공익법인이 해산하면서 주식을 다른 공익법인에 출연한 경우, 발행주식 총수의 5%를 초과하였더라도 증여세 부과 대상이 아님

[주 문] OOO세무서장이 2011.6.15. 청구법인에게 한 2009.2.2. 증여분 증여세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1.

• 가. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)의 창업자인 이OOO의 배우자인 김OOO과 자녀인 이OOO은 1999. 10.5. 이OOO의 유언에 따라 청구외법인 주식 100,000주(발행주식총수 3,000,000주의 3.3%)를 출연하여 장학사업을 주된 사업으로 하는 재단법인 OOO(이하 “쟁점재단”이라 한다)을 설립하였고, 같은 날 김OOO과 이OOO의 아들인 이OOO는 청구외법인 주식 150,000 주(발행주식총수의 5%)를 학교법인 OOO에 출연하였으며, 이후 2009.2.2. 쟁점재단은 OOO의 승인을 받아 해산하며 기본재산인 청구외법인 주식 75,088주(발행주 식총수의 2.5%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구법인에게 출연하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2009.2.2. 출연 받은 쟁점주식과 OOO가 보유한 청구외법인 주식을 합하면 청구외법인 발행주식총수의 5%를 초과한다는 사유로상속세 및 증여세법제48조 제1항 제2호에 적용하여 2011.6.15. 청구법인에게 2009.2.2. 증여분 증여세 439,219,390원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점재단은 OOO 선생이 세계 OOO의 발전에 혁혁한 공헌을 한 이에게 수여되는 베세머상을 수상한 것을 기념하기 위하여 1999.10.5. 설립된 재단법인으로 장학사업을 주된 사업으로 영위하고 있는바, 1999.10.5. 청구외법인의 창업자인 이OOO 회장의 유언에 따라 배우자인 김OOO과 자녀인 이OOO으로부터 동 법인 주식 100,000주를 출연 받아 이를 기본재산으로 하여서 설립되었고, 같은 날 김OOO과 이OOO는 OOO에 청구외법인의 주식 150,000 주를 출연하였으며, 당시상속세 및 증여세법제48조 제1항 제2호 에 의하여 특수관계자인 김OOO, 이OOO, 이OOO가 출연한 주식 중 청구외법인 발행주식총수의 5%를 초과하는 부분(3.3%)에 대하여 2000.1.4. 증여세를 신고․납부하였다(동 주식 24,912주로 물납함). 이후에 쟁점재단은 장학사업을 더욱 효과적으로 추진하기 위하여 목적사업이 동일한 청구법인과 통합하기로 하면서 2009.1.6. OOO으로부터 허가를 받아서 2009.2.2. 쟁점주식을 포함한 잔여재산 전부를 청구법인에게 출연하였다. 이와 같이 쟁점재단이 1999.10.5. 출연 받은 청구외법인의 주식 중 발행주식총수의 5%를 초과하는 부분에 대하여 이미 증여세를 신고․납 부하였음에도 동 재단이 주무관청의 허가를 받아 해산하며 2009.2.2. 청구법인에게 출연한 쟁점주식에 대하여 다시 증여세를 부과하는 것 은 중복과세에 해당하며, 청구법인이 기획재정부에 질의하여 받은 회신 문(재산-974, 2011.11.14.)에서도 “공익법인이 공익사업목적의 효율적인 운영을 위하여 주무관청의 허가를 받아 기본재산인 내국법인 주식을 다른 공익법인에게 출연하는 경우에는 증여세를 과세하지 아니하는 것”으로 해석하고 있으므로 본 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 공익법인 간에는 합병이란 개념이 없고, 쟁점재단이 해산시 목적사업이 유사한 청구법인에게 쟁점주식을 출연하였다 하여도,상속세 및 증여세법제48조 제1항에서 규정하는 주식보유비율(5%)의 초과 여부를 판단하는 데는 영향을 미칠 수 없는 것이며, 또한 쟁점재단이 1999.10.5. 청구외법인 주식 100,000주를 출연 받으면서 동 법인 발행주식총수의 5% 초과분에 대한 증여세를 신고․납부하였다 하더라도, 쟁점재단이 쟁점주식을 청구법인에게 출연하는 행위는 그 전의 출연과는 관계가 없는 별도의 것으로 보아 증여세 과세대상 해당 여부를 판단하여야 하는 것이므로 본 건 처분은 정당하다. 만약에, 본 건과 같이 공익법인이 해산하면서 다른 공익법인에게 주식을 출연하는 행위에 대하여 증여세를 과세하지 아니한다면, 수개 의 공익법인에게 내국법인 주식을 출연하게 하고 당해 주식을 출연 받은 공익법인을 다시 해산하면서 특정한 공익법인에게 재차 출연하는 등 의 편법을 통하여 증여세를 회피할 소지가 있게 된다.

• 가. 쟁점 공익법인이 주무관청의 허가를 받아 해산하면서 기본재산인 쟁점주식을 다른 공익법인에 출연한 경우, 동 주식이 해당 법인 발행주식총수의 5%를 초과하였다는 사유로 증여세를 과세할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 상속세 및 증여세법 제48조(공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하 지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우 (제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에 는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해 당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여 받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우 에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인 으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하 기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용 하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 다 음 각 목의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 공익법인 등이 그 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따 른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식 등을 취득하는 경우는 제외한다.

• 가. 취득 당시 해당 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등
• 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등

3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로 서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증 가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등은 제외한다)을 공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경 우

5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미 달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우

6. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우 (2) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 [공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리] ⑧ 법 제48조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공익법인 등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가ㆍ지방자 치 단체 또는 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀 속시키지 아니한 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 1974년 설립된 OOO를 전신으로 하여 OOO 의 사회공헌사업을 체계적이고 지속적으로 실천하기 위하여 2005년 확대 개편한 공익법인으로, 아시아 미래 인재의 육성과 상호이해의 증진을 위한 OOO, 국내 과학인재의 육성을 지원하는 OOO OOOO, 시상사업인 OOO, 차세대 인재 육성을 위한 지역사회 장학사업 등의 10개 사업을 수행하고 있다.

(2) 쟁점재단과 청구법인의 통합과정을 정리하면 다음과 같다. (가) 2009.1.6: OOO은 쟁점재단이 해산하면서 기본재 산을 청구법인에게 출연하는 것을 허가 (나) 2009.2.2: 쟁점주식을 포함한 잔여재산 전부를 청구법인에게 출연 (다) 2009.2.5: 쟁점재단 이사회에서 해산을 결의 (라) 2009.3.31: OOO이 해산을 승인 (마) 2009.4.13: OOO에 재단의 해산을 등기 (바) 2009.6.21: 청산의 종결 및 등기부의 폐쇄

(3) 처분청은 쟁점재단이 1999.10.5. 청구외법인 주식 100,000주를 출연 받으면서 발행주식총수의 5%를 초과한 주식에 대하여 증여세를 신고․납부하였다 하여도, 2009.2.2. 쟁점주식을 청구법인에게 출연한 행위는 그 이전의 출연과는 관계없는 별도의 것으로 보아 증여세를 과세하여야 한다는 의견을 제시하고 있다. 살피건대,상속세 및 증여세법제48조 제2항 제1호에 의하여 공익법인이 출연 받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 가액을 공익법인이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과 하는 것이나, 같은 항 제6호 및 같은 법 시행령 제38조 제8항 제1호 에 의하여 공익법인이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 당해 공익법인과 동일하거나 유사한 공익법인에 귀속시킨 때에는 그 재산에 대하여는 증여세가 과세되지 아니한다고 규정하고 있으므로, 공익법인인 쟁점재단이 효율적 운영을 위하여 주무관청인 OOO의 허가를 받아서 해산하며 2009.2.2. 기본재산인 쟁점주식을 목적사업이 동일한 청구법인에게 출연하는 행위에 대하여 증여세를 과세한 본 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(기획재정부 재산-974, 2011.11.14. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.