토지관련 매입세액을 제외한 나머지 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보임

OOO세무서장이 2010.6.1. 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 OOO의 경정(환급)청구 거부처분은 토지관련 매입세액을 제외한 나머지OOO에 대하여는 공제되는 매입세액으로 보아 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO가 OOO 일원에 중․저준위방사성폐기물처리시설(이하 “방폐장”이라 한다)을 건설하기 위하여 설립한 지점법인으로 방폐장 1단계 건설사업 중 지상지원시설부지정지공사 및 국도 31호선 이설공사를 직접 수행해오다 2009.1.1.폐기물관리법에 따라 설립된 OOO관리공단(이하 “공단”이라 한다)에 방폐장 건설사업과 관련된 모든 권리와 의무를 이관한 후 OOO부의 승인아래 청구법인이 방폐장 건설사업을 완공하는 조건으로 공단과 위탁계약을 체결하였고, 방폐장 1단계 건설사업과 관련하여 시공사인 주식회사 OOO 주식회사(이하 “시공사”라 한다)로부터 2009년 제1기 중에 수취한 매입세금계산서상 매입세액 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제하여 부가가치세를 신고하였다가, 2010.4.16. 쟁점매입세액이 토지관련 매입세액이 아닌 건설용역제공과 관련한 매입세액이라는 이유로 매출세액에서 공제되어야 할 매입세액으로 보아 처분청에 쟁점매입세액의 환급에 대한 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2010.6.1. 쟁점매입세액이 건설용역 제공과 관련된 매입세액으로 보기 어렵다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.27. 이의신청을 거쳐 2010.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 공단에 인계한 자산의 소유권이 2009.12.31. 기준으로 공단에 이전되었다고 하나, 청구법인과 공단의 1단계 방폐장 건설사업의 위탁협약은민법상 도급계약에 해당되며, 그 공급가액을 사전에 약정하지 아니하고 1단계 건설사업 종료시 건설에 소요된 비용을 정산․확정하여 수수하기로 협약을 체결하여 대가관계가 존재하므로 이는 용역의 제공에 해당되고, 청구법인의 1단계 건설사업에 대한 모든 재산과 권리의무는 폐기물관리법 및 협약서에 따라 2009.1.1.0시를 기준으로 포괄적으로 공단에 양도(포괄적 양수도 신고)되어 토지(국도 31호선 부지포함)의 소유권은 공단에 있으며, 청구법인이 제공한 건설용역은 단순한 관리위탁에 따른 것이 아닌 건설사업에 관한 모든 권리와 의무를 부담하는 주체로서 제공한 용역에 해당하는 것으로 국도 31호선 이설공사는 청구법인의 계산으로 타인 소유의 토지 위에 도로를 건설하여 OOO관리청에 기부채납하고 그 대가로 구도로를 취득하는 교환계약에 해당하며, 청구법인은 원자력사업자로서 필수부산물인 방사성폐기물처분시설(방폐장)이 필요한 바 방폐장의 건설은 자기의 정관상 목적사업을 수행하기 위해 하도급업체에 도급을 주어 공사를 수행하는 것과 동일하므로 비록 용역의 무상공급에 해당한다 하더라도 쟁점매입세액은 전액 공제대상이다. 설령, 쟁점매입세액이부가가치세법상 용역의 공급에 해당되지 않는다 하더라도 환급 처리한 2008년 제2기와 동일한 기준에 의거 토지관련 매입세액과 국도 31호선 관련 매입세액으로 구분하여 국도 31호선 이설공사 관련 매입세액OOO에 대하여는 환급되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 폐기물관리법부칙(제4조)에 “조건부로 양도하거나 인계하는 경우로서 공단의 설립등기일 이후에 조건이 충족되는 경우에는 그 조건이 충족되는 날에 승계한다”고 규정하고 있고, 협약서 단서에서 “OOO이 건설사업을 위해 2008.12.31. 이전에 기 취득한 자산은 건설사업 완료시 공단으로 이관하고 공단은 이를 취득한다”고 규정한바, 건설사업의 완료전인 2009.12.31. 공단과 청구법인 사이의 위탁협약이 해지됨으로 인하여 그 해지일을 등기원인일로 하여 토지의 소유권이 2009.12.31. 공단으로 이전된 점(등기부등본)에서 볼 때 2009.1.1.이 방폐장 건설토지의 양도일이라는 청구주장은 신빙성이 없고,폐기물관리법(제25조)에 “공단이 방사성폐기물 관리사업의 일부를 위탁할 경우에는 OOO장관의 승인을 받아야 한고”고 규정하고 있고, 청구법인이 공단과 체결한 위탁업무는 2009.1.1.자로 최초 설립된 공단이 방폐장건설의 안전성과 연속성 확보를 위해 관계법령에 따라 협약을 체결한 것일 뿐으로 민법상 도급계약과는 그 본질이 다르며, 소요된 비용에 대한 정산은 “업무위탁에 따른 별도 수수료의 지급의무가 없다”는 공단의 회신내용과 같이 위탁업무 수행에 대한 대가가 전혀 없는 실비변상적인 성격의 건설비용에 불과하여 청구법인이 공단에 제공한 용역은 그 대가성이 전혀 없고, 관계법령에 따른 협력의무를 이행한 것에 불과할 뿐이어서 용역의 공급으로 볼 수 없다. OOO부의 전원개발 사업실시계획서상의 공공시설물의 철거 및 대체 시설물설치계획에 방폐장 건설지에 편입되는 국도 31호선 일부 구간은전원개발촉진법(제14조 제1항)에 의거 이설도로 준공 후 사업자에게 무상으로 귀속되며, 사업자는 대체되는 새로운 국도를 부지 외곽으로 이전 설치하여 해당 관리청에 무상 귀속함“이라고 되어 있는 점에서 기존도로와 신설도로의 교환행위는 국책사업의 시행에 따라 발생된 문제(기존도로가 공단에 편입)점에 대한 보완행위(도로이설공사)일 뿐, 경제적 대가관계가 있다고 볼 수 없으므로 청구법인이 건설하여 기부채납하는 국도 31호선 건설공사는부가가치세법(제12조 제1항 제19호)에 따라 면세대상에 해당하므로 관련 매입세액(1,960,700,870원)은 불공제함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 공단에 제공한 건설용역이부가가치세법상 과세대상인 용역의 공급에 해당하는지 여부와 2009.6.까지의 누적실적공정률에 따라 토지관련 매입세액과 구축물공사를 구분하여 구축물공사(국도31호선)에 대하여는 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】③ 대가(對價)를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 제17조【매입세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제14조 【재화공급의 범위】ⓛ 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 재화의 인도대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받은 교환계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (3) 방사성폐기물관리법 제5조 【방사성폐기물 관리사업자 및 발생자 등의 책무】② 방사성폐기물 발생자는 방사성폐기물의 발생을 최소화하고, 방사성폐기물을 안전하게 관리하여야 하며, 방사성폐기물 관리와 관련된 업무를 협력하여야 한다.

③ 전기관리법제12조 제1항 제3호에 따른 원자력발전사업자는 방사성폐기물 관리와 관련된 업무에 협력하여야 한다. (4) 방사성폐기물관리법 시행규칙 부칙 제4조【재산의 권리․의무 등의 승계】ⓛ 이 법 시행 당시 원자력발전사업자가 그 이사회에서 공단에 양도하거나 인계하기로 의결한 재산과 권리․의무는 공단의 설립과 동시에 이를 승계한다. 다만, 조건부로 양도하거나 인계하는 경우로서 공단의 설립등기일 이후에 조건이 충족되는 경우에는 그 조건이 충족되는 날에 승계한다.

(5) 민법【도급의 의의】도급은 당사자일방이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 방폐장 건설과정을 보면, 정부는 1980년대 후반부터 방폐장을 마련하기 위해 노력해오다 2005년 주민투표에 의해 OOO가 방폐장 부지로 최종 선정되어 2006.1.2. 방폐장부지 예정구역지정고시를 하였고, 청구법인은 OOO 일대에 사업부지를 확보하고 주식회사 OOO, 주식회사OOO에 공사도급을 주어 2007.7.18. 부지정지공사를 시작으로 본격적인 공사에 착공하였고, 이중 사업부지 내에 국도 31호선이 포함되어 새로운 우회도로를 건설하여 국가에 기부채납하기로 하였으며, 또한 방사성폐기물 발생자와 관리자를 분리하는 국제기준에 부합하기 위해 2009.1.1. 공단을 설립하여 방사성폐기물관리사업자가 청구법인에서 공단으로 변경되어 업무와 자산 등을 공단에 양도하는 협약을 체결하고 이와는 별도로 방폐장 위탁건설계약을 청구법인과 공단이 체결하였으며, 2009.12.31. 위탁건설계약은 해지된 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2008년 제2기분 및 2009년 제1기분 경정청구 내역에 대한 처분청의 처분현황은 아래 <표1>,<표2>,<표3>과 같다.

(3) 청구법인과 공단의 방사성폐기물관리사업 양도․양수 협약서(2008.12.31.)의 주요내용은 아래와 같다. 제1조(양도․양수 대상) OOO은 다음 각 호의 방사성폐기물관리사업 및 이와 관련된 자산(재산 및 권리․의무를 포함하며, 이하 같음) 및 인력을 공단에 포괄적으로 양도하고 공단은 이를 양수한다.

1. 사업: OOO이전기사업법제82조의 규정에 의한 방사성폐기물 관리사업자의 지위에서 행하는 별지1의 사업으로서, 동 사업의 양도․양수에 관한 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항에 따른다.

2. 자산: 제1호의 업무에서 산출된 결과물 또는 동 사업의 수행에 필요한 유․무형의 자산으로서 대상, 가액 등 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항과 별도의 인계․인수서에 따른다.

3. 인력: OOO 소속 직원 중 공단으로의 전적에 동의한 자로서 인원, 인원별 직급 및 급여 등 세부적인 사항은 본 협약서의 관련 조항에 따른다. 제2조(양도․양수 기준일시) ⓛ 양도․양수 기준일시는 2009.1.1.0시로 한다. 제4조(부지 및 건설사업 양도․양수 기본원칙) ⓛ OOO은 별지1의 제5호에 따라 수행하는 방사성폐기물의 영구처분시설 및 중간저장시설의 부지선정․확보, 건설 등에 관한 사업을 공단에 양도한다.

② 공단은 제1항과 관련하여 양수하는 사업 중에서 중․저준위 방사성폐기물처분시설 1단계 건설사업(이하 “건설사업”이라 한다)을 한수원에 위탁하며, 이에 대해 별도의 협약을 체결한다. 제5조(부지 및 건설사업 등의 자산취득 및 정산) ⓛ 제4조 제2항에 따라 OOO이 수행하는 건설사업으로 준공 및 구매되는 부지, 시설, 장비 등의 자산은 공단이 취득한다. 단, OOO이 건설사업을 위해 2008.12.31. 이전에 기 취득한 자산은 건설사업 완료시 공단으로 이관하고 공단은 이를 취득한다.

② 제4조 제2항과 관련된 사업수행을 위해 OOO이 기 지출한 비용 및 향후 지출하여야 할 비용은 건설사업 완료 후 공단이 한수원에 정산한다. 제21조(자산 양도․양수 기본원칙) ⓛ OOO은 방사성폐기물관리사업을 목적으로 취득한 자산은 공단에 양도한다. 다만, 건설사업과 관련되는 자산은 제5조의 규정에 따르며, 2009년도에 취득되는 자산은 한수원이 비용을 지출하고 해당 사업연도 후에 양도한다.

(4) 청구법인과 공단 사이에 체결된 방폐장 건설사업 위탁협약은 2009.12.31. 해지되었고, 방폐장 사업부지의 등기부등본을 보면, 청구법인은 2006년부터 2007년 사이에 방폐장사업부지OOO를 매입하고, 2009.12.31. 위탁협약이 해지되면서 공단에 양도한 것으로 나타난다.

(5) 처분청이 공단에 방폐장 건설사업에 관한 위탁수수료 지급여부에 대하여 조회한 결과, 공단은 청구법인에게 위탁한 방폐장 건설사업에 소요된 비용을 제외한 건설사업 위탁에 대한 별도의 수수료는 없는 것으로 회신(2010.5.10.)한 것으로 나타난다.

(6) 2007.7. OOO부장관(현, OOO부장관)이 승인한 전원개발사업실시계획(방폐장 건설사업)9조의 규정에서 “공공시설물의 철거 및 대체시설물설치계획”에는 방폐장 건설지에 편입되는 OOO 일부구간은전원개발촉진법제14조 제1항에 의거 이설도로 준공 후 사업자에게 무상 귀속되고, 사업자는 대체되는 새로운 국도를 부지 외곽으로 이전 설치하여 해당 관리청에 무상귀속하며, 대체시설 설치에 소요되는 제 비용은 청구법인이 부담하는 것으로 나타난다.

(7) 2007.6.12. 청구법인은 방폐장 1단계 주설비공사OOO를 위해 시공사와 공사용역 도급계약OOO을 체결하여 공사를 진행해오다 2009.12.30. 공사도급액을 OOO으로 증액하였고, 그 대금은 청구법인이 지급하였으며, 2010.1.1. 공단과 시공사가 변경도급계약서를 작성한 것으로 나타난다.

(8) 처분청은폐기물관리법부칙에 “조건부로 양도하거나 인계하는 경우로서 공단의 설립등기일 이후에 조건이 충족되는 경우에는 그 조건이 충족되는 날에 승계한다”고 규정한 점, 협약서 단서에서 “OOO이 건설 사업을 위해 2008.12.31. 이전에 기 취득한 자산은 건설사업 완료시 공단으로 이관하고 공단은 이를 취득한다”고 규정한 점, 등기부에 해지일(2009.12.31.)을 등기원인일로 도로부지인 토지의 소유권이 2009.12.31. 공단으로 이전된 점, 청구법인이 공단과 체결한 위탁업무는 2009.1.1.자로 최초 설립된 공단이 방폐장 건설의 안전성과 연속성 확보를 위해 관계법령에 따라 협약을 체결한 것일 뿐으로민법상 도급계약과는 그 본질이 다른 점, 소요된 비용에 대한 정산은 “업무위탁에 따른 별도 수수료의 지급의무가 없다”는 공단의 회신내용과 같이 위탁업무 수행에 대한 대가가 전혀 없는 실비변상적인 성격의 건설비용에 불과한 점이라는 이유 등으로 청구법인이 공단에 제공한 용역은 그 대가성이 전혀 없어 관계법령에 따른 협력의무를 이행한 것에 불과하여 청구법인이 공단에 제공한 용역은부가가치세법상 과세대상인 용역의 공급으로 볼 수 없다는 의견이다.

(9) 이에 대하여 청구법인은 공단과의 1단계 방폐장 건설사업위탁협약은민법상 도급계약에 해당되며, 그 공급가액을 사전에 약정하지 아니하고 1단계 건설사업 종료시 건설에 소요된 비용을 정산․확정하여 수수하기로 협약을 체결하여 대가관계가 존재하므로 이는 용역의 제공에 해당되고, 청구법인의 1단계 건설사업에 대한 모든 재산과 권리의무는폐기물관리법및 협약서에 따라 2009.1.1.0시를 기준으로 포괄적으로 공단에 양도되어 토지(국도 31호선 부지포함)의 소유권은 공단에 있기 때문에 쟁점매입세액은 전액 공제대상이라고 하면서 국도31호선 이설공사는 청구법인의 계산으로 타인 소유의 토지 위에 도로를 건설하여 OOO관리청에 기부채납하고 그 대가로 구도로를 취득하는 교환계약에 해당하며, 청구법인이 원자력사업자로서 필수부산물인 방사성폐기물처분시설이 필요한 바 처분시설의 건설은 자기의 정관상 목적사업을 수행하기 위해 시공사에 도급을 주어 공사를 수행하는 것과 동일하므로 쟁점매입세액은 전액 공제대상이고, 설령, 쟁점매입세액이부가가치세법상 용역의 공급에 해당되지 않는다하더라도 환급처리한 2008년 제2기와 동일한 기준에 의거 토지관련 매입세액과 국도 31호선 관련 매입세액으로 구분하여 OO OOOO 이설공사 관련 매입세액OOO에 대하여는 환급되어야 한다며, 사업양도신고서, 공사도급계약서, 2009년 공단의 감사보고서, OOO부 위탁건설공사 승인서 등을 제출한 바 이를 보면, 청구법인은 2009.1.1.을 기준으로 토지 OOO, 건물 OOO 등 자산 OOO 상당을 공단에게 양도하였으며, 공단은 OOO에 대한 장기미지급금을 2009사업연도 재무제표에 계상하였을 뿐만 아니라 인수한 자산 중 감가상각자산에 대하여는 연간 상각액을 감가상각비로 계상한 것으로 나타난다.

(10) 2011.11. 현재의 이 건 공사의 공사진행율은 99%로서 공사 마무리 단계이며, 향후 기부채납 명의예정자는 OOO부 고시(제2009-77호)에 따라 공단이고, 방폐장 사업비정산은 2011.6.17. OOO부, OOO 및 공단 등 3자 회의에서 방폐장건설비 상환시 원전사후처리충당금과 정산반영하기로 하였고, 방폐장사업비는 2011.10.11. 국회지식경제위원회에 추진현황보고를 통하여 2011.12. 사용 후 핵연료부담금과 상계처리를 추진할 예정이며, 2012년 정부기금운용계획에 반영할 것으로 나타난다.

(11) 살피건대, 처분청 의견과 같이 2009.12.31. 토지 등 권리의무가 포괄적으로 이전된 것으로 보인다. 그러나 OOO의 신도로에 대한 기부채납이 아직은 미확정상태이지만 시공사-청구법인-공단의 관계에서 추후 신도로가 건설․완료되면 구도로 대신 신도로의 기부채납이 예정된 점에서 향후 공단의 기부채납행위는 대가관계가 있다(조심 2008구1903, 2009.10.21. 같은 뜻)고 보이고, 시공사는 청구법인으로부터 공사도급을 받았고 2009년 제1기 과세기간 중 청구법인에게 관련 세금계산서를 정당하게 교부한 것으로 보이는 점을 감안할 때 토지관련 매입세액을 제외한 나머지 매입세액 OOO은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 OOO의 경정청구 거부처분은 잘못이 있으므로 토지관련 매입세액을 제외한 나머지 매입세액OOO에 대하여는 매출세액에서 매입세액을 공제하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.