양도한 주식의 취득시기가 불분명한 경우 선입선출법을 적용하여 양도차익을 산정함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○철, ○○학, ○○자, ○○진, ○○양(이하 “청구인들”이라 한다)은 2007.9.15. 사망한 ○○선(이하 “피상속인”이라 한다)의 상속이며, 피상속인은 코스닥 상장법인인 주식회사 ○○의 대주주와 특수관계자로서 보유주식 양도시 양도소득세를 신고․납부하여야 하나 2003년부터 2007년 사망시까지 주식회사 ○○의 주식을 양도한 후 양도소득세를 무신고 하였다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 “조사청이라 한다)은 2010.3.8.부터 2010.4.30.까지 주식회사 ○○ 및 피상속인에 대한 주식변동조사를 실시하였으며, 2003년부터 2007년까지 피상속인의 주식양도분(총 71,759주이며, 이하 ”쟁점주식“이라 한다)에 대한 양도소득세 과세표준을 산정하면서 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 하여 취득가액을 계산하고, 양도차익을 산정한 후 양도소득세를 결정․고지하도록 처분청에 제세결정결의서안을 통보하였으며, 처분청은 2011.1.24. 피상속인의 상속인인 청구인들에게 양도소득세 2003년 귀속분 114,276,090원, 2004년 귀속분 180,310원, 2005년 귀속분 84,548,680원, 2006년 귀속분 44,836,350원, 2007년 귀속분 5,799,920원 합계 249,641,350원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2011.4.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 대법원 판례(대법 2007두22030, 2010.4.29. 회 다수)에 따르면 “증권회사들이 1998.1.1. 이후 현재까지 고객의 계좌에 남아있는 잔고주식을 취득일자 별로 분류하고 있고, 그 중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 관리하여 오고 있는 점 등 그와 같은 관리방식이 모든 증권회사에서의 일반적인 회계원칙과 관행으로 자리잡게 되었고, 또한 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식 중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자별로 특정할 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 과세관청은 국세기본법 제20조 규정의 취지에 따라 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 존중해야 할 것이다”라고 판시하고 있는 바, 이 건 쟁점주식 역시 상장후 주간사 등에 의해 관례에 따라 후입선출법에 의해 관리되어 왔으므로 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로 선입선출법을 적용하여 양도차익을 산정한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주식 중 2003.3.6. 증권회사에 입고된 12,575주 중 4,192주는 피상속인이 2001.12.31. 이전에 취득한 주식이며, 나머지 8,383주도 2002.7.7. 상속을 원인으로 취득하는 등 피상속인이 서로 다른 경로를 통하여 취득한 동일 종목의 주식 중 일부 주식을 양도한 경우로, 쟁점주식이 보관된 계좌는 확인되나 피상속인이 서로 다른 날에 주식을 취득하여, 양도한 주식의 취득시기를 정하기가 어려워 취득한 때가 불분명한 경우에 해당하므로 소득세법 시행령제162조 제5항의 규정에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다. 또한, 청구인들은 증권회사의 주식출고방법이 후입선출법이라는 이유로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 코스닥시장의 주식거래 시스템이나 증권회사의 매도주식 입출고관리 방법과 주식의 양도에 대한 과세방법은 별개의 문제이며, 조세특례제한법제91조 제4항의 규정은 장기보유주식의 배당소득에 대한 것으로서 주식의 양도소득에 대한 이 건 처분과는 관련이 없는 것으로 청구인들이 제시한 자료만으로는 쟁점주식의 취득시기가 주권발행번호 등에 의하여 확인되지 않아 취득한 때가 불분명한 경우에 해당한다(대법원 2006두8969, 2008.2.15. 조심 2009부20269, 2010.2.4. 조심 2009부3656, 2010.2.23. 외 다수 같은 뜻임). 따라서 조사청에서는 세무조사과정에서 청구인들에게 주식회사 ○○의 주식 양도․취득 및 비용(거래세, 수수료) 등에 대한 세부내역을 제출해 달라는 공문을 발송하였으나 제출하지 않았고, 불복청구 과정에서 2003.3.6. 신한금융투자로 입고된 주식 12,575주에 대하여 그 취득내역을 소명한 바 있으나, 쟁점주식과 이에 대응되는 쟁점주식의 취득당시 주권발행번호 등 세부내역은 제출되지 않고 있는 바, 이 건은 쟁점주식의 취득시기가 각각 다른 경우로서 쟁점주식의 주권발행번호, 구 증권거래법에 의한 증권회사가 발행한 거래명세서, 별도의 독립된 증권계좌에의한 거래를 통해 확인할 수 있는 거래일자․거래수량․단가 등을 종목별로 구분하여 각각 기장하여야 함에도 관련 기장내용을 제출하지 않아 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법으로 양도차익을 산정한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 코스닥상장법인(협회등록법인)의 주식인 쟁점주식의 취득시기를 불분명한 것으로 보아 선입선출법을 적용하여 취득가액을 산정한 후 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다. (2) 소득세법 시행령 제98조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령 제92조 【장기보유주식 배당소득 비과세명세서 및 분리과세명세서의 제출】 증권회사는 법 제91조제5항의 규정에 의하여 증권예탁원으로부터 통지받은 장기보유주식 배당소득 비과세대상자 및 분리과세대상자에 대하여 배당소득을 지급하는 때에는 그 지급일이 속하는 분기의 종료일 다음 달 말일까지 재정경제부령이 정하는 장기보유주식 배당소득 비과세명세서 및 장기보유주식 배당소득 분리과세명세서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 2010.3.8.부터 2010.4.30.까지 주식회사 ○○ 및 피상속인에 대한 주식변동조사를 실시하였으며, 2003년부터 2007년까지 피상속인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 과세표준을 산정하면서 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 소득세법 시행령제162조 제5항의 규정에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것(선입선출법)으로 보아 양도차익을 산정하였음이 처분청에서 제출한 심리자료에 나타난다.

(2) 조사청의 조사내용 등에 의하면 피상속인은 쟁점주식 중 4,192주(액면분할 후 환산시 41,920주)는 1985.1.1.이전 취득하였으며, 8,383주(액면분할 후 환산시 83,830주)는 2002.7.7. 피상속인의 모(母) ○○이의 사망에 따른 상속으로 취득한 후 2003.3.6.부터 2005.11.2.까지는 신한금융투자에 2005.11.2.부터 2006.4.10.까지는 HMC투자증권에, 2006.4.10.부터 상속개시일까지는 다시 신한금융투자에 위탁관리한 것으로 나타난다. (3) 조사청에서 선입선출법에 따라 양도 및 취득가액을 계산한 내역은 아래<표>와 같다. <표> 조사청의 양도 및 취득가액 계산 내역 (단위: 주, 원) 귀속연도 양도 취득 비고 주식수 양도가액 주식수 단가 취득가액 2003 액면분할전 3,075 250,681,700 3,075 5,000 15,375,000 액면가 액면분할후 12,000 107,452,310 11,170 500 5,585,000 액면가 830 8,392 6,965,360 상속가액 2004 6,374 56,993,600 6,374 8,392 53,490,608 상속가액 2005 39,500 611,536,850 39,500 8,392 331,484,000 상속가액 2006 9,510 240,201,700 9,510 8,392 79,807,920 상속가액 2007 1,300 34,098,100 1,300 8,392 10,909,600 상속가액 합 계 71,759 1,300,964,260 71,759 503,617,488

(4) 조사청에서 신한금융투자 ○○지점 고객지원팀장과의 통화시 피상속인의 신한금융투자 ○○지점 계좌에 입고된 주식회사 ○○의 주식 12,575주에 대하여 신한금융투자의 취득시기 관리에 대한 문의에 입고일자가 증권회사에서 관리하는 매수일자(취득시기)가 되는 것이며, 당해 입고된 주식의 본래의 취득시기에 대하여는 관리하고 있지 않으며, 알지도 못하는 것으로 답변한 것으로 조사청의 심리자료에 나타난다.

(5) 한국예탁결제원 직원 ○○식은 전화를 통하여 상장주식에 대하여 개별주권의 주건번호에 의거 동 주권의 소유자를 관리하는 시스템은 우리나라 어느 곳에도 없으며, 증권계좌에 입고가 되면 어느 회사의 주식 몇 주가 양도되었느냐만 관리될 뿐 양도된 주식의 각 주권번호가 몇 번인지는 관리되지 않고, 알 수도 없다고 답변한 것으로 심리자료에 나타난다.

(6) 위 관련번령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주식이 상장된 이후 주간사 등에 의해 관례에 따라 후입선출법에 의해 관리되어 왔으므로 대법원 판례와 같이 후입선출법을 적용하여 취득가액을 산정하여야 함에도 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로 선입선출법을 적용하여 취득가액을 산정한 것은 부당하다고 주장한, 피상속인의 쟁점주식 취득내용을 살펴보면 2003.3.6. 최초 증권회사에 입고된 12,575주 중 4,192주의 경우 2001.12.31. 이전에 취득한 주식이고, 나머지 8,383주도 2002.7.7. 상속을 원인으로 취득하는 등 피상속인이 서로 다른 경로를 통하여 취득한 동일 종목의 주식이며, 이 가운데 일부 주식을 양도하여 양도한 주식의 취득시기를 특정할 수 없는 경우로서, 양도한 주식의 취득시기가 불분명한 경우에 해당한다고 보여진다. 따라서 처분청이 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법에 따라 취득가액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심2009부2026, 2010.6.16. 등 다수가 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.