인세법 시행령 제99조 에 근거하여 환급을 거부하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 위 환급 거부처분이 형평과세의 원칙에 반하는 처분이고, 법인세법 제62조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없다는 법인세법 시행령 제99조 제2항 은 2010.2.18. 개정되어 2010.1.1.이후 개시하는 사업년도분부터 적용하도록 하였으므로 2009사업년도에 대한 이 건 환급신청을 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

(4) 이 건 과세요건 성립당시의 법인세법 제62조 제1항 및 같은 법시행령 제99조에서는 비영리법인의 원천징수된 이자소득의 전부 또는 일부에 대하여 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하였고, 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없도록 하였는바, 이는 비영리법인의 이자소득의 과세방법에 대하여 선택권을 부여하되, 법적 안정을 위하여 일단 선택한 후에는 변경할 수 없게 하려는 취지로 해석된다.

(5) 또한, 기한 후 신고는 무신고자가 부담하여야 하는 가산세를 경감해 주기 위한 제도로서 납세의무의 확정 전까지 신고하는 경우에 한하여 허용하는 것이며, 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 원천징수방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된다고 할 것이므로, 이미 납세의무가 확정되어 과세절차가 종결된 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의한 환급청구를 허용하는 취지는 아니라고 할 것이고, 만약 기한 후 신고에 의한 환급이 허용되면 신고납부 방식은 수정신고 또는 경정청구가 불가능한 반면, 원천징수 방식은 제척기간내에 언제든지 환급신청이 가능하여 양자간 불형평 문제가 발생하고, 이자소득의 일부만 과세표준에 포함시키는 경우와도 불형평 문제가 발생하는 점에 비추어 보아도, 비영리법인의 원천징수된 이자소득에 대하여 기한 후 신고에 의한 환급을 허용하였다고 보기 어렵다.

(6) 한편, 2010.1.1. 법률 제9911호로 개정된 국세기본법 제3조 제1항 및 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 법인세법 시행령제99조 제2항에서 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대하여 수정신고 또는 경정에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없음은 물론 기한 후 신고에 의해서도 과세표준에 포함시킬 수 없도록 명시하였는 바, 이는 규정 본래의 취지를 확인하는 내용의 개정으로 보아야 할 것이다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 법인세 과세표준 및 세액을 기한 내에 신고하지 아니하였다가 기한 후에 원천징수된 이자소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입하면서 원천납부세액의 환급을 청구하였으나, 당초 법인세 신고기한내에 과세표준 신고서를 제출하지 아니하였으므로 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되었다 할 것이며, 기한 후 신고에 의하여 환급청구를 할 수 없다고 판단된다(조심 2009부2891, 2010.3.8.조세심판관합동회의, 같은 뜻). 따라서, 처분청이 청구법인의 기한 후 신고에 의한 원천징수 이자소득의 환급청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.